安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的非营利性、三级甲等现代化综合性教学医院。医院于2008年开诊，2013年率先在安徽省按照原卫生部部颁标准通过国家三级医院等级评审。2017年初，医院以高分通过JCI（Joint Commission International, 医疗机构评审联合委员会国际部）评审，成为安徽省首家获得JCI认证、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审的大型公立医院。
医院位于合肥市经济技术开发区、高新技术开发区和政务文化新区交汇处，总建筑面积281668平方米，目前开放床位2200余张。院内以连廊及科学的流线设计将医用、人流、物流科学分开，配以现代医用净化空调、全面集成数字化信息系统、完善的生活休闲服务设施和大面积休闲绿地，共同构筑了一座花园式、人性化的大型医院，2018年被评为首届中国最美医院。
医院拥有规范化的中心实验室和标本库，为临床科研提供了坚实的平台支撑。在医院决策层的积极倡导和大力支持，以及科研工作人员的带动下，医院共有42项国家自然科学基金项目。主编或参编学术著作60余部；发表学术论文2860篇，其中SCI收录期刊论文379篇、最高影响因子高达36.37分，中文核心期刊论文702篇。
作为安徽医科大学直属附属教学医院，医院教学师资充足，设施齐全，建有占地约1000平方米的临床教学技能培训中心和教研室用房，是美国心脏协会（AHA）心血管急救培训中心、安徽省住院医师规范化培训基地。医院近年来与美国弗吉尼亚联邦大学医学院Weil危重研究所，美国德克萨斯大学M.D.安德森癌症中心、美国加州大学旧金山分校医学院等国际一流院校医疗机构建立了长期科研合作、人才培养和学术交流等方面的关系，不断提升医院青年骨干的临床专业能力和科研水平。
近年来，医院先后荣获了“全国卫生先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“全国创先争优先进基层党组织”、“全国医院文化建设先进单位”和“全国城市医院思想政治工作先进单位”称号。同时，因在医疗服务创新方面做出突出成绩，被国家卫计委评为“改善医疗服务创新医院”，成为安徽省唯一获此殊荣的省级三甲医院。
医院学科齐全，综合诊疗水平高，目前共开设了30余个临床科室和10余个医技科室，有肿瘤科、麻醉与围术期医学科、呼吸与危重症医学科、骨科、肾内科、血液内科、儿科7个省级临床重点专科。医院为挖掘内在潜力，重点培育发展，着力实施“建名科、树名医”战略，加大对学科建设的投入和扶持力度，2015年确定麻醉与围术期医学科、肾脏内科、康复运动医学科、骨科、泌尿外科、检验科、眼科和放射科8个院级重点发展专科。医院以这些重点学科为依托，整合资源，协调发展，形成具有我院特色的学科建设方向。
医院现有高级职称人才280余人，博士121人，硕士632人，博士生导师28人，享受国务院特殊津贴2人，省政府特殊津贴3人，医院现有国家级人才3人、省级人才37人，其中国家卫生计生突贡中青年专家1人，省学术技术带头人及后备人选14人，“江淮名医”7人，皖江学者特聘教授1人，青年皖江学者2人，省卫生系统青年领军人才9人，省级以上学术团体主委及副主委118人。
