十八世纪前期的尼泊尔分为数十个互不统属的部族。居住在加德满都谷地的阳布（今加德满都）、廓库穆（巴德岗）、叶楞（帕坦）三部落于雍正年间入贡中国，清人依藏语读音称之为巴勒布。十八世纪后期，居于巴勒布西北的廓尔喀部族兴起。廓尔喀人在沙阿王朝的普利特维·纳拉扬·沙阿（清朝译作“博纳喇赤”）统治时期，趁巴勒布内乱，“渐次将巴勒布三部落侵夺，周围二十余处部落，全行占据”。乾隆三十四年（1769年），廓尔喀迁都至原属巴勒布的阳布，形成了统一的尼泊尔王国（又称廓尔喀王国）。
尼泊尔境内多高山，地狭人稠，“国内之民难于自给，亦必别觅出口”，迫切需要向周边扩张领土。乾隆四十二年（1777年），年幼的喇纳巴都尔（拉纳·巴哈杜尔·沙阿）继承王位后，其叔巴都尔萨野（Bahadur Shah）摄政，将扩张矛头指向北方的西藏。
廓尔喀与后藏交界，贸易关系密切。乾隆帝五十三年（1788年），藏廓发生贸易纠纷，适逢六世班禅之弟沙玛尔巴正与其兄仲巴呼图克图发生内争，沙玛尔巴请求廓尔喀兵相助。于是，廓尔喀兵以“西藏运往之食盐掺土”等为借口，乘机进攻西藏。
乾隆四十五年（1780年），六世班禅额尔德尼在北京圆寂。班禅之兄仲巴呼图克图护送班禅灵柩返回日喀则札什伦布寺，得到乾隆皇帝赏赐及王公贵族供奉的大量金银宝物，“无虑数十万金”，“珍宝不可胜计”。仲巴呼图克图有一同母异父之弟，为白教沙玛尔巴活佛，与信奉黄教的仲巴呼图克图不睦。仲巴呼图克图将乾隆皇帝赏赐之财物“悉踞为己有，既不布施各寺，番兵、喇嘛等亦一无所与”。沙玛尔巴垂涎其财物不得，遂生怨忿，乃以朝拜佛塔为名出走至尼泊尔。廓尔喀王族尊崇红教，素与沙玛尔巴通好。沙玛尔巴极言札什伦布寺所得财物之丰厚，又将藏兵虚实相告，唆使廓尔喀入藏劫掠。
清代西藏所用之银钱，原为藏人将白银交予巴勒布人，委托其铸成巴勒布银币（藏语称之为“章噶”），再运回藏内使用。巴勒布人往往从中掺杂铜、铅，再运回西藏换取纯银，以谋厚利。廓尔喀兼并巴勒布各部之后，铸造新钱，其成色较巴勒布钱为高，故要求西藏将廓尔喀新钱1圆折巴勒布旧钱两圆使用。西藏噶厦认为折价不公，未予应允。
乾隆五十三年（1788年）五月，廓尔喀致书噶厦，声称：“西藏境内所用的钱两，都是我们巴勒布镕铸的。此后都使用新铸钱文，旧钱不可再使用。而且西藏与巴勒布接壤地区的聂拉木、济咙两个地区，原本就是我们巴勒布的地方，仍然应该归还我们。如果你们还觉得应该理论，可以派遣官员前来。”
噶厦回复廓尔喀称：新铸之钱数量甚少，不足以流通，仍将新旧银钱混用；聂拉木、济咙两处都系西藏地方，双方并无疑议；现在天气炎热，待立冬时再派人前往与之理论。但噶厦未向驻藏大臣禀告此事。廓尔喀又指责西藏对巴勒布货物“任意加收税项”，并向贩往巴勒布的食盐中掺土，决意入侵藏地。
尼泊尔方面的文献记载，则与中国略有不同。尼泊尔方面声称，廓尔喀同西藏发生银钱纠纷之后，摄政王巴哈都尔·沙阿（巴都尔萨野）希望同西藏地方签订新的贸易条约，但遭到粗鲁拒绝，并警告廓尔喀不要动用武力。廓尔喀第二次派往拉萨的使团又遭到扣留，因此使得巴哈都尔·沙阿非常愤怒，决定入侵西藏。
