台湾自古以来就与大陆的关系密不可分，所以统一是必然的规律和趋势，特别是自元朝以来，台湾直接归于中央政府管辖。天启四年（1624年）荷兰东印度公司部队登陆大员，开始占领台湾。清兵入关后，势力逐渐进入福建。顺治十六年（1659年）郑成功率领十万大军攻打南京，惨败而回。郑军元气大伤，郑成功感到清朝统治逐渐稳固，而郑军困守思明（厦门）孤岛粮草匮乏，难以提供数万大军给养，开始思考取得另外的根据地以为整补。
顺治十八年（1661年）三月，郑成功亲率2.5万名兵将，分乘百艘战船，从金门出发。他们冒着风浪，越过台湾海峡，在澎湖休整几天准备直取台湾。荷兰侵略军听说郑成功要进攻台湾，十分惊恐。他们把军队集中在台湾（今台湾东平地区）、赤嵌（今台南）两座城堡，还在港口沉破船阻止郑成功船队登岸。郑军乘海水涨潮将船队驶进鹿耳门内海，主力从禾寮港登陆，从侧背进攻赤嵌城，并切断了与台湾城的联系。战斗中，侵略军以“赫克托”号战舰攻击，郑成功一声令下，把敌军紧紧围住，60多只战船一齐发炮，把“赫克托”号击沉。与此同时，又击溃了台湾城的援军。赤嵌的荷兰军在水源被切断，外援无望的情况下，向郑军投降。盘踞台湾城的侵略军企图负隅顽抗，郑成功在城周围修筑土台，围困敌军8个月后，下令向台湾城发起强攻。至此，郑成功从荷兰侵略者手里收复了沦陷38年的中国领土台湾。这场战争结束了荷兰东印度公司在中国台湾的经营，开启了明郑政权对台湾的统治。
清朝入关之初，因忙于统一战争，无暇顾及台湾。自从康熙以来，清朝内地的反抗逐渐平息，政局趋于稳固，而在台湾的郑氏则时刻想侵扰清政权。郑成功收台的次年即病逝，继位的郑经利用康熙初年三藩之乱的机会，渡海西攻清朝福建、广东沿海。康熙十三年（1674年）耿精忠响应吴三桂发起的叛乱，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经应允此事。泉州、漳州、潮州陆续投靠郑经。康熙十五年（1676年），广东尚之信再次遭郑军击败，只得加入三藩反清阵营，并将惠州割让给郑经。三藩之乱后期，清军逐渐占据优势，郑氏在闽粤沿海的势力开始被驱逐出去。一方面，郑氏不断对东南沿海的侵袭影响到清朝东南赋税之地的稳定，同时也不利南方民心的稳定；另一方面，台湾的郑氏也被认为是明朝正统，成为反清复明的最后基地。台湾继续孤悬海外，不利多民族封建专制主义中央集权国家的巩固和统一。因此，清朝收取台湾势在必行。
早在康熙初年，清朝就与台湾郑氏当局有了交流。在康熙元年（1662年）郑成功病逝后不久，清廷即派人前往厦门招抚郑经。其时，郑经与其叔父郑世袭火并正烈，郑经害怕清廷“指日加兵，内外受困”，因此，阳奉阴违，虚与应付，以“苟延岁月”。第二年，郑经得势，则提出“请如琉球、朝鲜例，不登岸，不剔发易衣冠”。清廷当然不会答应，双方仍成对峙局面。当年十月，清军分三路攻厦门等地，清军击败郑军，攻占了厦门。郑经退守铜山。后郑军军官眼看大势已去，纷纷率兵降清，致使郑军在大陆沿海据点纷纷失守。康熙三年（1664年）清廷授福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，令其统帅水师，前往征剿郑经。施琅率水师先后三次渡海，均因台风袭击而未成功。康熙六年（1667年），清廷又派福建招抚总兵官孔元章先后两次渡海招抚郑经，但郑经仍顽固地坚持所谓“朝鲜例”，招抚未成。康熙七年（1668年）初令施琅来京师，商讨进兵台湾的大计。施琅到京师后，详陈武力统一台湾的意见，但因当时天下初定，沿海地区人心未稳，施琅的意见未被采纳。不过，康熙帝意识到武力统一台湾只是时间问题，因此尽管未采纳施琅的意见，但命他为内大臣，留在京师，以备应急之用。
三藩之乱结束后，清朝的统治更加稳固，收复台湾事宜就被提上了日程。康熙帝玄烨对收取台湾的事务十分热心，康熙十六年（1677年），康熙帝恢复福建水师体制；康熙十八年（1679年），康熙帝任命湖南岳州水师总兵官万正色为福建水师提督。至是年年底，福建水师有战船240艘，官兵28580名。康熙十九年（1680年），郑经和清朝的战争失利，放弃厦门、金门，退往台湾。福建总督姚启圣打算趁势进攻台湾，但遭福建水师提督万正色反对，加上一些大臣支持万正色的看法，康熙帝也顾虑在西南的吴世璠未解决，决定暂缓进攻。
康熙二十年（1681年），郑经中风而死，郑氏台湾内部发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。姚启圣认为是进攻台湾的好时机，但万正色仍反对出兵。姚启圣知道施琅仇视郑氏王朝，必能帮助他击败郑军，便向康熙帝推荐施琅。康熙帝也不满万正色反战的态度，便同意施琅担任水师提督，万正色调任陆师提督。
