佛顶宫总建筑面积近10万平方米，主体建筑共9层，地下利用矿坑建设了6层，规模宏大，可以说在世界上的佛教建筑中也是少见的，而这里就是安放和供奉佛顶舍利的地方。佛顶宫呈半圆状，整体造型是以巨型莲花托起佛顶发髻的摩尼穹顶，直径超过200米，非常辉煌壮观。
佛顶宫中并不是一个单一的穹顶，而是设计成天井式的上下直通空间，最中心的佛涅槃的卧像最为震撼，可以从多个角度进行瞻仰。佛陀用生老病死四相来劝化众生，佛教的“涅槃”是一种不生不灭的永恒宁静的境界。佛说法时，诸天散花。相传，佛国净土也有昼夜雨花的祥瑞，释迦牟尼佛涅槃时，所有人也持香花、宝幢等供养。
在整个穹顶的最底层，整个遗址公园最为神圣的宫殿里供奉着释迦牟尼佛顶骨舍利。供奉佛祖顶骨舍利的仿制圣塔有鎏金、水晶、琉璃、宝石等佛教“七宝”镶嵌，集青铜、鎏金、掐丝珐琅、雕塑、錾刻等数十种传统工艺于一身，再辅以激光投影，堪称精美绝伦。
进入佛顶宫，先要通过一条绘满圣迹绘画的长廊，在这个通道内又有四座小型的宫殿，分别描绘世界上地、火、水、风四大自然现象的奇观。一路是体悟佛祖八相成道的绘画故事，行进路线上能看到地之奇观和火之奇观——千尊小佛龛和千盏心灯的胜景。
到了临近佛顶宫的地方，需要乘坐水中的电梯上行，这是第三个奇观——沐三界净水。通过禅意的设计来描绘自然界的这些现象。出了电梯就是佛顶宫的顶层，这里也是佛顶宫的入口。高大的空间和精美的穹顶就在上方，令人震撼，仰天望去，神秘的天空苍穹似乎近在咫尺，点点的繁星似乎伸手可及，天人合一。这样的设计，是让人们在见到佛顶骨之前，能够了解佛教故事，用心体会自然万物，“历练”过后方能以宁静平和的心态进入佛顶宫，也颇有“禅修”的意思。
佛顶宫建筑以供养为主题，共分为大小穹顶两部分，寓意为外供养与内供养，大穹顶长度为120米，形如佛祖袈裟，既与牛首东峰呼应，又覆盖在地宫小穹顶之上，象征佛祖无量加持。小穹顶整体犹如佛祖发髻，单个为双手合十造型，寓意千万信众对佛祖供养。
小穹顶基座为莲花宝座造型，整个莲花宝座共由象征佛陀无量智慧的56座飞天菩提门，以及象征吉祥如意的56根云门如意柱组成，与小穹顶摩尼宝珠上下结合，形成“莲花托珍宝”的神圣意象。
“佛顶摩崖·文殊圣山”因整个摩崖位于牛首山西峰佛顶宫大穹顶袈裟护持之下而得此名，全体共分上下两层，上层依照北方石窟之形态，取天然巨石雕凿十三座大小石窟，下层以各种浅深浮雕和经文石刻为主，上下两层合为一只巨型佛手，庄严殊胜。
禅境大观，南北长112米，东西宽62米，建筑总高为46.5米，内部净高约 38 (41.2)米，空间面积超过6000㎡，呈椭圆形。禅境大观的核心是禅文化，由三个部分组成，佛出生的禅境花园、成道的禅境花园和中间的莲花剧场，共同表现了佛祖一生的故事。沿着佛陀修行的足迹，让人们感悟由释迦牟尼人成佛的奇迹。
千佛殿以红色、黄色和暗金色为主色调，整个千佛殿空间呈穹窿状，平面为椭圆形，千佛殿外圈有万佛廊，万佛廊在空间上涵括了地下三层。千佛殿依照华藏世界的五方五佛来布局，以代表金刚界大日如来的舍利圣塔为中心，加之圣塔上的四波罗蜜菩萨、对称于环廊四周的四方佛、慧门十六尊菩萨、四摄菩萨和八内外供养菩萨，立体呈现了佛教密宗金刚界曼荼罗第四供养会的神圣场景。千佛殿中心最惹人注目的是供奉佛祖顶骨舍利圣塔。塔高21.8米，造型基于大报恩寺鎏金七宝阿育王塔造型，取象于敦煌莫高窟中的倒立须弥山形中心柱，象征了清净庄严的华藏世界。
万佛廊由地下三、四、五层构成。地下第三层重点表现中国佛教文化，有两条经文偈语走廊和十六幅绢裱工笔画。地下第四层展现印度佛教文化，环廊内设有二十诸天，以及七面表现印度佛教教义故事漆画。进入地下五层，其主题为佛陀本生与舍利文化，包括展示佛教舍利文化多媒体视频、十幅贤劫十六尊瓷板画，以及八大灵塔和相关实物展陈。
舍利藏宫位于地下44米处。藏宫的中心区域属于宗教场所，称为藏宫大殿，佛顶骨舍利将长期供奉在藏宫大殿内。舍利藏宫以暗色调为主，营造庄重、神秘的氛围。长廊长66米，根据六波罗密的供养内涵布局，六波罗蜜是菩萨的六种行为，分别为持戒、布施、忍辱、精进、禅定、智慧。