乾隆五十三年（1788年）六月，素尔巴尔达布率廓尔喀兵3000人，先后占领西藏南部边境之聂拉木、济咙宗（今西藏吉隆东南）、宗喀宗（今吉隆）等地，围攻协噶尔宗（今西藏定日）。
七月，清军反击。命驻藏大臣雅满泰率驻藏绿营兵及驻达木厄鲁特蒙古兵，前往札什伦布（今西藏日喀则）慰问班禅，并与班禅之兄仲巴呼图克图部署沿边防御；命驻藏大臣庆麟主持前藏地区之防御；命四川总督李世杰、四川提督成德，抽调满、汉、藏兵4000余人，由成德统领，驰赴后藏，命尚在热河之成都将军鄂辉速返成都，至西藏统兵。为保证作战军队粮草，暂拨达赖、班禅库存，并于藏内买粮。乾隆帝并遣御前侍卫巴忠为钦差大臣，赴藏主持用兵。时西藏驻有清军500人，藏兵1600人，台站兵1300人。庆麟在接到朝廷谕旨之前，便调藏内500人绿营兵及察木多、达木等兵700人，分路堵御廓尔喀侵略军。四川总督李世杰亦于成都抽调满兵500名，绿营兵1300人，屯练降“番”兵1200人，俱交提督成德、总兵穆克登阿率领，经由打箭炉（今四川康定）、巴塘、里塘（今四川理塘）、察木多，驰赴后藏。但是，当清军日夜兼程，奔赴藏廓边境之时，达赖喇嘛、仲巴呼图克图和噶布伦班第达、庆麟、雅满泰等，已私下同廓尔喀议和，后得到巴忠、鄂辉、成德等赞同。
乾隆五十四年（1789年）初，藏廓签定协议，由西藏噶布伦每年向廓尔喀交纳元宝300锭，作为聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地的赎金，廓尔喀退兵。此事，巴忠、雅满泰等隐瞒不上报。三月，鄂辉等率清军“收复”失地。因廓尔喀兵先已陆续撤回，故未遇任何抵抗。六月，清廷调整西藏之防务，加强札什伦布等地防兵，于宗喀宗、聂拉木、济咙宗等要地修砌卡碉。并调整与廓尔喀贸易之政策。清军此次出兵虽未交战，已耗费军饷百余万两白银。巴忠以有功之臣离藏回京。
廓尔喀退兵后，清廷不得不撤换一批擅权、失职的西藏官员。驻藏办事大臣舒濂包庇聚敛舞弊的达赖喇嘛之兄罗布藏多吉、同母弟罗布藏根敦扎克巴，与帮办大臣普福互相参奏。
乾隆五十五年（1790年）四月，成都将军鄂辉奉旨入藏查办。五月，乾隆皇帝将舒濂革职，以普福为办事大臣，雅满泰为帮办大臣。七月，又将普福革职，降为三等侍卫，命保泰入藏接替驻藏办事大臣普福之职。八月，命舒濂解送达赖喇嘛之兄弟来京。同时，令西藏的摄政活佛济咙呼图克图来京，遣噶勒丹锡哷图呼图克图阿旺楚尔提木入藏主政。雅满泰、保泰分别与当年十月二十日、十一月二十九日抵达拉萨上任。
乾隆五十五年（1790年）十月，廓尔喀遣大头目一人、小头目两人来到拉萨，依照乾隆五十四年（1789年）的约定，索要赎地银两。新上任主政的噶勒丹锡哷图呼图克图拒绝给付。达赖喇嘛还派喇嘛敦珠布朋楚克、博尔东到边境上放言，廓尔喀既已成为大清属国，则不应照前约索要赎地银两。廓使又请朝廷赏给廓尔喀王拉纳·巴哈都尔·沙阿俸禄及土地，也被驻藏大臣普福回绝。廓使一事无成，只得返回。
