2006年12月12日，NICONICO动画开始提供实验性质的服务，称为ニコニコ动画（仮）。此时的NICONICO动画只是将储存于YouTube上的影片，加上即时留言字幕的功能，本身并没有提供影片上载的服务，与YouTube也没有正式的关系。2007年2月23日后，YouTube禁止NICONICO动画存取其影片，于是NIWANGO公司推出自己的动画分享服务SMILEVIDEO。目前NICONICO动画可以存取储存于SMILEVIDEO与photozou等网站上的动画。NICONICO动画最大的特征为字幕形式的留言功能。使用者可自由指定字幕出现的时间、于影片上的位置、字体的大小、颜色等。留言可以从影片的右方移动到左方，也可以固定在某个位置一段时间。
NICONICO动画的使用者绝大部分是日本人，但据管理者统计，每日影片观看次数约有1%来自于台湾、0.5%来自于香港。这使得 NICONICO动画于2007年10月18日开始提供台湾版的服务，提供繁体中文使用接口、专用留言系统与NICONICO市场。
截止2011年12月，NICONICO动画注册会员达到2500万人，付费会员达到149万人，手机会员711万人。2011年9月-12月NICONICO动画季度盈利3.0亿日元，成为目前世界上少数实现盈利的视频网站之一。
2016年3月31日，来自日本的niconico终于开放了国内的访问权限，无需翻墙即可访问niconico（现已无效）。并且百度搜索niconico后，官网链接后还会显示“官网”的蓝色标志。
留言(弹幕)功能（コメント机能）是NICONICO动画最大的特征之一。
评论功能的特征
评论在影片播放中按下按钮便会发送，成功的话3秒后就会显示在影片上。结果就做出了与一般留言版不同，“超越实际时间，虚拟的时间共享”（管理层称之为“非同期Live”）的感觉。评论功能导入了时间的观念，使NICONICO动画使用者获得其他影片网站都没有的“观众一起参与”的感觉，并取得空前的成功。
另外针对不喜欢影片有文字流过的人，NICONICO动画亦设有不显示评论的功能。
另外NICONICO动画亦设有“我的备忘录”功能，让使用者能保存特定时点的评论。而观看“我的备忘录”时亦可以任意更改指定留言是否显示。
至γ时代为止，输入留言是会显示使用者的名称的，但因为大部分人认为像匿名讨论区般才能自由发表评论，导致极少人在个人资料中加上自己的显示名称。因为这样，这个功能就在RC服务开始的同时停止了。
正常的留言都是由右流向左（曾经在2008年4月1日愚人节全面改为由左流向右），文字的颜色为白色。而指令功能就能更改留言的颜色、大小。使用方法是在留言栏的左边输入指令（如“ue”、“big”等），不同属性的指令亦能够共用。应用方面，此功能能够为影片造出字幕，当此功能加上特殊文字（Unicode）并且组合，更能造出巨大的形文字。
保存留言数
一套影片的留言保存数目，1分00秒以内的话为100个，1分01秒至5分00秒以内为250个，5分01秒至9分59秒以内为500个，10分00秒以上的则统一为1000个。超出此数字的话就会以发送时间为优先，显示最新的留言。
留言的显示数目在营运当初是没限制全部显示的，后来在2006年12月19日订立统一250个的限制，在2007年1月5日又改变为上述的三级制。
留言的倾向
NICONICO动画的留言内容，跟留言版2ch的留言有很多相同的特征。这是因为在NICONICO动画营运当初，2ch的管理人西村博之在自己的部落格介绍此网站的缘故。NICONICO动画及2ch的留言最大的相同特征，就是把笑写成“w”（通称“芝”，取自“笑う”（Wara-u）的日语罗马字的首个字母W）并以已大量的方式送出（例如“wwwwwww”）。niwango官方制作的初学者入门动画中，亦有说明在影片中该笑的地方写出“w”。
对于恶意使用者的政策
然而，NICONICO动画间中亦会出现恶意使用者(一般通称‘厨’)利用标签、留言等方式，对其他人施诽谤或中伤的事件。对此营运会对这施以删除。
跟YouTube一样，Niconico动画也常被上传些被认为侵权的影片，被指为侵权的短片在版权持有人要求下，NICONICO经过审查后亦会删除。
2008年7月2日，日本映画制作者联盟、日本动画协会、以及日本映像软件协会三团体，去信Niconico动画管理层niwango，并要求他们把包括MAD等侵权的动画尽快删除。这使得一些MAD制作者把MAD发布地点转移到另一影片共享网站Zoome。
