同治七年十一月三十日（1869年1月12日），章太炎出生于一个地主家庭。章太炎起初跟从外祖父朱有虔（左卿）学习，自称：“余十一岁时，外祖朱左卿授余读经，偶读蒋氏《东华录》曾静案，外祖谓：‘夷夏之防，同于君臣之义。’余问：‘前人有谈此语否？’外祖曰：‘王船山、顾亭林已言之，尤以王氏之言为甚。谓‘历代亡国，无足轻重，惟南宋之亡，则衣冠文物，亦与之俱亡。’余曰：‘明亡于清，反不如亡于李闯。’外祖曰：‘今不必作此论，若果李闯得明天下，闯虽不善，其子孙未必皆不善，惟今不必作此论耳。’余之革命思想伏根于此。”
光绪十六年（1890年），章太炎到杭州诂经精舍学习，诂经精舍的主持人是俞樾，俞樾是从顾炎武、戴震、王念孙、王引之等一脉相承下来的清代著名朴学大师，撰有《群经平议》、《诸子平议》、《古书疑义举例》，校正群经，诸子句读，审定文义，并分析其特殊文法与修辞，治学方法缜密，章太炎受其影响，埋头研究学问，前后一共有八年之久，期间章太炎收获颇大。
光绪二十年（1894年），中日甲午战争中中国被日本侵略者打败，在民族危机深重的刺激下，章太炎毅然走出书斋，听到康有为设立强学会，“寄会费银十六圆入会”。并于光绪二十二年（1896年）年末辞别俞樾，来到上海，担任《时务报》编务。章太炎当时的办报主张是“驰骋百家”，“引古鉴今”，“证今则不为巵言，陈古则不触时忌”。他在《时务报》任职不久，文章也只发表《论亚洲宜自为唇齿》和《论学会有大益于黄人亟宜保护》两篇。他认为凡是西方资本主义国家的长技，都可以被中国所借鉴，并且可以作为改变成法的参考，例如举办“有益于黄人”的学会。应该“修内政”，行“新制度”，不能“惟旧章之守”，而须“发愤为天下雄”。他认为“变郊号，柴社稷，谓之革命；礼秀民，聚俊才，谓之革政。”在当时的社会条件下，应该“以革政挽革命”，亦即实施政治改革。与此同时，章太炎又编撰《经世报》、《实学报》和《译书公会报》。还于光绪二十四年（1898年）上书李鸿章，企求他能把握世界的潮流实行改革。也曾跑到武昌，帮助张之洞办《正学报》，幻想借助他的实力推动维新变法。不久，维新派推动的百日维新夭折，章太炎避地台湾。他对戊戌六君子的惨遭杀戮深表愤慨；对康有为“内不容于谗构”而“见诋于俗儒乡愿者”为之解脱；对以慈禧太后为首的顽固派的专制骄横极为仇恨，“讨之犹可，况数其罪乎？”经历维新新政的破灭，他的“革政”思想较前又有发展。
光绪二十五年（1899年）夏天，章太炎东渡日本，在京都、东京等地为反清做准备，并与梁启超等人修好，之后返回上海参与《亚东时报》编务工作。此时章太炎的排满观和古文经立场日益明确，在苏州出版了其著作《訄书》的第一版，由梁启超题签。
光绪二十六年（1900年），义和团运动爆发，八国联军侵华等相继发生，慈禧太后等顽固派的卖国原形暴露无遗，章太炎受到极大震动，从维新梦中醒来。7月，在上海召开的中国议会上，他激烈反对改良派提出的“一面排满，一面勤王”的模糊口号，“宣言脱社，割辫与绝”，撰《解辫发》以明志。对过去设想的“客帝”、“分镇”也进行了纠正，说是“余自戊、己违难，与尊清者游而作《客帝》，饰苟且之心，弃本崇教，其违于形势远矣”。进而提出：“满洲弗逐，欲士之爱国，民之敌忾，不可得也。浸微浸削，亦终为欧、美之陪隶已矣。”接着，章太炎树起反清的旗帜，开始向改良派展开斗争。光绪二十七年（1901年），章太炎在东京《国民报》发表《正仇满论》，尖锐批判梁启超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛于革命，而思以宪法易之者，为其圣明之主耳。”
光绪二十八年正月（1902年2月），章太炎再次被追捕，流亡日本。初住横滨，后入东京，和孙中山结识，他们共同商讨推翻清朝之后的典章制度和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。6月，章太炎返回祖国，为上海广智书局修改他的译文，曾译述日本岸本能武太所著《社会学》。他还修改了《訄书》，并立下了编修《中国通史》的志向，认为“所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气，启导方来为主，则亦必于纪传见之”。
