专业体制
1951年，北京足球队就参加了第一届在天津举行的全国足球比赛大会，这支北京队在参加完全国足球比赛大会华北区的比赛后于1951年底就解散了。此后，在1953年和1955年，北京又曾经组织过两支“北京足球队”，但都属临时组织性质，在参加了一两次比赛后就解散了。
1957年到1985年，由国家红队（当时称“联队红”）代表北京队参加全国比赛，并蝉联全国足球甲级联赛冠军，但这并不能称作真正的“北京队”。
从1956年起，北京市政府成立了主管竞技体育的机构——竞技指导科，地点在北海后门东边的旃檀寺，下设足球、篮球、排球三个班。足球班第一任主教练是薛吉竹，他从八一队退役来北京，在北京体育师范学院任教，并成为国家级裁判员。另一位教练是崔增石先生，他从匈牙利学习归国后因伤退役，辅佐薛先生组队。可能是由于当时北京好的苗子不多，薛先生回到他的家乡大连招来了20多名年青球员组建了足球班的队伍，领队是赵海贵同志。
1956年7月22日至29日，这支队伍参加了全国青年足球锦标赛北京赛区的比赛，获得北京赛区第一名。8月26日至9月2日决赛在北京进行，北京青年队排在沈阳和上海之后名列第三，这是北京青年队第一次参加全国比赛。
1957年7月28日在天津市举行了全国十二单位青年足球锦标赛，北京青年队在预赛中名列第2组第3名，决赛中名列第2组第3名，成绩不够理想。
1958年11月16日至30日在重庆市举行了全国各甲级足球队的预备联赛，这支队伍以北京二队的名义参加比赛。先在预选赛第2组战胜红旗二队和广东青年队获得第一名，继而在淘汰赛中5-0胜重庆，4-2胜八一青年进入决赛，最后在决赛中以2-1战胜了周广达教练率领的火星体协队荣获冠军。
1959年，以该队为基础，又引进了谢鸿钧、成文宽、王德发、金正民、张志诚等几位国家队队员以及陈文方、孙云山、俞安逸、李永在、金竹松、关仁卿等组成北京市代表队参加了第一届全运会足球比赛，主教练为史万春，领队王敬光。在当年5月27日至6月14日举行的全运会分组预赛中，北京队在南宁赛区6战5胜，仅0-0平广东名列小组第2进入决赛。在9月1日至27日举行的决赛阶段比赛中，北京队先在第3组力压陕西、湖北、江苏3队获得第一名进入前6，继而又在前6名的循环赛中以2胜2平1负的战绩获得全运会第3名。
此后，北京队进行了改组。当时正值全国产业队撤销，北京队又从产业队、大专院校队陆续吸收了李松海、方中申、赵海河、郑慰清、谢廷生、刘敏新、倪朝华、苟延年、刘宝成、李天恩、陈印铭、荆其卓、董得山、孙孝诚等队员，人员也基本稳定下来。从组织体系上，这支北京队和北京市其他运动队一样，统归北京市体委下属的北京体育师范学院运动系领导，这个体系一直延续到1993年职业化改革，期间虽单位名称改称过“北京体工大队”，“先农坛体育运动技术学院”等，但领导关系始终没有改变。所以公认这支队伍就是一直传承下来的北京足球队。
1960年起，这支队伍仍以北京青年队的名称参加全国比赛，并于1963年荣获全国足球联赛（当年最高级别比赛）的冠军。这是北京队历史上第一个全国冠军。
1964年，这支北京青年队正式升为北京队。
甲A时代
（1992-2003）
北京国安足球俱乐部注册日期为1992年12月29日，并代表北京市参加了1993年全运会，最终夺得亚军。1994年，中国足球甲A联赛正式揭幕，北京国安除了在主场分别以5-1和6-0战胜了上海申花以及沈阳东北六药以外，并没有特别出色的表现。
1995赛季，金志扬对球队进行了大刀阔斧的改革，将谢朝阳、韩旭、南方等年轻队员选入一线队，同时召回了前国脚高洪波，引进了河北籍守门员符宾，重用杨晨、周宁和邓乐军等新生力量，加之谢峰、高峰和曹限东的日臻成熟，北京国安队的新老交替得以顺利完成。参仿时任申花队主教练徐根宝的“抢逼围”战术，并结合北京足球的特点，提出了“抢、快、活”的战术指导方针。这些变革深刻的影响了国安队，并使国安在当年度的甲A联赛中成为受人瞩目的球队并获得联赛亚军。这一年被主教练金志扬总结为“申花运、国安年”。