按照康熙帝规划，应由姚启圣、万正色、巡抚吴兴祚一起商讨作战，施琅却打算排除姚启圣等人的节制，以便能全权进攻台湾，不过康熙帝只同意吴兴祚负责后勤，仍然命令姚启圣和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五（1682年6月10日），清军抵达铜山岛，姚启圣和施琅却在争执出兵时机，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。最后康熙帝于十月初六（11月15日）裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，才让施琅如愿取得统帅权。十一月初三（12月1日）施琅率领约21000人，军舰238艘前往兴化平海卫训练军队。
姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏王朝谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日（1683年6月17日）康熙帝下令施琅尽速进攻，因此爆发六月（阳历7月）的澎湖海战。
康熙十八年（1679年）起，清朝实施迁界令，严重打击郑氏王朝的贸易，粮食补给也出现问题，郑经下令每户人家每个月必须多缴一斗米，将领也必须用自己的俸禄充军，仍没办法解除危机。当时英国商馆就如此看待郑氏王朝：“台湾王之境况甚不安定，不易抵抗满清人，满清人常施恫赫，国王因其财富被消耗，故每日向人民横征暴敛，亦不能使军队满意。是以我国不惟受敌人（清军）之威胁，亦恐军队（郑军）因缺饷而叛变。”
康熙十九年（1680年），郑经退守台湾后，澎湖成为前线要地，防守却很薄弱。直到十月，施琅抵达厦门以及傅为霖为清军内应事情爆发，刘国轩才前往澎湖强化守备。刘国轩抵达澎湖后，在娘妈宫、风柜尾、四角屿、鸡笼屿筑城；东莳、西莳、内堑、外堑、西屿头、牛心山设置炮台。同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。
康熙二十二年（1683年），刘国轩得知施琅准备进攻，便从台湾本岛调度乡兵到澎湖，并将商船以及私人用船都改为军舰（大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆等各式战船约200艘），准备决战。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日），施琅从铜山岛出发，姚启圣也拨3000人同施琅出征（清军24000人，大鸟船70艘、赶缯船103艘、双帆居船65艘）。十五日（9日）郑军哨船发现清军已到花屿、猫屿一带，赶紧回报刘国轩，当晚清军在八罩岛过夜。
十六日（10日）施琅进攻娘妈宫，以速度快的鸟船当作先锋。刘国轩让林升、江胜指挥水军；邱辉为先锋，自己在娘妈宫港口督战。当时受风势阻扰，清军不敢前进，只有以蓝理为首的7只舰队突入郑军。
施琅再派出第二波鸟船部队，交战不久后开始涨潮，一些清军船只被海水冲向岸边，郑军趁势将舰队分成两翼包围清军。施琅见状赶紧突入郑军，想解救被围困的船只，却被林升率军包围。施琅在交战中被火铳射伤右眼，不过没有失明；林升也被大炮打断左腿。林升负伤让郑军失去指挥，施琅借机撤离战场，到西屿附近的海上休息。
施琅在十七日（11日）返回八罩岛，八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，农历六月又是容易发生台风的时节，施琅却很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自进攻却被施琅击退。施琅趁势在十八日（12日）先派战船攻取澎湖港外虎井屿、桶盘屿。
二十二日（16日）早七时，施琅决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队：
中路：共有56艘船，分成8队，每队有7艘船。由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。
右路：共有50艘船，由总兵陈蠎等从澎湖港口东侧东莳攻入鸡笼屿、四角屿，后会合中央部队夹攻郑军。
左路：共有50艘船，由总兵董义等从澎湖港口西侧内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。
天亮前，开始刮起台风。辰时（7时—9时）受台风影响，海上吹起西北风，郑军顺着风势进攻，一时处于优势，清将朱天贵被炮击而死。到了中午，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始吹南风，风向转变成对清军有利。施琅命令全军反攻，顺着风势发射各种火器，并且以数船围攻郑军一船，郑军全面崩溃，江胜战死、邱辉自焚。共毙伤郑军12000人，俘5000余人。击毁、缴获战船190余艘。刘国轩眼见大势已去，率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛郑军都向施琅投降。清军阵亡329人，伤1800余人，船只无一损失。