光绪二十九年二月（1903年3月），章太炎到中国教育会赞助成立的上海爱国社任教。这时，抗法拒俄运动展开，革命形势发展，而康有为却发表了《与同学诸子梁启超等论印度亡国由于各省自立书》和《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》，反对革命党公开攻击满族统治者，以为立宪可以避免革命造成的惨剧，鼓吹光绪帝复辟。章太炎看到后，公开批驳康有为，指出康有为所谓的“满汉不分，君民同治”，实际上是“屈心忍志以处奴隶之地”。光绪帝只是“未辨菽麦”的“小丑”，他当初赞成变法，不过是“保吾权位”，如果一旦复辟，必然将中国引向灭亡。章太炎赞美革命：“公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。革命非天雄、大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣。”他又为邹容《革命军》撰序，说是“夫中国吞噬于逆胡二百六十年矣，宰割之酷，诈暴之工，人人所身受，当无不昌言革命”。
光绪三十二年（1906年）6月29日，章太炎出狱，中国同盟会派员至沪迎章太炎赴日。他在日本加入中国同盟会，主编中国同盟会机关报《民报》。他在东京留学生欢迎会上发表演说，述“平生的历史与近日办事的方法”，认为最紧要的是：“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种性，增进爱国的热肠。”他说：“近来有一种欧化主义的人，总说中国人比西洋人所差甚远，所以自甘暴弃，说中国必定灭亡，黄种必定剿绝。因为他不晓得中国的长处，见得别无可爱，就把爱国爱种之心，一日衰薄一日。若他晓得，我想就是全无心肝的人，那爱国爱种之心，必定风发泉涌，不可遏抑的。”认为“古事古迹，都可以动人爱国的心思”。章太炎在《民报》上发表了不少政论，基本上是宣扬同盟会的革命纲领的。在《民报一周年纪念会祝辞》中强调：“扫除腥羶，建立民国。”《民报一周年纪念会演说辞》说：“革命大事，不怕不成；中华民国，不怕不立。”由章太炎手撰，以“军政府”名义发表的《讨满洲檄》，更明确指出：“自盟而后，为扫除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权。有谕此盟，四万万人共击之。”
章太炎在论文中强调革命党自身的建设，认为“优于私德者亦必优于公德，薄于私德者亦必薄于公德。而无道德者之不能革命，较然明矣”。指出革命者必须“确固坚厉，重然诺，轻死生”，应该做到“知耻”、“重厚”、“耿介”、“必信”，要有“革命之道德”。章太炎在论文中深刻揭露改良派“竞名死利”、“志在千禄”的丑态。并说：“夫其所操技术，岂谓上足以给当世之用，下足以成一家之言耶？汗漫之策论，不可以为成文之法；杂博之记诵，不可以当说经之诂；单篇之文笔，不可以承儒、墨之流；匿采之华辞，不可以备瞽蒙之颂；淫哇之赋咏，不可以瞻国政之违。既失其末，而又不得其本，视经方陶冶之流，犹尚弗及，亦曰以是哗世取宠而已”，指出改良派的“谋立宪”，只能使“豪民得志，苞苴横流，朝有党援，吏依门户，士习嚣竞，民苦骚烦”，表示坚决反对。他还在《民报》上刊发别人批驳《新民丛报》的文章。章太炎在《民报》上发表的文章，大都针锋相对，文字锐利，“真是所向披靡，令人神旺”。
自光绪三十一年（1905年）起，章太炎在《国粹学报》上发表若干学术文字，并在东京开设国学讲习班，“宏奖光复，不废讲学”。此前，光绪二十九年（1903年），章太炎与近代古文经学另一重镇刘师培定交，此后因学术祈向相近而交往日密，遂发生被刘师培与妻子何震诬蔑叛变事件。又与孙中山、汪精卫、黄兴等因《民报》不合，乃由提倡光复转入专心论学，著有《文始》《新方言》《国故论衡》《齐物论释》等。其中《国故论衡》为近代学术史上有数之巨制，开辟了汉语言文字学、经学、文学及哲学、心理学的现代化研究的先河。宣统元年（1909年）又编有《教育今语杂志》，撰写若干白话述学著作，以普及学术。
宣统三年（1911年），武昌起义胜利之后，章太炎提出了“革命军起，革命党消”的错误口号，主张解散同盟会，并和一些立宪党人在一起，组织中华民国联合会。民国元年（1912年）1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，聘任章太炎为总统府枢密顾问，他不愿常驻南京，返回上海。2月中旬，在讨论建都问题时，章太炎主张建都北京，认为“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者则存留之，不能事事更张也”。他依恋旧制度，说“专制非无良规，共和非无粃政”，“政治法律，皆依习惯而成”，主张中央“特建都察院”，“限制元首”，地方“废省存道”，而对代议民主制则表示反对，主张“限制财产”，又以“夺富者之田以与贫民”为“大悖乎理”。