1996赛季，国安俱乐部加大了对球队的投入。俱乐部召回了在日本踢球的魏克兴，同时又将沈祥福充实进教练组，接着又以创当时国内转会纪录的价格66万元人民币引进了八一队的中场球员大王涛，加上队中的曹限东、胡建平、谢峰、高峰和高洪波等人，国安队已经拥有了号称当时国内最为强大的攻击阵容，也被媒体公认为是夺冠的热门。在该年的足协杯决赛中4-1大胜山东鲁能泰山队夺得冠军，首次捧得足协杯冠军，同时创造的足协杯决赛最大比分赢球纪录。
1997赛季，国安俱乐部发生了一些变化。经北京市体育局和中信国安集团研究决定，并经北京市政府以及中信总公司批准，俱乐部于当年2月与北京市体育局脱离关系，正式纳入中信国安集团的组织序列，这也标志着北京足球队职业化改造彻底完成。1997年7月20日北京国安队在主场9-1血洗上海申花队，制造了震惊甲A的“工体惨案”，同时又创下了“总进球最多、单队进球最多、赢球比分最大”三项联赛纪录。1997年12月28日北京国安队在金志扬的带领下，在北京工人体育场以2-1力克上海申花队，成为第一支卫冕足协杯冠军的队伍，并赢得了“足协杯之王”的美誉。1998赛季，国安俱乐部对球队进行了较大规模的调整，首先俱乐部通过“永久转会签下巴拉圭小将罗曼，金志扬离开了北京国安队出任中国国家队助理教练，同时兼任北京队总教练。沈祥福成为新任主教练；还有继上一赛季失去“二高（高洪波、高峰）”之后，球队继续有多名球员离队或退役，其中包括转会到德国甲级俱乐部法兰克福队与他同时出国发展的还有下半年被租借到曼海姆队的周宁；另外，谢峰、曹限东和邓乐军以及大王涛也纷纷登上转会榜，北京国安队的中前场主力严重流失。
1999赛季，俱乐部没有汲取前两个赛季在人员流失方面的教训，放弃了在两年间表现出色的三名外援，同时在人员引进方面又没有明显的动作，导致年轻球员占据了绝大多数主力位置。这种情况一方面为徐云龙、邵佳一等新生力量的成长提供便利，加速其成熟，另一方面也让国安俱乐部为球队的稚嫩付出了代价，历经沉闷的一个赛季后名次下滑三位，位列积分榜第六名。
2000赛季，北京国安足球俱乐部试图有所改变，从大连万达队引进了高中锋小王涛，同时还聘请了南斯拉夫国家青年队主教练乔立奇，他也是国安队历史上首位外籍主教练。然而国安与乔立奇的合作却很不成功，将帅失和为国安带来了历史上的最差开局，前三轮比赛中国安队三战尽殁。这样的成绩无法令俱乐部满意，乔利奇被解职。此后已是球队副领队的魏克兴成为执行教练赛。由于开局不利，加上年轻球员并未完全成熟，国安队成绩起伏不定，主客场成绩均难以让人满意，这直接影响了俱乐部的积分和排名。在足协杯的赛场上国安队闯进决赛，对手是李章洙带领的重庆隆鑫队。当年的足协杯决赛采用主客场制，国安队先主后客，结果在主场凭借小王涛的进球以1-0获胜，但是却在客场1-4败给了对手，获得了亚军。
2001赛季，北京国安没有对阵容作大的调整，主教练魏克兴也继续留任。在外援方面，球队引进了南斯拉夫后卫切尔梅利，重庆隆鑫的英格兰球员米伦以及瑞典中场劳德伦德，不过三人对球队的贡献十分有限，锋线和卫线的平庸表现造成了国安队最终联赛净胜球为负，这在俱乐部历史上还是第一次。另外北京国安没有解决客场作战能力有限的问题，全年客场1胜4平8负只得7分，严重影响了球队的排名。在足协杯比赛中，国安队继续了上一个赛季的势头，再次进入决赛，但是在与大连实德的比赛中先是主场0-1告负，继而客场1-2再负，以1-3的总成绩位列亚军。
2002赛季，辽宁波导战斗队将主场从沈阳迁到了北京落户亚运村奥体中心，面对同城对手带来的竞争压力，北京国安终于在球队建设方面开始有所动作。由于2000和2001两个赛季成绩平平，主教练魏克兴离职，俱乐部聘请了前南斯拉夫的教练留博·彼德洛维奇，并且按照其意愿引进了巴辛、兰科维奇和曾经入选过南斯拉夫U21国家队的塔米奇，同时从山东鲁能买入小李明，进一步充实后卫线。赛季中期兰科维奇和塔米奇离队，球队又补充了伊里奇、普雷迪奇，重新召回了卡西亚诺，高水准的外援保证了球队的竞技水平，也同时促使年轻球员日趋成熟。最终与深圳队并列第二按中国足协规章靠抽签决定排名。在扑克牌抽签仪式中，代表国安队抽签的领队魏克兴抽到了梅花J，而已是深圳队助理教练的谢峰则抽到了黑桃Q，最终国安队获得了甲A联赛的季军。