达赖喇嘛则派堪布托格穆特、商卓特巴吉弥敦第、仔琫第卜巴赴廓尔喀商谈，打算付给廓尔喀150个元宝，同时将原订合约撤回，永绝瓜葛。廓方以托格穆特地位不高，指名要求达赖喇嘛叔父阿古拉与噶伦丹津班珠尔来边境商谈。此时阿古拉已去世，不久，派去商谈的堪布托格穆特也在廓尔喀病逝。
西藏地方的一系列举措，令廓尔喀摄政王巴哈都尔·沙阿非常愤怒。巴哈都尔·沙阿感到进退两难：若发动战争，则必然要投入大量经费、部队和武器，因为清廷方面显然已经对廓尔喀有所戒备；若放弃战争，则之前盟约的被撕毁令他非常不甘。最终他声称要惩治西藏地方的背盟，仍然决定：再次入侵西藏。
乾隆五十六年（1791年），噶勒丹锡哷图呼图克图圆寂，八世达赖喇嘛再度执政。五月，达赖喇嘛令噶伦丹津班珠尔赴边界，与廓尔喀密谈撤约事宜。五月十一日，丹津班珠尔、扎什端珠布、札萨克喇嘛格桑定结自拉萨启程前往聂拉木，向驻藏大臣禀称检阅军队、修葺庙宇，实则继续与廓方商谈赎银撤约之事。噶伦丹津班珠尔等认为，此前带去的元宝只及半数，难以撤回合同，于是又携150个元宝前往。一路上，扎什伦布寺、萨迦寺喇嘛及驻守聂拉木之戴琫江结也加入谈判使团。
六月上旬，噶伦丹津班珠尔抵达聂拉木之冲堆（今聂拉木镇充堆），札萨克喇嘛格桑定结与扎、萨二寺喇嘛则受沙玛尔巴活佛之邀来到扎木（今聂拉木县樟木镇）。六月二十二日（西历7月22日），噶伦丹津班珠尔、扎什端珠布、戴琫江结在冲堆，遭到廓尔喀兵突袭，被俘后押往廓尔喀都城阳布。格桑定结、扎、萨二寺喇嘛、聂拉木教习军官王刚、冯大成等人也同时被拘押。七月，廓尔喀军队再次侵入聂拉木和济咙。廓军兵分两路，一路由达莫达尔·潘德（《清史稿》称之为“噶箕·旦姆达尔·邦里”）率领，自济咙进攻宗喀；一路由阿比曼·辛格率领，从聂拉木进攻定日（在今定日县西）；另有一路绕过定日，经萨迦直趋日喀则。
八月三日，廓军攻占定日、济咙。八月十六日，廓军攻陷萨迦。同日，保泰送年仅10岁的七世班禅额尔德尼前往拉萨，命仲巴呼图克图留守札什伦布寺。札什伦布寺济仲喇嘛罗布藏丹巴与群僧占卜，得到“不可与贼作战”的神示。仲巴呼图克图遂遣人赴廓营求和。然而，该使者半路逃走，于是寺内外喇嘛三千余人纷纷溃散。仲巴呼图克图也携金银及班禅所余贵重物件，装为233捆，先行逃出。二十一日，廓军队长（Captain，清人译作“噶布党”）玛木萨野攻入札什伦布寺，寺内仅余9人。玛木萨野即入住班禅额尔德尼禅房内，大小头目分据各处，将金银佛像、供器、贮藏及灵塔镶嵌之珍珠珊瑚宝石等物尽行掠去。册封六世班禅的金册也被盗走。
九月初，廓军进攻日喀则宗城，都司徐南鹏率80人坚守，击毙廓军10余人、头目1人。围攻八昼夜后，廓军仍不能破城，遂携所掠财宝退往边境。
