万石湖是1952年10月建成的水库，蓄水15万立方米，植物园的各个园区，环绕在万石湖周边。水库经过多年的修饰和建设，现已成为十分秀美的平湖，湖边可欣赏到厦门传统小八景之一的“万石涵翠”，也是厦门二十名景之一。
松杉园位于万石湖西边，园内有小池一口，池边有松鹤亭，亭的对面有一块岩石刻着"松鹤园"三字，池中有五只仿真白鹤，有的展翅欲飞，有的停立水中观望，有的觅食池中，有的休息，各种形态都很逼真。园内种植的松、杉、柏、桧等七八十种，其中最引人注目的有古代孑遗植物－－水杉、银杏，这是200万年前冰川年代遗留下来的稀贵的树种，被人们称为"活化石"。
此外，还有世界四大观赏树，即中国金钱松、日本金松、南洋杉、意大利柱柏。这几种树，树姿优美，百看不厌，被称为风景树。松杉园后面还有前美国总统尼克松访华时赠送的"世界爷"－－红杉以及智利南洋杉等。此外，在美丽的莲花池中生长着植物界奇物"王莲"，叶面直径2米。更奇特的是叶边缘上卷20厘米，可负重70多公斤，男孩女娃可坐在叶面上，煞是好看。
棕榈园位在万石湖上方，因种棕榈而命名，也称棕榈岛。此处有六七十种外来乔木。其中有"林中美人"柠檬桉、鱼尾葵、蒲葵、意大利棕、西印度箬棕、大王椰子、"世界油王"油棕、印尼糖棕等，这些棕榈，不仅美化环境，供人观赏，而且其中不少具有很高的经济价值。 标本楼是一个万紫千红的百花园，一年四季花期常在。春有杜鹃、三色槿；夏有凤仙、荷花；秋有桂花、菊花；冬有腊梅、一品红等。观花的有月桂、万寿菊；观叶的有文竹、变叶木；观茎的有佛肚竹、竹节蓼；观果的有佛手、四季桔；观芽的有银柳等。
此外，还有世界十大名花：即"花魁"的梅花、"花中之王"的牡丹、"花中皇后"月桂、"高风亮节"的菊花、"花中君子"兰花、"花中西施"的杜鹃、"花中珍品"茶花、"水中芙蓉"荷花、"凌波仙子"水仙花以及芍药、厦门市花三角梅（红、橙、白、紫均有）。还有世界名花，如非洲的鸡冠花、长寿花、天竺葵，美洲的长春花、月下香、竹节海棠、欧洲金鱼草、南洋白纸扇、狗尾红等。在标本楼中，最引人注意的是一盆古榔榆盆景，树龄300多年，造型优美，已制成盆景邮票，1972年，曾送北京参加全国盆景展览。
百花厅建于1979年，作为名花展览馆，连同温室，苗圃等引种驯化区，形成植物园里一组新的建筑群，一处独具风格的游览点。百花厅面积1000多平方米，共有五个展览厅，还有回廊、曲桥、水榭串连其间，环绕着面积1100平方米椭园形荷花池。百花厅除展出珍贵百花之外，还展览以植物园为主题的几百幅书法绘画作品，还有众多名人的题词诗联，故百花厅也是一个艺术厅，让游人欣赏动、静的艺术。
多肉植物园圃 在紫云岩左上侧，为巨型透明螺壳，有盆栽仙人球掌、仙人柱、仙人球、仙人鞭等，其中最突出的是"金球刺鱼虎"仙人球，生长30多年，直径90多公分，是"仙人球之王"。仙人柱高达3米，算是罕见的一种。据说，厦门仙人掌科植物有500多种，名列全国第一，仙人掌有极高的观赏价值、药用价值、经济价值和科研价值。它是研究植物分类学和植物进化的重要标本。
万石山是山海兼备的风景区。北部第二主峰罂山南麓是千年古刹护国禅寺，现已修复一新，成为众多香客朝拜圣地，还有万石莲寺、云中岩寺、太平岩寺、虎溪岩、白鹿洞寺、紫云岩寺、紫竹林寺、万寿岩寺、甘露寺等11座不同规模的庙宇。
闽南佛学院的“女众部”就设在紫竹林寺内，佛教文化与园林文化和谐荟萃，形成独特的风景线！万石山还有美国前总统尼克松带来的美国红松，有1984年胡耀邦同志送来的“中日青年友谊树”大海枣，有菲律宾前总统马科斯夫人伊梅尔达送给周总理的卡特利亚兰。尤为珍贵的是1984年邓小平、彭真、万里、王震同志视察厦门时亲手种下的千年香樟，现正郁盛繁茂，已长成参天大树！进万石山，看万石美景：翠湖鱼跃，惊散一缕碧烟，深谷鸟啼，平添几分清幽；竹影潇潇，可以涤荡胸襟，松杉笔直，能够砥砺情操；曲径通幽，入林仿古刹，梵音袅袅，驻足分辨，登高望苍海，白帆点点点……是厦门旅游观光、休闲观石赏景、认识热带和亚热带植物、感受生活感受历史文化最为集中的地方。
