索南嘉措(1543——1588年)，《明史》称锁南坚措，西藏堆龙（今堆龙德庆）人，为第三世达赖喇嘛。
明代蒙古俺答汗赠他以达赖喇嘛（大海般的上人、大师）的尊号，他为俺答上尊号为“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”，承认他为成吉思汗的化身，为全蒙古的大汗。推进了格鲁派（黄教）与蒙古的联合，后来蒙古诸部一般都信仰格鲁派佛教，青藏高原格鲁派也受到蒙古势力的护法，他是西藏、青海和蒙古史上的重要人物。
索南嘉措出生于西藏拉萨附近的一个贵族家庭，据说这是西藏早皈依佛教的家族之一，他们在当地有很强的政治势力。明嘉靖二十五年（1546）由哲蚌寺上层僧人迎至寺内，作为前任座主根敦嘉措的转世，这是格鲁派实行活佛转世制度的正式开端。
嘉靖二十八年受沙弥戒，嘉靖三十一年任哲蚌寺座主，嘉靖三十七年兼任色拉寺座主，嘉靖四十三年受比丘戒。
在索南嘉措出生的前一年，即1542年，西藏黄教领袖、著名寺院哲蚌寺和色拉寺的池巴(即法台)根敦嘉措逝世。由于黄教严禁僧人娶妻，故采用喇嘛教早已行用的“转世”制度解决寺院领袖的继承问题。“转世”的办法，依据的是佛教关于灵魂不灭、生死轮回的学说。具体做法是，凡寺院领袖(通称为活佛)死后，寺院上层通过占卜、降神等仪式，寻觅在活佛圆寂的同时或不久出生的若干儿童，从中选定一个“灵童”作为活佛的“转世”，迎入寺中继承其宗教地位。哲蚌寺的僧众经过一个时期的寻觅，确认索南嘉措就是根敦嘉措转世的灵童。并于1546年，即索南嘉措虚岁4岁时把他迎入寺中供养。
在哲蚌寺，索南嘉措受到严格的宗教教育和训练。7岁时(1549年)，他拜时任哲蚌寺池巴的索南札巴为师，受了沙弥戒。11岁时(1553年)，李南札巴卸职，索南嘉措被寺众公推为第十二任池巴。22岁时(1564年)又拜格勒巴桑为师，受了比丘戒。
索南嘉措在名师的指导下，经过刻苦的学习，佛学修养达到了很高的水平。受比丘戒后，他便把主要的精力放在到各地讲经弘法上。先是赴日喀则的札什伦布寺讲经，以后又云游山南、达布等地区，说法收徒。又返回拉萨，接受色拉寺僧众的请求，担任了该寺第十三任池巴。
当时藏语地区(包括西藏和青海的一部分)佛教教派很多，主要有萨迦、噶举、格鲁等派。噶举派俗称白教，当时统治着西藏地区的第司政权就是属于这一派的。但是由著名僧人宗喀巴创建的、俗称黄教的格鲁派，在宗喀巴及其弟子们的努力下，影响迅速扩大，受到了第司政权的扶植，还受到明朝中央政权的礼重。索南嘉措在前辈奠定的基础上，又进行了卓有成效的传教活动，不但使黄教在西藏、青海地区的根基更扎实，还把黄教传到了内蒙古。
明朝时期，蒙古地区分为兀良哈、鞑靼、瓦剌三部。至明中叶，鞑靼部的俺答汗在位，势力强大，屡次侵扰内地，明朝廷无力制御。明世宗嘉靖三十八年(1559年)，俺答汗率众西入青海，明廷无可奈何，只好采用怀柔的办法，于明穆宗隆庆五年(1571年)封俺答为顺义王，听任其在青海活动。
