王敦与堂弟王导都是东晋的开国功臣，当日仍是琅邪王的晋元帝司马睿初镇建康时仍没有威望，江南士族以至平民都无人理会他，王导与王敦则为他建立威望，建立起在南方较安定地方的一个朝廷。王导主掌政策事务，而王敦则掌握军事力量，对东晋建立有极大的贡献，当时的人更称“王与马，共天下。”可见王氏的地位和影响力。
但东晋建立后，司马睿希望减弱琅琊王氏的影响力，于是提拔刘隗、刁协等其他士族人士，用以制衡王氏势力。司马睿亦忌惮掌握军事大权的王敦，亦疏远了曾经极力扶持自己的王导。同时，王敦亦渐见专擅，如自行选置属下州郡官员，自行加任割据险处的何钦为将军，更意图安插亲信任州刺史。这些事都让司马睿感到厌恶，而王敦亦对司马睿的反抗行为大为不快。
同时，受司马睿重用的刘隗亦不喜欢见到王氏的坐大，要求司马睿削弱王敦，并提议以宗室司马承任湘州刺史，出镇湘州，后王敦写信劝刘隗与他修好，刘隗亦拒绝。司马睿亦为防备王敦，让刘隗和戴渊以防备北方胡人为名领兵出镇，这都令王敦十分愤怒。太兴四年（321年）豫州刺史祖逖病逝，令王敦以为再无人可以在军事上威胁他，最终决意举兵动乱。
永昌元年（322年），王敦举兵向建康前进，以诛刘隗为名并上奏刘隗的罪状。王敦党羽沈充亦在吴兴举兵响应王敦。王敦到芜湖时又上奏另一位宠臣刁协的罪状。司马睿对王敦的行为十分愤怒，于是决意与他决战，要亲率六军与王敦对抗，并召命刘隗和戴渊回建康准备防卫王敦的进攻，又下令斩杀王敦就可封为五千户侯。在朝中任光禄勋的王敦兄长王含见此偷偷乘船投奔王敦。
王敦同时呼唤梁州刺史甘卓，请他一同进攻，甘卓原本答应但最终甘卓都没有前来，更派参军孙双谏止王敦，王敦大惊并以公爵之位请求甘卓支持，甘卓对他的立场犹豫不决。王敦又请司马承任军司，但司马承拒绝，更派主簿邓骞到襄阳劝甘卓反对王敦，支持朝廷。虽然邓骞多番规劝，但甘卓仍然不能决定立场。王敦见甘卓犹豫不决，害怕他在背后反对自己，于是派参军乐道融去请甘卓前来支持。但乐道融愤恨王敦目无君上，图谋夺位的行为，于是背叛王敦，要甘卓与他合作，袭击王敦的根据地武昌。甘卓听后终于有了决定，于是派巴东监军柳纯、南平太守夏侯承、宜都太守谭该等人称王敦叛逆，率兵讨伐，又派参军司马赞和孙双到台城上报，甘卓因而获任命为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事，荆州牧，梁州刺史；罗英被派到到广州与陶侃相会，陶侃后即派参军高宝率兵北上。武昌城中传闻甘卓军已到，众人大惊而离散。
王敦所派的南蛮校尉魏乂率军二万进攻湘州治所长沙，因长沙城城池不稳固而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧，有人更劝司马承投靠陶侃或退守零陵或桂阳，但司马承坚持要婴城固守。甘卓写书司马承要出兵沔口断绝王敦归路，藉以解除长沙之围，但司马承劝他直接攻击王敦。同时王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次犹豫，在猪口停驻了数十日仍不前进。
被召还建康防守的刘隗回京时受到百官在道上欢迎，意气自若。入宫后与刁协要求司马睿因王敦叛乱而尽诛王氏，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。同时王导亦率宗族子弟二十多人请罪，都被司马睿原谅。王导任前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头诸军事。又命王廙劝止王敦，但王敦不听，更留下王廙自行任用。王敦逼近建康时，刘隗被指挀守金城，周札守石头城，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
王敦兵临石头城，打算进攻金城，打击刘隗。但部将杜弘认为刘隗死士众多，不易攻克，建议先攻石头城；又认为周札少有恩德，士众不服他，易于攻克，而石头城一旦被击破，刘隗就会退走。王敦听从并进攻石头城，周札开城门投降。王敦因而占据石头城。司马睿于是命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。太子司马绍知道诸军兵败后打算亲率将士决一死战，但被太子中庶子温峤谏止。
