宗喀巴曾师从14世纪西藏各大教派如萨迦、噶举等，他针对藏传佛教中当时僧纪废弛、寺院生活腐化，而倡导宗教改革，提出僧人严格持戒、不事农作、独身不娶，并加强僧院制度管理。关于修持，他主张显密并重，先显后密，强调教理和因明等都有助于解脱。
其《菩提道次第广论》、《密宗道次第广论》与阿底峡《菩提道灯论》在旨趣上一脉相承。1409年，宗喀巴在帕竹地方政权支持下，在拉萨发起大祈愿法会，显示其权威地位。
同年建甘丹寺为驻寺，故该派亦称甘丹派。以后该派又建哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺等诸大寺，势力日渐扩张。1542年，该派以索南嘉措为二世达赖的转世，活佛转世制度在格鲁派中自此确立。16世纪索南嘉措受明廷册封。
创始人宗喀巴（1357－1419）出生于青海省湟中县塔尔寺地方，本名罗桑扎巴。幼年在噶当派寺庙夏琼寺出家，依顿珠仁钦学显教，对噶当派教义有了初步认识。1373年他到卫藏地区学经，先后从萨迦﹑噶举﹑夏鲁等派僧人学习。
至14世纪80年代初﹐学习各派显宗经论，以后又系统地学习密宗，至80年代末，遍学藏传佛教显密宗各派教法。自1400～1409年，宗喀巴积极倡导僧人严守戒律，学经须遵循次第。著《菩提道次第广论》（1402年成书）﹑《密宗道次第广论》（1406年成书），为创立此派奠定理论基础。
1409年藏历正月﹐宗喀巴在帕竹地方政权阐化王札巴坚赞和内邬宗（今拉萨西郊柳梧区）宗本南喀桑布及其侄班觉桑布的支持下﹐在拉萨发起大祈愿法会，参加的各宗派僧人1万余人。法会后，宗喀巴又在帕竹地方政权属下贵族仁钦贝和仁钦伦布父子的资助下，在拉萨东北40余公里的旺古尔山建立甘丹寺，独树一派。
至清代，该派的达赖与班禅两转世系统均由清廷扶持确认。格鲁派成为西藏地方政权的执政教派，西藏政教合一的统治形式自此进一步发展。格鲁派除藏区四大寺，尚有青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺及今蒙古的额尔德尼召等教派中心。该派奉龙树《中论》，持缘起性空之见。
谓诸法待缘而起，毕竟空无自性。修持主教行并重，不废戒律，兼重止观。教法包容显密二宗，强调先显后密，循序渐进，学不躐等。其学经制度严密系统，考核升迁章法严密。显宗学僧先通五大部（《量释论》、《现观庄严论》、《入中论》、《戒律本论》、《俱舍论》），在三大寺获格西学位后方可进一步修密宗四大部瑜伽密法。该派亦有严格寺院管理制度，僧职人员各司其职，母子寺院从属关系严格。历史上该派在藏族、蒙古族居住区流传甚广，影响很大。
因护法王固始汗推翻噶举派藏巴汗而成为最大的一个教派。
宗喀巴的弟子中，最著名的有贾曹杰和克主杰。贾曹杰继承宗喀巴法位，为第一任甘丹墀巴（意为甘丹寺座主﹐实为此派教主的地位）。克主杰为第二任甘丹墀巴，后期此派建立班禅转世系统时，又被追认为第一世班禅。宗喀巴和贾曹杰﹑克主杰被藏族佛教徒尊称为“师徒三尊”。
此外，宗喀巴的弟子中还有绛央却杰是哲蚌寺的建立者；绛钦却杰是色拉寺的建立者；根敦珠巴是扎什伦布寺的建立者，也是后期被追认的第一世达赖；喜饶僧格是密宗寺院举麦札仓的建立者，这些人都是积极协助宗喀巴创建此派的代表人物。
到16世纪中﹐此派寺院已遍及于藏族分布的各地区。格鲁派是藏传佛教各大教派中最后兴起的一个，在公元15世纪时才兴起。它一兴起就迅速取代了其它各教派的地位，成为后期藏传佛教的唯一主角，在西藏社会发展史上，它具有任何教派都无法达到的重要地位。
