2011年3月，江西省文物部门接到群众举报，江西省南昌市新建区大塘坪乡观西村附近山上有一座古代墓葬遭到盗掘，文物部门立刻对该墓葬周边区域进行了考古调查。历时5年多，考古工作者一共勘探约100万平方米，发掘约1万平方米。
海昏侯墓的整个发掘过程代表当今中国一流的考古水平，代表当今中国一流的文物保护水平，代表当今中国的展示水平。墓园的考古发掘有10余家单位跨学科合作，运用科技手段全程提取和记录信息。在考古调查和发掘前期，大量使用了地球物理探测、GPS定位、电子全站仪布网测控、全球地理信息系统（GIS）记录等科技手段，将调查资料完整信息化。初步建立起了海昏侯国遗址的地理信息系统。所有发掘工作都以世界遗产的标准指导考古发掘，为今后大遗址的保护展示提供科学依据。
通过考古，考古人员发现除了2011年盗墓者对西汉海昏侯墓实施一个大的盗洞之外，该墓的西北角有一个五代时期留下的盗洞，从发现的装衣服的漆箱、写有“昌邑九年”字样的漆器等文物来看，盗墓者未能成功实施盗墓。
人们不禁要问，公元前104年至五代时期，中间一千多年时间，为什么它没有遭遇盗墓者的“骚扰”呢？省文物考古所所长徐长青、西汉海昏侯墓考古队领队杨军等多位专家都提到，这得益于东晋时期江西的一场大地震，使墓室早年就坍塌，地下水上涌淹没了墓室。当时人们不具备水下盗墓的条件，才使得该墓得以幸免。专家所说的大地震，指的是公元318年豫章郡发生大地震，此次地震使原来的枭阳县、海昏县等豫章古县淹没到鄱阳湖中。张仲立表示，正是因为墓穴内充满水，这种绝氧的环境不利于微生物生长，才使得墓内的文物得到保护，腐蚀程度不高。
2015年12月15日，南昌西汉大墓主棺进入清理阶段，主棺将整体“打包”至附近实验室，多证据指向墓主为汉武帝之孙刘贺。
2016年1月15日，整体提取到实验室。
2016年3月2日，专家组在北京首都博物馆“南昌汉代海昏侯国考古成果新闻发布会”，确认墓主为汉废帝”刘贺。
2016年5月5日，海昏侯刘贺墓主棺已进入后期清理阶段，“刘贺”字样私印、头箱、部分玉件、敷面等表层文物已提取。考古工作者在提取完敷面后发现了刘贺的牙齿。从数量上看，刘贺牙齿保存较完整，根据之前的考古经验，有较大几率在刘贺口中发现玉琀。下一步将进行刘贺牙齿、腰饰、琉璃席等文物的清理工作。“由于棺体受重压变形，刘贺的上下齿紧密咬合在一起，牙齿上方还能辨认出小部分鼻骨痕迹。”
考古工作者正研究牙齿的“打开”方案，而刘贺牙齿的有关数据已送至中国社会科学院考古研究所进行古DNA检测；并提取了刘贺上肢、下肢遗骸的少量样品标本，做体质人类学方面的检测，为揭示其与墓园其他成员关系提供依据。
2019年3月12日，海昏侯刘贺墓主椁室文书档案库曾出土5200余枚简牍，负责这批简牍文字释读工作的北京大学出土文献研究所近期公布阶段性成果。研究人员辨识出千余枚竹简上记载了一种名为“六博”棋的行棋口诀，属首次发现，为研究汉代的社会风尚乃至兵制提供了很好的实物资料。
2011年来考古人员共勘探约100万平方米，发掘面积约1万平方米，共清理出土了各类文物1万余件。
成套出土的有编钟、编磬、琴、瑟、排箫、伎乐俑；竹简、木牍以及有文字的漆笥、耳杯等数以千计；五铢钱10余吨近400万枚；青铜雁鱼灯、青铜火锅上的花纹惟妙惟肖；青铜镜上镶嵌着玛瑙、绿松石和宝石等等，都是汉代考古文物珍品。
