三藩指清初吴三桂、耿精忠、尚可喜三位藩王所辖藩镇。清朝初年，由于清朝统治者力量尚不足以直接控制南方各省，因此将汉人降将有功者分封管理在一些南方省份：吴三桂封平西王，镇守云南，兼辖贵州；尚可喜封平南王，镇守广东；耿仲明封靖南王，死后，其子耿继茂袭封，镇守福建。上述三方势力合称三藩。三藩在所镇守的省份权力甚大，远超过当地地方官员，并可掌控当地军队、税赋等。
三藩的建立和其势力的养成，是清廷利用明朝降将平定及镇守南方的结果。清廷入关之后，因为八旗兵力不足，为了对付农民起义军和南明小朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量，在满清入关后为其效尽犬马之劳。经过二十年的斗争，坚决抗清的农民军失败了，南明的腐朽政权也垮台了。这时清廷把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就暂让给吴三桂等去镇守。吴三桂驻云南，尚可喜驻广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻福建，这样便形成了三藩。三藩之外，还有一个孔有德。但是孔有德在同农民军李定国作战时失败自杀于桂林，其子也被李定国所杀，所以无人袭封，仅有一女孔四贞嫁给孙延龄，清廷即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。
三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。当时有“西选之官遍天下”之说。顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三。吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，“日练兵马，利器械”，暗存硝磺等禁物。通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。
以往史学界对三藩之乱众说纷纭，或者认为它是一场“清廷与其‘老牌奴才’之间的‘大火并’”，或者认为它是明清之际民族矛盾的继续和发展。因此，需要对三藩之乱的性质再做一些分析和考察。
三藩在变乱后发布的檄文中，指斥清朝统治者“窃我先朝神器，变中国冠裳”，声称要“共奉大明之文物，悉还中夏之乾坤”，这正是利用了当时的社会形势，反映了当时的社会矛盾。
康熙帝决定撤藩三藩。早在顺治死时，吴三桂拥兵北上入祭，兵马塞途，居民走避，清廷恐吴三桂生变，命其在城外张棚设奠，礼成即去。康熙帝亲政数年，深知朝廷中外之利害和前代藩镇之得失，曾说：“朕听政以来，以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜厪念，曾书而悬之宫中柱上。”康熙六年，吴三桂以目疾请解除总管云贵两省事务，以相试探。康熙帝命吴三桂将所管各项事务交出，责令云贵两省督抚管理。云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深合词请命平西王仍总管滇黔事务。康熙帝以照顾吴三桂身体为理由，予以拒绝。
1673年（康熙十二年）三月，平南王尚可喜疏请归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。经户、兵两部和议政王贝勒大臣集议，认为如果尚之信拥兵留镇广东，跋扈难制，康熙帝遂诏令尽撤全藩。吴三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先后疏请撤兵，以试探朝廷意旨。经户、兵二部确议，吴三桂及所部五十三佐领官兵家口应俱迁移。疏下议政王大臣会议，大学士索额图、图海等多以为三藩不可迁移。惟有刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠等力请徙藩。康熙帝再命议政王贝勒大臣及九卿科道会同确议，画一具奏。诸王以下所见不一，仍持两议。康熙帝考虑到藩镇久握重兵，势成尾大，非国家之利；又以为吴三桂之子，耿精忠诸弟都宿卫京师，谅吴、耿二人不能发动变乱。遂下令三藩俱撤还山海关外。
吴三桂、耿精忠疏请移藩，实迫于形势，并非本意。吴希冀朝廷慰留，如明代沐英世守云南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂与其心腹聚谋，暗中部署兵马，禁遏邮传，只许入而不许出，并勾结他省旧部，又与耿精忠联络应和，准备叛乱。康熙十二年八月清廷命礼部侍郎哲尔肯等赴云南，户部尚书梁清标等赴广东，吏部侍郎陈一炳等赴福建，各持敕谕，会同该藩及督抚商榷移藩事宜。九月，清廷命陕西总督鄂善总督云南军务，宁夏总兵官桑额提督云南军务。此时吴三桂与其党正日夜加紧密谋。侍郎哲尔肯、学士傅达礼等既至云南，催促起行。吴三桂表面拜诏，而屡迁行期，反谋益急，而难于举兵之名。欲立明朝后裔以号召天下，但缅甸之役及杀害永历帝无可自解；欲行至中原据腹心之地举兵，又恐日久谋泄。是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移会台湾郑经，邀约响应。云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
自1673年（康熙十二年）十一月二十一吴三桂起兵叛乱。至1681年（康熙二十年）十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
1673年（康熙十二年）十一月至十五年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。
清政权统一大陆后，民族矛盾在全国范围内依然普遍存在；阶级矛盾这时已成为社会的主要矛盾；统治阶级内部矛盾也继续存在。因此，当吴三桂刚一举起反清旗帜，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。
此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族也相继响应。
1676年（康熙十五年）五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。1673年（康熙十七年），年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
清廷在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。之后，又于公元1683年灭亡了台湾的明郑政权。至此彻底消灭了南明的抗清实力。从此有组织的反清复明运动不复存在。此后，清廷才开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
由于康熙盲目的做法把吴三桂逼上了绝路。被逼上了绝路的吴三桂绝对不会束手就擒。历时八年的“三藩之乱”开始了。
所以说，康熙皇帝“撤藩”的做法是错误的。其实，不仅如此，如果从中国历代强盛王朝撤藩的历史来看，康熙此举，也是十分冒险的。如果康熙皇帝多读一些历史书，他就会发现，大清以前的历代强盛王朝，其实都存在着如何撤藩的问题。武力撤藩，都会给国家带来重大的损失，给人民带来巨大的灾难！
不提与康熙尚无关系的扬州十日、嘉定三屠，只说康熙在平定三藩时，清军对平民的屠杀，从许多记载来看也是相当惊人。
《清史稿.王骘传》里记载的王骘在康熙的上疏中说“四川祸变相踵，荒烟百里，臣当年运粮行间，满目创痍。自荡平后，修养生息，然计通省户口，仍不过一万八千余丁，不及他省一县之众”。这个时期四川人口的损失，平民的死亡显然和清军是脱不了干系的。
其实不仅是四川，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少，康熙十八年，浏阳县知县曹鼎新说“自甲寅吴逆倡乱，……以至王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”。
这里说的就更明确了“王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分”，联系到清军一向有屠杀平民的传统，再加上清朝方面的官员也不会故意抹黑清朝自己，所以这类记载的真实性是没有疑问的。
这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家大分裂，有利于多民族统一国家的巩固和发展。同时中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。
吴三桂等人发动的起事，虽然打出了“兴明讨虏”的旗号，赢得了不少汉人和对满清朝廷心怀不满的人支持，得以在短短的时间内席卷长江以南地区，但由于他曾经亲手引清军入关，亲手杀害永历帝，实乃无以自圆，所以并未得到大多数人的支持。再加上其根本目的在于搞分裂割据，起事诸将皆为其朋党，吴三桂一死，登时土崩瓦解。所以其失败是必然的。
康熙能够以史为鉴，认真吸纳历史的经验教训，首先制定一个比较完整详细的撤藩计划和被撤藩的藩王的待遇安排等等，历时八年的“三藩之乱”本来是可以避免的。
