1576年2月10日（万历四年正月十一日），毛文龙出生于浙江杭州府钱塘县忠孝巷。祖父毛玉山，原在山西经营官盐，后因生意需要，举家迁往杭州。父亲毛伟，弃商从儒，纳捐为监生，娶妻沈氏。沈家乃杭州望族，有“杭州甲族，以沈为最”之称。毛伟与沈氏共育四子，第三子夭折，余为长子毛文龙、次子毛仲龙、四子毛云龙。
毛文龙九岁时，毛伟病故，其母时年二十六岁，携子依弟沈光祚居住。沈光祚是杭州名宦，万历乙末科进士，历仕开封府推官、山东布政使、顺天府尹等职，后毛文龙从军，曾得这位母舅提携、推荐。
毛文龙幼时，受母家之影响，亦曾接受传统的儒家正统教育“幼从学，习经生业”，但对四书五经始终不感兴趣，而喜读兵法书“耻学举子业，好孙吴兵法”，因此在重文轻武的明末，很难取得像样的功名，也因此一直未娶。直到三十多岁成为军官后，始归家完婚，娶一山西士族女子张氏为妻。张氏不能生育，后又在辽阳纳一妾文氏，生子毛承斗。辽阳被后金攻占后，文氏死于战乱，毛承斗被人救出，送往杭州，张氏抚之如己出。
1605年（万历三十三年春），毛文龙过继给辽东鞍山的伯父毛得春为嗣子，遂只身北上，先顺道入京拜访了母舅沈光祚，被其荐于宁远伯李成梁帐下，开始了在辽东的军事生涯。当时努尔哈赤不断兼并女真各部落，辽东形势日渐紧张，毛文龙对山川形势和敌情都加意考察，同年九月，参加了辽东的武举考试，“列名第六”，被任命为安山百户，不久又升千总，1608年（万历三十六年），升叆阳守备。
后来，以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死后金镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。袁可立接任登莱巡抚后，加升毛文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与后金界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
纵观明代巡抚节镇登莱，袁可立是唯一从大局出发长时间有效支持毛文龙的登莱巡抚，是前后几任登莱巡抚中对毛文龙支持力度最大的一任。甚至在地震时还在向朝廷上疏请求“预筹毛帅之接济”。天启二年五月初二日，杨嗣昌刚上任就替袁可立向皇帝请饷道：“抚臣袁可立受命方新，请发帑金二十万安兵散民，似非得已。惟在圣明裁定，赐予若干。”袁可立上任不到十个月，毛文龙就被加秩进阶直赐尚方剑。
袁可立御文龙多得牵制之功，毛文龙的主要战绩和荣誉都是在这一时期取得的。袁可立于天启三年三月十二日令沈有容大兵出海，“嘱以相机进止以固榆关，以联毛帅。”《明熹宗悊皇帝实录》卷三十三：“（天启三年）四月丁卯，平辽总兵毛文龙塘报言：‘见今各兵已两月乏粮，嗷嗷待哺，乞赐兵饷接济。’登莱巡抚袁可立具疏为请，且言各岛守冻淮兵已报，开洋、三山岛未发之众亦已陆续登舟，总兵沈有容统率精锐于三月十二日出海，舳舻相接，奴酋胆寒。但恐粮糈匮乏，兵难用命。乞敕该部及山东布政司将应用钱粮速行给发。”彭孙贻《山中闻见录》36页：“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”袁可立设计策反后金女婿刘爱塔，令毛文龙、沈有容联兵策应，夜袭金州，收复旅顺，连克金、复、盖三卫及红嘴、望海、永宁等多堡要地，收复辽南海岛疆土千余里，后金“四卫已空其三，沿海四百余里之地奴尽弃之而不敢据，所余者酉虏千人而已。”使登莱、旅顺、皮岛、石城、宽叆等地连为一条弧线，对后金形成了一道大大向前延伸的屏障和包围圈，是明清战争史上仅有的敢于主动出击叫战开疆复土的战略进攻阶段。
毛文龙在袁可立的扶持下不断被加秩晋阶，开始恃功自傲，而其时朝官对毛文龙的质疑声浪日高。天启三年十月，皇帝嘉奖道：“巡抚佥都御史袁可立厥治行劳哉，赐汝朱提文蟒。汝嘉而毛帅骄愎不协，蛊于兵，满蒲、昌城袭报用敢献功。”“乃满浦、昌城之捷，谓兵不满千，未交一战，不遗一矢，而使（虏）自相践踏，其被炮死者二万有余，马之走死者三万有余，止余真夷二万。公（袁可立）心颇疑之，私谓敷实而后报，不失于慎。”“于是移檄东江，核其虚实。而毛帅嫉公如仇，嗾言官寻端中之。”奉旨核查他的战报和军饷，由此为毛帅所忌恨。
这时忽然就有一个阉党宋祯汉苟合自己的几个同年东林人士宋师襄、方有度、庞尚廉等组成的利益集团利用和做大了毛文龙和袁可立的矛盾，轮番恶意攻击袁可立，以至于天启皇帝看不过去，公开打抱不平切责道：“大臣去留悉听上裁，言官论人当存大体，不必连章抟击。”时朝中党派相攻者无虚日，袁可立不参与党争公正立朝。他没有意气用事，而是“力柔其（毛文龙）骨”，劝毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龙）胆智。”他认为毛文龙的存在事关明金战争大局，不是随便找个人就能替代的，最后是自己选择了“功成身退”，连上七疏辞官。