车马坑出土了实用高等级马车5辆，马匹20匹，错金银装饰的精美铜车马器3000余件。这也是中国长江以南地区发现的唯一一座带有真车马陪葬坑的墓葬。
2015年11月14日，南昌西汉海昏侯墓主椁室的考古发掘工作正式启动。在此次主椁室的考古发掘中，出土了一组漆器屏风和两块马蹄形金器。其中，在主椁室西室被发现的漆器屏风表面有孔子生平的文字以及孔子画像。考古专家表示，这可能是迄今为止我国发现的最早的孔子画像。海昏侯墓位于江西南昌新建区大塘坪乡观西村东南约1000米的墎墩山上，整个墓园占地面积约4万平方米，该墓已清理出土文物1万余件。
2015年11月15日，发现10余吨铜钱。
2015年11月17日上午，南昌西汉海昏侯墓主椁室西侧出现数量惊人的黄金、金器，包括数十枚马蹄金、麒趾金、两盒金饼等。
2015年12月，玉具剑、玉质耳杯、韘形佩、“子母”套装漆器等陆续发掘出土。这是南昌西汉大墓主椁室考古发掘的第23天，考古发掘取得的进展。
2015年12月8日，南昌西汉大墓主椁室考古发掘又取得进展，考古人员在主椁室提取出多件玉器。其中包括一把约80厘米的玉具剑。
2015年12月14日，考古队员从主椁室提取了有葡萄般大小、两端钻有微孔、对齐贯穿的琥珀，这块琥珀中还有昆虫，属于珍贵的虫珀。
2015年12月19日，在主墓出土的竹简中发现了一篇《筑墓记》，有可能详细记录了南昌西汉大墓建造的过程，将为揭开墓主人信息和考古工作提供更准确的依据。
2015年12月20日，考古人员们开启了南昌西汉大墓主棺的第一层棺板，在其中发现了马蹄金和玉器。
2015年12月22日，考古人员在主棺的内外棺之间发现了多块金板。经秦汉考古权威专家确认，这是汉墓考古史上首次发现的金板，或将提供墓主人的重要信息。
2015年12月23日，考古专家在出土竹简中发现《论语》，且据资料表明西汉大墓地处文献记载的昌邑王刘贺的封地，历史背景十分清楚。实用车马陪葬坑出土的雕刻精美纹饰鎏金、错银青铜车马器，与文献记载“龙首衔轭”的“王青盖车”类似。此外，墓内出土了大量带有“南昌”、“汉”、“昌邑二年造”、“昌邑九年造”等文字的漆器、青铜器、印章和木牍，因此墓主身份已经初步明确为西汉第一代海昏侯刘贺。
2015年12月24日，在提取的金器中，经初步统计，大金饼95枚，小金饼1枚，大马蹄金12枚，小马蹄金21枚，麟趾金15枚。
2015年12月25日，海昏侯墓再次出土了33枚马蹄金、15枚麟趾金以及20块金板，整个墓葬中出土的金器数量已达378件。这些金板共20块，长为22－23厘米，宽为10厘米，厚度较薄；除一块金板后有附着物外，其余金板未发现之前期待的文字或图案信息。
2015年12月27日，江西南昌西汉海昏侯墓的临时文保用房里，文保人员正在清理前25日在主棺南侧发现的金板、马蹄金等金器。记者看到，马蹄金分大小两种，大马蹄金分别刻有“上”、“中”、“下”三种文字，对此专家还未得出完整结论。25日下午，南昌西汉海昏侯墓主棺柩的外棺和内棺之间的金器全部被提取出来，其中金饼96枚、马蹄金33枚、麟趾金15枚，另外还有金板20块，此次出土的金板，长约23厘米、宽约10厘米、厚约0.3厘米。加上此前在主椁室出土的金器，海昏侯墓出土金器已超过478件，重量已超过115公斤。其身家之丰厚已超出历史的记载和专家的预料。
