昌吉国家农业科技园区于2002年经国家科技部批准成立，是全国38家农业科技园区之一，也是新疆地区的农业科技园区。根据国家科技部和区、州党委、人民政府的有关要求，园区的主要功能和任务是：发挥农业科技园区农业科技示范与辐射功能、现代农业科技的孵化功能和新型农业科技人才的培训功能，加强农业技术的组装集成和科技成果转化，促进传统农业的改造与升级，为加快昌吉州乃至新疆现代农业的发展起到积极的示范、带动作用。
园区地处准噶尔盆地南缘、天山北麓的昌吉市，距新疆首府乌鲁木齐市35公里，距乌鲁木齐国际机场18公里。位于新疆经济发展具有活力的天山北坡经济开发带的前沿，是天山北坡经济带和乌昌都市经济协作圈的核心区，北疆铁路、乌奎高速公路、312国道穿境而过。这里民丰物阜，人杰地灵，有着厚重的农业文化积淀。
园区的总体布局分为核心区、示范区、辐射区。核心区以昌吉市为主，示范区以昌吉州为主，辐射区以天山北坡，辐射南北疆各地。总规划面积49.8万亩，其中核心区3.6万亩（集体土地和部分国有土地），示范区46.2万亩（国有土地）。2004年园区实现国内生产总值4.5亿元，完成出口创汇70万美元。
按照科技部《农业科技园区指南》和《农业科技园区管理办法（试行）》，以及《关于加强“国家农业科技园区”工作的补充通知》等文件精神，围绕新疆农业结构调整的基本战略，突出地方特色，本着“适度超前，循序渐进，持续发展”和“内容建设高标准、形象建设精品化”的原则，委托中国农业大学编制完成了《昌吉国家农业科技园区发展总体规划》，并通过专家初步论证。正在编制核心区、示范区土地利用总体规划、基本建设规划、林业发展规划、水资源利用总体规划和农场庄园规划等控规和详规。核心区规划：核心区规划面积3.6万亩，前期规划主要以西域集团和周边原昌吉市六工部分村组的土地，以及新疆农业职业技术学院为主。设置7大功能区：研发信息培训区、良种繁育区、特色作物区、绿色无公害蔬菜区、观光旅游农业区、综合创业区、农科贸市场区。示范区规划：示范区前期规划主要以原昌吉市老龙河和牛圈子湖地区开发和未开发的国有土地为主，总面积46.2万亩，以新疆特色产业制种、棉花、绿色无公害农产品、畜牧、农产品加工、特色旅游等为主导产业，带动相关产业的发展。
园区总体布局分为：核心区、示范区和辐射区，以昌吉市为主建设核心区，以昌吉州为主建设示范区，以天山北坡经济带辐射全疆各地。以核心区为技术依托，通过核心区，示范带动昌吉州周边县市农业科技的延伸发展，以昌吉为轴心，以天山北坡经济带，辐射带动南北疆各地，带领全疆农业发展高新技术，使昌吉国家农业科技园区的技术和农业示范区发展模式在全疆得到推广，促进新疆农业产业结构的优化升级。