学修并重、讲修并重的学风使其成为藏传佛教中影响最大的派别。由于最晚出现，它几乎吸取了以前诸藏传佛教的各个教派的各种教法，如有名的萨迦十三金法，噶举的大手印，宁玛派的密修马头明王，噶当的十六明点（又称“十六滴”），夏鲁的时轮金刚，觉域的断法教授等等。
达赖喇嘛（前藏）、班禅额尔德尼（后藏）、章嘉呼图克图（内蒙古）、哲布尊丹巴呼图克图（外蒙古）
甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺（这三座寺院位于拉萨附近，合称拉萨三大寺），扎什伦布寺（位于后藏的日喀则），塔尔寺（位于青海省西宁市附近），拉卜楞寺（位于甘肃省夏河县）。
该派重视僧人学经﹐有系统的学经制度。先显后密，循序渐进，学不躐等；所学经论及考核﹑升迁等规定自成体系。学经僧人须学显宗五部大论：《量释论》﹑《现观庄严论》﹑《入中论》﹑《戒律本论》﹑《俱舍论》。学完即可通过格西学位考试。凡考取甘丹﹑哲蚌﹑色拉三大寺系统的第一等格西，再入举堆札仓或举麦札仓研习密宗四部（即事部﹑行部﹑瑜伽部﹑无上瑜伽部），经过逐级的职位升迁，可升任甘丹墀巴。
为了不浪费时光，就应思维，人生寿命无常，刹那即过，何时将死，不能预知，既知人生难得，佛法难闻，就应珍惜时间，勤奋苦学，克实求证。
今生不能解脱，死后仍堕轮回。六道之中生于地狱饿鬼之趣，苦不堪言，要解脱恶道之苦，只有依三宝求其救度，故要皈依三宝。
为求后世利乐，不以皈依只靠三宝便为满足，尚须勤行业果取舍。佛教是因果论，种因必有果，善因善果，恶因恶果，若畏恶果，故应广大修善。
何为大乘之门，即波罗蜜多乘和蜜乘。
在密教方面，噶当虽有密法，但未广传。大师阐发密乘精要意义，提出许多实修方便。由于无上瑜伽方面对幻身光明的修法提出不共教授，造《密宗道次第》对学习密教的过程，详作规定，特别是规定无论显教、密乘均须按规遵守律戒，这样就形成了独特的风规，奠定了格鲁派的基础。
在见地方面，大师得萨迦派僧仁达瓦的帮助，通达了中观应成派见。藏传佛教教派除格鲁派外，还有宁玛、噶举、萨迦、觉囊等诸派承认世俗性空、真如本性、如来藏属胜义不空、胜义有论。大师提出应成派见，认为无论胜义、世俗皆是由分别心假名安立，除假名外皆非实有，成立毕竟空说。格鲁派本着中观应成派立论提出了与其他派别不同的八点作为本派特点：
⑴不许有阿赖耶识。
⑵不许有自证。
⑶在胜义虽不可得，在世俗中施设外境是有，不破外境。
⑷立敌共许所依法，不必言陈尽同，故不取自立之因而立量，随顺他宗说应成语，亦成正比量。
⑸三乘各自资粮道中即生一切法无自性见，各自得圣道即已是一分证二无我。
⑹执谛实以三毒一分为性，非所知障而为烦恼障。故执实属烦恼障。
⑺灭法待因而生，故是有法。
⑻因灭法有故，过未二者非有为非无为，成就是实（一般承认灭法是无为）。
⑼格鲁派认为成佛证涅盘即证诸法法性、空性，为胜义谛；宁玛、噶举、萨迦、觉囊认为成佛为见佛性、见自心本性、本有，为胜义谛。在世俗谛上各派均同为缘起性空论，在胜义谛上则两种观上尖锐地对立，一主空，一主有。这空有这争在印度也持续了数百年之久，是一个悬而未决的问题。本来，说“空”是佛说的，说“有”也是佛说的，各有经论作为根据，释迦牟尼说法四十九年，在早期他说的四法印：苦、无我、无常、不净，在涅盘时又一反前说，说常、乐、我、净。可见既同为佛说，即应皆是佛教而非外道。从历史的角度来看，龙树在前，无着在后，其间相隔一二百年。既有龙树的空宗，何以又来无着的有宗？空、有二宗，号称二大车乘，可见二宗是相辅相成，缺一不可的，这就是结论。
