邓锡侯出身贫寒，八岁丧母，十岁丧父，全靠舅母文氏抚养成长，故俩长感情甚笃。少年时，邓曾就读于乡中私塾，由于天资聪慧，勤奋好学，因而功课优异，深受塾师李樵（号铁樵）的赞赏。
清朝末年，朝廷统治腐败，内忧外患日深，民台倒悬，孙中山领导的革命党人十分活跃，地处川北偏僻之乡的营山县也受到进步思想的影响。刚开始懂事的邓锡侯常与友人议及国家民族之大事，曾叹息曰："天下兴亡，匹夫有责。"在这种思想指导下，他与挚友相约，忍痛离开养育自己的舅母和故乡，到省会成都寻求出路。
1906年，邓锡侯初到成都，人地生疏，正在焦虑之际，恰逢成都陆军小学堂第一期招募新生。于是，邓决心弃文习武。由于他身材魁伟，脑子机灵，遂被录取。1909年，被保送到保定陆军军官学堂所属的南京第四陆军中学堂。因毕业考试成绩名列前茅，又被送到保定陆军军官学堂第一期深造。辛亥革命前夕，在革命党人的教育下。邓锡侯尚未毕业就离开学校，毅然回四川参加新军，在第十七镇六十五标当教练官和帮带。中华民国成立之后，他又转到四川陆军刘存厚的第四师任职，先任副官，后为连长。
护国战争爆发后，正在川南叙州（今宜宾市）、泸州一带清乡的川军刘存厚率先响应“反袁护国”的号召，时任营长的邓锡侯随部配合蔡锷领导的入川滇、黔军作战。他奉命坚守要隘马鞍山，凭借险要地势和自身的英勇机智，给北洋军以重创而荣立战功。随即受刘存厚的派遣，前往驻大洲驿滇黔军总部向蔡锷报告战况。蔡见邓还是一个年不过二十、雄姿英发的年轻军官，顿生爱惜之情，奖慰有加，要他回去转告刘存厚，要进一步严明军纪，能战者赏，怯战者罚。蔡锷特对邓锡侯说：“梁任公（启超）电告，护国军得到中外支持。广西陆荣廷已经宣告独立......倒袁必胜。”蔡并专拨枪械五千以补充川军。待日后向北洋军发起总攻。护国战争胜利后，邓锡侯升任四川陆军第二师第三旅第五团团长，驻防成都市北校场。
1917年7月，川军师长刘存厚等与四川督军罗佩金，戴戡在成都巷战。邓锡侯因率部阻击支持罗佩金，戴戡的滇黔军有功，并处决了纵兵殃民的祸首黔军旅长熊其勋，受到奖赏。1918年，邓锡侯升任四川陆军第五旅旅长，驻防眉山、彭山、仁寿一带。邓为培植壮大自己的军队，提高部队的战斗素质，在眉山创办了“军事教育团”，自兼团长，将所辖各团，营军官集中轮训，每期四个月，获得了明显的成效。1920年，邓升任四川陆军第三师师长，先后驻防成都、广汉、保宁（阆中市）等地。他又趁四川军阀混战之隙。在保宁举办了“军事教育团”，再次培训全师中下级军官。1922年，邓在军阀混战中率领第三师第一次进驻重庆市，并举办了“浮图关教育团”。这时，邓锡侯作为川军将领已逐渐形成一支独立的军事力量，可以自主地在省内从事内战活动了。
1922年8月，四川陆军总司令兼四川省省长刘成勋为巩固自己的统治，以邓锡侯想当军长而对废除军长职衔的决定不满为由，秘密挑动邓的旅长刘铭吾、刘汉鼎反邓。但事机泄漏，邓锡侯乘春节在重庆看戏之机将刘铭吾、刘汉鼎二人解职、扣押，并联络唐廷牧、田颂尧、刘斌等师长通电反对刘成勋，挥兵直捣成都。嗣后，邓锡侯部又遭到熊克武部的攻击，被迫撤离成都，败退川北绵阳，阆中一带。不久，邓又联合北洋军阀支持的杨森等部，通电拥护北京政府，指责熊克武、刘成勋等“擅开战衅，阻碍国家统一”。由此，邓锡侯受到曹锟、吴佩孚的嘉奖，被北洋政府委任为“国军”第三十师师长，并加“骠威将军”的头衔。