施琅战胜后，考虑台湾水道非常险恶，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，让郑氏王朝从内部崩溃。施琅在澎湖禁止杀戮，张榜安民；发布《安抚输诚示》。派原刘国轩副将曾蜚赴台。派人医治受伤战俘，并配给他们衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他将领也跟进。
郑军战败消息传到台湾，人心开始不安。为了延续政权的生存，有将领提出进攻菲律宾，得到冯锡范同意。却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外，因此刘国轩阻止此计划。七月十三日（9月3日），施琅率军在台湾登陆。后来在刘国轩大力主张下，郑克塽于七月十五日（9月5日）向施琅投降，并于八月十八日（10月8日）剃发易服，郑氏王朝正式灭亡。
郑克塽投降后，清廷为了是否把台湾并入版图产生争论，不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守花费不小，主张弃守。最后施琅以台湾战略地位重要，说服清廷将台湾并入版图。
施琅军队到达台湾后，郑氏无力抵抗清军，只得投降，结束在台湾历经22年的统治，台湾也因此成为清朝的领土。康熙二十二年（1683年）六月十四日，施琅率领战船300余艘，水师2万余人，仍自铜山出洋，第二天上午，战船即陆续到达澎湖海外。十六日曾发生小规模海战，双方各有损伤。二十二日清军分三路出击，与郑军决战，施琅亲率主力担任中路主攻。清军利用“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击”，一鼓作气，经过七八个小时激战，大败郑军。刘国轩率所剩几只小舟逃回台湾。澎湖为台湾门户，一旦失守，台湾即失去了屏障。由于郑氏集团政治腐败，所以清廷统一台湾得到台湾各族人民的支持和拥护，清军至台湾时“百姓壶浆相继于路，海兵皆预制清朝旗号以迎王师”。施琅派员到台湾劝降，联络刘国轩。刘国轩见大势已去，于是派兵监视郑氏统治集团，郑克塽、冯锡范只得上表求降。八月，清军胜利进驻台湾。
交战双方的兵力大体相当，郑军经营澎湖多年，设防据守，以逸待劳；清军渡海作战，远来疲惫。郑军处于有利态势，而结果却一败涂地，全军覆没。除政治腐败，士气不高以外，指挥上的失着应是一个重要原因。
首先是防御部署上的错误。郑军只注意防守八罩水道以北的北大山、西屿、北山等大岛，而忽视了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等诸小屿设防，这就使南来的清军水师得以乘虚入据，成了清军驻泊、休整和出击的前进基地。
其次是消极防御，贻误战机。当清军水师经过30多小时的航行，抵近澎湖时，郑军宣毅左镇邱辉对刘国轩说：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领烦船十只，同左虎卫江胜贯阵却之。”建威中镇黄良骥也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。”刘国轩却说：“炮台处处谨守，彼何处湾泊？当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身？此乃以逸待劳，不战可收全功也。”遂按兵不动，使清军水师得以顺利到达澎湖，环泊花、猫二屿。邱辉又建议：“乘夜潮落，冲舟宗击之”，又遭拒绝。十六日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍以等待飓风使彼自覆为由未予采纳。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营未定可击，乘虚可击；今敌患三者，而不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，将奈何？”刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃歼敌的有利战机，把取胜的希望完全寄托在可期而不可必的风暴上，结果是风未至而兵已败。
第三是冒险决战，全军覆没。战史上因主帅胸无全局，迁就眼前事变，由消极防御变为冒险决战的事例时有发生。郑军的作战方针本来是以澎湖为重点设防固守，刘国轩本人也不愿主动出击，而是指望海上风暴会使清军不战而败。既然如此，就应该充分利用防御工事，保存有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，当施琅发起总攻时，亦率全部海上兵力迎战，终于全军覆没。