乾隆皇帝判定廓尔喀此次犯边，志在劫掠后藏财物；此时冬雪迫近，廓军必不能进兵前藏。一俟朝廷调集大军进讨，廓军便可从容遁去。因此，乾隆皇帝决定大举出兵，待来年春雪消融后攻入廓尔喀腹地，令其彻底臣服，不敢复萌故志。因成都将军鄂辉等人资望尚浅，乾隆五十六年（1791年）九月二十五日，皇帝召平定台湾林爽文叛乱的两广总督福康安来京。十月，福康安抵京，授将军衔，督办西藏军事。以平台之役中福康安的副手海兰察、台斐英阿等为参赞大臣，率黑龙江索伦、达呼尔兵丁千名，由青海入藏，征讨廓尔喀。十二月，四川提督成德在聂拉木拍甲岭一役战胜廓军。
从西北前后入藏的官兵有（1）福康安及其随员，（2）海兰察及100名侍卫，（3）乌什哈达、岱森保及所率1500名索伦达斡尔兵。陕甘总督勒保、青海办事大臣奎舒奉旨预为筹办乘骑、运畜、粮秣、柴薪、台站、向导等事宜。乾隆五十六年（1791年）十二月十五日，福康安抵达青海西宁，一切都已准备就绪，大致是，陕甘总督勒保从属下甘肃绿营调出了1500匹马供官员使用，青海办事大臣奎舒通过青海蒙古王公从各旗采购了3000多匹马，供索伦达斡尔兵骑用；遥接西藏沿途设立了传递文书信息的台站，派绿营兵和当地蒙古兵共同驻守，后因另有川藏驿路可用，这一线台站在全军分批经过完毕即卷撤。福康安于十二月二十日离开西宁，严冬中走上寒冷荒凉崎岖的青藏高原，并站兼行，乾隆五十七年正月二十日（1792年2月12日）到拉萨，全程将及5000华里，包括耽搁日数在内，用了50天。他询问藏人，皆云对比喇嘛等行走需一百二三十日，可谓快速。
福康安进入藏境后，接见达赖喇嘛遣来迎接的高级官员，即逐一询问廓尔喀两次滋事的缘由，并札询鄂辉、成德，令将先后情节据实答复。
乾隆五十七年（1792年）正月二十三日，福康安于布达拉宫会见达赖喇嘛、班禅等，以面奉谕旨再次传达嘉奖达赖喇嘛深明大义，不听保泰内迁妄请，并正式提出，将来事定，办理善后时，必须另立《章程》，逐条办事，务使边圉永宁。对于达赖喇嘛、班禅的回答相当满意。及至谈论公事讫，福康安斟酌上谕及实情，拟遵佛法，向达赖喇嘛、班禅施礼，为喇嘛婉拒，但后来私下仍向达赖行了叩首礼。
福康安在拉萨停留了近二十七天后，去后藏。在这期间，凭借他的地位威望，及大军将到的声势，向西藏上层宣谕援藏用兵的意义。二月间，福康安檄令布鲁克巴（不丹）、哲孟雄（锡金）及界外的作木朗、披楞（指英国东印度公司）等。发兵合攻廓尔喀，但被乾隆皇帝批评为时过早，不够策略。上述各部接到福康安檄令后，反应消极。达赖喇嘛也于二月九日（1792年3月1日）致函英国东印度公司首脑，促请勿听信廓尔喀求援的谰言。
福康安奉诏检读后，认为廓尔喀当滋扰之后，尚逞此诡谲之辞，实堪痛恨。二月十日，海兰察也到了，福康安得到了两名军事助手。三月十五日，乾隆皇帝特授福康安为“大将军”，俾其等列威严在一般外省驻防将军之上。旨意传至西藏，当在四月。三月内，福康安檄谕廓尔喀王子，希望能够和平罢兵，但如果廓尔喀执意开战，清廷也时刻准备着。清廷檄谕口气很强硬。