1923年冬，邓锡侯、杨森兵分五路向熊克武部发起全面反攻，先后攻占重庆、成都。反熊各军胜利以后，北洋政府论功行赏，于1924年5月26日任命邓锡侯为四川省省长。他考虑到成都乃杨森所控制的地盘，不愿脱离驻在重庆的部队，于是成都的省长公署形同虚设。1925年5月，北京段祺瑞执政又改任邓锡侯为四川清乡督办。
杨森当了四川督理，野心勃勃，妄图独霸全川。这年秋，刘湘、邓锡侯、袁祖铭、刘文辉、田颂尧组成倒杨联军，分兵几路向成都进军。邓锡侯任联军副总司令，率部担任主攻资中、资阳的任务。在宝兴场的遭遇战中，杨森的主力团被击溃。杨森被迫退出四川后，邓率部进驻成都。随后，联军头目在自贡召开分赃会议，他的实力仅次于刘湘，因而分得盐税专收权，月征三十万元，并占据华阳、简阳、遂宁、合川、南充、彭县、广汉、金堂、新津、灌县、新都、郫县，以及松（潘）茂（县）等广大地域。此时，邓锡侯已成为四川军阀“四巨头”（刘湘、邓锡侯、刘文辉、田颂尧）之一，独霸一方，在川军中以其保定系关系而颇孚众望。
当1926年秋广东国民革命军出师北伐进抵武昌时，川军各部也相继易帜改称“国民革命军”，邓锡侯所部被编为国民革命军第二十八军，邓任军长、并兼任武汉国民政府军事委员会委员、第七路军总指挥。他将该军扩充至五个师，十七个混成旅，一百一十四个团，另有炮兵特科部队若干。邓及其所部之旅、师长在自己的驻防区内，独断专行，发号施令，就地筹饷，预征田赋；抓丁派夫，扩充部队。驻地有民谣说：“自古未闻粪有税，而今只有屁无捐”，“一年几征粮，百姓饿断肠”。同时，他在松（潘）茂（县）等藏、羌民族地区，实行所谓“用阳刚的手腕，图温和的成绩，举国家的财力，实力，强制其同化与统一”的大汉族主义政策。邓锡侯还长期控制了设在成都的四川造币厂，大量铸造银洋铜币，以保障日益增长的军需供应。1928年邓锡侯暗中支持杨森、李家钰、陈书农等反刘湘，1929年与刘文辉、田颂尧等一起反蒋介石，但皆失败。
1931年，邓锡侯伙同刘文辉、田颂尧教训名义上的部下李家钰。同时，邓锡侯还派出军队“支援”甘肃，军事力量到达天水、武都一带。1932年秋，四川军阀之间爆发了规模最大的混战，即“二刘（刘湘、刘文辉）之战”。由于刘湘向邓求助，邓锡侯暗中协助刘湘袭击了刘文辉，刘文辉愤恨至极，曾欲设“鸿门宴”诱杀邓锡侯及其部属，达到不战而瓦解邓锡侯的军队。邓获刘部密报出走新都宝光寺，陈离师长来迎。邓在旅长以上官员的会上动员说：“大家要众志成城，万箭齐发，一举渡过毗河，再克成都。这一仗打胜了，薪饷才能按月发放。”当刘文辉指挥第二十四军攻占崇宁县后，刘、邓两军便在毗河两岸对峙，邓军黄隐部并砍掉都江堰内河的马杈，成了邓部的天然屏障，也造成毗河两岸泛滥成灾。邓锡侯感到对峙局面长此下去也不是办法，乃通过刘湘的高参刘从云向刘湘讲明：邓、刘两军鹬蚌相争已呈胶着状态，只要第二十一军出兵，刘文辉必定垮台，二十一军（刘湘部）就可以趁势统一四川了。刘湘采纳其议。刘邓双方在毗河打了一个多月，未分胜负。同时，刘文辉军内部分裂，众保定系将领夏首勋、林云根、张清平等与二十八军陈书农、黄隐、陈离等师长商量和议，要求保定系团结一致，和力对付刘湘。然未实现。果然，刘湘第二十一军一出击，刘文辉即由毗河向岷江一线溃退。在邓锡侯、刘湘等联合进攻下，刘文辉部全线瓦解，只好率残部退守西康。至此，四川军阀最后一场混战宣告结束。