台湾版接口开放之后，因为粗劣的翻译（仍然充斥着许多日文，翻译成中文的部分也大多文法不正确）、没有提供台湾人付费的机制等问题而得到许多负面的批评；许多台湾用户仍宁愿使用日本版服务；另外也有台湾人认为“字幕式留言很烦人”。
中国大陆于2010年12月9日傍晚禁止解析Niconico网站，将其屏蔽。
在2010年诺贝尔和平奖颁奖典礼前几天，NicoNico动画的服务器被防火长城（防火墙）屏蔽，方式是服务器IP地址封锁和域名关键词过滤，使NicoNico动画无法从中国大陆直接访问。据称，这次NicoNico动画被防火长城屏蔽的原因是其直播了2010年诺贝尔和平奖颁奖典礼。
2013年2月7日，大陆取消对“Niconico动画”站点的屏蔽，连接速度较慢，但不影响使用。
2013年2月8日中午，连接速度正常，没有无法载入页面的情况，进入主页后自动跳至英文版（少量用户跳至日文版且无法更改地区，原因不明）。
2013年2月8日起，无法访问niconico动画英文版与台湾版，官方并未做出说明。何时恢复不明。随着时间的推移，已有部分网友发现这和浏览器向niconico服务器发送的http报头中Accept-Language字段，即向服务器所请求的语言种类有关，只要修改浏览器的语言设定，将Zh-CN以外的语言移至第一位即可解决。
· 2006年12月12日 - “NICONICO动画（仮）”开始测试。
· 2007年1月15日 - “NICONICO动画（β）”开始服务。
· 2007年2月1日 - 总留言数超过500万。
· 2007年2月7日 - 发表在一月的影片观看数超过一亿。
· 2007年2月8日 - 总留言数超过1000万。
· 2007年2月19日 - 新增对应的影片网站photozou。
· 2007年2月23日 - 3日前开始一直受到DDoS攻击，更波及NIWANGO的移动电话网站，服务暂时停止。同时期，YouTube阻挡从NICONICO动画的连线。
· 2007年2月24日 - 测试版服务完结，发表新版本消息。
· 2007年3月3日 - “NICONICO动画（γ）”开始收集注册ID，一开始即发生故障。
· 2007年3月4日 - 注册ID超过10万。
· 2007年3月6日 - 比预定延迟一天开始“NICONICO动画（γ）”服务。同时新增对应的影片网站“SMILEVIDEO”。
· 2007年3月7日 - 提供“AmebaVision”服务的Cyber Agent要求暂时删除首页和排名页上的AmebaVision影片。
· 2007年3月13日 - 新增限制时间ID。之后定期新增一定数目的ID
· 2007年5月19日 - 新增留言版。
· 2007年6月18日 - “NICONICO动画（γ）”服务完结。“NICONICO动画（RC）”开始服务，开始提供付费帐号。
· 2007年7月10日 - “NICONICO动画 Mobile（实验）”开始服务。· 2007年7月12日 - “NICONICO市场（暂定）”开始服务。
· 2007年7月15日 - 影片总观看次数超过十亿回。
· 2007年7月26日 - 注册ID超过200万。付费帐号会员超过5万4千人。
· 2007年10月10日 - “NICONICO动画（RC2）”开始服务· 2007年10月18日 -台湾版开放使用。
· 2008年3月5日 - “NICONICO动画（SP1）”开始服务。
· 2008年4月1日限定 - “ニコニコ动画2.0（笑）”愚人节特别版。
· 2008年4月2日 - NICONICO动画开设动漫频道。
· 2008年7月6日 -“NICONICO动画（夏）”开始服务。
· 2008年10月1日 - “NICONICO动画（秋）”开始服务。 ·
· 2008年11月12日 - 注册会员人数突破1000万。
· 2008年12月5日 - “NICONICO动画（冬）”开始服务。
· 2008年12月12日 - “NICONICO动画（ββ）” 开始服务。
· 2009年4月1日限定 - “ニコニコ动画（βββ）”愚人节特别版。
· 2009年10月29日 - NICONICO动画（9）” 开始服务。
· 2010年4月1日 - NICONICO动画实现盈利。
· 2010年4月1日限定 - “ニコニコ动画 祝黒字化”愚人节特别版。
· 2010年10月29日 - “NICONICO动画（原宿）”开始服务。
· 2010年12月9日-傍晚禁止解析niconico网站，将其屏蔽。
· 2012年5月1日 - “NICONICO动画:Zero"开始服务。台湾版服务转移至主网站。
