1206年，蒙古铁木真统一漠北诸部，建立大蒙古国。蒙古在1227年灭西夏，1218年灭西辽，1234年灭金。
蒙古窝阔台汗六年，宋未经充分准备，即乘蒙古军自河南撤兵河北之机，遣军收复原宋西京、东京、南京，被蒙古军击败。当年夏，窝阔台与诸王议定，在西征钦察、斡罗思，东征高丽的同时，集中部分兵力，南下攻宋，从而揭开了蒙（元）宋战争序幕。
1271年元朝建立，次年分水陆两路南下攻打南宋。元军在襄樊之战大破宋军以后，直逼南宋首都临安（今浙江杭州），德祐二年（1276年）宋朝朝廷求和不成，于是5岁的小皇帝宋恭帝投降。
宋度宗的杨淑妃在国舅杨亮节的护卫下，带着自己的儿子即宋朝二王（益王赵昰、广王赵昺）出逃，在金华与大臣陆秀夫、张世杰、陈宜中、文天祥等会合。接着进封赵昰为天下兵马都元帅，赵昺为副元帅。元军统帅伯颜继续对二王穷追不舍，于是二王只好逃到福州。不久，刚满7岁的赵昰登基做皇帝，是为宋端宗，改元‘景炎’，尊生母、宋度宗的杨淑妃为杨太后，加封弟弟赵昺为卫王，张世杰为大将，陆秀夫为签书枢密院事，陈宜中为丞相，文天祥为少保、信国公并组织抗元工作。
赵昰做皇帝以后，元朝加紧灭宋步伐。宋端宗景炎二年（1277年），福州沦陷，宋端宗的南宋流亡小朝廷直奔泉州。张世杰要求借船，却遭到泉州市舶司、阿拉伯裔商人蒲寿庚拒绝，随即早有异心的蒲耿寿庚投降元朝。张世杰抢夺船只出海﹐南宋流亡朝廷只好去广东。宋端宗准备逃到雷州，不料遇到台风，帝舟倾覆，宋端宗差点溺死并因此得病。左丞相陈宜中建议带宋端宗到占城（今越南南部），并自己前往占城，但后来二王数次召其回来都不返；最后逃到暹罗（今泰国），死在那里。
宋端宗因落水染病，不久崩逝，由弟弟7岁的卫王赵昺登基，年号祥兴。赵昺登基以后，左丞相陆秀夫和太傅（太子的老师）张世杰护卫著赵昺逃到崖山山，在当地成立据点，准备继续抗元。不久﹐在现时广东和江西二省抗元的文天祥得不到流亡朝廷的支援，被张弘范部将王惟义在海丰县的五坡岭生擒，在陆地的抗元势力覆灭。
祥兴二年（1279年）正月，张弘范率元军攻至崖门，元军浩浩荡荡陆续抵达崖山，对南宋形成三面包围之势。
面对巨大压力，张世杰昼夜苦思破敌之策。有幕僚向张世杰建议应该先占领海湾出口，保护向西方的撤退路线。张世杰为防止士兵逃亡，否决建议，并下令尽焚陆地上的宫殿、房屋、据点；又将下令千多艘宋军船只以“连环船”的办法用大绳索一字形连贯在海湾内，并且安排赵昺的“龙舟”放在军队中间。元军以小船载茅草和膏脂等易燃物品，乘风纵火冲向宋船。但宋船皆涂泥，并在每条船上横放一根长木，以抵御元军的火攻。元朝水师火攻不成，以水师封锁海湾，又以陆军断绝宋军汲水及砍柴的道路。宋军吃干粮十余日，饮海水之士兵呕泄。张世杰率苏刘义和方兴日大战元军，张弘范擒张世杰甥韩某，以其向张世杰三次招降不果。
祥兴二年（1279年）二月六日癸未，张弘范预备猛攻，元军中有建议先用火炮，弘范认为火炮打乱宋军的一字阵型，令其容易撤退。明日，张弘范将其军分成四份，宋军的东、南、北三面皆驻一军；弘范自领一军与宋军相去里余，并以奏乐为以总攻讯号。首先北军乘潮进攻宋军北边失败，李恒等顺潮而退。元军假装奏乐，宋军听后以为元军正在宴会，稍微松懈了。
正午时段，张弘范的水师于是正面进攻，接著用布遮蔽预先建成并埋下伏兵的船楼，以鸣金为进攻讯号。各伏兵负盾俯伏，在矢雨下驶近宋船。两边船舰接近，元军鸣金撤布交战，一时间连破七艘宋船。宋师大败，元军一路打到宋军中央。这时张世杰早见大势已去，抽调精兵，并已经预先和苏刘义带领余部十余只船舰斩断大索突围而去。
祥兴二年（1279年）三月十九日，崖山海战结束，大宋王朝宣告灭亡。
赵昺的船在军队中间，四十三岁的陆秀夫见无法突围，便背着八岁的赵昺投海，随行十多万军民亦相继跳海。战后，十余万具尸体浮海。张世杰希望奉杨太后（杨淑妃）的名义再找宋朝赵氏后人为主，再图后举；但杨太后在听闻宋帝昺的死讯在后亦赴海自杀，张世杰将其葬在海边。不久张世杰在大风雨中不幸溺卒于平章山下（约今广东省阳江市西南的海陵岛对开海面）。
