故事发生在1939年。新四军转移时，郭建光等18名伤病员留在阳澄湖畔的沙家浜，他们同以春来茶馆老板娘的身份为掩护的地下党员阿庆嫂和当地群众一起，与胡传奎和刁德一的“忠义救国军”进行了顽强机智的斗争，并取得胜利。
此剧矛盾错综复杂，情节环环相扣，结构严谨，个性突出。沪剧原版与样板戏最大的不同是，沪剧是以阿庆嫂为中心的，把阿庆嫂机智灵活、不卑不亢的性格塑造得栩栩如生，使其泼辣与圆滑共具，机警与沉着同兼。另外，铁骨铮铮的沙老太、临危不乱的陈天民、善于斗争的郭建光、阴险狡猾的刁德一及草包司令胡传奎等角色，无一不闪烁出个性的光彩。
1964年该剧被北京京剧团移植为京剧，初名《地下联络员》，汪曾祺、杨毓珉、萧甲、薛恩厚改编，萧甲、迟金生导演，赵燕侠（张君秋）、谭元寿、周和桐、王梦云、马长礼、刘雪涛等主演。
后相继改名为《芦荡火种》和《沙家浜》，“文革”中被确定为八部革命样板戏之一。阿庆嫂改由刘秀荣扮演，后由洪雪飞接替；沙奶奶改由万一英饰演。交响音乐《沙家浜》也曾位列八部革命样板戏之中。
沪剧中的两个名段《芦苇疗养院》《办喜事》最初原唱为钟氏，她边唱别人边给她记谱，可是这还不够，记谱的人问她这个“办喜事”叫什么名字，钟氏说叫“沙家浜”，于是定名。后来张南子主政时，毅然决定贡献出这两段唱给《芦荡火种》剧组，改由老资格的丁氏演出，所谓改戏、改人、改制。
1964年在北京举办的全国京剧现代戏观摩演出大会上，北京京剧团倾力演出的现代戏《芦荡火种》成了最红的剧目之一，连毛泽东应邀观戏后都忍不住改了剧名叫《沙家浜》。这部戏后来定为“文革”八大样板戏之一。
时任北京市委领导的彭真比较喜爱京剧，与京城的京剧名人也有较为密切的联系。1958年大跃进时，彭真和市委其他领导也曾经有过尝试排演现代戏的念头，但一些名演员如马连良等明确表示不愿参加、不愿看现代戏，此议只好搁置。1963年12月12日、1964年6月27日，毛泽东连续两次对文艺工作作出批示。北京市文艺界处于“极大震动中”(市委报告语)，首当其冲地成了被贯彻的重点对象，危急之下市委决定加快排演出一批高质量的现代戏。
从现存史料来看，北京市委是在1963年10月间定下改编《芦荡火种》和《杜鹃山》，此事是在毛泽东下发的第一个批示之前敲定的。估计是北京市委高层隐约观察到中央的动向和四清运动的走向，顺势而做的。市委宣传部长李琪后来还为这个时间表做了一点检讨：“市委宣传部领导文艺工作是有不少缺点的，例如演革命现代戏，到去年下半年我们才开始认真抓。”(见1964年9月3日市文艺工作会议总结报告)
有趣的是，改编的两部戏都是上海的原创作品。北京京剧团负责人、导演肖甲曾为此到上海专门了解作品、作者的相关背景。中共上海市委宣传部长张春桥出面接待并予以支持，赞赏北京剧团下厂下乡为工农兵演出，特别提到赵燕侠在这方面表现很好。张春桥所说的话确切，《芦荡火种》演员们在排练期间几次下公社下部队体验生活。饰演阿庆嫂的赵燕侠正是因为经过部队锻炼，改变了自己排练迟到的习惯，有时排几遍不能通过，仍按导演意图继续排练，让剧团人看后觉得“赵团长确实改变了”，因为这在过去是不可能的事。
彭真等人推崇《芦荡火种》的主题框架，但对沪剧剧本也有不甚满意之处。摘掉右派帽子不久的汪曾祺，排在京剧剧本编剧的最后一位，但却是得力的执笔者。他们先后改出两稿并投入排练。彭真看后表态：“停演重排。”生怕此举泄气，彭真过后又说：“鼓足干劲，不要着急。”为了找到问题所在、总结经验，彭真还特意调上海沪剧团来京演出，要北京团就近细心观摩。
1964年1月中旬完成最后的修改，也就是删去一场茶馆戏，改动了部分情节，增加了正反面的人物和一场戏，调换了三个角色的扮演者。剧团书记、编剧之一薛恩厚后来在北京市第五届人代会发言中，提到以往修改不好的原因：“我们没有突出政治，而是强调有戏没戏，往往对脱离政治、所谓‘有戏’的地方不愿意割爱。”他说，搞革命戏是与封建主义、资本主义文化打仗，必须有敌情观念。
每天排练时间长达七八个小时，在现场提出了“百排不烦、百练不厌”的口号，各小组为此相互贴出挑战书。最响亮的一个提法是“先做革命的现代人”。饰演郭指导员的谭元寿不识简谱，他的唱腔设计先后易稿十余次，每改一次他都要随改随学。但剧团领导也几次批评谭元寿突出个人、艺术保守的不良思想，认为他有时不能按设计的唱腔唱，还要求改辙，对大家提出的意见不够虚心等等。
1964年3月11日，彭真和负责会演的中央文化部领导林默涵观看了《芦荡火种》彩排，当即批准这部戏公开演出。3月31日康生看后，大加称赞：“戏很好，在艺术上开了个路子”。康生对陪同的林默涵说，我要向总理推荐这出戏。4月10日三位副总理连同各省市负责财务的书记看戏，一致认为这个戏是出色的。李富春甚至说：“这么多现代戏，还是《芦荡火种》成功。”
这部戏上演触及不少老艺人。马连良提出非把《杜鹃山》一个普通的群众角色演好不可；谭富英看了后表示争取要演《芦荡火种》的陈县委一角和现代戏中的老年人。最焦急的是张君秋，他执意要饰演《杜鹃山》里的女一号贺湘，剧团领导劝他先不要排演这个角色，他激动地嚷嚷：“我试试都不行吗？”后来经再三劝说，他才转意去尝试现代戏《红色医生》中藏族女医生卓玛一角。
戏剧界领军人物田汉看了戏后，认为阿庆嫂的形象、身段与生活结合得很好，激动之余他突然提出能否给阿庆嫂配一把小手枪。大家一听有些发愣，然后善意地哈哈一笑过之。
