电视动画《忍者神龟》改编自幻影工作室（Mirage Studios）1984年发行的美国漫画，于2003年2月8日在美国电视台首播，共7季全154集。该剧更贴近于原著漫画的设定，拥有原著漫画那般黑暗与前卫的画风。
故事主要讲述了在纽约市一条大街的地下管道里住着四只功夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——只来自日本的超级大老鼠，为了保卫城市家园，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者展开殊死搏斗。这四只神勇无比、所向无敌、神气十足的小乌龟，手执忍者刀、武士棒、双截棍和钢叉，披挂上阵英勇迎敌，团结如兄弟，不畏邪恶与恐吓，始终与妖魔鬼怪斗争着。
在纽约，有一只名叫斯普林特的老鼠，它的师傅是一位功力很深的忍者，是几个世纪以来修炼忍者功夫者中最伟大的一个，斯普林特是他养的一个宠物，在和滨户良在一起的日子里，斯普林特通过观察和模仿滨户良练功时的动作，学会了忍术。在施瑞德杀死滨户良的那一刻，斯普林特曾奋力反抗，但是毫无作用。他被扔下了楼。
在滨户良被杀后没几天，斯普林特在路上遇到了一辆装有毒化学物质的卡车飞快的行驶着，卡车差一点撞到一位正在过马路的盲人，路边的一个孩子为了救盲人，手上抱着的四只宠物龟掉在了地上，和卡车上翻滚下来的一瓶神秘液体一起被冲进了下水道。出于好奇，斯普林特在下水道找到了四只沾染了神秘液体的乌龟。但是这些化学物质令四只平凡的小乌龟发生了基因突变，变成了像人一样能站立行走的人形乌龟，他们分别是达芬奇、拉斐尔、米开朗基罗和多纳泰罗，于是斯普林特以父亲的身份抚养这四只乌龟，并且传授他们忍术。并在电视台记者艾普利尔小姐与凯西的帮助下，与住在地层地下企图统治世界的施莱德展开了一场又一场斗争。