正当邓锡侯与刘文辉在毗河鏖战时，徐向前领导的中国工农红军第四方面军解放了川北通江、南江、巴中、宣汉、达县等地，建立起川陕革命根据地。蒋介石一面调集“中央军”胡宗南部进驻川陕甘边境阻止红军北上，一面委派刘湘就任四川“剿总”军总司令，统一指挥全川各军。邓锡侯任第一路军总指挥，率部进剿川北苏区；他在“剿总”会上表示：“末将听令，愿效驱策”，为完成剿灭共军的任务，“牺牲一切在所不辞”。但会后他却不满刘湘的调遣，把第二十八军的四十一个主力团分为前方进剿与后方整训两大部分，定期轮换，不把军力全部投入前线。他命第七师师长马毓智代理军长，驻在成都与刘湘周旋，自己则坐镇设在绵阳的第一路军总指挥部里督师，由陈书农任前敌总指挥。
1933年11月，邓锡侯部十多个团先后到达昭化，广元一线布防，伺机出击。由于当时红四方面军王树声部自动缩短战线向后撤退，邓军得以踯躅前进，半年多才占领旺苍、南江两县。
1934年6月，邓部奉命进攻通江，进抵小通河沿岸与红军对峙。8月，红四方面军在万源一战击溃刘湘主力，军威大振，迅即回师西向，横扫川军其余各部。邓锡侯部望风披靡，阵脚大乱，损失惨重，邓只好到广元整顿残部。他对惊魂未定的部属说；"你们进攻了几个月，才打到小通河，但是撤退时，几天就跑回来了。你们一趟子跑了七百多里，真是跑得快哟。我不怪士兵，但要问一问这些指挥官究竟在干什么?"第二十八军撤至广元县不久，部队番号改为国民革命军第四十五军。1935年3月，红四方面军主力。西渡嘉陵江，向川西北方向转移。邓锡侯令其前敌总指挥陈离率部在剑门关堵截，结果一个团被红军歼灭，邓只好命令杨晒轩所部坚守江油、中坝、梓潼一带。当红军西进茂县、汶川等藏族，羌族聚居地区时，邓锡侯又令四个团在松潘茂县地域设防，妄图阻止红四方面军与红一方面军会师，结果又被红军击溃。
6月，毛泽东、朱德率领红一方面军飞夺泸定桥后，又迅速攻占天全、宝兴，欲与在理县、茂县的红四方面军会师。此时，邓锡侯奉命率部企图从后山侧击已抵达宝兴县之红军。行军途中，他接到红军总司令、护国战争期间就已认识的朱德和红军总参谋长刘伯承的信。信中恳切劝告邓说："党中央、毛主席号召，国难当前，应停止内战，一致抗日。红军北上抗日，如兄部愿来，我们欢迎，如有困难，暂时不来，希望互不干扰......"邓一方面受到感化，一方面也为保存实力；一方面要按照朱、刘的要求给红军让路，一方面又要向"剿总"交差应付，因此只好命令跟踪部队的黄隐、李树骅部始终与红军保持一天行程距离，不时还要对空乱放几枪几炮。就这样一直尾随红一方面军离开宝兴，翻越夹金山。
抗日战争全面爆发后，邓锡侯在全国人民日益高涨的抗日救国热潮的推动下，在中共中央特派员张曙时等的影响下，深明大义，顾全大局，主动请缨，出川抗日。
1937年8月，国民政府将出川抗日的四川陆军十四个师编为第二路预备军，邓锡侯任第一纵队司令（后称二十二集团军）。9月，出川抗战的各军分别向成都、重庆两地集中，准备一路北出剑门，一路东出夔门，驰赴山东，山西抗日前线。9月5日，在成都市举行了有万人参加的"四川省各界民众欢送出川抗敌将士大会"。邓锡侯在会上发表了激昂慷慨的讲演，他说："我们四川人是具有爱国传统精神的。黄花岗烈士有四川人；辛亥革命有四川人；护国之役也有四川人。当前国家民族面临生死存亡关头，我们身为军人受四川人民二十余年的供养，当然要拼命争取历史的光荣，籍以酬报四川人民......""我们只有长期抗战，才能取得最后胜利！川军出川以后，如战而胜，当然很光荣地归来，战如不胜，决心裹尸以还！"