王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠，当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。司马睿亦只好脱下戎服，派使者向王敦求和。同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情，元帝召募刁协随从时竟然全都推辞。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。
不久在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史张茂。
司马睿后命令百宫到石头城见王敦。及后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公；王敦假意辞让。及攻破建康，王敦责备说："不听我的话，几乎灭族。"王导仍然不理睬，王敦没办法。王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人都支持他，王敦于是打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政，但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，王敦无法得逞。但王敦却因周顗和戴渊二人有很高的名声和才能而十分忌惮，将二人杀害。王敦亦更置百官及军镇，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。不久王敦即回到武昌，并遥控朝政。后又自行加领宁、益二州都督。
甘卓知道王敦得胜并杀害周顗等人后，又得到王敦命台城所发的驺虞幡，声言害怕他攻击武昌会逼王敦劫持皇帝，于是决心撤回襄阳。都尉秦康和乐道融劝甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在武昌和建康两批的军队的接触支援，让王敦士众自动离散。但甘卓十分坚决，断然拒绝。
同时，攻打长沙的魏乂手下捕捉了司马承派出求援的周该和周崎，魏乂向周崎说王敦已击败朝廷军队，主掌建康朝政，而甘卓亦已回襄阳，援军不会再来，要周崎去劝降，瓦解军心。周崎假意答应但却和城中人说援军快到，鼓励继续坚守，最终遭到杀害，周该亦被拷问至死。及后魏乂攻击转猛，又将王敦送来的朝廷文章射入城内，城内的人知到朝廷战败都十分惆怅的惋惜。两军攻守一百多日后，衡阳太守刘翼战死，士卒死伤枕藉，最终都被攻破，捕掳司马承等人，又杀害谯王长史虞悝。魏乂又以槛车送司马承和舂陵县令易雄到武昌，王廙受王敦之命在途中杀害司马承。易雄到武昌后仍然意志高亢，没有惧色，王敦畏惧他言辞刚正，将他释放，但王敦不久即派人将他暗杀。
甘卓到襄阳后，家人都劝他防备王敦，但甘卓不听，命手下士兵解甲耕作，每听到防备王敦的谏言都会大怒。襄阳太守周虑受了王敦的密令，假称湖中有很多鱼，要甘卓将手下士兵都派去捕鱼。及后周虑领兵在甘卓寝室袭击甘卓，并将他杀死，斩下头颅送交王敦，又杀害甘卓的几名儿子。后王敦任命周抚代替甘卓的位置。
王敦掌握朝政后，四方的朝贡大多都进了他的府第，同时将相州牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅琊王氏的族人。同时又以沈充和钱凤为谋主，二人的计谋都会听从。又任用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。王敦堂弟王棱多次劝谏王敦，却遭到王敦暗杀。同年司马睿忧愤成疾，最终病死，由太子司马绍继位。
太宁元年（323年），王敦谋求篡位，讽谏朝廷征召自己，司马绍于是手诏征召王敦。王敦及后移镇姑孰。司马绍因畏惧王敦，想以郗鉴作为外援，于是任命郗鉴为兖州刺史，都督扬州江西诸军事，并镇守合肥。王敦忌惮郗鉴，表他为尚书令还朝，途中王敦与郗鉴相会，二人意见不合，不再见面但仍强留郗鉴。王敦党众劝王敦杀死郗鉴，但王敦不肯。及后郗鉴回朝，与司马绍共谋讨伐王敦。
王敦侄儿王允之受王敦喜爱，经常跟随着王敦。一次王敦在夜里与亲近的人一起喝酒，王允之称醉倒下，王敦则与钱凤商讨叛逆篡位的事，王允之于是听到全部内容，及后当场呕吐大作。钱凤走后，王敦再看王允之，见他呕吐得衣身都沾污了，以为他己醉得不省人事，不再怀疑。及后王允之要求去见当时在朝中任廷尉的父亲王舒，到后则将王敦的图谋告诉父亲，王舒于是与王导一同报告司马绍，暗中作好准备。