袁可立在很大的压力下核查毛文龙“满浦、昌城之捷”的战报使二人产生矛盾并被人发酵导致袁可立下台，对毛文龙、袁可立和大明三方都是一个全输无一赢的结局，甚至可以说自此成为辽战总局由盛转衰的一个转折点也不为过。所以即使是总体肯定毛文龙战绩的董其昌在谈到袁可立离任登莱这个事情上对毛文龙也有微词，至少毛在策略和结果上都是全盘皆输的。袁可立一直为东江毛帅鼓与呼，募兵筹饷，殚精竭虑，直到袁可立下台八个月后还在朝中为毛文龙摇旗呐喊请功请饷。他说道：“奴酋逆天顺犯，于今七载，赖毛帅倡义屡获奇捷，大张挞伐之气（山江叙功）。据所报功级解验前后大小三十余战，斩首共一千九十七级，数逾上捷者共五次，总获器械、弓箭等件共五万。当我圣主宵旰之时，人心危惧之日，海外有此奇功，其应陛应赏应恤之官兵相应敕部，行巡按御史覆勘，再为议序以侯俞旨施行。”（王在晋《三朝辽事实录·卷十三·甲子十二月》346页）从袁可立的此份题本时间天启四年十二月看，此时已经是袁可立离任登莱巡抚八个月后。甚至连满人在“文字狱”中编修的《明史》都对袁可立褒贬道：“毛文龙居海外,屡以虚言逛中朝,登莱巡抚袁可立每代为奏请。”（《明史》）可见袁可立两头受气，处境十分尴尬。他对毛文龙的东江战略的积极态度并没有因为自己下台而有任何改变。
袁可立核查毛文龙是迫于朝官的压力而为，是当时的文官统御武将体制和东江军镇兵饷长期不足的一个瓶颈缩影，并没有影响到袁可立对毛文龙支持的初衷和辽海大反攻既定战略。千军易得一将难求，袁可立支持毛文龙，说到底是因为毛文龙能打仗，这正是一个战略家的眼光和独到之处，而非站在远处隔岸观火指手画脚之辈所能相比。袁可立去，毛文龙无人能御，且再想通过袁可立这个大神级人物合法讨要粮饷以难似上青天，导致了后来一系列悲剧事件的发生，这可能也是毛文龙和当时的明廷所始料未及的。
袁可立离任仅仅半年，缺乏有效调度和策应的大将张盘战死，接着努尔哈赤大举迁都沈阳，又半年孙督师发生柳河之败，明清军事对峙形势因袁可立的离任而急转直下。前后对比，天壤有别。
朝中有识之士对袁可立离任前后辽南战略态势的急转直下对毛文龙提出了质疑。《明熹宗悊皇帝实录》卷之六十：“天启五年六月壬午，毛文龙孤提一旅驻札平岛，……满浦诸战屡奏斩获，动輙以百千计，即韩白之智刘岳之勇当不过是。去岁金州被削旅顺夫陷，数月以来绝无后著，岂先后智愚勇怯为两截人，与其在朝廷不得不信，其在士论不得不疑。……而不虞正哲人所戒，合无遣智胆文臣一员阅视整顿。”自袁可立下台后，明朝并不缺“文臣一员”，缺的只是袁可立那样的节镇良臣。
到了这个时候，袁崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思。袁崇焕同他商量更改营制，设立监司，毛文龙很不高兴。袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”袁崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请毛文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。毛文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。袁崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。袁崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。毛文龙说：“这些人都是我的孙子。”袁崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
袁崇焕就此诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩解。袁崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。袁崇焕召他的部将来说：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀毛文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，毛文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕袁崇焕的威风，没有一个敢乱动的。袁崇焕命人用棺材埋了毛文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。回到镇上以后，把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年（1624）五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开毛文龙的罪行，用以稳定袁崇焕的心；毛文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇焕又上书说：“毛文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”崇祯回答可以。
