明洪武二十年（1387）筑建，至今已有六百年多年悠久历史。史载，永宁卫下辖有11个千户所，卫城内有左、右、前、后五个千户所；卫城外，有福全（晋江）、崇武（惠安）、金门、中左（厦门）、高浦（同安）、白叶坂（安溪）六个守御千户所及十四个巡检司，鼎盛时期与天津卫、威海卫齐名。
永宁卫城有新、旧卫城；旧城因地形走势如鳌，又称“鳌城”。两城均为古代东南沿海海防工程的重要遗迹。
永宁古称水澳。南宋乾道七年（1171年）四月间，近千个毗舍耶（今菲律宾群岛）人，从水澳等处登陆，恣行凶暴，残杀乡民。知州汪大猷遣兵围击，俘敌400余人，余者被击毙。乾道八年（1172年），毗舍耶人再犯晋江沿海，始置水澳寨，官称永宁寨，取“永保安宁” 之意；驻扎水军60名，以为防御。
南宋嘉定年间，真德秀知泉州整修，增驻水军50名，并于永宁石湖新造军房50所，额定兵员325人。元置巡检司于此。明洪武二十年（1387年）改为永宁卫。明成化年间(1465～1487年)，永宁卫知事陈用之创办卫学，礼聘兴化举人陈愈任教。永宁“文风稍进，学者德之”。明万历三十二年（1604年）：永宁人陈有纲中武进士，殿试第三人，是石狮历史上的一位“武探花”。