此时王敦集团继续为篡位作准备，如周札一族在当时十分强盛，共有五人获封侯，是最大势力的江南士族，王敦因而十分忌惮周氏。王敦于此时患病，钱凤劝他铲除周氏，王敦同意。又因周嵩因王敦在上一年杀害其兄周顗而怀恨在心，称王敦的指定继承人王应不宜领兵，令王敦十分厌恶。最终王敦于次年诬陷周嵩与侄儿周莚与当时一名施行法术的道士李脱图谋不轨，将他们收捕处死。另王敦又派参军贺鸾与在吴国的沈充一同尽杀周札的家人，又进兵会稽，周札在对战中遇害。王敦又杀害冉曾、公乘雄等数名晋元帝的腹心。
王敦的病愈来愈严重，于是矫诏让王应任武卫将军，作为自己副手，又任命王含为骠骑将军，开府仪同三司。钱凤一次问王敦一旦他身故，是否应一致拥戴王应，将所有事交给他。王敦说今天做的不是非常的事，不是常人可以担当，而王应年少，不能担当大事。说他死了以后，上计是解兵回归朝廷；中计则是退守武昌，拥兵自守；下计则是谋反动乱，颠覆朝廷。钱凤却认为下计才是最好的计谋，与沈充决定在王敦死后发动叛乱。及后丹阳尹出缺，王敦表温峤为丹阳尹，意图借此监视朝廷动静；但温峤却向司马绍报告王敦的图谋，更与庾亮一同策划讨伐王敦的计划，令王敦大怒。
司马绍知道王敦病重的消息后，一方面派人去问候王敦，另一方面却微服到芜湖观察王敦的营垒，又向大臣询问王敦的起居。后问光禄勋应詹应否讨伐，应詹劝他讨伐，于是决定了进攻，加司徒王导为大都督，领扬州刺史；以温峤和卞敦守石头城，应詹守朱雀桥，郗鉴都督从驾诸军事。另亦召命临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐、徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻一同入建康保卫建康并助讨王敦。
王导带领子弟为王敦发丧，而司马绍亦假称王敦已死，下诏讨伐王敦的党羽；众人都以为王敦已死，士气增强。王敦接诏后大怒，但因病重而不能领兵，于是命王含为元帅，命钱凤与冠军将军邓岳及周抚领兵攻向建康，并以诛杀奸臣温峤为名号。王含水陆并进，领五万兵到江宁南岸，逼近建康，众人惊惧，温峤移驻北岸，并烧毁朱雀桁，令王含不能渡过秦淮河攻击。王导期间曾试图劝降王含，但王含没有回答。后司马绍率诸军出屯南皇堂。并在一夜招募壮士，派将军段秀和中军司马曹浑等率千兵渡过秦淮河，攻其不备。后即在清晨在越战与王含交战，大破王含军，并斩将领何康。
王敦知道王含兵败后大怒，更试图要起身领军反攻，但因病重而不能起身。钱凤后亦到江宁南岸，与司马绍所率诸军交战，频频战败。王敦知自己不久人世，向少府羊鉴和王应要求在他死后要先置文武百官才办丧事。不久王敦病逝，王应秘不发丧，用蜡处理尸体并埋在屋中就与诸葛瑶等纵情声色。
司马绍亦曾派人以司空之位引诱沈充归降，但沈充拒绝，领兵攻向建康。早前宗正卿虞潭因病回会稽，听闻沈充起兵后即在余姚起兵讨伐沈充，司马绍于是任命虞潭为会稽内史。前安东将军刘超和宣城内史钟雅亦起兵讨伐王敦；义兴人周蹇亦杀王敦任命的太守刘芳，祖约亦驱逐王敦任命的淮南太守任台。沈充及后带领一万多兵与王含军会合，司马顾飏献计沈充，上计建议他引湖水灌入建康，乘水势以水军入城；中计建议他集合兵众，全力进攻；下计为杀死钱凤归降，但沈充都不接纳。及后刘遐和苏峻等军来到，沈充与钱凤打算趁远度南下的刘遐等军疲乏而攻击，于是领兵渡过秦淮河，护应詹、赵胤等领兵抵抗但不果。沈充和钱凤及后到达宣阳门，遭到刘遐和苏峻击破，刘遐及后又在青溪大破沈充。
当时寻阳太守周光因王敦兴兵而领数千人赶来，到后求见王敦，但王应以王敦患病而推却，周光于是推论王敦已死，更向哥哥周抚说：“王敦已死，你为何仍与钱凤等人一起做逆贼？”各部众听后都感到愕然。王含见多次战败，决定烧营逃走，司马绍回宫大赦，但王敦党众不赦，并命诸将追击王敦各党羽，如派庾亮督苏峻等追击沈充，温峤督刘遐等追击王含、钱凤。王含当时想到荆州投靠王舒，但王应认为到江州投靠王彬更好，王含不听从王应所说而投奔荆州。王含与儿子乘船到荆州，王舒派兵迎接，但其实是命人推他们进江水中溺死。王敦尸首被起出，焚毁衣服并跪着斩下头颅示众。钱凤到阖庐洲时被周光杀死；沈充则误入旧将吴儒的家，被吴儒杀死，并传首至建康，与王敦的头一同挂在朱雀桁上。至此王敦之乱正式结束。
王敦之乱期间，东晋集中应付内斗，对于北方的侵扰都没有力量去应付，导致后赵在王敦之乱期间夺取了东晋兖州、徐州和豫州的大片土地。
苏峻凭著协力平定王敦之乱而有功获封赏，并且威望渐长，军事力量强大。但同时苏峻亦骄傲自满，甚至有异心，最终导致了后来的苏峻之乱。
王敦势力被消灭，并未使司马氏的权力得到加强，东晋政治依然是主弱臣强。那些南北士族纷纷扩大了权力，填补王敦败亡之后政治上的空白。新的士族权臣间为扩大家族集团利益而争斗。