在澎湖海战中，清军之所以取胜，除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。清军水师统帅施琅“治军严整，通阵法，尤善水战，谙海中风候”，因此在指挥上有许多独到之处。在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。有人间这是什么原故，施琅说：“北风日夜猛，今攻澎湖，未能一战克，风起舟散，将何以战？夏至前后二十余日，风微，夜尤静，可聚泊大洋，观衅而功，不过七日，举之必矣。”
这种选择曾经遭到姚启圣等人的强烈反对，但施琅始终不为所动。实战证明，这一选择是正确的，它保障了清军水师在发起总攻前的安全锚泊。在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅又一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛。因为水师从铜山出航后可利用西南风，直取澎湖以南郑军未设防的诸岛屿，以作为前进基地，然后向北转入澎湖海域，这样便始终处于顺风顺流的有利阵位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。在战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深谙海情的施琅是知道的，在初战小挫之后，便立即抓紧再战准备，并不失时机地发起总攻。施琅除分兵二路，从东、西两个方向进行佯动和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力战船，并以五船合攻一船，逐次歼灭了郑军主力，而清军水师却无一船损失。一场大规模海战，损伤如此悬殊，这在海战史上也属鲜见。
清朝统一台湾后，施琅恳切陈辞，阐述利害，得到大学士李蔚、工部侍郎苏拜、都察院左御史赵麟等人的赞同和支持，于是康熙帝始决定坚守台湾，在台湾设台湾府，下辖台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省。台湾、厦门合派一道官管辖。并派兵8000人驻防，设总兵一员，副将二员，澎湖亦派副将一员统兵2000人驻防。这样，台湾重新统一于清王朝中央政府的管辖。
施琅：夫炎徼僻壤，职方不载；天威遐播，遂入版图。推恩陶俗，销兵气以光文治，端有望于官斯土者。
杨文魁：从兹不特各省沿边获享敉宁，而化外来依赤子，快睹帡幪；土著蚩番，渐濡声教。诚盛化无远不届，廓千古未有之弘模、启千古未辟之遐陬也。
刘良璧：大业疏天派，肤功列上班。龙旗开敌垒，虎竹贲仙关。浪静平瓯越，烽晴靖海蛮。朱甍辉玉钥，碧甃灿金环。谟烈青编著，贤良紫诰颁。勋名萦两浙，世泽衍三山。颂溢鳌峰上，讴兴鹿岛间。东南槎万里，长此奉王颜。
高拱干：台以海外地，明季通商，始有汉人。迨郑氏遁踞，旧家世族或从而东，生聚有年，而弦诵犹未广也。越至于今，输诚纳土，岛民得睹天日；分设郡县，招徕愈众。十余年间，声教大通，人文骎骎蔚起；即深山邃谷文身黑齿之番，皆知向风慕学。有识之士，咸谓治以道隆、道随治广；从此海波不扬，内外如邹鲁矣。
吴昌祚：维郡伯倡牧令，以靖地宁人，厥任綦重；而台湾独加难，孤悬海东，番黎杂处，纵长几三千里，实为闽、粤、江、浙之篱垣，非果卓循，岂易理此！辛丑夏，高君天木，特奉简调而来。当其时匪变初平，大师云集，糗粮蒭茭立待腾饱，君乃咄嗟办之。捕党孽、宽胁从，全台底定，襄力居多。已而秋飓为灾，酷逾兵燹；请蠲、议赈，心曲殚焉。由是集哀鸿、销偑犊，务简静以息耕，广教化以培士。比及三载，民用大和；则君之大有造于斯台，而膏泽良已深矣。
夏之芳：台湾僻处海隅，自入版图历今，垂五十载。旧制：郡邑守令外，以观察使领之。康熙六十年，始以台臣出司巡视，满、汉各一员，岁一更替；盖重海疆也。我皇上御极以来，文德覃敷、声教暨讫，休风雅化，已遍遐陬；犹于临轩遣策，如意遴选，再三训诫，俾奉命诸臣得所遵循，以为观风训俗之轨，则圣明洵周且至矣。
张湄：台湾者，万川环流、一岛中屹，与世殊绝；六十年来，沐浴圣教，暗沕跃乎光明。海邦人士，璘璘然、纷纷然质有其文矣。
白寿彝：清朝统一台湾，使台湾重新回到祖国统一的多民族大家庭中，这不仅对国家统一具有重要意义，对台湾的经济、文化的进一步发展也具有重要意义。后来事实证明，台湾经济、文化的进一步振兴，正是在台湾重新统一于清朝中央政权管辖之后。
丁绍仪：至是台湾荡平，民再康矣。台湾灭而天下无事，诏息天下兵。
依据《天妃显圣录》记载：施琅进攻澎湖时，抵达八罩岛，岛上缺乏淡水。清军挖开退潮后的沙地，发现有淡水可供饮用。妈祖还告诉清军“二十一日必得澎湖，七月可得台湾。”和郑军决战的日期，清军将士还看到妈祖现身。施琅认为是妈祖庇佑清军战胜，因此于康熙二十三年（1684年），康熙帝加封妈祖为护国庇民妙灵昭应仁慈天后。
