大蛇，顾名思义就是巨大的蛇，所以对大蛇丸来说，能召唤万蛇是顺理成章的。
大蛇丸一名是参考了美図垣笑颜（みずがき えがお）创作的读物《児雷也豪杰谭》里面的人物，名字就叫大蛇丸。另外的两个“三忍”的原型也是出自这个故事。故事中，主角児雷也（自来也）是一名可以召唤蛤蟆的忍者，纲手是一名善于操纵蛞蝓的公主，他们的主要敌人是擅长使用毒蛇的大蛇丸。三个角色代表“三竦”：蛞食蛇，蛇食蛙，蛙食蛞，互相吞食。
另外，大蛇丸也有可能参考日本神话中登场的八岐大蛇（Yamata-no-Orochi），一个拥有八头八尾的巨大蛇怪。在日本古书《古事记》与《日本书记》的故事中，八岐大蛇从高志而来，每年出现就要食一次人。
须佐之男因品行败坏，在高天原做尽错事，遭天神们逐出。在出云国遇到了一对老夫妇足名椎命与手名椎命，以及他们的女儿奇稻田姬，这一家正在伤心的哭诉。足名椎命与手名椎命是大山津见神的后代，他们的8个女儿有7个被一条恐怖的巨蛇吃掉，那就是八岐大蛇，如今他们仅剩这么一个女儿。
须佐之男发誓一定要退治此蛇，作为回报，要他们把女儿嫁给他。他让老夫妇备酒，然后在地上造洞，把酒分别放置于8个洞里，躲起来等八岐大蛇出现。八岐大蛇来到后闻到酒香便开始喝酒，当大蛇喝醉了之后，须佐之男趁机杀死了大蛇。当他斩断蛇尾的时候发现了一把剑，这就是后来的草薙剑，是传说中的三神器之一。后来因为倭建命使用才使草薙剑名扬天下。
大蛇丸的忍术之一『八岐之术』也是参考了八岐大蛇的典故。
大蛇丸自幼父母双亡，与自来也、纲手为木叶隐忍者学校的同期学员。六岁在忍者学校毕业后，被分配到猿飞日斩所带领的班级。
他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。
因此在年幼时期，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态（如同旗木卡卡西所说的，就像漩涡鸣人和宇智波佐助的关系一样）。
因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本性善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱， 而大蛇丸本身热爱研究 ，所以便开始研究不老不死之术以及复活死者的术。
在第二次忍界大战中，木叶与雨隐交战，半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令木叶大批忍者倒下，最后战场上仅剩下了自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。在返回村子的途中，他们三人偶遇三名雨隐村的孤儿，分别是弥彦、小南和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护而存活了下来，更得到自来也传授忍术。
这场战役中，自来也、纲手、大蛇丸三人为木叶立下了无数功劳，同时他们三人的名号也威震忍界，然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了，自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。
大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。
但后来由于一心研究禁术，并抓走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部留意他的古怪行为，最终他叛离木叶，成为叛忍。（当时仍处于全盛时期的三代本想杀他，但最后于心不忍）
他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。 后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
曾经初代火影柱间在与宇智波斑的激战中， 使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为复活初代木遁秘术而做起研究。然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。
然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...就在大蛇丸准备处理尸体的时候，因为其他的实验暴露，所以大蛇丸最后离开了木叶。
不久后，在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。（游戏《火影忍者疾风传：究极忍者风暴-革命》的设定）在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来他集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲（动画原创人物）、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香燐（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。
大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人联手进攻木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体当转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。
在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛，期间由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近伪装成两名砂隐忍者作为护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，三代火影多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后三代火影决定取消其资格，但因“四代目风影”的劝阻，三代火影打消了此念头。
五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故意给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。
后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。
在战斗前，大蛇丸以秽土转生的形式将初代目火影与二代目火影复活，并将他们的意志完全抹杀，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，使用水遁忍术与木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，他在往日的师父面前露出自己的真面目，面具下一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此人的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无面具伪装时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。
二人交战时最初打得不相上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈体衰，实力不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雍剑将第三代火影重创，最终未能完全封印大蛇丸，只废了他的双手，使其无法使用忍术。
他的双手被废掉后，失去了使用忍术的能力（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。