南北议和告成，袁世凯上台，章太炎幻想袁世凯“厉精法治”，“以厝中夏于泰山磐石之安”。在用人问题上，以为“同盟会人材乏绝，清流不归”。反对“政党内阁”，提出“取清时南方督抚有材名者以充阁员之选”。说什么：“汉之良相，即亡秦之退官；唐之名臣，即败隋之故吏。”主张“循旧贯”，用“老吏”。将中华民国联合会与一些小政团合并，改组为统一党，以后更与民社等并为共和党，推黎元洪为理事长。
袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”，设东三省筹边使署于长春，拟《东三省实业计划书》，提出“设立三省银行，以圆易吊，使民易知”，并铸造金币。“欲铸金币，又不可不预浚金源，非开办金矿，收买金砂，不足以供鼓铸。又请开浚松花江、辽河，去其淤梗，以利交通”。还拟“组织报馆”，“设会研究”。但没有多久，宋教仁遇刺，血的教训使他猛醒过来，他沉痛地《挽宋教仁》：“愿君化彗孛；为我扫幽燕”，开始对袁世凯不信任了。4月，章太炎托事南行。5月，他又亲赴武昌，拜谒了黎元洪，在湖北致电袁世凯，请求免除梁士诒、陈宧、段芝贵、赵秉钧“四凶”的职位。接着，由武汉到了北京，袁世凯设法笼络章太炎。5月25日发令“章炳麟授以勋二位”，“冀以歆动”。6月4日，章太炎离京来沪。而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章，章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”。
民国二年（1913年）4月，章太炎从长春返回上海。7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”。他既骂袁世凯“用心阴挚，正与西太后大同”，又说孙中山“与项城一丘之貉”。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”。以为“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣”。以为总统改选，“大抵仍宜推举黄陂，必不肯任，然后求之西林”。“黄陂之廉让，可望责任内阁；西林之果毅，可望廓清贪邪”。黎元洪（黄陂）也好，岑春煊（西林）也好，都是清朝旧官僚，民国新军阀，章太炎对这些人寄以厚望，他已彷徨歧途了。
6月，章太炎与汤国梨结婚。8月，章太炎“冒危入京师”，一方面看到“京邑崎岖，道路以目”，以为“吾虽微末，以一身撄暴人之刃，使天下皆晓然于彼之凶戾，亦何惜此孱形为”，表示不畏强暴，敢临虎穴；另一方面又以为“共和党势渐扩张，此为可熹”，“连日议员入党者，已增三十人矣，骥老伏枥，志在千里，况吾犹未老耶？”但是，袁世凯对章太炎还是不肯放松，对他加紧迫害，把他软禁起来，梁士诒、赵秉钧等还欲“捏造证据，置章于死”。
民国三年（1914年）1月，章太炎欲乘车离京，为军警所阻。7日，“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯之包藏祸心”，仍被监禁。曾决意绝食，“以死争之”，自云：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，吾何言哉！”直到民国五年（1916年）袁世凯死后，才被释放。在监禁期间，编成《章氏丛书》初编。
民国五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。这时，孙中山也在上海，曾两电黎元洪规复约法，尊重国会；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”，主张维护。此后，他多次和孙中山一起参加会议，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，去看望岑春煊，更出游南洋群岛，一直到年末才回国。孙中山致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长。
民国六年（1917年）3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎和孙中山两次致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”。6月7日，张勋率军北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”。孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战事之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类”。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃借寇之资粮”，“今者群盗鸱张，叛形已著，黄陂与之讲解，实同降伏”。