稍前，即乾隆五十七年（1792年）正月，成德收复聂拉木东官寨，阵斩廓军将领呢玛叭噶嘶、踏巴。二月，川军攻克聂拉木的廓军西北碉寨，俘获玛木萨野之侄咱玛达阿尔曾萨野，聂拉木全境收复。闰四月十八日，福康安、海兰察、惠龄由日喀则驰往江孜，督运军粮。二十七日，抵达定日之第哩朗古，与成德会合。福康安、海兰察等分头察看聂拉木、绒辖等地后，率主力前往宗喀，决定由济咙向南，攻入廓尔喀。
五月六日，福康安、海兰察领兵行至宗喀以南的辖布基，进攻擦木山隘（在今吉隆县宗喀镇南）。是日夜，清军乘雨分兵五路，海兰察居中，哲森保等由东西两山夹击廓军营寨，莫尔根保绕到营后偷袭。
初七日黎明之时，清兵攻克擦木山梁上的两座廓军石碉楼，斩杀二百余人。初八日，清军进至玛噶尔辖尔甲，击溃由济咙前来迎战的廓军。初十日，清兵攻克济咙，斩杀640余人，俘虏200余人。至此，西藏全境收复。
热索桥之战
乾隆五十七年（1792年）五月十三日（西历1792年7月1日），福康安、海兰察率军由济咙启程，沿吉隆河东岸南下。十四日，清军过藏廓边界之摆吗奈撒，进入廓尔喀境内之热索瓦（尼泊尔语Rasuwa），与廓军隔热索河对峙。热索河为吉隆河支流，其上有木板浮桥，即热索桥。廓兵在热索河北岸索喇拉山上筑碉楼一座，南岸临河有碉楼两座，并将热索桥木板撤去，凭河据守。十五日，清兵佯攻河北岸的廓军碉楼；另遣金川藏兵翻越两座高山，绕道至热索河上游六七里处，伐木做筏，渡河后沿南岸疾行，突袭临河碉房。南岸廓兵出卡抵御之际，北岸的清兵主力搭桥渡河，一举夺取三座石碉，是为热索桥之战。
协布噜、东觉山之战
得知清军将至首都的时候，廓尔喀王拉纳·巴哈都尔·沙阿逃往临近英属印度的边境。留守阳布的王叔巴哈都尔·沙阿召见被扣押的噶伦丹津班珠尔，请求其转告福康安，廓尔喀侵犯藏境，全因沙玛尔巴活佛唆使，并保证归还扎什伦布寺财物，赔偿在冲都被袭的官兵命价。此外，巴哈都尔·沙阿向英属印度殖民政府求助，希望得到武器弹药的支持。
印度总督康沃利斯侯爵考虑到若公开支持廓尔喀，势必会使英国人在广州的贸易受到影响，因此拒绝了这个要求。但后来，康沃利斯又发现，这是控制廓尔喀地区商业贸易的绝佳时机，便派海德拉巴邦的执政者詹姆斯·阿基琉斯·克尔帕特里克率英国使团前往廓尔喀。
六月二十五日，廓尔喀头人噶布党普都尔帮里、噶箕朗穆几尔帮里、达萨尔（Taksari，官职名，掌管铸钱）乃尔兴、小头目巴拉巴都尔哈瓦斯4人及随从20余人，来到雍鸦大营，将去年在冲堆被掳走的丹津班珠尔、扎什端珠布、藏军营官聂堆、卢献麟、冯大成等人送还。福康安面谕廓尔喀头人，令其遵办五条事宜，方准其投降：“廓兵须退出噶勒拉、堆补木、甲尔古拉、集木集等处山梁；廓尔喀王喇纳巴都尔、王叔巴都尔萨野亲自前来；将沙玛尔巴活佛尸骨及其徒弟交出；所掠之扎什伦布寺财宝全行归还；交出乾隆五十四年与丹津班珠尔私订之合同，不得再提西藏交付赎银之事。”清兵将廓使送还7天后，并无回音。廓军仍占据诸处山梁。
帕朗古之战
