1988年，迈凯轮吸纳了当时在莲花车队已经很有名的埃尔顿·塞纳，该赛季迈凯轮赢得了16站比赛中的15站胜利，塞纳取得了8个分站(伊莫拉，加拿大，底特律，英国，荷兰，匈牙利，比利时和日本)冠军、13个首发杆位和他的第1个世界冠军头衔。
1989赛季，各车队普遍使用3.5升引擎，而迈凯轮孤注一掷使用本田V6引擎，他们依然保留了两名车手，并且又一次获得了车队总冠军，只是这次他们有6次被挫败。其中赛纳夺得了六站冠军和一站亚军，但是其余的九站竟没有积分记录，普罗斯特虽然只获得了4站冠军，但是只有三次退出比赛，所以1989年的冠军属于普罗斯特，塞纳拿到了60个车手积分。
1990赛季，塞纳的队友换成了博格，这一年塞纳以78分获得了他的第二个车手总冠军，但是赛季开始阶段，塞纳一度十分消沉，他仍然没有从上一年日本站失利的阴影中走出来，然而在第一站美国站的比赛中，塞纳得到了家乡车迷的大力支持，这又唤起了他的斗志和对胜利的渴望，在与泰锐车队阿莱西的争夺中，塞纳笑到了最后。在接下来的两站比赛中，由于低级的失误，塞纳均失败。在结束欧洲的比赛之后，塞纳认为冠军已经被牢牢的掌握在自己手中。但是，普罗斯特在西班牙的获胜也使他自己看到了夺冠的希望。在日本站比赛中，获得杆位的塞纳提出改变排位赛的位置，但是遭到了拒绝，塞纳拒绝参加见面会。普罗斯特的积分在不断的逼近，塞纳反而更加清醒。日本站比赛一开始，塞纳和普罗斯特就争夺的非常激烈，在第一个弯道处发生碰撞，双双退出比赛。赛后有消息说是塞纳故意的，因为这样他就更有把握拿冠军。也有的说这是塞纳在报1989年的两人结下的怨恨。当时第三排出发的贝纳通车手皮杰看的很清楚，他说眼看着塞纳直直的撞到了普罗斯特赛车尾部。赛季最后一站，塞纳又一次撞到防护墙上，退出比赛，他对自己的刹车系统和变速箱很不满。
1991赛季，分站赛冠军的积分由9分变为10分，塞纳又为人们展示了一个梦幻般的开始，他连夺四站冠军。由于普罗斯特退出车坛，他该赛季的对手变成了威廉姆斯车手曼塞尔。两人分别获得了7次和5次分站赛冠军。塞纳这时对对手的态度也有了转变，不再是那样咄咄逼人，法拉利失去了普罗斯特，赛季也变得暗淡无光。但是，一位现在的传奇人物这时候开始登场，这就是迈克尔-舒马赫。1992年是塞纳和博格在迈凯轮共事的第三年，塞纳只获得过三站冠军，威廉姆斯车手曼塞尔则把持了9站冠军，以108个车手积分遥遥领先，队友帕奇思以56分排名第二。舒马赫以53分排名第三，塞纳只排在第四位。据他自己说，看到威廉姆斯赛车良好的性能，他就觉得自己没有机会。其实在摩纳哥获胜还属幸运，当时由于曼塞尔的轮胎出了点问题，塞纳才超过去。尽管最后几场塞纳拼劲全力，无奈迈凯轮的赛车马力不足，而且极其费油。很多人都已经为迈凯轮以及塞纳的前途开始担忧。塞纳开始变得谨慎，但是在法国站上他却被舒马赫挤出赛道。为了追赶威廉姆斯，本田为迈凯轮备战日本站研制了新的引擎V12。
1993年福特引擎取代本田引擎，车坛也有了大变化，曼塞尔前往美国发展，普罗斯特加盟威廉姆斯，安德内蒂成了塞纳的队友（赛季后半段为哈基宁）。由于福特公司全力支持贝纳通车队，塞纳的麦拿伦赛车在赛季中表现不是很好，总共获得4个分站冠军，3个是在雨中。塞纳在英国多宁顿公园举行的欧洲大奖赛上获得了F1历史上最经典的冠军之一。在大雨中，塞纳在首圈超越排在他前面的5台赛车，直至拿到冠军。赛季末，普罗斯特凭借威廉姆斯FW-16赛车的超强发挥又一次夺得冠军，其队友达蒙-希尔获得第三，塞纳以73分列第二。尽管迈凯轮已经在技术方面缩小了与威廉姆斯的差距，但是在革新的速度方面还抵不过威廉姆斯。塞纳夺得了最后两站的冠军，威廉姆斯车队此时向这名传奇车手抛出了橄榄枝，塞纳决定离开迈凯轮。
