2006年，内村航平获得高中选拔赛冠军与日本青年锦标赛冠军。
此后，因在国际青少年公开赛中夺得冠军，内村航平进入国家队。
2008年北京奥林匹克运动会，在男子团体全能团体赛中，内村航平在自由体操项目获得15.700的高分。随后，内村航平在鞍马项目以16.150的分数帮主日本队总分超过美国队，获得亚军。同时，内村航平获得个人亚军。同年进行的中国体操世界杯上，内村航平也获得亚军。
2009年伦敦世锦赛上，内村航平加冕男子全能王。
2010年10月23日荷兰体操世锦赛，内村航平在六个项目的比赛中，全都获得高分，最终以92.311分的总成绩夺得金牌，成功卫冕男子个人全能冠军，同时内村航平也获得男子自由体操银牌。日本队获得男子全能团体亚军。
2011年11月14日，在东京举行的日本体操世锦赛上，内村航平获得男子个人全能冠军，成为体操世锦赛108年历史上，首位连夺三届男子个人全能冠军的选手，超越杨威的两连冠成为历史第一。同时，内村航平也获得了男子自由体操冠军。而内村航平所在的日本队获得男子全能团体亚军。
2012年，在伦敦奥林匹克运动会的体操男子全能决赛中，内村航平以92.69分摘得金牌，拿到职业生涯的第一块奥运金牌。同时，日本队也获得了本次奥运会的男子全能团体亚军。
2013年10月6日，在比利时体操世锦赛上，内村航平以15.666分的成绩与中国选手林超攀共同获得冠军。
2014年5月初，内村航平在带伤的情况下参加了全日本体操锦标赛，获得冠军；10月7日，在第45届中国世界体操锦标赛上，内村航平所在的日本队以0.1的微弱劣势与男子团体冠军失之交臂，获得亚军；11月9日，在男子个人全能决赛中，内村航平以91.965的总成绩夺得冠军，成功卫冕，实现五连冠，同时获得单杠项目亚军。
2015年，在第46届格拉斯哥世界体操锦标赛男子全能决赛中，内村航平再次夺得冠军，成功卫冕，实现六连冠，创造了吉尼斯世界纪录。同时，他也收获了本次世锦赛男子单杠项目的冠军。
2016年8月11日，在里约奥林匹克运动会体操男子个人全能项目中，内村航平以0.099的优势险胜维尔尼亚耶夫，总得分92.365分获得冠军，也以八连冠刷新了由他自己保持的吉尼斯世界纪录。
2016年11月1日，内村航平宣布，自己会在11月的全日团体赛结束后离开目前所属的KONAMI俱乐部，签约体育经纪公司，正式成为标准意义上的“职业运动员”，也将成为日本历史上首位“职业”体操运动员。他即将签约的经纪公司同时也是足球运动员冈崎慎司、长友佑都等运动员的所属社，同时，此次“跳槽”将成为体操运动员探索全新发展道路的首次尝试。
2017年5月21日，第56届NHK杯体操大赛在东京体育馆结束，内村航平以86.550分获得当场第一，并以172.900的总分获得本届NHK杯男子全能冠军，这是他个人连续第九次在NHK杯上获得冠军，继续扩大他在这项传统体操赛事上的夺冠纪录，同时将提前获得今年世锦赛参赛资格。
2017年10月3日上午，刚刚揭幕的2017年体操世锦赛传出冷门：志在夺得个人世锦赛第七冠、世界大赛九连冠的男子“全能王”内村航平因在跳马预赛中受伤而无奈退赛，连冠霸业提前宣告终结。国际体操联合会的官方社交媒体甚至用了“一个时代的结束”来形容内村航平的这次伤退。
个人奖项
2016年第31届里约奥运会男子个人全能冠军（获奖）
2015年格拉斯哥世界体操锦标赛男子个人全能冠军（获奖）
2014年中国世界体操锦标赛男子个人全能冠军（获奖）
2014年中国世界体操锦标赛单杠亚军（获奖）
2013年比利时世界体操锦标赛男子个人全能冠军（获奖）
2013年比利时世界体操锦标赛双杠冠军（获奖）
2013年比利时世界体操锦标赛自由操季军（获奖）
2012年第30届伦敦奥运会男子个人全能冠军（获奖）
2012年第30届伦敦奥运会自由操亚军（获奖）
2011年日本世界体操锦标赛男子个人全能冠军（获奖）
2011年日本世界体操锦标赛自由操冠军（获奖）
2011年日本世界体操锦标赛单杠季（获奖）
2011年丰田杯体操邀请赛自由操冠军（获奖）
2010年第2届日本杯男子个人全能冠军（获奖）
2010年荷兰世界体操锦标赛男子个人全能冠军（获奖）
2010年荷兰世界体操锦标赛自由操亚军（获奖）
2010年荷兰世界体操锦标赛双杠季军（获奖）
2009年英国世界体操锦标赛男子个人全能冠（获奖）
2008年第29届北京奥运会男子个（获奖）
2008年体操丰田杯自由操亚军（获奖）
2008年体操世界杯男子自由操亚军（获奖）
2007年体操世界杯法国站跳马季军（获奖）
2007年大学生运动会自由操冠军（获奖）
2007年大学生运动会跳马季军(获奖）
2006年沃罗宁杯个人全能第四名（获奖）
2006年沃罗宁杯自由操季（获奖）
团体奖项
2016年第31届里约奥运会男子团体全能冠军（获奖）
2014年中国世界体操锦标赛团体亚军（获奖）
2012年第30届伦敦奥运会男子体操团体亚军（获奖）
2011年日本世界体操锦标赛团体亚军（获奖）
2010年第2届日本杯男子团体全能冠军（获奖）
2010年荷兰世界体操锦标赛团体亚军（获奖）
2008年第29届北京奥运会男子全能团体亚军（获奖）
2007年大学生运动会团体冠军（获奖）
2006年沃罗宁杯团体冠军（获奖）
内村航平也许在奥运金牌数量上还无法追赶前辈的脚步，但是他在个人全能项目绝对可以称得上是历史第一人。内村航平的特点是跳跃类项目强，平衡与上肢力量类项目相对较弱。他是自由体操和跳马的高手，在这两个项目上都有16分以上的水平。（新浪网评）
内村航平有着很多的优点，其中最大的特点就是敏锐、稳定。（前日本国家队成员、教练具志坚幸司评）
在体操的赛场上，也只有中国体操选手杨威能制内村航平。（中国国家体操队总教练黄玉斌评）
在杨威退役之后，就全能这方面而言内村航平目前应该是最棒的了。（前日本国家队成员富田洋之评）
虽然内村航平吊环的难度系数只有6.2，但他仍然能够凭借自己出色的发挥拿到高分，不愧为当今日本体操界的乔丹。（《福克斯体育》评）
从另一个方面说，内村航平也是体操界的菲尔普斯。（乌克兰体操选手维尔尼亚耶夫评）
内村航平练的特别多特别扎实，基础打得很稳，比赛时的抗压能力也很强。我觉得他平时应该练了很多难度但他没有用上，他比赛时是在收着比。（中国体操选手邹敬园评）
内村从富田洋之那里“继承”的是对传统体操美感的不懈追求。他像对待一件艺术品那样对每一个细节精雕细刻。（中国新闻网评）