乾隆五十七年（1792年）七月二日，清军进攻噶勒拉、堆补木。在进攻甲尔古拉山时，廓尔喀军队诱清军进入丛林，随后三面放火烧林。清军失利，台斐英阿、阿满泰、莫尔根保、英贵、张占魁等人战死，是为帕朗古之战。
廓尔喀请降
乾隆五十七年八月八日（西历1792年9月23日），廓尔喀管事头人噶箕第乌达特塔巴来到清军大营，请求归诚，并代廓王、王叔进京朝觐。十九日，福康安准其归降。二十一日，清军开始从帕朗古撤回。九月四日，清兵全部撤回济咙。
清兵撤退的同时，福康安派穆克登阿勘察西藏、廓尔喀边界。十月十五日，福康安来到拉萨，达赖喇嘛率僧俗官员出迎。福康安在拉萨停留了四个多月，与惠龄、孙士毅、和琳拟定了《藏内善后章程》。十二月二十三日，廓尔喀贡使抵达京师，并谒见和珅。次日，贡使觐见乾隆皇帝。二十七日，皇帝准许恢复喇纳巴都尔的王爵、巴都尔萨野的公爵名号。白教活佛夏玛巴钦定不准转世，弟子一律改宗黄教。
乾隆五十七年八月八日（1792年9月23日），廓尔喀在清军的凌厉攻势下请求投降，八月十九日，清军准降。清兵撤退的同时还勘察西藏、廓尔喀的边界。福康安等人拟定了《藏内善后章程》。双方经过会商，共提出一百零二项条款。次年正月，经清政府修订为二十九条，即《钦定藏内善后章程》，改革并充实了多项方针，加强了驻藏大臣的职权和地位。
经过了这场战争，廓尔喀的势力受到削弱。之前被其所灭的锡金也得以复国，不过其原有领土仍有一部分被廓尔喀占据。在廓尔喀与清朝议和之后，由克尔帕特里克率领的英国使团才到达廓尔喀，希望同廓尔喀就武器之事进行会谈。巴哈都尔·沙阿拒绝了英国人的建议，将这个使团礼送出境。虽然和约已经达成，但西藏地方对廓尔喀依然非常戒备。八世达赖希望联合廓尔喀的邻国来与之对抗，曾派遣一个代表团去英属印度当时的首都的加尔各答，希望与不列颠东印度公司合作，来牵制廓尔喀。
清朝用兵西藏，进一步提高了清朝中央的威望，促进了西藏地方对清中央政府的向心力作用。清朝用兵西藏又推进了民族关系和民族融合的发展。在西藏人民的支持下，清军迅速收复失地。清军旋即而归，廓尔喀派人至北京认罪。清朝两次派军入藏，驱逐廓尔喀的入侵，保卫了西藏，巩固了边防，增强了汉藏等各族人民的爱国主义精神。此外，清政府又对藏事作了重大整顿。乾隆帝批准了由福康安、和琳、惠琳等奉旨酌筹的《藏内善后章程》，即清政府于乾隆五十八年（1793年）颁发的著名的《新订章程二十九条》，又称为《藏内善后章程二十九条》。章程对西藏地方的政治、经济、军事、法制和外事等方面均作了明确规定。
清政府为了加强西藏地方管理、巩固胜利、稳定政局，参照惯例，决定在前后藏边防要隘、交通枢纽、重要城镇，以及川边至拉萨的台站，均派兵驻防，总计兵力1300余名。