依《密宗道次第广论》而修学，规定先学显教后学密乘，意思就是要学人在学显教大乘中首先注重发菩提心，学密是为利益众生急速成佛，现证三身，，才能广大利益众生，故发菩提心最为首要，如此学密才有基础。学密前先依止具德上师，方堪为大阿阇黎，求其灌顶。未得灌顶者，不得讲听密法教义，更不能随便乱修。关于作净、设坛、仪轨事相，论中均有详细的规定。灌顶后受三昧耶戒及别解脱律仪，须严谨守护，若不持戒连人天善趣亦不能得，遑云成佛。其次则须精研密教教理，密教的经典分续部，即作、行、瑜伽、无上瑜伽四部。四部的道次第首先讲事部。事部以外部事相为主。如身语之沐浴作净、设坛设供等外事，而内心则兼修瑜伽住三摩地，其灌顶以花、水、冠三灌为主，随加授记、庆慰、随许。其授三昧耶戒与行部同。事部中对有无自身明现为天身或自己对面生起天身这方面颇有异义，大师许有自起天身。修十真实作承事，四支念诵静虑，修六天与及住火、住声等静虑或加供养忏悔，修四无量心等。大师指出在修密中无论四种续部皆要贯彻修真实之义，所谓修真实，即运用缘起性空的观点来作修习。
外部事相与内瑜伽交相为重。行部灌顶于花、水、冠上加入金刚铃、杵、名等灌顶，随即作授记等同事部。授三昧戒，其戒即恒念皈依和发心，断四黑法，行四白法及菩萨根本戒与支分戒，其它续部所说之三昧耶戒亦应守护。正行有有相瑜伽和无相瑜伽、承事法、求悉地法等。
专示内修三摩地法。灌顶法于行部灌顶上加金刚阿阇黎灌顶和秘密灌顶，连同随许、授记等共十一项。授三昧耶戒，当守皈依学，菩萨学，乃至密咒十四根本戒及依根本和解释经所说五部之三昧耶戒等。本尊有五部如来，正修法分有相和无相二种三摩地。有相瑜伽有四座修、无相瑜伽、修佛部等四部为主修法，善承事已修悉地法。此又分为静虑、念诵、护摩和修悉地法。
无上瑜伽即是男女双身修法，是藏传佛教修法之根本，号称为即身成佛之法；明点与气功则是藏传佛教即身成佛法双身修法之基础，由明点及脉气之修证完成，乃可修习无上瑜伽男女双身法；故说明点、脉气、无上瑜伽乃是密宗修行法门之根本，密宗以无上瑜伽之即身成佛法门为主要思想故。
正修即修生起次第和圆满次第。关于本尊本派有《大威德》、《胜乐》、《密集》和《时轮》等。修生起次第自观天身，生起佛慢，可以打破耽着，断生死轮回根本，同时密乘观修，直观佛的果德如五现证等，即生成佛之意，圆满次第又有二规，依父续修幻身光明，通过金刚诵等三远离，由最细风心成就幻身，再入光明中清净，身现自加持之虹身，心成胜义真实，现证双运之身。依母续修乐空双运，成乐空无别，即大乐心与空性身二者体性无别清净一切尘垢之无二智。此智则为无明永尽，微尘清净无碍之空色身，亦即相好庄严之报身此身与不变妙乐之心结合成为双运之佛身。欲证乐空之见，首先应证空性正见，若无空见所摄，绝不能得真正之乐空。
密宗的内容极为庞杂，汉传佛教分为三部，杂密、胎藏界、金刚界。杂密部多为仪轨、咒语，讲究神通与法术是密宗最早的雏形保留了密宗所有法术和奥义。杂密，意思为不纯或不系统的密法。开元年间，开元三大士译出胎藏界与金刚界密续之后，这两部密续被称为纯密。相对于纯密，在它们之前译出的密教经典与咒语，法术，都被称为杂密。杂秘保留一些，早期法术，如幻术，式神术，召唤术，傀儡术，祈福、祈雨、治病、安家、息灾，乃至于驱使鬼神、包罗万象，如：女用彧鸈男用黑赤鱬牙添“千帆团扇，闻竹，刳舟剡楫”三个押契，把人厄运势引导到解脱的境界制服凶煞，并超脱欲念。感受到运势改变。是五行、阴阳、八字完全专注固定在好运位置。从而达到避免凶煞的方法。这些和佛教我不下地狱谁下地狱的伟大思想不合佛教弟子可以用杂密符咒，但是祈福，求财要慎重，不能每弟子都使用要不人会有懒惰之心，只有真需要祈福的人才可以使用，所以一般上师也就是传承师傅不轻易使用杂密的法术。只有为了帮助贫困或者命数很不好的佛门弟子才使用展现佛法伟大。
