建于1949年的杭州师范大学附属医院是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的浙江省三级甲等综合医院，是国务院学位委员会批准的临床医学硕士专业学位授权点、国家药物临床试验机构、首批国家住院医师规范化培训基地、中国胸痛中心示范基地及浙江省博士后工作单位，是杭州市委市政府与德中卫生组织确定的浙江省首家共建“中德（杭州）国际医院”。
医院与美国、澳大利亚、英国、德国、加拿大、日本等十余所著名医疗机构建立交流合作关系，开展多层次的交流与合作。2018年，医院对标德国医疗透明管理制度与标准委员会（KTQ）质量标准，全面加强管理，扎实提升内涵质量，建立中德合作，向国际化品质医院迈进。
医院全面推进医患友好度建设，按要求落实“双下沉、两提升”、“对口支援”及紧密型医联体建设工作，建立医养护一体化平台，探索推进“互联网 医疗健康”服务新模式，提升基层技术能力和服务水平。心系公益，开展“微笑行动”，实施“育心工程”，为全国贫困唇腭裂儿童和先心病患者实施手术，减免费用，取得良好的社会效益。
风雨历程近七十载，医院始终秉承“仁心仁术 博爱博学”的办院理念，实现了医疗、教学、科研、管理的全面跨越发展，获得了社会和业界的广泛认可，先后荣获全国模范职工之家、浙江省文明医院、浙江省和杭州市绿色医院、浙江省公众满意医疗单位、浙江省医院管理年暨医疗服务质量优秀单位、浙江省卫生应急工作先进集体等称号。
顺应新常态，凝聚新力量。面对深化医药卫生体制改革的机遇和挑战，以及人民群众日益增长的医疗健康服务需求，医院将立足杭州国际化都市定位，凝心聚智、精心谋划、科学考量、合理布局，全力打造成为党的建设更加完善，现代医院管理体系基本形成，特色学科建设及人才队伍结构更加优化，医疗优势、教学育人、科研创新、品质管理、文化生态等水平符合三级甲等综合医院评审，具备德国品质的医疗及教学国际化医院，为“服务杭州”及“健康杭州”事业贡献新的力量。
医院开放床位1408张，在职职工1900余人，高级职称专家370余人，博士、硕士300余人。设有45个临床医技科室，临床学科优势突出，专病专科设置齐全，技术指导20余家基层医院，服务人口两百余万。
心血管内科是浙江省中医药重点学科，神经外科、肝病科是省市共建医学重点学科，耳鼻咽喉头颈外科是杭州市市属高校重点学科和杭州市医学重点学科，神经内科、肿瘤内科、儿科、口腔科、医学影像科、医学检验科是杭州市医学重点学科。胃肠肝胆外科、骨科、呼吸内科、急诊医学科为院级医学重点学科，甲状腺乳腺血管外科为院级医学重点扶植学科。医学检验科为杭州市率先通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）ISO15189评审的单位。胸痛中心和卒中中心通过国家专业认证。
近年来，医院先后成立心脏中心、卒中中心、中美杭州胃肠肝病诊治中心、中德杭州脊柱外科诊治中心、危重病医学诊治中心、中西医整合肿瘤防治中心、肾病诊治中心等医疗中心，围绕心脏病学科群、脑病学科群、胃肠肝病学科群，着力推动优势学科群建设，使各学科更加注重团队的专业创新、综合救治和急危重病症管理，学科群综合诊治优势得到显著增强。
医院建有杭州市转化医学研究所。依托博士后科研工作站和学科带头人资源优势，培育科研学术团队，鼓励学术交流与合作，获取重大课题和发表高质量论文的能力得到提升。近年来，科研项目共立项200余项，其中国家、省部级课题40余项，厅市级课题160余项，科研经费2000余万元。科研获奖40余项，发表论文600余篇，出版著作5部，授权专利19项。协作获省科技进步一等奖1项、独立获省科技进步奖三等奖1项。
浙江省认知障碍评估技术研究重点实验室、杭州市心血管病研究所、杭州师范大学“认知与脑疾病研究中心”、“衰老研究中心”和杭州市口腔医疗质控中心、杭州市医院病历质控中心等多个医疗质量与学术中心设在院内。
