《秘密帝国》是美国漫威漫画公司创作的漫画作品。这部涉及漫威所有主刊系列英雄的漫画，是2017年漫威夏季大事件。讲述美国队长被宇宙立方秘密修改了历史，成为了九头蛇特工，在随后经过了长达数月的秘密策划后，他终于行动了，他率领九头蛇成功占领了美国，并在与一众幸存的超级英雄们展开了周旋和斗争.....最后由美国队长把自己的假身打败。
秘密帝国就是一部可以理解为暂时以美国队长为反派的剧情流向，在宇宙魔方的作用下，美国队长背叛了以前的战友，创建了所谓的伟大的九头蛇帝国，他一面疯狂的打压着曾经的队友们，一边又用所谓的九头蛇理念控制着美国，在他的麾下有着泽莫男爵，九头蛇夫人，蝰蛇等著名的反派，至高领袖史蒂夫罗杰斯的九头蛇帝国似乎已经势不可挡。
而另一边，元气大伤的超级英雄们也已经产生了各自的理念，一次次的行动遭遇失败，英雄们受到了莫大的挫折。一部分选择了放弃，一部分选择抗争到底，一部分人得知是魔方改变了美国队长也开始了寻找魔方碎片的道路。
《秘密帝国》第一期已经讲述了整个世界已被九头蛇洗脑，只有一支队伍（蜘蛛侠、绿巨人等构成）与美国队长抵抗，美国许多地方逐渐被宇宙立方修改。与美国队长的对决持续发展到最后一期时，由巴基进入到宇宙立方把真的美国队长救了出来。两个美国队长对决，最后，史蒂夫成功把九头蛇消灭。
这部作品是漫威的一次新的尝试，想利用英雄本身作为反派。但即使如此，漫画销量并没有增加，许多漫威与美国队长的粉丝都不喜欢此改动。
《秘密帝国》的支线接近40多本。《蜘蛛侠》、《秘密战队》、《复仇者联盟》等漫画均参与其中，在漫画上方，漫威把关联的漫画在都加上了九头蛇的标志，标题全变为绿色。当然，许多反派（如章鱼博士、莫度、红骷髅等）也加入九头蛇的队伍中，导致许多英雄系列故事有翻天覆地的变化。
蜘蛛侠因《秘密帝国》大事件导致他失去了帕克工业，奇异博士也因此把“至尊法师”的称号转给了洛基。此外，还有更多的英雄的故事产生了变化，但也由此，揭示了下一部大事件《漫威传承》的到来。
