菏泽市中医医院始建于1975年，1979年正式开诊，1996年被国家中医药管理局评为三级甲等中医医院，2018年8月再次顺利通过三级甲等中医医院复审。医院是山东中医药大学非直属附属医院、省级“爱婴医院”，是山东中医药大学、山东中医药高等专科学校、菏泽医学高等专科学校、菏泽家政学院、曲阜中医药学校的教学医院，是全国中医住院医师规范化培训基地、中医类别全科医生规范化培养基地（临床培养基地）、山东省“西医学习中医”培训菏泽基地。医院集医疗、教学、科研、预防、康复、养老、急救功能于一体，起着全市中医药事业的龙头带动作用。
医院坐落于美丽的赵王河畔，处于菏泽市政治、经济、文化中心地带，占地面积3.5万平方米，建筑面积10余万平方米，编制床位1000张，总资产8.1亿元。
院科室设置齐全，有内、外、妇、儿、针灸、推拿、骨伤科、医学生殖中心等37个临床科室（34个病区），10个医技科室，1个国家药物/器械临床试验机构，2020年8月菏泽市中医体质与治未病研究院落户医院，其中，国家级重点专科2个（含1个建设单位），省级重点专科7个（含3个建设单位），市级重点专科14个，形成了国家级、省级、市级多层次的重点专科建设和科研机构设置总格局。
医院人员编制总量控制备案数1160名，现有职工1114人，其中，高级职称140人，博士、硕士研究生204人，第六批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人、继承人2人，全国中医临床特色技术传承人才1人，全国西学中骨干人才1人，全国中医药创新骨干人才1人，全国中药特色技术传承人才1人，全国中医护理骨干人才3人，山东名老中医1人、山东名中医药专家8人，山东省五级中医药师承教育市级指导老师8人，山东中医药大学硕士研究生导师5人，菏泽市名老中医、市名中医药专家、市优秀中医药人才、市级专业技术拔尖人才共11人。
医院先后投入一亿多元购进了大量的大型医疗设备，如西门子炫速双源CT、西门子1.5T核磁共振、西门子平板大C、医科达图像引导直线加速器、腹腔镜、宫腔镜、膀胱镜、关节腔镜、椎间孔镜、钬激光等，开展了多种内镜诊疗技术、综合介入诊疗技术、血液净化技术、人工膝/髋关节置换术等中西医结合技术。
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