1994年，塞纳转会威廉姆斯并签订了年薪1500万美元、为期两年的协议。信誓旦旦的他决心在威廉姆斯找回自己过去的辉煌。赛季第一站，塞纳取得巴西英特拉哥斯赛道的杆位，可是在领先的情况下，他的赛车滑出了赛道。第二站赛纳依然拿到杆位，但在发车时，被哈基宁撞出赛道，再次退出比赛。第三站是声名狼藉的伊莫拉赛道，正赛开始之前，事故就一个劲的发生:先是巴里切罗受重伤,排位赛中RATZENBERG撞车导致颈椎折断身亡.直觉曾告诫塞纳退出比赛，但是一向坚毅喜欢挑战的塞纳还是坐进了赛车，不幸真的发生了，他的赛车撞上了防护墙，其本人也没有逃过此劫，命丧伊莫拉。
牺牲，通向焚火柱——“IMOLA"这个词的原意难道是在暗示什么？难道是因为兰岑博格的死没有能打动一些人为利益所蒙蔽的心，所以上帝选择了牺牲这位独一无二的车手以求唤醒一点点良知吗？“如果死亡降临，那就让它突如其来、无法抗拒、彻彻底底，我可不愿在一架轮椅里残度余生。”这就是塞纳对于赛道上潜伏的死神近乎狂妄的藐视。从某种残忍荒谬的角度来看，这样的结尾或许会是他所愿意接受的安排，传奇的诞生和延续总是如此无情。
“在赛车里飞驰的时候，和所有正常人一样，我不想伤害自己。作为一个F1车手，你可能会在某个瞬间从这个世界上永远地消失。生命随时可能会终结，你会发现自己实在如宇宙中的尘埃一般微不足道。扪心自问：这一切究竟值得吗？是否还应该继续下去？继续到何年何时？也许类似的置疑会让你在原来的路上更加坚定地走下去，也许你会彻底放弃。我不止一次地这样追问自己。可是每一次只要略加思索，答案对我来说非常明了：迈出第一步时，我就知道这一切；而今天，我一如既往地这样，不知不觉间，我早已接受了如此安排，并进而成为了主宰。在我看来，人与人之间的差异就体现在面对危险的态度中。”
塞纳生前的这一段话阐明了他对F1的理解：赛车从来就是无上幸福和极度痛苦的混合体。同时有着天使面孔和魔鬼意志的他在矛盾中求索属于他的真实信仰——超越极限。刚刚在赛道上证明了自己的强大后，他常常是那般虚弱；片刻前是一搏到底的坚定，跨出车舱后看上去却又如此脆弱。人们多次见到这位了不起的冠军在领奖台上费力地举起奖杯，面色苍白，听凭眼泪无声滑落。目睹过塞纳驾车的F1老将都对他在比赛中所投入的能量而惊叹不已。这种超常的力量源于切肤入骨的求胜饥渴——或许这是唯一的解释。
1991年3月，塞纳迎来了在故乡圣保罗的第一个冠军。然而，终点黑白旗挥起之后，车队工程师从无线电波另一端没有听到惯常的感谢辞，传来的是混合了极度痛苦和无比幸福的撕心裂肺的叫喊。在变速箱失灵的情况下，他以难以想象的力量挺到了比赛最后一圈，肩膀麻木、肌肉抽筋，筋疲力尽的他站在领奖台上时连欢庆的气力都没有。
1994年的巴西站，首发的他在进站加油后被舒马赫抢去了领先，目标锁定冠军的他在所驾驶的FW16尚为一匹未受驯化的野马的情况下，依然向对手、向身下的坐骑、向自身的极限发起了挑战。然而，竭尽全力的臂膀在关键时刻因僵化而出错，赛车追尾出局。事后他就自己的失误向车队致歉，而队友达蒙·希尔则对他毫无保留地拼命、几乎是用血肉之躯去弥补赛车自身不足的举动流露出不解：“我难以相信塞纳竟然能够把这部车开得这么快，我的车和他的一样构造，而我觉得这家伙实在无法驾驭！”对于这个执拗的车手来说，躯体必须完全服从于意志，在比赛中他的每一块肌肉和骨骼都别想得到善待，他的身体就是金属制造的赛车的一个延伸部分。
将塞纳归于靠天性和本能驾驶的那一类车手并不为过，在讲述赛车表现时，他不会用精确的专业词汇，而会以一种电影蒙太奇的方式把每一幅画面、每一种声响和只有身在其中的人才会有的感觉细致无误地重现出来，毋庸置疑，赛道上的他完全和赛车融为了一体，它们就这样自然和谐地结合在彼此之中。“想要在赛道上击垮塞纳的人必须重新发明赛车运动”，
老冠军尼基·劳达曾给予他无愧的继承人如此评价。一次被问及退役后的打算，这位容易动情的巴西人在以家庭和孩子应答后，最终还是禁不住感叹：“我怀疑自己这一生是否还能够以同样的方式爱上赛车以外的东西……”
