山东南四湖省级自然保护区位于山东省济宁市微山县、任城区、鱼台县境内。地理坐标：34°27′一35°20'N，116°34'一117°E。
山东南四湖省级自然保护区属暖温带季风大陆性气候，四季分明。年均降雨且为773.6mm，年平均日照2515.5h，陆地年平均气温为13.8C，湖内年平均气温为14.3C。
南四湖平均水深1.46m，历史最高水位36.48m，最大蓄水面积12.66平方千米，最大蓄水量为53亿立方米，流域跨越山东、江苏、河南、安徽4个省32个县 (市)，总流域面积317万公顷，入湖河道共有53条，出湖水道主要有3条。
南四湖属中国准河以北地区面积最大，结构完整，保存较好的内陆大型淡水草型湖泊，占山东省淡水面积的47%，是中国十大淡水湖泊之一。
1982年，微山县政府批准成立为县级南四湖保护区。
1996年，济宁市政府又将南四湖确立为市级自然保护区。
2003年，山东省政府批准成为省级自然保护区。
植物资源
山东南四湖省级自然保护区自然环境独特、生物资源多样，有各种植物195种，其中杨、柳、泡桐等48种，芦苇、簏草等水生植物147种，国家级保护植物5种，在《濒危野生动植物国际贸易公约》中受保护的有30种。
动物资源
山东南四湖省级自然保护区有各种脊椎动物321种。其中：鱼类80种、两栖类7种、爬行类11种、鸟类205种、兽类18种。脊椎动物中有国家Ⅰ级保护动物有大鸨、东方白鹳2种，国家Ⅱ级保护动物有大天鹅、鸳鸯、长耳鸮等24种，山东省重点保护动物35种。在《濒危野生动植物种国际贸易公约》中受保护的野生动物有31种。另外，保护区内无脊椎动物中有浮游动物248种、底栖动物68种、昆虫415种。丰富的动物资源是南四湖湿地生物多样性、典型性的重要体现。
山东南四湖省级自然保护区80种鱼类中，分别隶属于9目16科53属。其中，鲤科鱼类种数最多，达55种，占总种数的68.7 %；其次是鲿科5种，占总种数的6.2 %；鳅科、鮨科各3种，分别占3.8%；其它各类共14种，占17.5%。两栖类1目4科7种，其优势种为蟾蜍科的中华大蟾蜍、花背蟾蜍以及蛙科的黑斑蛙。爬行类有3目5科11种，常见种类乌龟为山东省重点保护动物，无蹼壁虎为中国特有种类。205种（其中水禽81种）鸟类隶属于17目、53科。其中留鸟35种，占鸟类总种数的17.1%；夏候鸟49种，占23.9%；冬候鸟25种，占12.2%；旅鸟96种，占46.8%；广布种有180种，占保护区鸟类总种数的87.8%；古北种有14种，占6.8%；东洋种有11种，占5.4%。兽类有5目9科18种，其黄鼬、艾鼬、狗獾、豹猫、赤狐为山东省重点保护动物。
以上数据截至2013年
①1982年建立县级自然保护区。]996年建立市级自然保护区，2003年建立省级自然保护区;。
②2004年成立“济宁市南四湖自然保护区管理局”。
③2005年济宁市政府出台了《济宁市南四湖自然保护区管理办法》、成立了以市长为主任委员的“济宁市南四湖自然保护区管理委员会。
④2005年一2006年在自然保护区实验区和核心区分界处安装了570多个界桩，界牌和浮标。
⑤2010年，市编委核定管理局编制15名，并加挂“济宁市湿地保护管理中心牌子”。
⑥积极开展国家级自然保护区申报晋升工作。编制完成了山东南四湖自然保护区综合科学考察报告、总体规划。
⑦积极申报湿地恢复工程项目。经过积极努力，我们申报的“山东南四湖湿地保护与恢复示范工程项目可行性研究报告”已经国家林业局批复，总投资1433万元，项目第一期投资资金已拨付到位；大力开展退耕、退池还林、还湿、还湖工程。
⑧微山县成立湖上执法队伍，负责保护区巡护工作和检查。
⑨开展宣传教育活动，设置宣传牌并经常利用当地广播、报刊、电视等宣传保护水禽和湿地的重要性。
南四湖湿地生态系统典型，生物多样性丰富，自然景观独特，具有很高的保护价值和科研价值；南四湖是重要的水资源调蓄地，是鸟类重要的栖息地和迁徙驿站，同时也是国家南水北调东线工程的重要调水区。