俺答汗在青海接受了黄教的影响，变成了黄教的热烈信徒。那时索南嘉措已经成为黄教的重要领袖，名声很大。俺答汗慕其名望，于1576年派代表到西藏，邀请索南嘉措到青海与其会晤。索南嘉措欣然接受了邀请，于1577年11月从拉萨哲蚌寺动身，至次年5月抵达青海，在仰华寺会见了俺答汗。两人谈得很融洽，很快建立起亲密的关系。会见后，俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，索南嘉措则回赠俺答汗“咱克瓦尔第彻辰汗”的尊号。
“圣识一切”是“遍知一切”的意思，“瓦齐尔达喇”是梵文，意译为“金刚持”；“达赖”是蒙古语，意思是大海；“喇嘛”是藏语，意思是上师。俺答汗赠给索南嘉措的这一尊号，大意是“遍知一切的执持金刚无坚不摧广博得像大海一般的上师”。简单地说就是“达赖喇嘛”，也就是“大海一般的上师”。从此以后，西藏黄教中哲蚌寺、色拉寺这一系统的领袖开始有了“达赖喇嘛”的称号。后人把这一称号追赠给索南嘉措承传所自的前两代黄教领袖根敦朱巴、根敦嘉措，分别称他们为第一世达赖喇嘛和第二世达赖喇嘛，因而索南嘉措成为第三世达赖喇嘛。
至于索南嘉措赠给俺答汗的尊号，“咱克瓦尔第”也是梵文，是“转轮王”的意思，“彻辰汗”是聪睿之王的意思，有既是人间之主又是佛教圣人的含义。俺答汗得此尊号，心中大喜，对于索南嘉措更加尊崇和信任。当时蒙古人大多信奉萨满教，遵行丈夫死后妻妾殉葬的陋俗，还有为死者宰杀很多驼马作祭祀的风气。索南嘉措用佛教不杀生的教理开导俺答汗，劝他废除萨满教的落后风习。俺答汗接受了索南嘉措的意见，下令在本部民众中推行，由此蒙古人逐渐抛弃了萨满教，改信了黄教，促进了蒙古社会的进步，也加强了蒙、藏两个民族的友好关系。当然，索南嘉措也因而得到全体蒙古人的敬仰。
明朝廷方面，不久也获悉了索南嘉措到达青海，成为俺答汗言听计从的顾问的情况。明廷充分认识到索南嘉措的作用和影响，产生了借重索南嘉措搞好朝廷与鞑靼部落关系的想法。明神宗万历六年(1578年)，朝命甘肃巡抚侯东莱设法会晤索南嘉措，敦请他劝说俺答汗率众离青海回内蒙。于是侯东莱便发使到青海请索南嘉措赴甘肃与他会晤。
索南嘉措接到侯东莱的邀请，便找俺答汗商议，俺答汗劝他接受邀请。索南嘉措乃于这一年的冬天到了甘肃，受到侯东莱的隆重接待，规格一如当年元朝接待帝师八思巴一样，就连住的地方也安排在当年八思巴住过的幻化寺。索南嘉措通过侯东莱了解到朝廷的善意，便也主动地向朝廷表示自己的诚心。他在幻化寺给执政宰相张居正写了一封信，表示“我与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平”，“有阁下分付顺义王(即俺答汗)早早回家，我就分付他回去。”随信还给张居正送去了观音像、氆氇、金刚结子等礼物。张居正接到索南嘉措的来信和礼物，不敢擅自接受，立即向神宗作了报告。神宗皇帝命张居正收受下来，并答应了索南嘉措希望通贡的要求。这就标志着达赖喇嘛与明朝政府正式发生了关系。当时明朝政府还没有给索南嘉措赏赐封号，但按明朝的制度，只有法王、国师才有资格向皇上进贡。既然皇帝已明令准许其上贡，自然表明朝廷已承认了索南嘉措在西藏宗教上的崇高地位。而明朝朝廷特别看重索南嘉措，给予特殊礼遇的基础，则是索南嘉措在青藏地区的巨大影响。正如《明史》所记载的，索南嘉措在青藏，“诸番莫不从其教，即大宝法王及阐化诸王(都是明廷在西藏封的王)，亦皆俯首称弟子。”明廷礼敬索南嘉措后，又反过来加强了他在藏区的地位，“自是西方止知奉此僧，诸番王徒拥虚位，不复能施其号令矣。”