章程规定整编藏军，设藏兵3000名，驻扎前藏1000名、后藏1000名、定日500名、江孜500名。《藏内善后章程二十九条》对藏军的各级军官（代本、如本、甲本等）、藏军薪俸、饷银、操防、军器、马匹等，以及清朝派驻前后藏及各地的官兵额数、驻防等方面章程也作了具体的规定。整编后的藏军作为清中央政府领导下的一支地方军队，在以后维护地方安定和抗击外敌侵略的斗争中发挥了积极作用。章程规定驻藏大臣每年五、六月轮流一人，到后藏巡边，“操阅番兵”；检查和维护边界；在重要的边防要隘设立定额驻军，分防巡守。随着乾隆年间在西藏重新布署驻防清军、颁布和执行章程以及藏军的整编，清朝用兵西藏的能量达到极至，驻兵西藏形成制度化和法律化。上述举措，作为历史定制，直至清末。它对于巩固和加强清朝统一、维护对西藏的主权、巩固国防、促进西藏社会的稳定和发展都发挥了重要作用。
清军平定廓尔喀，进藏驻藏对西藏地方社会经济的发展也产生了积极的影响。清朝自康熙五十九年（1720年）用兵西藏后，即打通了川藏、滇藏和青藏三条进藏主干驿路，沿途添设军站，设置粮台，派兵守护，保障了进藏交通的通畅。这有利于西藏与内地之间的贸易往来，当时留驻中甸、打箭炉、巴塘、理塘、察木多、拉萨等地的汉人和商贸小贩日益增多。清朝每次用兵西藏，均动员了川、滇、青等藏区的僧俗民众、土司和部落头人，征调大量的人力、畜力和物力担当后勤供应，保障军需物资运藏。清朝官府对所征乌拉都付给脚价，对西藏地方政府的供应采取购买方式付给银两。如乾隆五十三年（1788年），就西藏筹办军用粮饷事，对于驻藏官兵的口粮供应，形式多样。如雍正帝曾下旨将驻藏官兵的口粮，由官府发给银两，到藏之日，由士兵自行买备。乾隆十八年（1753年）以后又实行提前采买贮存，以免出现供粮危机。清军出钱在藏区购买数量庞大的军粮物资，多少带有商品买卖的性质，在某种意义上有利于刺激西藏农牧业生产和商品经济的兴起。
推行军屯是清代就近解决戍边部队粮饷问题的又一办法。清自康熙年间用兵西藏后，逐渐在邻近的川（如大小金川）、滇（如中甸和维西）、青（如西宁至格尔木）等省藏区推行军屯。雍正九年（1731年），清廷即派兵在青海柴达木盆地的额色尔津地方筑城建廒，进行屯田。官府还将直隶、山西、河南、山东、陕西五省军流罪人犯发配到青海大通布隆吉尔等处，令他们一同开垦那里的土地。屯田地区除接受犯人之外，还吸引不少汉人向藏区迁移，官府给予屯田眷属的待遇。对投诚的藏民，官府也安插与汉人一体屯垦。屯田带有军民混合、汉藏结合的特点。这些屯田，支持了西藏，解决了驻藏清军的一部分养赡问题，减少了内地供粮的压力。屯田不仅是对藏区农牧业生产有示范效应，而且也有利于促进藏区的开发。
平定廓尔喀后，清军进藏和驻藏极大地推动了西藏与内地、藏族与汉族之间的文化交流。清军把军用物资、生活用品以及内地先进的农耕、畜牧、建筑、艺术等方面的技术带进西藏，又把西藏的文化及地方特产、各种艺术品等带回内地，形成广泛的交流。清军进藏后主动学习藏族文化，清统治者鼓励清军要“熟悉夷情”，士兵主动适应高原生活，甚至与藏族通婚。藏族也向清军学习先进的内地文化和生产技术。清军作为一个文化的载体，在与藏族的接触中，留下了许多反映藏汉民族文化交流的历史遗迹。由清军建造的分布于拉萨等西藏各地的关帝庙就是其中的重要反映。
