“哭庙案”本是吴县诸生为声讨吴县县令任维初的贪酷而组织的一次地方性请愿活动。秀才们无力造反，只能到文庙中的先圣牌位面前痛哭流涕，发泄自己的怨恨与牢骚。然而，秀才们哭庙之际正值顺治帝驾崩之时，当时皇帝逝世的哀诏已然到达苏州，秀才们的举动被认为是触犯了顺治帝的灵位，犯下了大不敬之罪，金圣叹与诸生因此被捕，被“拟不分首从斩决”。
据史书记载，金圣叹在临刑前泰然自若地向监斩官索酒酣然畅饮，边酌边说：“割头，痛事也；饮酒，快事也；割头而先饮酒，痛快痛快！”
清顺治十八年，顺治驾崩，哀诏于二月一日下达吴县，府衙设灵举哀痛哭三日。同时，苏州发生了“抗粮哭庙”案。
“哭庙案”事起于苏州吴县新任县令任维初，顺治十七年，一面以严刑催交赋税，杖毙一人，一面大举盗卖官米，中饱私囊。吴中百姓不堪其苦。以金圣叹为首的几个秀才，因同情农民的遭遇，写了“揭帖”到哭灵场所控告县官，金圣叹将矛头指向包庇部下的巡抚朱国治，《哭庙文》写道：“顺治十八年二月初四，江南生员为吴充任维初，胆大包天，欺世灭祖，公然破千百年来之规矩，置圣朝仁政于不顾，潜赴常平乏，伙同部曹吴之行，鼠窝狗盗，偷卖公粮。罪行发指，民情沸腾。读书之人，食国家之廪气，当以四维八德为仪范。不料竟出衣冠禽兽，如任维初之辈，生员愧色，宗师无光，遂往文庙以哭之……”。
朱国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。后来被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有金圣叹。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高呼先帝，被掌二十巴掌。朱国治将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以“摇动人心倡乱，殊于国法”之罪，最后倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、束献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁子伟、金圣叹、王仲儒、唐尧治、冯郅等十八人被判死罪，七月十三日立秋，在南京三山街执刑。
据《辛丑纪闻》记载：“至辰刻，狱卒于狱中取出罪人，反接，背插招旌，口塞栗木，挟走如飞。亲人观者稍近，则披甲者枪柄刀背乱打。俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死。披甲者乱驰，群官皆散。法场之上，惟血腥触鼻，身首异处而已。”《哭庙纪略》记载，沈大章由其叔收尸，倪用宾、薛尔张、周江三人由顾予咸收葬；其余十四人则由亲人收葬。
“哭庙”是苏州一带流传已久的习俗。当地经济发达，人文荟萃，来自殷实之家、中产阶级的读书人成为一股重要的社会监察力量，当官府有不法之事不当之举，士子们每每聚集文庙，作《卷堂文》，向祖师爷孔圣人哭诉后，更召集民众向上级官府申告，在明朝，人多势众的“哭庙”申告往往能令官府不敢小视而采纳。但换了新朝，老皇历撞了南墙。因“哭庙案”牵涉入狱又幸免于难的顾予咸在《雅园居士自叙》中分析说，清朝统治者因为对“哭庙”习俗“未之前闻，张皇摭拾”，故兴起大狱。这种说法未必可信,疑有为清朝统治者开脱之嫌疑。
金圣叹（1608年－1661年），名人瑞，字若采，明末清初南直隶（清改江南省）苏州府长洲县（今江苏省苏州市）人。他被誉为白话文的先驱。他曾修订《推背图》。1661年，金圣叹以震动朝野的“哭庙案”被诛，金圣叹死后，葬于吴县藏书乡五峰山下的博士坞，现墓仍在。
金圣叹是如何卷入“哭庙案”的，史料有两种说法：一、众秀才被抓次日，金圣叹起草揭贴，并在家中开印，发动民众“哭庙”，故被定为“首犯”。二、当局抓了十一位秀才后，犹未甘心，更严刑逼供，大举牵连。直到把平素好发议论，诗集有不满情绪的名人金圣叹也打入法网，方始满意收手。故当时苏州有民谣唱道：“天呀天，圣叹杀头真是冤。”
两种说法中的金圣叹形象小有差别。第一说，振臂一呼，群起响应，侠骨英风，令人景仰。后一说，则似乎金圣叹并未参与“哭庙”，纯被“冤杀”，光辉的成色稍逊。但他能令清政府视为“危险人物”，必除之而后快，正因其平日好持公论，对达官贵人每多讥讽的缘故。那种特立独行的书生意气，同样值得钦佩。时人对他之被害，多表惋叹，既惋惜他未能完成著述大计而遇难，更慨叹十七人能与金圣叹这样的名士同死，可以并称不朽了。
“江南奏销案”、“哭庙案”和“通海案”，合称“江南三大案”。顺治末年，一连串发生的“丁酉科场案”、“通海案”、“江南奏销案”、“哭庙案”、“庄廷鑨明史案”是清人入关实行“异族统治”必然的结果，所谓“朝廷有意与世家有力者为难，以威劫江南人也”（《研堂见闻杂记》）。