邓锡侯的一番激情壮浯，使在场的将士热血沸腾，人人振奋。欢送大会之后，邓又召集第四十五军驻成都的出川抗战官兵，作了动员训话。他说："一二五师（师长为陈书农）官兵扬言：‘不发清所欠薪饷不出发，你们的欠饷是应该发清的。......但是日寇侵我国土，杀我同胞，抢夺我们国家和人民的财产，全国一致请缨杀敌，我们军人的天职就是全中国民民，出川抗战。前线情况，急如星火，怎么能说要发清欠饷才出发呢?"接着大声问道："你们是等发欠饷，还是马上出发?"全体官兵激于义愤，齐声应道："愿立即出发杀敌！"
1937年9月初，他指挥所属第二十二集团军陆续沿川陕公路出发。由于车辆奇缺，全体将士只有徒步行军，沿途受到群众热烈欢迎，父老叮嘱杀敌立功，使部队倍受鼓舞。经过一个月的急行军，抵达宝鸡，转乘火车到达西安。这时突然接到蒋介石急电，因娘子关吃紧，命邓军立即赶赴前线。邓立即率领部队开赴山西潼关，从风陵渡过黄河直达前线。
10月22日，邓锡侯偕副总司令孙震等抵达西安时，日军已越过娘子关，经盘石，岩会进犯平定、阳泉，寿阳告急。邓、孙两人到太原见阎锡山，请示作战，于是，邓部奉命驰援晋东。11月1日，邓将集团军总司令部设于马首村，然后到寿阳面见第二战区副司令长官黄绍闳，决定行动部署。随即命令陶凯、王志远两旅在寿阳、阳泉一带协同友军阻击日军。当时邓部武器装备十分简劣，每个士兵只有一支川造或汉阳造步枪和两颗手榴弹，每师除数门迫击炮外，山炮、野炮一门都没有。其时虽已秋风萧瑟，但每个士兵仅有粗布单衣两套。邓部将士全凭满腔爱国热忱，以血肉之躯与装备精良之敌拼死搏斗。因伤亡惨重，乃退至榆次附近，拟向太原靠拢。
11月6日，邓锡侯部在太原附近的南畔村与日军遭遇，并被包围。在晚上突围时，邓坠马摔伤，遇救脱险。此后，邓将这一天定为自己的抗日遇险纪念日，教育部属，勉励自己，永远不要忘记报仇雪恨。7日，太原弃守，战局恶化，第二十二集团军经交城、孝义转移至洪洞县城，一面在安泽、沁源、长治一线构筑阵地拒敌前进；一面整训部队，待命反攻。这时，八路军总部亦驻在洪洞县东关外。邓锡侯曾与朱德多次会晤，并请朱德给二十二集团军团级以上军官讲解抗日形势和游击战术问题。以丁玲为团长的"西北女子战地服务团"，也常为邓部演出精彩节目。第二十二集团军刚到山西省没有作战地图，邓正在焦急时，周恩来亲自带来了在平型关缴获的日本军用地图，邓锡侯激动地说“患难见真情。”这些活动，进一步激发了邓及邓部的抗日爱国热情，增强了八路军与川军的友谊和合作。
12月中旬，日军相继侵占南京、济南，随即一面从南京北渡长江，一面由济南南下，企图南北夹击打通津浦铁路。苏北战略要地徐州吃紧。国民政府军委会急调各路大军保卫徐州。邓锡侯奉命率第二十二集团军从山西洪洞驰赴鲁南，将集团军总部设在军事要地临城。在第五战区司令长官李宗仁的统一指挥下，邓部从徐州沿津浦铁路北上兖州设防，以阻击从山东泰安方面南下之敌。邓以第四十一军防守津浦铁路沿线各要点，并令第一二二师王铭章部集结滕县一带，筑城固守，以第四十五军一二五师从界河前进，阻敌于泗水以北。这样徐州危急局面才得以暂时扭转，人心初安。滕县战斗，王铭章师长壮烈殉国，陈离师长负伤。但川军的巨大牺牲掩护了国军主力部队迅速集结到位。