2015年12月28日，南昌西汉海昏侯墓出土的孔子屏风上有孔子图像及生平介绍文字。北京联合大学历史专家王楚宁认为之前各种传世书籍都没有完整记载孔子的姓与氏，孔子屏风则明确写着孔子“字中（仲）尼，姓孔，子氏”，将孔子的姓、氏、字完整记录。孔子屏风的第二列文字“鲁昭公六年，孔子盖卅矣”，告诉了我们孔子三十岁时的准确纪年，由这一时间节点可以推算出孔子的生年为鲁襄公七年（公元前566年）。孔子屏风记载的孔子生年比《春秋公羊传》和《春秋榖梁传》记载的生年早十四年、比《史记·孔子世家》记载的孔子生年早十五年。
2016年3月2日，《五色炫曜——南昌汉代海昏侯国考古成果展》在首都博物馆开展。
2016年8月30日，据专家考证，南昌西汉海昏侯刘贺墓出土的文物中有竹书《论语·知道》篇。《论语》中发现《知道》篇，很可能属于《论语》的《齐论》版本，如果完全释读出来，在整个学术界将是一个非常重大的发现。
2017年5月29日，海昏侯墓考古发掘传来新消息，失传1800年之久的《齐论语》竹简已完成扫描，为文字释读做好准备。
2018年1月30日报道，考古人员从海昏侯墓园五号墓主棺提取出百余件珍贵文物，其中韘形佩、玉剑彘等一批深埋地下两千多年的精美玉器重现世间。
截至2019年2月，海昏侯墓自2011年发掘以来，出土1万余件（套）珍贵文物。
备受瞩目的南昌西汉海昏侯墓主椁室考古发掘工作在2015年11月14日上午9时进行主椁室开棺。央视与江西广播电视台联合现场直播，各大网络新闻媒体也图文直播。
墓主身份确认时间表：
11月14日：主椁室中部、西侧室和东侧室南部进行清理，表层随葬文物亮相。
11月18日：主棺表层及周边淤泥进行清理，并继续提取主椁室中部、西侧室和东侧室南部文物。
12月10日：主棺将进行吊运，并送去实验室进行试验性考古。
12月20日：考古专家将在实验室内揭开主棺的神秘面纱，对棺椁内出土的文物等将会比较清晰。
12月25日：组织专家论证会和新闻发布会，正式揭晓墓主身份等信息。
2016年1月15日：整体提取到实验室。
2016年3月2日，正式确认墓主人为汉废帝刘贺。
南昌西汉海昏侯墓出土了约5000枚竹简，从初步清理和保护情况看，内容包括《悼亡赋》《论语》《易经》《礼记》《孝经》《医书》《六博棋谱》等文献。其中，考古人员在这些竹简中发现了失传已久的《论语·知道》篇，并初步断定属《论语》的《齐论》版本。
2019年2月报道，海昏侯墓出土简牍5200余枚，专家释读后发现比重最大的一部分是儒家经典及其训传，包括《诗经》《礼记》类、祠祝礼仪类、《论语》《春秋》经传及《孝经》等
根据墓葬、墓园和出土文物的特点，结合文献记载，专家认为海昏侯墓与西汉海昏侯国存在很大关联，墓葬主人就是南昌西汉海昏侯国的某一代海昏侯，距今有2000多年历史。但具体是哪一代海昏侯，还有待于更多的证据。
据《汉书》《资治通鉴》等史料记载，海昏侯的爵位世代承袭，一直延续到东汉，其中以第一代海昏侯刘贺的生平最为曲折，刘贺为汉武帝之孙，在世33年间曾经历王、皇、侯三种身份的转变，被权臣霍光扶上帝位后在位仅27天就遭废黜。
据考古专家介绍，地方史料记载，第一代海昏侯刘贺墓在建昌县西北六十里昌邑城内，有大坟一所，小坟二百许，旧称百姥冢。史料记载的刘贺墓位置与此次考古发掘的海昏侯墓非常接近。
2016年3月2日上午，考古人员在首都博物馆召开新闻发布会，正式对外确认南昌西汉海昏侯墓墓主人的身份，就是此前一直猜测的第一代海昏侯——汉废帝刘贺。据考古专家介绍，主要通过木椟、金器及一枚印章确认墓主人身份。