2003赛季，北京现代汽车有限公司耗资1.5亿元人民币获得了国安足球队三年的冠名权，北京国安队正式更名为北京国安足球俱乐部北京现代汽车队。但是球队的更名却带来了误解，事实上中信国安总公司仍然是俱乐部的出资机构，俱乐部内部的组织结构没有因为这次冠名而发生任何变化。2003年10月1日举行的足协杯决赛中，阵容不整的国安队凭借克里斯蒂安·科内塞的梅开二度以及杨昊的锦上添花以3-0战胜大连实德队，获得了冠军，同时也成为中国足球职业化以来第一支三度问鼎中国足协杯的球队。
中超时代
2004赛季，中国足球超级联赛正式启动，北京队加大了投入，力争改变2004赛季糟糕的表现。俱乐部首先肯定了克里斯蒂安·科内塞的贡献，并且花费250万欧元将其买入，签下了三年的工作合同，除此以外还引进了罗马尼亚年轻后腰阿莱克斯以及塞尔维亚和黑山前锋布兰科·耶利奇。另外，由于八一队由于体制原因宣告解散，因此北京队也将该队的隋东亮和徐宁购入以充实自身实力。第十四轮客战沈阳时遭遇“误判”的点球，发生罢赛事件，后被中国足协判该场比赛北京现代0-3告负，并扣除联赛积分3分。
2005赛季，北京现代队没有大幅调整人员配置，只是请回了刚刚带领国奥队在雅典奥运会预选赛上失利的沈祥福重新担任主教练，同时引进了中甲球队深圳科健的主力门将杨智，而两名外援阿莱克斯和耶利奇则继续为球队效力。国安队在新赛季开局几场比赛中发挥尚可，塞黑前锋耶利奇凭借出色的发挥当选为“中国足球先生”，并以21粒进球成为该年中超最佳射手，他也成为第一位包揽这两个奖项的外籍球员。这个赛季北京队高开低走，只获得了第六名。
2006赛季，沈祥福继续执掌北京国安队。原主场工人体育场由于将为北京奥运会而进行改扩建，导致球队被迫更换主场。俱乐部和球迷都希望先农坛体育场重新成为国安队的主场，但由于其设施年久老化，已经不能达到举行中超联赛的标准，因此俱乐部不得已选择了位于京郊丰台区的丰台体育中心。由于球队强调了防守，所以全队的防守意识加强，防守的水平得到了提高，这改变了国安以往“客场虫”的形象，在全年的十四场客场比赛中，国安以4胜7平3负列客场积分榜第三位。同时，由穆萨、徐云龙、张帅、杨璞领衔的后防线在全年的28场比赛中仅失16球，使国安队成为全年比赛中失球最少的球队。防守的有力改善成为国安最终获得该赛季联赛季军的重要原因。另外主教练沈祥福的保守战术也是导致国安队锋线水平下降的关键因素。不过球队的客场成绩有所回升，这为国安重新树立强队形象打下了基础。
2007赛季，国安队更换了主教练，沈祥福离职，俱乐部与韩国籍教练李章洙签订了两年的工作合同。其上任之后，对国安队的人员进行了大幅的调整，沈祥福所依赖的高大卫、崔巍、杜文辉等国内球员淡出了主力阵容，同时从辽宁队引进了张永海和郭辉，并买了大连实德的年轻门将程月磊和效力于深圳上清饮的薛申，其中薛申成为了离开国安后以球员身份回归的第一人；在外援的选择上，2006赛季的球员全部被弃用，李章洙挑选了曾经效力于上海联城队的巴西前锋堤亚哥和后卫阿德拉尔多，但是前者由于受困于左腿严重的伤势而不得不离队，不得已国安俱乐部在联赛开始前一天签下了巴西球员阿尔松和被上海申花队放弃的洪都拉斯球员小马丁内斯，小马丁内斯也是国安历史上继三杆洋枪后一个极具人气的外援。最终北京国安获得了2007赛季中超联赛的亚军，同时也第一次获得了参加亚洲冠军联赛的资格。
2008赛季初，北京国安队在李章洙的率领下，开始了中超与亚冠的双线作战，由于球员的体能问题以及李章洙坚持不进行球员轮换的原因，球队在两线表现得都差强人意。2007赛季十分神勇的堤亚哥在本赛季状态全无，因此锋无力的问题再次摆在了球队面前。第一循环结束时，国安仅仅在积分榜上排名中游，基本丧失了夺冠的希望。而在放下争冠的包袱后，球队在第二循环的联赛中有所起色，一路奋起直追，最终反弹到了第三位，获得了当年联赛的季军。