邓锡侯率部驻防鲁南时，能体察民情，尊重民俗。鲁南是孔子的故乡，礼教十分严格。邓特整肃军纪，严禁部属扰民、拉夫、派款，严禁部队进入民间内室，因而军民关系融洽。正是在当地群众的积极支援下，1938年1月14日，邓部川军初到鲁南前线，就在两下店夜袭敌营成功，毙伤日军二百多人，俘虏四十个，缴获枪械一批，首战告捷，军威大振。鲁南群众特作七律一首以颂赞邓部将士：
天上遥瞻节钺临（指川军来），
安危须丈老谋深（指邓锡侯）。
晋文攮楚先三舍，
忠武服蛮倚七擒（指胜利在最后），
中府一朝诛贰竖（指杀韩复榘），
阳光普照靖群阴。
川军将帅皆韩岳，
岂有神州竟陆沉。
山东民众对邓部的爱戴，使将士们非常感动，他们感慨地说："为民族而战争，能得民众如此爱戴，可以死而无恨了！"也正是在这种精神的支配下，才有一二二师师长王铭章及其所部三千官兵喋血滕县，与城偕亡的可歌可泣的英雄事迹。
1938年1月，四川政局发生波动。2月上旬，蒋介石电召邓锡侯到汉口，征询治川意见。邓锡侯呈述了三点：其一，四川是抗战后方，留驻川康的部队不少，应保留川康绥靖公署，以统率川康部队，其二，日军正猖獗进犯，战区扩大，应再抽调一些川军出川抗战，增援前方，其三，张群是四川人，熟悉四川事，建议委张为四川省主席。蒋介石基本采纳了邓锡侯的意见。2月11日，邓被委任为委员长重庆行营副主任。21日，邓又被委任为川康绥靖公署主任。稍后，邓即从前线回到四川主持川康军务。
邓锡侯回到四川主持川康军务时，川康绥靖公署的文武官员大多为刘湘的旧属，对邓怀有疑虑。他为巩固统治，安定川局，支持抗战，公开声称愿以“公、诚、和、信”四个字来对待一切嫡系、非嫡系的部属。他在一次绥靖公署处长以上的官员会上说：“我回四川继任川康绥靖主任，是为了团结川康军民，安定后方，征兵，征粮，支援前线。因为抗日战争是关系民族存亡之大事，决不能为了争权夺利影响抗战，原绥署处级以上官员一律不变动，照常供职，我只派一个参谋长和各处几个副职人员协助工作。望大家安心工作，实现安定后方，支援前线的共同愿望。”邓锡侯在以后处理军政事务时，遵守了自己的诺言，因而提高了威信，稳定了局势。1938年8月，董必武、林伯渠到成都专访邓锡侯，并希望邓搞好支前工作。1939年，邓通过关系把已经被关在监狱的共产党高级干部陈同生保释了出来。1940年，成都发生“抢米事件”后，国民党准备逮捕杨伯恺时，邓锡侯保护了他，使杨伯恺安全离开。1941年，邓锡侯领衔组织“四川党政军民前线川军慰问团”自兼团长，赴前线慰劳抗日将士。1942年，邓锡侯兼任成都防空总司令时同意在成都城郊挖防空地洞，结果意外发现了前蜀国主王建墓。1944年湘桂之役后，邓专门派人找周恩来了解抗战前途，邓坚定了抗战必胜的信心。
此外，他还在调和国民党中央政府与川康地方以及地方各实力派之间的矛盾。另一方面，在外援交通极端困难情况下，为维持四川战时经济体制，组织兵员、武器和粮秣方面；以及争取美国、印度对四川的支援等方面，都费了许多心血。
1949年10月1日，中华人民共和国成立，但蒋介石仍不甘心失败，亲自坐镇重庆，分别结集胡宗南、宋希濂、罗广文等部于川陕边和川、鄂，湘边，妄图作最后的挣扎。