医院重视医学教育，医学教育和实践平台不断增强。设有内、外，妇、儿等17个教研室，承担了包括杭州师范大学临床学院在内的省内外40余所医学院校的全日制硕士研究生、本科生、留学生及成人继续教育的教学工作。《妇产科学》获省级精品建设课程，《内科学》、《医学影像学》、《口腔修复学》获市级精品建设课程，《牙周病学》获市“双语”精品课程，教学成果先后获校一等奖、二等奖、三等奖。省级重点专业临床医学建设通过验收。医学生参加全国高等医学院校大学生临床技能竞赛总决赛三等奖；学生毕业率、学位授予率、毕业生就业率98%以上，就业率、签约率全校前列；临床医学硕士生一次性通过国家医师资格考试，毕业生参加全国执业医师资格考试通过率连续五年高于全国平均水平，位列前20位。
医院建有集课堂教学、模拟实践、网络学习等为一体的综合临床技能中心。中心设置有内科实训室、外科实训室、儿科实训室、妇产科实训室、基础训练实训室、模拟ICU、模拟诊室、多媒体教室、模拟手术室等，为实习生技能培训提供了全面的硬件支持。
医院院址前身，可追溯到一百年前。1894年甲午战争后，院址先后划为日、英、美租界，1896年在院址内建造“洋关”，目前“洋关”为杭州市文物保护单位。
1949年
9月，杭州市卫生局组建“拱宸桥卫生站”，成为医院前身。
1953年
杭州市政府在“拱宸桥卫生站”的基础上筹建扩大为“拱墅区公费补助门诊部”。
1954年
5月，杭州市政府在“拱墅区公费补助门诊部”的基础上筹建医院。同年10月正式建立“杭州市第二医院”，隶属杭州市卫生局。
12月20日，“杭州市第二医院”正式对外开放。建院初期，医院设病床130张，职工123人。开放内科、外科、妇产科、儿科、口腔科、中医科等10个门诊科室及内科、外科、妇产科3个住院病区，担负起大量医疗救治工作及卫生防疫、血吸虫防治、巡回医务、下乡下厂等社会公共卫生服务工作。医院规模逐步扩大，门诊科室逐步增至15个，医技科室10个，床位增加到250张。
1976年
医院更名“杭州市第二人民医院”。
80年代至90年代，医院在医疗改革、专科特色建设、人才培养和引进、新项目新技术开展、科研教学、优质服务措施等多方面有了快速发展，综合实力不断提升。
1991年
3月，医院被浙江省卫生厅评为“三级乙类”医院和“省级文明医院”。
1999年
2月，根据杭州市政府决定，医院归属“杭州医学高等专科学校”，并更名为“杭州医学高等专科学校附属医院”，继续保留“杭州市第二人民医院”牌子。
2001年
12月，“杭州医学高等专科学校”合并入“杭州师范学院”随即医院更名为“杭州师范学院医学院附属医院”。
2004年
7月，杭州师范学院院系调整，设立“杭州师范学院临床医学院”，与“附属医院”实行“一套班子，二块牌子“管理模式。
2007年
杭州师范学院更名为“杭州师范大学”，医院随即更名为“杭州师范大学附属医院”至今，继续保留“杭州市第二人民医院”牌子。
进入21世纪，医院坚持“以病人为中心，以质量为核心”的宗旨，进一步强化内涵建设，加大学科建设与人才培养力度，加快基础设施建设，勇担社会公共卫生职责，知名度、美誉度迅速提升，技术服务辐射杭州及周边地区、省内部分市区县等百余万人口，发展速度位列杭州市级医院前列。
2011年
被浙江省卫生厅评为“三级甲等综合性医院”。医院综合实力实现量和质的飞跃，在教学、医疗、科研、管理、基础建设等诸多方面成绩斐然，实现了科学化、规模化、一体化发展，成为杭州地区保障人民群众健康保健的医疗机构之一。
2014年
医院成为国务院学位委员会批准的临床医学硕士专业学位授权点，11个学科承担临床医学专业硕士学位研究生培养任务，实现了临床医学教育历史性跨越。
2015年
围绕“心脏强、医院强”、“外科强、医院强”的学科发展理念，技术水平成绩斐然。优化整合全院学科资源组建“杭州市胸痛诊治中心”、“杭州市口腔牙周病诊治中心”、“中美胃肠肝病诊疗中心”、“中德脊柱外科临床研究中心”、心脏中心、“卒中中心”、“肿瘤诊治中心”、“危重病医学诊治中心”等医学中心，形成区域权威和品牌，带动了全院各学科快速发展。一大批新技术、新项目成功开展，技术能力和服务能力得到较大提升。其中心脏外科、微创外科重大疑难手术量翻倍，能开展较高难度手术，达国内先进水平，也是浙江省内能同时开展儿童和成人心脏外科手术的医疗机构。
