空印案是发生在洪武十五年（1382年，有争议或1376年），因空白盖印公务文书而引发的案件。此案在当时受到朱元璋相当程度的重视，并因此诛杀数百名相关官员。本案实为一个冤案，然而其影响之广，范围之大，实属罕见。
明朝时每年各个布政使司下属府州县都需派出审计官吏前往京师户部，核对其所在衙门缴纳中央官府的钱粮、军需事宜。所有账目必须和户部审核后完全相符方能结算。若其中有任何一项不符就必须驳回重新造册，且须再盖上原地方机关大印才算完成。因当时交通并不发达，往来路途遥远，如果需要发回重造势必耽误相当多的时间，所以前往户部审核的官员都备有事先盖过印信的空白书册以备使用。这原本是从元朝既有的习惯性做法（“元时，官府府于文有先署印，而后书者，谓之‘空印’，洪武建元以来，相沿未改”《中外历史年表》），也从未被明令禁止过；《剑桥中国明代史》解释，钱粮在运输过程中会有损耗，所以从运送一直到户部接收时的数字一定不会相符，在路上到底损耗了多少，官员们无法事先预知，只有到了户部将要申报之时才能知道其中的差额，所以派京官员都习惯用空印文书在京城才填写实际的数目。明太祖朱元璋获知此事后大为震怒，认为这是官员相互勾结的欺君重罪，因而下令处罚所有相关官员。
胡惟庸案发生在洪武十三年（1380年），它是指洪武帝诛杀宰相胡惟庸事件，随后大肆株连杀戮功臣宿将，此案牵连甚广。胡惟庸被杀，朱元璋罢左右丞相，废除中书省，其事由六部分理，从此中国再无宰相一职。
洪武六年（1373年），淮西朋党集团的领袖李善长推荐其同乡兼姻亲胡惟庸担任右丞相。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。他做了7年丞相，任期内在朝中遍植朋党，不遗余力地打击异己，使得淮西朋党集团的势力不断膨胀。譬如，浙江青田人刘基（字伯温），曾辅佐朱元璋，立下过汗马功劳，但由于他与淮西朋党集团的矛盾，一直未受重用。洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣，刘基仅封为诚意伯，岁禄只有240石。而李善长则功封韩国公，岁禄4000石。翌年，刘基告老还乡。然而，由于他曾对朱元璋说过胡惟庸不宜入相的话，故而深受后者的嫉恨，被解雇革去岁禄。洪武八年（1375年），刘基生病，胡惟庸派医生前去看望，但刘基服药后不久便一命归西。
当然，排斥异己还不是胡惟庸案的关键所在。事实上，胡案的症结在于——他为人过于独断专行，许多生杀黜陟等重大案件，他往往不向朱元璋请示，就擅自加以处理。这自然让权力欲极强的朱元璋，深感宰相专权、皇权旁落的危机。
洪武十二年（1379年）九月，占城（今越南南部）来贡，胡惟庸和当时的右丞相汪广洋等人匿而不奏，结果被太监告发。明太祖闻知勃然大怒，言辞斥责省臣。但胡惟庸和汪广洋将责任推到礼部头上，而礼部则反唇相讥，归咎于中书省。这种相互推诿扯皮，使得朱元璋更为恼火，于是将一干人等全部囚禁起来，让他们招出主谋。不久，汪广洋被处死。接着又以汪广洋曾违法纳没官妇女为妾，下令查究胡惟庸及其六部堂属的罪行。至此，明太祖与胡惟庸朋党的矛盾已趋于白热化。
洪武十三年（1380年）正月，涂节自首上告胡惟庸谋反。明太祖随即下令逮捕胡惟庸、陈宁和涂节等人，并以“枉法诬贤”“擅权枉法”“蠹害政治”罪加以处死。
胡惟庸被杀后，此案并未了结，他的罪名也在不断升级。开始只是说胡惟庸“擅权植党”，后来，又加上了“通倭”、“通虏”和“谋反”等罪名，并不断牵连、扩大化。该案的同谋犯越查越多，牵涉的面也越来越广，株连蔓引，持续了数年也未能了结。
洪武二十三年（1390年），朱元璋再兴大狱，有《昭示奸党录》布告天下，乘机又杀了几十家的权臣勋贵。李善长、陆仲亨、唐胜宗、费聚、赵庸、金朝兴、叶升、毛麒、李伯升和丁玉等人，都因与胡惟庸有勾结而被处死。其中位居“勋臣第一”的太师韩国公李善长，在洪武十三年胡惟庸案始发时，因为元勋皇亲，已免于追究，但10年以后，有人以李善长与胡惟庸共同谋反，朱元璋顺水推舟，将李善长一家七十余口一律处斩。
明代史籍关于胡惟庸案记载多有矛盾，关于其是否确有谋反当时便有质疑，明代史学家郑晓、王世贞等皆持否定态度。
郭桓案发生在洪武十八年（1385年），以其涉案金额巨大，对经济领域影响深远而为世人瞩目。