此时，邓锡侯也正受到蒋介石的冷落、排斥，处于失意、徬徨的时候，他一方面看到国民党统治的最后崩溃已是指日可待，决不甘心为蒋介石集团殉葬，更加怀念往昔朱德、刘伯承，吴玉章、张澜等对自己的关照与厚望；另一方面，邓又顾虑自己的官僚、军阀身份以及参与堵截红军的历史，怕全国解放后会受到追究和歧视。就在这时，中国人民解放军第一野战军和第二野战军的有关人员，川东、川西及川康地下党的人员，民革、民盟和无党派民主人士等都先后做邓锡侯的说服、开导工作，希望他在解放大陆的最后一战中为人民立功。中共中央南方局向邓提出了关于起义的三条意见：第一，起义应按刘伯承司令员在北京广播的原则办事；第二，起义人员的财产概予保护；第三，起义后不得另立番号，不得移防，应就地维持秩序，听候中国人民解放军改编。邓锡侯完全接受了这三条原则。
与此同时，国民党西康省主席，第二十四军军长刘文辉也接到周恩来的电示：解放大军行将西指，望刘（文辉）、邓（锡侯）、潘（文华）等川军将领团结起来，积极准备，相机配合，但不宜过早行动，招致不必要的损失。周恩来的电报对邓锡侯，刘文辉、潘文华（国民党西南长官公署副长官）的率部起义起了极为重要的推动作用。自此，他们三人更加经常地秘密聚会，分析瞬息变幻的情势，商讨对策，并联络民主力量和地方势力作好起义准备，迎接解放。
重庆解放，蒋介石仓皇逃到成都。蒋在撤离大陆的前夕，又以召开紧急会议为名，邀请邓、刘，潘到自己住地北较场，准备将他们挟持到台湾。在此紧要关头，邓锡侯等于当日上午逃出成都，在奉伯常团的护送下抵新繁县的龙桥。此时，川军将领王缵绪接受蒋介石的派遣也从成都赶到龙桥，劝说邓等回心转意，遭到严辞拒绝。为防胡宗南部的攻击，邓等遂转赴彭县。
在邓锡侯、刘文辉、潘文华、陈兰亭率部起义的配合下，四川省会成都市终于实现了和平解放。30日，邓等起义将领和成都市人民群众一起，热烈欢迎人民解放军第一野战军贺龙司令员，王维舟副司令员率部胜利入城。
解放后，邓锡侯先被任命为西南军政委员会委员兼水利部部长，后任西南军政委员会副主席。1952年后，西南军政委员会和川西、川东、川南、川北四个行署区裁撤，恢复四川省的建制，邓锡侯被任命为四川省人民政府副省长。1954年后，邓又历任一、二、三届全国人民代表大会代表，中华人民共和国国防委员会委员，以及中国国民党革命委员会中央委员。中国国民党革命委员会四川省委员会副主任委员等职。1964年3月30日，邓锡侯在成都因病逝世，享年七十五岁。
有《邓主任论川康建设》、《邓主任言论集》（上、下两集共约900页）等。
邓锡侯题
此外，邓锡侯还有一些作品传世，如青城山的对联，新都宝光寺的题匾等。诗歌《吊宋哲元将军墓》为：
一病休官赋远游，澹烟乔木爱绵州。
思亲泪每枕边泻，励士书从手中修。
富乐山春宁瘗恨，芙蓉溪涨总添愁。
七年回首重增慨，为奠英灵发晓辀。
1949年后，邓锡侯也著有不少回忆文章，如《1920年川、滇、黔军阀混战前后》、《参加护国战争始末》。
邓锡侯作为四川大军阀，在他担任军长后，邓锡侯集团主要创办了《成都快报》、《新新新闻》等日报。《新新新闻》是民国四川时间最久，发行最大的日报，1950年停刊。
1922年四月，邓锡侯所部驻防绵阳时，为“恢张宏智”，创立了绵阳县图书馆，中华人民共和国成立后在此基础上又成立了绵阳县文化馆，今为市文化馆和国家一级图书馆。
