婆罗浮屠位于东南亚的印度尼西亚，大约于公元750年至850年间，由当时统治爪哇岛的夏连特拉王朝统治者兴建。“婆罗浮屠”这个名字的意思很可能来自梵语"Vihara Buddha Ur"，意思就是“山顶的佛寺”。
后来因为火山爆发，使这佛塔群下沉、并隐盖于茂密的热带丛林中近千年，直到19世纪初才被清理出来。
与中国的长城、印度的泰姬陵、柬埔寨的吴哥窟并称为古代东方四大奇迹。
在印度尼西亚语中，庙宇又被称为坎蒂（candi）。这个词也被随意地用于描述任何古代建筑，比如：门框和浴池。
婆罗浮屠的命名来源并不清楚，尽管印度尼西亚多数古代庙宇的原名都已经失传。“婆罗浮屠”这个名字出现在斯坦福·莱佛士爵士的书《爪哇历史》中。莱佛士记载了一座称为“婆罗浮屠”的佛塔，但没有更早的资料记录相同的名字。
记载这座佛塔线索的爪哇古老手稿是Mpu Prapanca于公元1365年所著的Nagarakertagama，其中称一座佛教庙宇为“浮屠”（Burdur）。这座浮屠很可能就是婆罗浮屠，但此手稿没有更多的信息让人确认它。
人们认为莱佛士记载的名字Bore-Budur 以及衍生的 BoroBudur，在英语语法中表示婆罗（Bore）村附近的庙宇；书中多数佛塔都用附近的村庄命名。如果按照爪哇语的习惯，佛塔的名字应该是BudurBoro。莱佛士同时认为 Budur 可能对应于现代爪哇语中的Buda（古代的），即是：古代的婆罗。另外一种假设认为 Boro 源于古爪哇语的bhara（尊敬的），佛塔的名字就是“尊敬的佛陀”。也有人认为佛塔的名字来自于爪哇语的biara（庙宇），意为“婆罗的庙宇”。
日惹西北40公里处的高地分布着许多佛教和印度教寺庙，这块高地位于孪生火山孙多罗-松宾和默巴布-默拉皮，以及Progo河之间。根据当地神话，这片所谓Kedu平原是爪哇的圣地，因其土地肥沃而被冠以“爪哇花园”。
在婆罗浮屠的第一次修复期间，人们发现它和另外两座佛教寺庙Mendut、Pawon连成直线。虽然这可能是一个巧合，但是当地传说很久以前有砖路从婆罗浮屠通往Mendut。这三座寺庙的建筑和装饰工艺都属于同一时期，因此人们猜测它们的分布应该归因于某种不可考的宗教习俗。 和其它寺庙不同，婆罗浮屠修筑于一座海拔265米的岩石山上；周围是干涸的湖床，婆罗浮屠的底部高出湖床15米。湖的存在一度是考古学家的争论热点。
1931年，一位荷兰艺术家和印度教学者W.O.J. Nieuwenkamp提出一套理论，认为婆罗浮屠起初是一朵漂浮在湖中的莲花。莲花是佛教艺术中随处可见的形象，经常作为佛陀的宝座和舍利塔的塔基。婆罗浮屠整座建筑似乎呈现一朵莲花的形象，其中的佛像似乎代表着大乘佛教中的《妙法莲华经》。塔顶的三层圆台似乎象征着莲花瓣。然而很多考古学家认为建筑周围的自然环境表明这里不存在湖泊。
另一方面地质学家根据发现的粘土沉积物认为W.O.J. Nieuwenkamp的观点可能成立。2000年一项地层学、沉积物和花粉样本的研究表明婆罗浮屠附近曾经有过湖泊，然而湖泊的面积时时不同。
另一项研究证实，在公元13世纪和14世纪之间，婆罗浮屠应该在湖泊的岸边。印度尼西亚活跃的火山之一默拉皮就在婆罗浮屠的附近，它从更新世以来就一直喷发着火山灰。火山和河流塑造了婆罗浮屠周围的环境，也影响了湖泊的充盈和干涸。
没有文字记录谁是婆罗浮屠的建造者，也不知道为何而建。通过比较佛塔隐式地基的浮雕和王室族谱的铭文，人们估计佛塔建造于公元八和九世纪。婆罗浮屠可能于公元800年建成。
公元760年-830年是中爪哇夏连特拉王国的鼎盛时期，而夏连特拉王国受到三佛齐帝国的影响。
建造过程估计历时75年，于公元835年竣工，正值三佛齐大君Samaratunga当政。人们分不清当时爪哇的印度教和佛教统治者。夏连特拉王国被看作是佛陀的虔诚信徒，但在Sojomerto出土的石碑却说明他们是印度教徒。Kedu平原周围平原和山上的许多印度教和佛教庙宇就建造于这一时期。包括婆罗浮屠在内的佛教庙宇大约和印度教的湿婆神庙巴兰班南（Prambanan） 同时建造。
公元732年，夏连特拉王国的开国君主Sanjaya王下令在婆罗浮屠以东10公里外的Ukir山上建造印度教湿婆神庙lingga。根据Kalasan族谱，Sanjaya的继承人Rakai Panangkaran却于公元778年建造了佛教庙宇Kalasan。
人类学家认为宗教在爪哇从来没有导致严重冲突。信奉印度教的国王可能庇护佛塔的建造，佛教徒国王也可能反过来。王朝和文化的延续可能不受国教更替影响。
婆罗浮屠曾经在若干世纪中沉睡于层层的火山灰之下和茂密的丛林之中。佛塔的遗弃依然是一个谜团。人们不知从何时起佛教徒不再到这里朝拜。
