金华市妇幼保健院始建于1983年，前身是金华地区妇幼保健站，1994年改名为金华市妇幼保健所，1995年撤所建院，是集预防、保健、医疗、科研为一体的二级甲等妇幼保健院，是上海市儿童医院指导医院，浙江大学医学院附属妇产科医院金华分院，浙江大学附属儿童医院金华分院。2016年5月，与原金华市计划生育宣传技术指导站优化整合成立“金华市妇幼保健计划生育服务中心”。2016年，机构调整成为金华市中心医院下属事业单位，医院增挂“金华市中心医院妇女儿童院区”牌子。
2016年8月，医院按上级规范要求，坚持保健与临床相结合原则，设立孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部和计划生育技术服务部，简称“四部制”，各部依据所承担的职能设置相应的群体保健和临床业务科室。下设有妇科、产科、妇保科、乳腺科、中医科、男性科、普儿科、新生儿科（新生儿重症监护室）、儿保科、内科、口腔科、产前诊断、听力诊断等临床保健业务科室；有影像诊断科、检验科、药剂科、病理科、遗传实验室等医技科室；开设产前、产后、新生儿科、普儿科、妇科五个病区。核定床位150张。
医院以妇产科、儿科为龙头，中医妇科、产前诊断、中西医结合不孕不育、盆底康复、儿童生长发育、更年期保健是医院的六个特色专科。金华市产科质量控制中心、金华市围产保健中心、金华市产前诊断中心、金华市产前筛查中心、金华市新生儿疾病筛查中心、金华市听力诊断中心、金华市宫颈疾病诊治中心、金华市优生优育优教中心均挂靠医院，在全市有较大的影响力。同时负责全市9个县（市、区）妇幼保健技术指导和业务培训工作。
单位核定编制398名（全额编制51人），医院目前职工468名，其中：在职在编250人，编外职工212人，退休返聘6人。高级职称58人、中级职称116人、市级名医3名。目前在市中心医院规培医师51名、护士80名。