皇太极继位后，改变了努尔哈赤过去的做法，重用汉官，善待汉人，后金统治日渐稳固；不久后，崇祯即位，锐意辽事，但性情过急。毛文龙在此一阶段改变反间策略，以投降归顺后金为饵，诱捕后金重要官员，希望邀宠于崇祯，于是有了与后金的书信往来。
董其昌：“毛文龙以二百人夺镇江，擒逆贼，献之阙下，不费国家一把铁、一束草、一斗粮。立此奇功，真奇侠绝伦，可以寄边事者！如此胆略，夫岂易得？使今有三文龙，奴可掳，辽可复，永芳、养性可坐缚而衅之鼓下矣。”
袁可立：“奴酋逆天顺犯，于今七载。赖毛帅倡义，屡获奇捷，大张挞伐之气。据所报功级解验，前后大小三十余战，斩首共一千九十七级数逾，上捷者共五次，总获器械、弓箭等件共五万。当我圣主宵旰之时，人心危惧之日，海外有此奇功，其应陛应赏应恤之官兵相应敕部，行巡按御史覆勘，再为议序，以候俞旨施行。”
陈良训：“今日所恃海外长城者，非毛文龙者乎？”
高汝栻：“宁远之役，奴拥众入犯而终有内顾之虑者，殆文龙牵制之力欤。”
吴惟英：“昨夜营星色黯然，讣音忽向路人传。但嗟韩信成擒日，不见蒙恬御敌年。功业已沉沙碛雨，精灵犹锁海门烟。好收战骨鸱夷里，归葬西湖岳墓边。”
钱谦益：“鸭绿江头建鼓旗，间关百战壮军威。青天自许孤忠在，赤手亲擒叛将归。夜静举烽连鹿岛，月明传箭过鼍矶。纷纷肉食皆臣子，绝域看君卧铁衣。”
袁可立：“不交一锋，致奴死二万余人，马三万匹，其数终有不可考。”
朝鲜备边司：“毛将所为，不思甚矣。贼冲宣川，不过数百骑，曾不发一只箭，骈首就戮，有同群羊之见猛虎，其无胆勇，据此可想。为今计莫若藏踪秘迹，使虏不得窥觇去留。”
柳公亮：“以其兵力观之，似无剿胡之势。张晚去时结阵以见之，而军皆疲劣。虽或见小利而动，恐难举大事耳。”
李景稷：“毛之军势疲甚，其意只欲安座岛中，享其富贵而已。”
薛国观：“今岁正月，敌倾巢入犯，虽稍挫凶锋，而攻围屠掠逍遥内地者直二十余日，迨班师而东，演沈阳，复图再至，文龙一似不知有牵制者。”
潘士闻：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
杨国栋：“设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在？！”
王永光：“海外之师为牵制也，有须弥岛之退，又有攻掠海州之报，以牵奴者而牵于奴，文龙伎俩已穷。”
姜曰广：“其言牵制，非也，鞭长不及马腹也。……东江之师，非荒忽苑在，胡马久蹴之，同铁山尽矣。”
《李朝实录》：“蛰居孤岛，徒事张皇。”“今则徒享富贵，无意进取。识者皆忧其终不利于中原，而为我国之深患。”“有同群羊之见猛虎”。
谈迁《国榷》：“将东江偏隅果足慑建虏之魄乎？曰：非也！皮岛去建虏较远，牵制本影响，而建虏善疑，得略为瞻顾，或未即决计而南响也。”“渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，岁百二十万，兵二十万，朝论多疑而厌之，以身握重兵，又居海岛，莫能难也。”
夏允彝《幸存录》：“但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者。以其身权重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上亦甚喜之，褒谕倍至，不嫌其矫诏。”
毛九华：“再至莱登则有可异焉，舳舮相望，精甲耀日。又放兵四掠，啸聚芒砀，驰骤淄墨。臣，登莱人也，毛文龙两至登郡，暗窥形势，登莱将有不测之忧，幸督师谈笑诛之，以绝后患。”（全文如下：其再至登州，则尤可异焉。舳舻相望、精甲耀目，非王浚之平江南戈船下濑，岂吕蒙之袭荆州白衣摇橹。一时各州县城门日闭，人心惶惶。道臣王廷试婉言逊谢，今兵卒登岸，杀夺之寻端逐隙，不曰受我参貂若干，则曰受我商人领状若干，不发一文，复邀至庙岛，厉目相视，五部内不知所置。幸而小船遁归，直至臣乡抚按急为设处，始饱欲而去。稍拂其意，即不谓文龙此时遂破历下，以开巷攻祝阿以发迹，又放兵四掠，啸聚芒砀，驰骤淄墨圮顾，登莱一带，首遭其屠戮矣！追论及此，文龙之心可诛，而肉足食乎？）张岱《石匮书后集》：“文龙僻处海岛，去女真远甚；揜袭战功，以罔当宁。恐羽书不合，故急邸报耳。掩饰支吾，久当自败。毛文龙以幺魔小卒，焉可上比鄂王！”
《明季北略》：“辽民苦虐于北，时欲窜归中朝，归路甚艰，百计疾走，数日方抵关，文龙必掩杀之，以充虏报功，是其大恶。又骄恣，所上事多浮举，索饷又过多，朝论多疑而厌之，以方握重兵，又居海岛中，莫能难也。崇焕初斩文龙，上甚喜，嘉谕倍至。”
孟森《明史讲义》：“毛文龙东江之兵，始以朝廷无的饷而借口通商，以违禁物与敌为市，敌乃大得其助，而崇焕治兵，请管东江之饷，而文龙拒之，以与敌通市为利，又不欲以领饷而暴露其兵额也。崇焕斩文龙，编制其兵，核实其饷，东江正可有为，乃身即被戮，毛兵亦无所依赖，自相屠杀，相率降清。论者又以此为崇焕之罪，不以为杀崇焕者之罪，至今尚纠纷不已，是用揭之。”