有一种假设认为爪哇人在公元15世纪转变为伊斯兰教徒时遗弃了这座庙宇。另一种理论认为公元1006年前后的一次火山爆发引发饥荒，当地居民只得背井离乡。人们认为这次事件导致爪哇权力中心早至公元928年就从Kedu平原迁移至Brantas山谷附近的东爪哇。不过这座伟大的佛塔从未被当地人民遗忘。然而关于佛塔的辉煌传说逐渐被对悲剧和灾难的迷信取代。
公元18世纪的两份古爪哇语手稿记录了一桩和佛塔相关的灾难；根据爪哇历史传说（Babad Tanah Jawi），佛塔导致公元1709年一位针对马塔兰国王的谋反者死亡。在马塔兰历史传说（Babad Mataram）中，佛塔和日惹苏丹国一位王子的悲剧被关联起来。这位王子无视禁忌，带走了婆罗浮屠一个舍利塔中名为“牢笼中的武士”的雕像。他回到王宫即暴病，一天后身亡。
英荷爪哇战争之后，英国于1811至1816年统治爪哇。上尉托马斯·斯坦福·莱佛士被任命为爪哇副总督（其时英国未设爪哇总督，因此莱佛士是最高行政长官），他对爪哇的历史有着浓厚的兴趣。莱佛士穿越爪哇岛，记录和当地居民的交流，并且收集爪哇古董。1814年在巡视三宝垄的途中，他听说在Bumisegoro村庄附近丛林的深处沉睡着一座叫做婆罗浮屠的大佛塔。莱佛士本人没能发现这座佛塔，便派遣荷兰工程师H. C. Cornellius前往勘察。Cornellius和他的两百名属下花了两个月在丛林中开拓出一条通往婆罗浮屠的路。由于佛塔可能坍塌，他没能全部发掘。Cornellius向莱佛士报告他的发现，并附上婆罗浮屠的多幅画。尽管莱佛士在《爪哇历史》中只用聊聊数句提及此次发现，人们依然将婆罗浮屠的重见天日归功于他。
1835年Kedu地区的荷兰行政长官Hartmann继续Cornellius的工作，并且最终发掘了整座佛塔。他对婆罗浮屠的兴趣大多来自个人。然而Hartmann没有记录他的勘察活动，即便传说他发现了主舍利塔中的大佛。至今为止主舍利塔空空如也。1842年Hartmann勘察了主佛塔，但人们不知道他发现了什么。后来荷兰东印度政府委任工程师F.C. Wilsen前往勘探，他在1853年的报告中提到一尊百倍于婆罗浮屠其它佛像的大佛。
Wilsen描绘了婆罗浮屠的几百幅浮雕，并且研究了佛塔本身，写下了三篇文章。此时荷兰东印度政府已经委任J.F.G. Brumund详细研究佛塔，这项任务于1859年完成。Brumund本想发表一篇附有Wilsen绘图的文章。但是殖民地政府不同意，而Brumund拒绝听命。殖民地政府于是派遣另一名学者C. Leemans研究佛塔，他最终基于Wilsen和Brumund提供的材料编辑了一本书。1873年婆罗浮屠的第一本详细研究作品出版，一年后被翻译为法文发行。1873年荷兰籍佛兰德裔雕刻师Isidore van Kinsbergen拍下了佛塔的第一张照片。
佛塔的一些浮雕和装饰物不时被窃贼和顺手牵羊的游客偷走。1882年殖民地首席文化监察官认为佛塔不牢固，并建议分解整座佛塔，将浮雕陈列在博物馆中。殖民地政府因此委派一位考古学家Groenveldt进行彻底勘查、评价佛塔的实际情况。Groenveldt的报告认为对佛塔情况的担心不正确，并建议保留佛塔。
1973年联合国教科文组织资助了一次对婆罗浮屠的主要修复，佛教徒重新来到这里朝拜。每年五月和六月的第一天满月，印度尼西亚的佛教徒在这里庆祝卫塞节，纪念乔达摩·悉达多的生辰、死忌和悟道成为释迦牟尼的日子。卫塞节是印度尼西亚的国家假日，纪念活动集中于三座佛教庙宇：游行队伍从Mendut寺步行出发，经Pawon 婆罗浮屠的游客最后到达婆罗浮屠。 婆罗浮屠是印度尼西亚受欢迎的旅游景点。1974年它吸引了26万名游客，其中3万6千是外国人。1990年代中期在印度尼西亚金融危机之前，游客数字飞涨至每年2百50万人，其中80%来自国内。然而当地居民抱怨他们未能受惠于旅游业的发展，因此不时发生冲突。2003年当地居民和婆罗浮屠附近的小商人组织了数次抗议，反对中爪哇省政府建设一座三层商厦“爪哇世界”的计划。
1985年1月21日，婆罗浮屠的九座舍利塔被九枚炸弹严重损坏。1991年一位穆斯林盲人传教士Husein Ali Al Habsyie被指控策划了1980年代中的一系列爆炸事件，其中包括对婆罗浮屠的袭击，他被判终身监禁。1986年，一个执行炸弹袭击的右翼极端组织的两名成员分别被判20年监禁，另外一人被判13年监禁。2006年5月7日，一场里氏6.2级的地震袭击中爪哇的南部沿海地区。此次地震在日惹附近的城市造成严重的毁坏和人员伤亡，但婆罗浮屠安然无恙。