2009赛季，国安对外援进行了大调整：先后引进了威廉·保罗、马季奇以及澳洲的格里菲斯兄弟，并且还将之前效力于上海申花队的埃米尔·马丁内斯招至帐下，试图在中超、亚冠两线发起冲击。最终北京国安队得偿所愿夺得了其第一个顶级联赛冠军，澳洲兄弟大小格里菲斯分别为国安队奉献了8个进球。
2010赛季，北京国安引进了在绿城队连续两年有突出表现的巴西外援奥托，也许是球队风格的打法的差异，他的表现让人大失所望，并在中途离队去了日本联赛。在亚冠赛场北京国安成为这年唯一一支小组赛出线的中国球队，小组赛在客场大雪中3-1击败川崎前锋队是一场经典的比赛。但这年联赛国安以12胜10平8负积46分，仅获得第五名的成绩，没能取得参加2011年的亚冠联赛资格。2010年12月24日，国安俱乐部正式于葡萄牙教练海梅·帕切科签约，合同为期一年。在主帅敲定后，5名球员：徐云龙、王长庆、杨昊、黄博文、杜文辉合同即将到期，其中杜文辉去意已决投奔江苏舜天，到12月31日前，国安俱乐部只与徐云龙、王长庆2位老将续约至2012年，亚洲杯后，杨昊和黄博文分别加入了广州恒大和韩国全北现代队。
2014年1月6日，北京国安引进韩国首尔FC队长河大成。2014年10月26日，中超第29轮上演天王山战役。恒大主场迎来国安的挑战，最终国安凭借邵佳一任意球绝杀，将悬念保持到最后一轮。
2015年5月26日，2015赛季亚洲足球冠军联赛1/8决赛次回合比赛展开。坐拥一个客场进球的北京国安还是未能改变历史，主场0-1不敌韩国全北现代，以两回合总比分1-2再次被挡在了亚冠联赛八强门外，而在北京国安历史上从未进军亚冠联赛八强。
2015年12月，中信集团决定在不改变球队颜色，队名和队徽logo的情况下，同意转让国安俱乐部50%股份。
北京国安乐视
2016年1月19日，乐视和北京国安足球俱乐部有限责任公司在北京联合宣布达成深度战略合作伙伴关系。2016年，乐视正式冠名北京国安足球队，球队更名为“北京国安乐视队”。5月19日，北京国安宣布意大利籍主教练扎切罗尼“下课”，球队助理教练谢峰将担任代理主教练一职。同年10月，北京国安与乐视停止合作。2016年11月23日，北京国安足球俱乐部官方宣布与西班牙教练何塞·冈萨雷斯完成签约手续，何塞·冈萨雷斯正式成为北京国安队新任主帅。
北京中赫国安
2017年1月24日，北京国安足球俱乐部股权转让公示正式到期，公示期从1月9日到1月23日，期间并未出现任何异议，这意味着北京国安俱乐部股权转让完成，中赫置地有限公司将成为国安最大股东，占俱乐部64%的股权，北京国安足球俱乐部更名为北京中赫国安足球俱乐部。
2017年6月10日，北京国安足球俱乐部宣布聘请德
国籍主教练罗杰·施密特出任俱乐部主教练。2017中超二次转会，北京中赫国安转入内援宁伟辰、王子铭（返租青岛中能）、黄涛、张梓健。
2017年8月2日，北京中赫国安俱乐部官方宣布土耳其前锋伊尔马兹转会土超特拉布宗体育，转会费加浮动奖金条款，共计550万欧元。在效力国安期间，伊尔马兹代表球队各项赛事出战31场，打入19球并贡献6次助攻。
2018年7月13日，北京中赫国安俱乐部宣布效力于挪威超级联赛斯塔贝克足球俱乐部的中国球员郑一鸣加盟球队，身披2号球衣。
2018年8月9日，马季奇已经离开国安前往中国足协任职。
2018年11月30日足协杯决赛第二回合中，北京中赫国安在济南奥体中心体育场2:2与山东鲁能泰山战平，两回合总比分3:3，以客场进球多的优势第四次捧起足协杯。
2019年5月4日，中超联赛第8轮的一场焦点大战，北京中赫国安客场挑战广州恒大淘宝，凭借着第64分钟乔纳森·比埃拉的进球，北京中赫国安客场1比0击败广州恒大淘宝，创造中超开局8连胜的记录。5月21日，2019赛季亚冠联赛小组赛最后一轮，国安客场0-3负于浦和红钻，无缘小组出线。5月26日，中超第11轮，上海上港2-1终结国安中超开局10连胜。
2019年7月24日，中国足协杯四分之一决赛，北京国安加时不敌山东鲁能，无缘四强。
2019年7月31日，北京中赫国安俱乐部官宣，主教练罗杰·施密特离任，前里昂主帅布鲁诺·热内西奥接任。
