苏州大学附属第二医院又名核工业总医院、中法友好医院，1988年12月建院，是一所集医疗、教学、科研、预防、核应急等为一体的三级甲等医院。医院是首批国家核应急医学救援技术支持中心和救援分队及培训基地。临床医学博士后流动站、临床医学一级学科博士、硕士学位授予点，住院医师规范化培训基地。设有中华医学会中国胸痛中心、国家卫生计生委高级卒中中心、苏州市创伤救治中心。
微创技术是医院重要特色，神经外科于2000年开展锁孔微创技术，并每年以组织国家级学习班普及推广，普外科是卫生部内镜技术培训基地；放射治疗科于2004年以精准治疗的理念开展各类恶性肿瘤治疗；影像诊断科、病理科、急诊医学科是苏州市临床质量控制中心挂靠单位；在成功救治核辐射损伤患者方面积累了比较丰富的临床经验。
承担研究生、本科生、省内外大中专院校和医疗单位的实习与进修、国家级与省级医学继续教育等教学任务，是国家培养高级医学人才的重要教育基地之一。2017年度中国医院科技影响力学科排行中，医院13个临床学科（神经内科、神经外科、整形美容科、骨科、内分泌科、普外科、风湿免疫科、血液科、肿瘤科、放疗科、心血管内科、皮肤科、急诊科）进入前100名。截止2018年底，共获科技进步奖686项，承担各级科研项目1693项，发表学术论文9219篇，主编参编专著191部。
作为中法友好医院，与法国巴黎、蒙贝利埃、斯特拉斯堡、南特、格勒诺布尔等大学均有密切联系，专家学术交流，互派留学生进修。同时注重加强与美、日、德等国及香港、台湾等地区学术交流，促进和提高医院知名度。
医院积极承担社会责任。2005年兼并重组苏州市第七人民医院，增名“苏州大学附属第二医院高新区医院”，通过科室结对、对口支持、人才培养等具体措施，高新区医院取得快速发展，2017年底经苏州市卫生和计划生育委员会批准，纳入苏大附二院一体化管理。目前，苏大附二院浒关院区医疗改扩建项目一期工程将投入使用，按照“一院两区、一体管理、融合创新、特色发展”原则，以妇产科、儿科、康复、肿瘤等学专科为重点发展方向，形成“大专科、小综合、有特色”学科布局，苏州西北部居民将享受到三级甲等综合医院同质化优质医疗服务，缓解西北部医疗资源相对不足的现状。同时苏大附二院与石路、胥江、友新社区卫生服务中心结对医联体，与昆山四院、吴江一院、长桥医院、张家港五院等公立医院加强合作，通过指导帮扶共同提高医疗服务水平。在积极加强指导周边下级医院促进医联体的同时，医院还选派优秀专家赴陕西、贵州、青海、江苏宿迁等地，积极承担国家卫计委、江苏省卫计委、苏州市政府支医帮扶工作，援陕医疗队长、妇产科专家史明医生殉职岗位，被追授“道德模范”并入选“中国好人”。
医院坚持“质量、成本、满意度、执行力和可持续科学发展”核心价值观，秉持“博学、务实、仁爱、敬业”医院精神和“服务百姓健康,承载社会责任”办院理念，被评为“全国模范职工之家”，蝉联省、市文明单位，多次荣获中核集团“四好”领导班子等称号。
医院设有临床科室32个，医技科室8个，临床医学、护理、医院管理教研室21个，苏州市重点实验室6个。中核集团重点专科3个（神经外科、神经内科、 骨科），江苏省临床重点专科10个（神经外科、神经内科、普外科、骨科、麻醉科、急诊医学科、放射治疗科、妇科、泌尿外科、胸心外科），苏州市临床重点专科20个（麻醉科、神经内科、 神经外科、骨科、医学影像科、普外科、急诊医学科、泌尿外科、血管外科、心血管内科、放射治疗科、妇科、整形美容科、胸心外科、血液科、肿瘤科、产科、呼吸科、消化科、检验科）。
苏大附二院现由三香路院区（三香路1055号）和浒关院区（浒墅关镇康复弄28号）组成，共设床位2050张。2018年度，医院门急诊量216万人次，出院7.86万人次，年手术量3.55万台次。现有职工2765人，其中卫生技术人员2301人，高级专家458人，国务院政府特殊津贴专家19人，博士生导师38名，硕士生导师127名。
拥有CT、DSA、MRI、直线加速器、SPECT等万元以上设备共计3千多台（套）。
1986年08月，苏州医学院组建了附属第二医院筹建办公室。
1986年11月28日，苏州医学院在附属第二医院基建工地，隆重举行奠基典礼。
1987年09月22日，核工业部核劳发（1987）120号文，批准成立苏州医学院附属第二医院。
1988年03月09日，核工业部核劳发（1988）27号文，批准苏州医学院附属第二医院同时建为核工业总医院。
1988年10月27日，苏州市人民政府苏府复（1988）24号文，命名苏州医学院附属第二医院为苏州市第六人民医院。
1988年12月26日开始对外试诊，12月30日在门诊楼正式举行“开诊仪式”，宣告医院挂牌开诊。
1989年06月27日，苏州医学院党委苏医党（1989）第20号文，批准成立中共苏州医学院附属第二医院总支部，苏医党（1989）第21号文，批准建立附属第二医院党政领导班子，撤销附属第二医院筹建处。
1991年12月07日，中国核工业总公司批准核工业总医院同时使用“中国核工业辐射损伤医学应急中心”与“秦山核电核事故应急医疗中心”两个名称。
1992年10月14日，苏州医学院党委苏医党（1992）第47号文，批准附属第二医院设立中国共产党苏州医学院附属第二医院委员会。
1992年10月31日，医院隆重举行“中法友好医院——HOSPITAL SINO-FRANCAIS DE SUZHOU”揭牌仪式。
1993年04月24日，苏州医学院苏医（1993）95号文，批准本院设为苏州医学院临床医学二系。
1994年06月16日，苏州市卫生局成立苏州市创伤抢救中心，委托由本院挂牌并统一管理和业务指导。
1995年06月05日，苏州医学院设立神经科学研究所，并将该所挂靠在本院。
1995年08月09日至11日顺利通过了三级医院基本标准的评审。
2000年04月05日，苏州医学院与苏州大学合并，苏州医学院附属第二医院更名为苏州大学附属第二医院。
2002年12月，医院被国家核事故应急办公室批准为国家级核事故应急后援组织。
2003年10月，根据江苏省卫生厅关于爱婴医院标准的评审，获爱婴医院称号。
2004年04月27日，中国核工业集团公司批准本院升格为二类事业单位（副局级）。
2005年03月12日，兼并重组苏州市第七人民医院，更名为苏州大学附属第二医院高新区医院（保留苏州市第七人民医院原名）；10月20日兼并重组东桥卫生院，更名为苏州大学附属第二医院东桥医院（保留东桥卫生院原名）。
2008年01月21日，“苏州大学医学院临床医学二系”更名为“苏州大学医学部第二临床医学院”
2009年08月15日，签约经营高新区中西医结合医院、高新区狮山敬老院、高新区狮山残疾人服务中心。
2010年11月23日，学校与医院签署《加强临床医学教育备忘录》，原“评弹学校”委托我院管理使用。
2011年12月26日，医院通过江苏省等级医院评审，荣膺三级甲等医院。
2012年5月16日，我院中法友好医院成立20周年。
