南通市中医院始建于1956年，是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。南通市中医院实行院科两级委托管理，充分调动了科室的积极性，医院业务建设不断有新发展。中医药特色品牌更响，肝胆脾胃专科、中医乳腺专科、不孕不育专科、蛇伤专科、内病外治专科、小针刀专科、肛肠科等专科的业务量明显上升；内、外、妇、儿科室应用中西结合诊治疾病深受病员欢迎；医院大力引进新技术，开展新项目。开展了体外循环下心脏瓣膜置换术、肾移植、骨关节置换、颈椎手术、肿瘤介入、部分脾栓塞治疗脾功能亢进症、心脏起搏器安装、冠状动脉造影、冠脉球状扩张、支架植入等项目。骨科开展的颈前路治疗颈椎骨折、髋关节全置换等手术国内领先。这些项目的开展标志着南通市中医院的技术水平又上一台阶，增强了医院的竞争力。年门急诊量达50多万人次，年出院病人1.4万人次。
医院先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“国家中医药局创先争优先进集体”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省院务公开先进集体”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设单位”、“南通市先进基层党组织”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。
医院科室设置齐全，人才济济，设备先进，专科特色显著。共有一级临床和医技科室25个，二级临床科室13个，核定床位800张。
目前，外科为国家卫健委临床重点专科（中医专业）及国家中医药管理局重点专科；脾胃病科为国家中医药管理局重点专科建设单位；中医外科学和中医脾胃病学为江苏省中医药重点学科；脾胃病科、骨伤科、妇科，肺病科、肾病科为省重点专科；另有14个市级重点专科。
医院现有职工1058人，具有高级职称者210人，硕博士179人。已故的朱良春先生为国医大师。有全国名老中医药专家学术经验继承工作指导老师2人、享受国务院专家特贴4人、江苏省名中医5人、南通市名中医13人，全国名老中医药专家带徒14人，省名老中医药专家带徒6人，全国优秀中医研修人才8名，全国中药特色技术传承人才2人，省中医药领军人才1名，省“333”工程第三层次培养对象2名。医院目前拥有名医工作室4个，分别是国医大师朱良春学术经验传承研究室、邵荣世全国名老中医药专家传承工作室、周光省名老中医药专家传承工作室和倪毓生省名老中医药专家传承工作室。
医院各种医疗设备先进齐全，拥有核磁共振、64排CT、DSA、体外循环机、数字X光机、钼靶机、全自动生化仪、彩超、电子胃肠镜、高清腹腔镜、钬激光、准分子激光等大型仪器设备。建院以来，获科研成果奖近80项，其中“季德胜蛇药片”获国家科技成果奖、“拔核疗法治疗瘰疠”获国家科技成果奖、“新药金荞麦”获国家科委颁发国家发明三等奖。出版著作37部。
