它在1878年5月15日创立，同年6月1日开始交易，创立时的名称为「东京股票交易所」（日文：东京株式取引所）。二次大战时曾暂停交易，1949年5月16日重开，并更名为东京证券交易所。东京证券交易所的交易楼层於1999年4月30日关闭，全部改为电子交易，而新的TSE Arrows（东证アローズ）於2000年5月9日启用。
东京证券交易所的前身是1879年5月曾成立东京证券交易株式会社。由于当时日本经济发展缓慢，证券交易不兴旺，1943年6月，日本政府合并所有证券交易所，成立了半官方的日本证券交易所，但成立不到四年就解体了。二次大战前，日本的资本主义虽有一定的发展，但由于军国主义向外侵略，重工业、兵器工业均由国家垄断经营，纺织、海运等行业也由国家控制，这是一种战争经济体制并带有浓厚的军国主义色彩。那时，即使企业发行股票，往往也被同一财阀内部的企业所消化。因此，证券业务难以发展。日本战败后，1946年在美军占领下交易所解散。1949年1月美国同意东京证券交易所重新开业。随着日本战后经济的恢复和发展，东京证券交易所也发展繁荣起来。东京证券交易所有上市公司1777家，其中外国公司110家，市场资本总额将近45000亿美元。
东京证交所有4个市场：市场1部、市场2部、外国部和保姆部（创业板），后两个市场对外国公司开放。
外国部上市标准为：
上市股票数2万交易单位以上
成立3年以上
日本国内股东数：海外已上市1000人以上，海外未上市2000人以上
利润额：申请前两年1亿日元以上，申请前一年4亿日元以上；上市时市价总值20亿日元以上。
保姆部（创业板）上市标准：
有高度成长性
在日本上市时公开发行量超1000交易单位
日本国内股东数，新股东超过300人
上市市价总值超10亿日元。
发行市场尚未充分发展
长期以来，大量的公众储蓄都依赖金融机构进行间接投资，使证券交易具有整批性、数量大等特点，同时也造成发行市场狭小，仅面向少数金融机构，使股票、债券的发行市场形成抽象的无形市场，与发达的流通市场相比较落后。
债券市场比较发达，股票市场相对落后
虽然日本只有一部分债券在交易所上市，但债券发行条件灵活，发行期长，个人认购额大，所以债券流通市场高度发达，促使债券市场得以迅速发展。日本大量过剩资本也吸引外国在日本发行日元债券筹集资金。因此，每年通过债券市场筹集的资金大大超过股票市场。
间接投资相对发达
一方面公众积累资金大部分存入金融机构；另一方面银行借助“窗口指导”，大大促进了经济高速增长，使企业严重依赖银行借款，形成大量债务资本。经济高速发展使单一资金来源远远不能满足要求，于是证券市场得以迅速扩展，成为新的筹资渠道。
国家资本的直接投入占较大比重
由于日本是后起的资本主义国家，经济跳跃式发展的大量资金必须依靠国家筹集和分配。因此，大量国债仍将是东京证券交易所的主要交易对象。