索南嘉措许诺劝俺答汗回内蒙的事，也有了顺利的结果。他与甘肃巡抚会晤后，立即返回青海。俺答汗听从了他的劝说，第二年(1579年)就与索南嘉措告别，率大部返回内蒙古土默特部。朝廷经年用兵办不到的事，索南嘉措在谈笑间就办妥了。他还派了一位名叫东科尔呼图克图云丹嘉措的得力僧人，作为自己的代表，跟随俺答汗去内蒙古讲经说法，进一步扩大黄教在内蒙的影响。
此后三四年间，索南嘉措一直在青海、西康(今西藏东部)地区讲经说法，收授生徒，从事各种传教活动。其间西藏三大寺(哲蚌、色拉、甘丹)曾捎信给索南嘉措，希望他早日返藏。但是，也许是索南嘉措厌倦了西藏宗教派系无穷无止的争斗倾轧，也许是他觉得在西康和青海的活动对于佛法大业有更重大的意义，所以他没有答应三大寺的请求，而继续在西康、青海各地弘法。明神宗万历八年(1580年)在西康理塘地方，为理塘大寺举行了开光仪式。万历十一年(1583年)，应青海塔尔寺附近的部落头人及塔尔寺池巴的邀请，到塔尔寺讲经。塔尔寺是黄教创始人宗喀巴的诞生地，明世宗嘉靖三十九年(1560年)，当地信徒修建了一座小寺，取名塔尔寺，意译为“根本木”。索南嘉措来到此教主诞生之地讲经，可见黄教发祥地信众对他的钦重。索南嘉措来寺后，得到周围蒙藏部落头人的资助，又扩建了塔尔寺。这一件事，极富象征性，表明索南嘉措继承宗喀巴的事业，使黄教不断发扬光大。
就在这一年，俺答汗逝世。索南嘉措应继位的僧格都棱汗的邀请，于次年(1584年)从塔尔寺动身，前往内蒙为俺答汗诵经祈祷。一路上讲经说法，走走停停，至1585年才到达内蒙古的鄂尔多斯西拉乌苏河右岸的依克沙巴尔。他在这里与蒙古王公们进行会谈，并调停了三个蒙古部落之间的战争。又于次年(1586年)，到达归化(即今呼和浩特)，与僧格都棱汗会晤，为俺答汗的逝世举行了隆重的祈祷仪式。
索南嘉措在内蒙期间，大力宣扬黄教，在归化建立了锡热图召寺。1587年，应察哈尔部首领图门汗的邀请，又到内蒙古东部地区去讲经说法，广收门徒。同年，外蒙古喀尔喀阿巴代台吉远道前来拜见，索南嘉措赠给他“诺门汗牙齐瓦齐尔可汗”的尊号。借着这个契机，黄教的影响更扩展到外蒙古地区了。
索南嘉措在内蒙弘扬黄教的努力受到了蒙古王公们的肯定和表彰。其时僧格都棱汗又去世了，其子□力克即位，并袭爵为顺义王。1587年，□力克上表朝廷，请求赐给索南嘉措“朶尔只唱”的封号。“朶尔只唱”是藏语“金刚持”的意思，与俺答汗赠给索南嘉措的梵语“瓦赤尔达喇”同义。明神宗根据顺义王□力克的请求，派遣官员到内蒙古，邀请索南嘉措到北京与自己会晤，并请他在北京讲经说法。索南嘉措接受了明神宗的邀请，即从内蒙动身赶赴北京。不幸中途在内蒙卡欧吐密地方圆寂，时为明神宗万历十六年(1588年)三月二十六日，享年46岁。
索南嘉措的一生是大力弘扬黄教的一生，也是努力协调汉、藏、蒙民族关系及中央与蒙、藏地方关系取得巨大成就的一生。他的所作所为，为历世达赖喇嘛树立了光辉的榜样。