大蛇丸为了治疗双手，他和部下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和恋人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。
最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。
鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。
之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故命令音忍四人众前往劝说佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。） 临时以忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管后来音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕彻底死亡，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。
三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来，随后与因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗（兜称这是怪物之间的战斗），后来却因身体已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。
但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找佐助的位置。途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先去寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。
不久，鸣人、小樱跟佐助再度见面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。佐助会意而放弃杀害鸣人等人的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。
不尸转生的三年期限结束后，连兜的药也救不了他，大蛇丸认为是时候利用佐助的身体进行灵界转生。
另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，没有什么利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。大蛇丸也不甘示弱，使用白蛇使役术将自己变为体型庞大的巨蛇，威力极为强大。大蛇丸打算通过此术来占据佐助的身体，结果因身体极其虚弱，不敌佐助的写轮眼而被佐助吸收，灵魂与力量被完全压制。
之后，佐助与自己的哥哥鼬战斗时，由于查克拉耗尽而释放出大蛇丸，他重见天日后本欲与鼬一较高下，结果被自己苦心寻找的十拳剑封印，保命用的小白蛇也被鼬的天照烧死。
第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，并从兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。
之后大蛇丸在宇智波一族的南贺神社利用之前留下卷轴的内容将被尸鬼封尽封印的自己双手及前四代火影的灵魂放出，并利用附身在佐助身上的白绝施展秽土转生，召唤了前四代火影；自己则以白蛇形态逃离因施术而濒死的躯体，夺取了具有初代细胞的白绝身体，并且恢复了双臂。大蛇丸在兜体内的这段时间想通了，连一直学习自己生存方式，处心积虑计划一切的兜都失败了，故选择帮助佐助，想要见证一个不同于自己的人生。
佐助决定阻止宇智波斑的阴谋后，大蛇丸与鹰小队剩余成员一同赶往战场治疗五影。
大蛇丸与三代火影联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后三代火影使用金箍棒将神树打断。与纲手看见了自来也的坟墓，感到惭愧。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。
之后一只名为阿飞的漩涡状白绝在战场出现，拦住众人去路。阿飞与以三代目火影为首的忍者联军们展开恶战。与此同时，佐助被复活的宇智波斑击倒，生死未卜。香燐想前去救治佐助，大蛇丸则劝诫香燐三人等待合适的时机再行动。后大蛇丸四人抓住时机，压制住阿飞，并趁机突破阿飞的包围圈，前去找到佐助。正当香燐三人担心是否来的及治疗佐助时，大蛇丸发现兜已经在救治佐助。一段时间后，佐助被成功救醒。
无限月读开启后，大蛇丸连同其他人一起中了此术并被神树分裂体缠绕。
最终无限月读解除，包括大蛇丸在内的所有人终于重获自由。
由于大蛇丸已经改邪归正，并且曾在第四次忍界大战中带领鹰小队剩余成员立过功，所以不用再被列入叛忍名单中，并且被允许在不涉及他人生命安全的情况下继续做实验，但仍需要被历代火影派人暗中监视。
第四次忍界大战结束后十几年，鸣人已经成为七代目火影，但此时却出现了冲着佐助而来的新敌人宇智波信。鸣人与佐助认为此事与大蛇丸可能有关系，于是找到大蛇丸。
大蛇丸告诉鸣人与佐助，信其实曾经是自己的实验体之一：信的体质非常特殊，对移植在自己身上的任何组织不会出现排斥反应。因此，大蛇丸在信身上移植了许多团藏在宇智波灭族事件中收集到的写轮眼，之后又将信已经移植好各种写轮眼的右臂送给团藏，作为团藏的新右臂。大蛇丸还曾用信的细胞克隆出了许多信的克隆人。后来，信带着部分克隆人们离开大蛇丸。
在《火影忍者剧场版：博人传》中，当博人和佐良娜问及巳月父母时，巳月回答是大蛇丸。当佐良娜追问“（大蛇丸）到底是（你的）爸爸还是妈妈”时，巳月回答“我倒觉得（不管算是爸爸还是妈妈）都无所谓”。与此同时，大蛇丸正在远处偷偷看着。
黑色长发，金色的纵长瞳孔，紫色延长到鼻翼的眼影，苍白的皮肤，带着青蓝色的勾玉状耳环。给人感觉阴险，即使进行了灵魂转生，他还是会伪装成原本的面貌。
野心家、残忍、比较自我中心（后期虽改邪归正，但设定书《阵之书》仍按此描写）；虽然大蛇丸作恶多端，但以师傅的资质来说，他和自来也一样是尽心尽力的师傅。因为他不但把佐助训练得很厉害，而且在教导佐助面对敌人的能力的分析和制定战略方面，留下良好的基础。
不过大蛇丸小时候并不是这样，只因为他本人思想倾向负面、自我中心，因为害怕同伴受到伤害，而不相信同伴的力量（与鸣人的人生观和价值观完全相反），同时由于从小父母双亡，再加上目睹了挚友、徒弟的死亡（纲手的恋人加藤断和弟弟绳树），以及战争时期人们不尊重生命的人生经验，更令其人格进一步走向黑暗，导致行事风格越来越可怕。
盲目相信忍术和力量，甚至无视生命原有的本质，一直妄想研发永生之术来改变世界，但为达到个人目标的同时却又抛弃和牺牲其他人的性命（包括自己的部下）做实验体，导致主角等人、木叶村的同伴，甚至连后来加入的组织“晓”的成员视他为敌人，故成为该动漫作品前期中的反派人物。因为幼年时期的自我想法，成为他日后行事作风的源头。
猿飞日斩：①“在那个战乱的时代，是个才华洋溢的少年，一个数十年才出一个的天才，希望能是继承我意志和力量的少年……”
②“你沉溺于忍术，为忍术而自傲，这样的惩罚才最适合你，我要夺走你所有的术。”
自来也：“一个人形的恶魔。”
《临之书》：一个人也可以攻陷一个小国的可怕力量，无可估计。只要是想得到的东西就会不择手段，并且令对方染上自己的色彩。
《斗之书》：人类是一种被“时间”这种东西束缚的存在。大蛇丸为了让自己成为第一个从这种束缚中解放出来的人，而努力的开发术，在经过十几年的努力后，终于成功。
《者之书》：从英明转变成了恶人的代名词，才智发挥在了违背道德的道路上。对于世界的混沌和长生不老的强烈渴望，即使肉体腐烂也要在人间徘徊，利用无数牺牲者和信奉者，来继续存活下去。
《阵之书》：轮回三界，在前方静静等待的是祸乱之风。