据《太平御览》礼仪部二十八○尸元嘉中（424年—453年），豫章胡家奴开昌邑王冢，青州人开齐襄公冢，并得金钩，而尸骸露在岩中俨然。也就是说，在元嘉年间豫章（今南昌）昌邑王墓已然被遭到小规模盗掘并被记载。
会上，专家确认，经过五年的考古发掘工作，海昏侯墓所发现的三重证据最终确定墓主为第一代海昏侯刘贺。
据史料记载，刘贺(公元前92年—公元前59年)为汉武帝之孙，曾被扶上帝位，但27天后即遭废黜，成为西汉在位时间最短的皇帝。被废后，先贬山东昌邑，再贬江西海昏，一生经历帝、王、侯的跌宕。
证据之一：玉印刻“刘贺”二字。
2016年1月17日，考古队员开启内棺后发现尚存墓主人遗骸痕迹，在遗骸的腰部位置，放置着一枚白色玉印，玉印上刻有“刘贺”二字。专家介绍，这是刘贺的私信。在两汉时期，印章是常见随葬品之一，也是判断墓主身份的最直接证据。
证据之二：墨书金饼上有字“臣贺”。
在出土的金饼上，考古队员发现了模糊的墨书字迹，并释读出了关键部分：“南海海昏侯臣贺……元康”，“贺”字直接指明是第一代海昏侯刘贺，而元康是汉宣帝刘询的第三个年号。考古领队杨军介绍，西汉酎金制要求有封地的侯和王，在每年八月祭祖时给朝廷献上黄金。金饼上的墨书，也从侧面展现了当时的酎金制度。
证据之三：奏章副本署名“臣贺”。
在出土的木牍上，专家发现了海昏侯与侯夫人写给皇帝、皇太后的奏章副本，仔细辨认，木牍上“海昏侯臣贺”、“陛下”、“呈太后陛下”、“元康四年六月”等字样清晰可见。
1、海昏侯墓是我国迄今发现的保存最好、结构最完整、功能布局最清晰、拥有最完备祭祀体系的西汉列侯墓园；
2、海昏侯墓是江西省迄今发现的出土文物数量最多、种类最丰富、工艺水平最高的墓葬；
3、海昏侯墓是我国长江以南地区发现的唯一一座带有真车马陪葬坑的墓葬；
4、海昏侯墓是我国发现的面积最大、保存最好、内涵最丰富的汉代侯国聚落遗址，属于重要的国家级历史文化遗产，对研究西汉侯国历史具有独特的重大意义；
5、海昏侯墓的发掘将中国千文一贯币制推至西汉年代；
6、在主椁室西室被发现的漆器屏风表面有孔子生平的文字以及孔子画像。考古专家表示，这可能是迄今为止我国发现的最早的孔子画像。
7、江西省文物考古所所长徐长青认为，之前墓园中的5号墓墓主身份一直存在儿子、小妾两种争议，如套箱提取的5号墓中也发现墓主遗骸，与刘贺的DNA进行比对，将能揭示二人的关系，对墓园整体埋葬形式的认识也将更清晰。
8、2017年5月29日，海昏侯墓考古发掘传来新消息，失传1800年之久的《齐论语》竹简已完成扫描，为文字释读做好准备。
1、主墓发掘近3年为何香气不断？主墓从发现盗洞到发掘的近3年间，一直弥漫着一股香气。香气来自何处？
2、最早南昌出土的一件青铜豆型灯灯座上刻有“南昌”字样，且发现有大量书写“昌邑九年”、“昌邑十一年”字样的漆器，说明“南昌”有可能最早是在汉代由“南昌邑”演变而来。
3、根据肉眼可见的情况，刘贺的头部附近有大量对称的玉片和玉饰件，在腰部下方位置发现管状玉饰件，是否是用来填塞或遮盖刘贺的眼、鼻、耳、肛等九个窍孔的，还有待专家学者的进一步发掘研究。
南昌汉代海昏侯国遗址博物馆已开工建设，项目总建筑面积39330平方米。该遗址博物馆按照国际一流遗址博物馆的建设标准，综合容纳了展示陈列、文化交流、文物库藏、研究保护、考古研究基地、管理服务、后勤设备七大功能板块。
遗址博物馆计划2018年年底封顶，并同步开展基本陈展策划工作，计划于2019年建成开馆。
