程芳朝进士及第后，授内翰林秘书院编修。不久，迁秘书院修撰，从事译注《五经》事宜。程芳朝历官翰林国史院修撰、湖广提学道、湖广布政司右参议、詹事府左春坊左谕德等职。顺治九年，程芳朝以编修出任会试同考官。顺治十年，出任直隶学政。顺治十年六月，程芳朝提督顺天学政。不久，迁国史院侍讲学士。顺治十三年十一月，程芳朝为弘文院侍读学士，顺治十四年十月为少詹事兼侍讲学士。康熙三年，程芳朝以侍读学士充任赴安南正使。此间，程芳朝“宣畅德威，不抗不抑，临走时，远人争赋诗饯送。”而后，程芳朝任詹事府少詹事，升太常寺卿。深受康熙帝赏识，潘蜀藻称：“公（指程芳朝）尝奉宣于御前，伏几作大字。上嘉其端劲，方欲大用之。”寻还，康熙七年正月，程芳朝擢太常寺卿。官至太常寺卿。
晚年，程芳朝以疾病缠身，辞官归里，不再复出为官。当时人称程芳朝“为人平易正真，悃愊无华，天性纯厚，不事园亭丝竹之娱……乞休归，杜门却扫，旨与人事。”
他能诗文。清代诗人们称颂他：“听夕阳惟闭门，读书穷四部。墨妙宗平原，艺苑称独步。”也善于书法，尤其擅长行草。他的书法特点是书写得体、雄强茂密、精力内含、瘦劲有法，高深绝人。运笔流畅，行如流水，一气呵成。结构沉着，真情流动，点画飞扬。体现出他深得颜体行草风格之妙。
