在漫威漫画宇宙中一共提及四次秘密战争，前两次是关于众英雄对抗超越者(Beyonder)的故事，第三次是尼克·费瑞率领几位英雄的秘密行动，而第四次则导致所有平行宇宙爆炸而最终又全部重生成为一个新的宇宙“全新全异”。
X战警、神奇四侠、复仇者的一批英雄以及当时独行的蜘蛛侠，甚至万磁王被地球上突然出现的一组机器传输到一个宇宙空间站。在另一个空间站，聚集了一群反派。太空中的一个声音说：我是超越者（Beyonder），来自超越之处，你们要互相战斗，最后的胜利者，将由我实现他的任何愿望。随即超越者把若干个从其他行星挖出来的碎片组成了一颗行星（角斗星），英雄和反派降落，两支队伍交手几次，各有胜败，其间发生了许多负复杂的恩怨冲突；最后毁灭博士把超越者的能量抢了过来，变成了神一样全能的存在。一些反派设法打探超越者的来历，得知他似乎来自另一个次元，在那里他就是一切存在的总和，而一次事故使他来到这个宇宙，对多种多样的个体产生了兴趣。后来的漫画里解释，当初反派高手分子人获得改变物质结构的超能力时，无意打通了超越领域，才引发超越者的兴趣。毁灭嘴上说与英雄们停火，但还是在他们开会时发出攻击把他们全灭；然而英雄们侥幸生还，超越者又伺机取回力量，把末日赶回地球，告别了英雄们。
超越者来到地球，探索人类的生活，把地球搅得一团糟，甚至宇宙大神也被他玩弄于股掌之中。唯一能与他勉强对抗的是改邪归正的分子人。最后全体英雄与分子人一起大战超越者，仍然失败，直到在他把自己变成人类体验平凡生活时，分子人看似杀死了他。
实际并无这样的标题，是《神奇四侠》连载中的一个小故事，重新设定了超越者的来历，说他是个残缺的宇宙立方，之前的逆天之举被说成是不存在的历史。尼克·弗瑞的秘密战争：毁灭博士失踪数年期间，他的故乡拉特维利亚成立了民主政府，但神盾局长弗瑞发现其女总理秘密资助超级罪犯在美国作乱，华盛顿方面出于国际关系考虑不愿采取直接行动，弗瑞擅自带领一批英雄（美国队长、蜘蛛侠、金刚狼等）潜入拉特维利亚发动袭击，造成意外的大破坏，为了维护名誉，弗瑞又自作主张洗去了英雄们的这段记忆，直到一年后当时受伤的总理携罪犯来纽约报仇，才揭开秘密。英雄们要找弗瑞质问，他却躲藏起来，直到秘密入侵时期才露面。
严格来说，这并不属于漫威的大事件，只是《神奇四侠》中连载的小故事
本次大事件早在几年前就开始有铺垫，多元宇宙不断相撞消失。最后只剩下616与1610，但最终两宇宙还是相撞，万物皆亡。神君毁灭用超越神族的力量建立起了斗界。斗界之上，毁灭为神。幸存的黑暗内阁进入斗界。黑暗内阁遭到雷神大军的追捕，奇异法师放出地球-616的复仇者们。地球-616复仇者参战，杜姆神君参战，奇异惨遭杀害。幸存者们散落在各地。三个月后，幸存者们在各地引发起义，最终决战在斗界展开。经过一番激烈的大决战，里德获得了分子人身体里全体超越神族的力量，重塑了宇宙。
万物皆生。
秘密战争完结。
