高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为“江户川柯南”，解决了许多案件……
江户川柯南
高中生侦探工藤新一被一个神秘黑衣人下毒，身体变小。
为了掩饰自己的身份，他化名为江户川柯南，现在住在他青梅竹马毛利兰的家里。
工藤新一
高中学生侦探。
现在他正以江户川柯南的身份面对一个艰难的案件。
毛利兰
工藤新一的女友。
空手道社团的坚强干将，但也拥有柔和的少女气息。
毛利小五郎
毛利兰的父亲。
他是一名迷侦探，但由于柯南的缘故，他被公众视为名侦探。
灰原哀
神秘的黑衣组织成员。
本名宫野志保，和柯南一样被下药，身体缩小成小孩的样子。
住在阿笠博士家中，在柯南的小学就读。
阿笠博士
古怪的发明家。
为新一保守秘密的人。
少年侦探团
由吉田步美、小岛元太、圆谷光彦与柯南和小哀组成。
他们都有共同的侦探团徽章。
服部平次
关西的一名高中生侦探。
与工藤新一齐名。有“关东的工藤，关西的服部”的并称。
知道柯南的身份。
远山和叶
服部平次的青梅竹马，与服部都在改方高中就读。
和毛利兰是关系很好的朋友。
拥有合气道的技能。
怪盗基德
有名的小偷。
有“幻影的魔术师”之称。
柯南的对手。
赤井秀一
曾渗透到黑衣组织内部的FBI特工。
绰号“银色子弹”。
被认为被黑衣组织杀害。
安室透
打入黑衣组织的日本公安警察。
在组织里的代号为“波本”。
非常聪明的人，现在的身份是私家侦探。
琴酒
高个的凶狠男子。
有敏锐的观察力和高超的狙击技术。
赤井秀一的对手。
伏特加
作为黑衣组织的下属，经常和琴酒一起工作。
对组织高度忠诚。
贝尔摩得
对外身份是好莱坞名演员。
实际是黑衣组织的干部。
是黑衣组织首领的最爱。
水无怜奈
打入黑衣组织的CIA情报员。
对外身份是电视台主持人。
在组织里的代号是“基尔”。
作品的创作契机是1992年在《周刊少年Magazine》开始连载的《金田一少年之事件簿》所引发的推理漫画热潮。青山刚昌在其前一部作品《城市风云儿》连载结束后，经过仅4周时间的作品构思，即开始创作《名侦探柯南》漫画。
为构思柯南的故事和形象，青山刚昌把阿瑟·柯南·道尔的《福尔摩斯探案全集》拿出来进行了反复研究，最终确定了主角工藤新一是福尔摩斯迷。
因为“名侦探柯南”这个名字会让人想到《未来少年柯南》，所以杂志主编说用“道尔”更好。但是青山觉得“柯南”比“道尔”的语感更好，所以坚持使用“名侦探柯南”这个名字。不过在连载前，发表预告时主编还将漫画名字错写成了“侦探少年柯南”。
1994年1月，作品开始在《周刊少年Sunday》上连载。2002年2月起，小学馆通过上海碧日咨询事业有限公司授权长春出版社在中国大陆地区出版《名侦探柯南》系列原作图书。2003年，作品发行总量突破1亿册。
2006年1月13日刊发的朝日新闻晚报专访中，青山刚昌宣称“实际上，（黑衣组织的）头目的名字已经在某处出现了。请试着寻找。” 2006年7月，小学馆授权吉林美术出版社在中国大陆地区于漫画杂志《龙漫少年星期天》上独家连载《名侦探柯南》漫画作品（已停刊）。在中国台湾地区，《名侦探柯南》曾连载于青文出版社漫画月刊《元气少年》。但该杂志于2009年6月5日停刊。
2011年10月28日，青山刚昌在“Club Sunday”官方博客专访中声明黑衣组织首领不是阿笠博士。
2015年3月，因作者住院接受治疗，作品改为不定期连载。同年7月22日起，恢复定期连载。
2017年1月3日在鸟取举行的“能和青山刚昌老师谈话的一天”活动中，青山刚昌表示要撤回关于“《名侦探柯南》只会画到单行本第100卷”的说法，并且表示“肯定要超过不少” 。12月13日，在作品中表明了黑衣组织“那位大人”真实身份后，作者以“因病需疗养和充电”为由，宣布作品“长期休载”。2018年4月11日，作品重启连载。
该作于2001年获得第46回（平成12年度）小学馆漫画奖儿童向部门奖。
自1994年问世以来，作品至今已经连载了二十多年，却依然经久不衰，堪称日本动漫界的一大奇迹。2003年《名侦探柯南》漫画系列（包括单行本、剧场版漫画、漫画特别篇等）日本本土发行量突破1亿册；2006年漫画单行本发行量突破1亿册；截至2013年12月，漫画单行本发行量突破1亿4500万册。漫画和动画在世界多国发行和播出，标题均被翻译为相应语言中“名侦探柯南”含义的字样，仅北美地区翻译为“Case Closed（事件解决/结案）”。