《明史·刑法二》在记载郭桓案的起因时，曰：
郭桓者，户部侍郎也。帝疑北平二司官吏李彧、赵全德等与桓为奸利，自六部左右侍郎下皆死，赃七百万，词连直省诸官吏，系死者数万人。
洪武十八年（1385年），朱元璋怀疑北平承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李彧、赵全德伙同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，吞盗官粮，于是下旨查办。洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁廷举告发户部侍郎郭桓利用职权，勾结北平承宣布政使司、提刑按察使司官吏李彧、按察使司官吏赵全德、胡益、王道亨等，私吞太平、镇江等府的赋税外，还私分了浙西的秋粮，并且巧立名目，征收了多种水脚钱、口食钱、库子钱、神佛钱等的赋税，中饱私囊。朱元璋令审刑司拷讯，此案牵连全国的十二个布政司，牵涉礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等。总计一共损失精粮两千四百万担，“自六部左、右侍郎以下，赃七百万，词连直、省诸官吏，系死者数万人”“核赃所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”，史称“郭桓案”。朱元璋在《大诰》感叹说：“古往今来，贪赃枉法大有人在，但是搞得这么过分的，实在是不多！”
此案有明显不合逻辑的地方：这些贪污的粮食是被贪污者倒卖私分了，但是收入粮仓的粮食并没少那么多。因为大户，粮商，富户等被贪赃者要求补了空。所以朱元璋在《大诰》中明确质问了这些贪污者你们向商人大户借粮用什么来还？但是这些被逼无奈补空缺的大户粮商富户却被定罪为了协同者，遭到了杀头抄家的命运。“核赃所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”正是当年此案的真实写照。这起案件的主审官吴庸在完成了此案后也被朱元璋处死平民愤。此案更像是有预谋的一场国家剪天下羊毛的行动。
蓝玉案发生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋借口凉国公蓝玉谋反，株连杀戮功臣宿将的重大政治案件。朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对君权的潜在威胁，将军权牢牢地控制在自己手中。
洪武二十六年（1393年），朱元璋以谋反的罪名诛杀了大将军蓝玉，而蓝玉是洪武时期的主要将领之一。洪武二十一年（1388年），蓝玉率15万大军出塞追击蒙古军队，直到捕鱼儿海（即今贝尔湖），俘获男女七万七千人，大胜而归。此后，他又多次北征蒙古，立下赫赫战功，被晋封为凉国公，位居大将军之职。蓝玉统兵多年，在军中颇有威望；麾下骁将十余员，个个勇猛善战。以一介武夫起家的朱元璋，原本就最忌武人拥兵；而蓝玉却自恃功高势大，骄横不法。在军中，他擅自黜陟将校，进止自专，甚至不听君命。某次北征还师，夜扣喜峰关，关吏没有及时接纳，蓝玉就纵兵毁关强行进入，这一举动显然引起了朱元璋的猜忌。在地方上，蓝玉霸占东昌民田，私蓄奴婢，纵奴作恶乡里。此事后为御史举劾，但蓝玉竟怒逐御史。他还让家人私买云南盐1万余引（每引200斤或400斤），进行走私。又因奏请多未采纳，一直对朱元璋心怀不满。这些做法，终于让朱元璋动了杀心。洪武二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，朱元璋就将他处斩，并族诛了三族。平时与蓝玉有关系莫逆的许多将校，也都被定位“逆党”，遭到了抄家灭族的下场。当时因这个案件而被诛杀者多达1.5万人，军中的骁勇将领差不多都被杀戮殆尽。朱元璋还手诏布布告天下，并条例爰书为《逆臣录》。列名《逆臣录》，有一公、十三侯、二伯。
朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对皇权的潜在威胁，将军权牢牢地控制在自己手中。军权皆出于朝廷，不敢有所专擅。