崖门海战之后一天，即二月七日早晨，海上浮尸10万。陆秀夫的尸体被百姓找到，安葬起来；而小皇帝赵昺的尸体则为元军寻得，只见一眉清目秀的小儿身穿龙袍，头戴皇冠，身上还挂着一个玉玺。元兵将玉玺交给张弘范，张弘范确认这小儿是赵昺，派人寻回，然而赵昺的尸体已经下落不明。据说被百姓埋葬在了广东深圳赤湾村里，至今仍存。
崖山海战后，宋室覆亡。元将张弘范命人在崖山岩壁上雕刻了“镇国大将军张弘范灭宋于此”十二个大字。大明成化二十二年（1486年），御史徐瑁对奇石上十二字深恶痛绝，命人除去，欲改书“宋丞相陆秀夫死于此”九字。而陈白沙认为宋亡时死者十数万，不独陆秀夫，宜书“宋丞相陆秀夫负帝沉此石下”。因争辩不下，终未刻成。有传说，陈白沙到崖门凭吊时，在碑首加上一个“宋”字，成为“宋镇国大将军张弘范灭宋于此”。（此传不实，陈白沙知张弘范虽属汉人，但从未作宋将。）解放初，原凿字奇石被航道部门炸毁。1964年秋，新会县人委请田汉同志书写“宋少帝与丞相陆秀夫殉国于此”十三个行草大字，刻在近岸的奇石上。终于把这饶有纪念意义的碑石树起。
崖山之战是中国古代军事史上一次较大规模的海战，在中国海战史上占有重要地位。而文天祥、张世杰、陆秀夫等人抵抗异族侵略的抗元斗争是正义的，他们坚决的斗争迫使蒙古统治者在一定程度上改变野蛮政策。而崖山之战是宋朝对蒙古侵略最后一次有组织的抵抗，10万余人投海殉难，宁死不降。此战之后，中国在历史上第一次完全沦陷于外族。
崖山之战从战术层面看来，张世杰、陆秀夫等人的部署失当，对战役失败负有不可推卸的责任，但他们在绝境中所表现出来的民族气节和那种知其不可为而为之的勇气，不能不让人叹服。这两个人，一文一武，正是在流浪小朝廷中起了关键作用的中流砥柱。南宋虽然覆没，但输得是这样的悲壮，这样有节烈之气，勇士们面对外族入侵和压迫，拼死抵抗，为争取民族生存、自尊、自卫而英勇献身，义无反顾，闪耀着爱国主义的“崖山精神”，即中华民族精神。崖山精神，春秋大义，鼓舞后人。
中华人民共和国总理周恩来曾说：“崖山这个地方的历史古迹是有意义的，宋朝虽然灭亡了，但当时许多人继续坚持抗元斗争，保持了民族气节。”
元朝代宋而建国，促进了国内各民族间经济、文化的交流和边疆的开发，初步奠定了中国疆域的规模，扩大了中外交通，为科学技术的发展提供了条件。
元朝的大统一，在中国历史上具有深远的意义。它结束了唐末以来（五代十国、宋、辽、金、夏）国内分裂割据和几个政权并立的政治局面，奠定了元、明、清六百多年国家长期统一的政治局面；它促进了国内各族人民之间经济文化的交流和边疆地区的开发，进一步促进了中国统一的多民族国家的巩固和发展；元朝的统一，还加强了中外文化交流和中西交通的发展；从蒙古族的历史发展角度来看，统一的过程就是蒙古族从奴隶社会向封建社会转变的过程。
军事
在国防问题上，古代王朝素来重塞防而轻海防，这一现象直到南宋时期才稍有改变。由于“襟江带海”的立国形势，以及北方敌对政权在水上军事力量的迅速增强。宋朝极壮大水军、兴造战船、开发武器、完善布防、统一指挥等等措施，经过数十年的苦心经营，构建起了一支强大的水上军事武装和一套相对完善有效的江海防防御体系。
崖山之战之前的中国水军力量逐步壮大，并还有强大的舰队和先进的武器，中国人把目标由陆地转移到大海上。而崖山海战之后，中国人再次把注意力转回到陆地上，使得中国水师力量再次被削弱。而蒙古人规定汉人和南人的部队只允许驻扎在长江以南，汉人士兵平时不允许骑马和射箭，平时的武器也是木头制作的，只有战时才发铁质武器。
经济
蒙古人把把汉人从他们世代相传的土地上赶走，任凭土地荒芜长草，以便他们来放牧，这使得大量的农民失去土地沦为农奴，农业遭到前所未有的打击；蒙古人在攻城以后的大肆屠城和劫掠，使得城内的大量商人和部分工匠遭到屠戮，宋朝兴盛的商业文明逐步陨落，而大肆的劫掠把中国优秀的文化典籍和做工精良的艺术品破坏殆尽。
皇室遗民
现今广东四邑一带的多个村庄聚居着当年随朝廷南下的太宗派与魏王派宋朝皇室幸存后裔，如台山斗山镇浮石赵氏，新会古井镇霞路赵氏，新会三江赵氏，及珠海斗门昆山赵氏。