· 2012年10月17日 - “NICONICO动画:Q"开始服务。日语版、台湾版和英文版服务在主网站合并。
· 2013年2月4日 - 投稿视频数突破2000万
· 2013年2月7日 - 大陆可以访问niconico（1月28日，应中国中日友好协会的邀请，日本前首相村山富市，日本日中友好协会会长、自民党前干事长加藤纮一抵达北京开启为期四天的访华之旅。）
· 2013年2月8日 - niconico台湾版和英文版从主站消失，官方并未做出说明。何时恢复不明。原因初步估计为大量中国大陆IP涌入NICONICO。官方对网站进行整改。（IE用户仍可于中niconico网站页面底部选择地区及语言）
· 2013年9月18日 - niconico动画大陆开始出现访问视频受限。但可以正常浏览主页。可以登录及观看静画，但无法观看生放送【直播】及动画
· 2015年7月8日 - niconico宣布将于今年7月至8月期间上映一批与历史问题相关的纪录片和电影，中国导演拍摄的《南京！南京！》、纪录片《靖国神社》和《1937南京记忆》也将陆续上映。
国际ニコニコ映画祭
国际NICONICO电影节是线上影片分享网站NICONICO动画举办的电影节。NICONICO动画认为其他电影节的对象只有一些专业制作的影片，所以对作品的种类没有特别限制，只要是1秒至15分钟长度、没有侵犯版权的原创作品即可参选。电影节由构思至实际发表的准备时间只有三个月，目标是把作品于电影院播放。第一届于11月26日发表结果。正式审评员包括手冢治虫的儿子手冢真、舞蹈家スメリー、艺人松嶋初音、2ch创立人西村博之。第三届开始出现职业漫画家和声优合作的作品。
第一届
第一届于2007年11月1日至11月11日募集作品，11月26日发表结果。共收到204份作品，其中26正式入选候选。评审嘉宾是Kingrecords常务取缔役大月俊伦（嘉宾）和NICONICO动画用户代表若村P（わかむらP）。
组曲获奖作品 NICONICO大奖：狩猎圣诞老人（サンタ狩り）
大月奖：纳豆发型设定（纳豆ヘアーセッティング）
很厉害奖：黏土动画（はにメーション（ はにわアニメーション ））
另外，最初落选的是1秒动画（RC2）（因不够1秒而落选）和获奖的喜悦（受赏の喜び）。
第二届
因第一届的批评而改变部分规则：评审员先决定30份作品并公开，参考NICONICO动画用户的意思，然后选择其中15份再评审才发表获奖资料。另外，为了避免获奖作品被攻击，获奖者可以选择拒领奖项。获奖作品第二届
评选嘉宾是摄影家胜谷诚彦、动画制作人里见哲朗和NICONICO动画用户代表ヲタケン。
胜谷奖：梦游
スメリー奖：块男高校校歌
ひろゆき奖：日常的脑内思考
游戏奖：CUIRPG ～中学毕业的人花费4个月用C语言制作的RPG（CUIRPG ～中卒がC言语で4ヶ月半で作ったRPG）
组曲《NICONICO动画》是由NICONICO动画使用者しも（Shimo）选取于NICONICO动画中受到使用者注目，在站内流行的33首歌曲与配乐，重新编成欧陆舞曲风的乐曲。
组曲《NICONICO动画》是在2007年6月5日上载的影片“送给NICONICO动画中毒者的一首曲子”（「ニコニコ动画中毒の方へ赠る一曲」）的续作，在2007年6月23日上载至网站。由于将各首乐曲连接得十分巧妙，在同年7、8月间获得广大的回响，有超过1,800,000次的观赏纪录。
组曲《NICONICO动画》上载后五日，有另一位使用者将自己唱的《组曲〈NICONICO动画〉》上传至网站，让NICONICO动画中的“试着唱看看”分类为之沸腾；许多使用者开始上传各式各样版本（演奏版、跳舞版）的《组曲〈NICONICO动画〉》。而原组曲中没有歌词的部份，大多使用即兴歌词填入（大多是NICONICO动画网站中有名的幻听歌词）。
2007年9月9日，原作者发表了《NICONICO动画故事.wav》（「ニコニコ动画物语.wav」）。2008年4月11日，原作者再发表《NICONICO动画流星群》(“ニコニコ动画流星群”)。2009年6月3日，原作者的新作《七色之NICONICO动画》（“七色のニコニコ动画”）发表。
2007年6月5日，第一作《送给NICONICO动画中毒者的一首曲子》上载
2007年6月23日，第二作《“NICONICO动画”》上载
2007年9月9日，第三作《NICONICO动画故事.wav》上载（9月18日修正版上载）
2008年4月11日，第四作《NICONICO动画流星群》上载
2009年6月3日，第五作《七色之NICONICO动画》上载