7月1日，张勋复辟。3日，章太炎与海军总长程璧光等在孙中山的住处秘密商议，筹划反对张勋的复辟举动。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤。当有人询以讨逆计划时，章太炎即答以：“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望颇大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章太炎亦参加。9月1日，国民非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶”，誓“与天下共击破坏共和者”。此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，多次向唐继尧进言，促唐继尧东下，但唐继尧始终是托故不出。
民国八年（1919年），五四运动爆发，工人革命运动日渐发展，章太炎却由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据。民国九年（1920年）11月，湖南通电湘省自治，章太炎随即在北京《益世报》发表《联省自治虚置政府议》，认为宜虚置中央政府，军政则分于各省督军。接着，又主张使地方权重而中央权轻，各省自治为第一步，联省自治为第二步，联省政府为第三步，还必以本省人充军民长官。这种联省自治说，和孙中山的统一主张背道而驰。民国十年（1921年）5月，孙中山在广州就任非常大总统职，章太炎以为非法，并以“联合自治不可反对为献”。
民国十二年（1923年）1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知，若谓借此以缓最高问题，则亦非计”。次年1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，通过了《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了中国共产党所提出的反帝反封建的主张，分析和批判了当时社会上流行的各种错误的、反动的政治流派，包括“联省自治派”，宣告取消不平等条约；孙中山又系统讲述了三民主义。10日，决定应冯玉祥的电邀，“即日北上”。章太炎对改组后的中国国民党表示不满，在国民党右派冯玉祥自由等的怂恿下，发出《护党救国宣言》，“冀以同盟旧人，重行集合团体”。不久，冯玉祥自由组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，背离孙中山，反对共产党。
民国十四年（1925年），“五卅运动”发生，章太炎发出《为上海英租界巡捕惨杀学生之通电》。“以为英捕而不治罪，固不足以肃刑章；英捕而果治罪，亦未必足以防后患。惟有责成外交当局，迅速收回租界市政，庶几一劳永逸，民庆再生”。
民国十六年（1927年），章太炎赋诗自述：“见说兴亡事，拿舟望五湖”。晚年在苏州讲学，组织国学会，欲“甄明学术，发扬国光”。民国二十二年（1933年），刻《章氏丛书续编》于北平，所收不多，而更纯谨，且不取旧作，当然也无斗争之作，先生遂身衣学术之华衮，粹然成为儒宗”。但是，当帝国主义蹂躏中国，中华民族灾难深重的时候，章太炎起来谴责国民党“怯于御乱而勇于内争”。民国二十一年（1932年），北上见张学良；次年，又与马相伯等联合发表“二老宣言”、“三老宣言”：“对于当前日本之侵略暴行，不仅作消极之抵抗，同时更应动员全民族积极收复失地、根本消灭伪国”，呼吁抗日。民国二十四年（1935年），一二九运动发生，宋哲元进行压制。章太炎致电宋哲元：“学生请愿，事出公诚，纵有加入共党者，但问今之主张何如，何论其平素。”
12月24日，上海学生北上请愿，国民党加以阻挠，章太炎“对学生爱国运动深表同情。但认政府当局，应善为处理，不应贸然加以共产头衔，武力制止”。请愿学生经过苏州时，又“派代表慰劳，并嘱县长馈食”。他“瞻顾民族之前途，辄中心忉怛而未能自己”，临终前，在《答友人书》中还说：“北平既急，纵令勉力支持，察省必难兼顾。盖非常之时，必以非常之事应之。令共党之在晋北者，其意不过欲北据河套，与苏俄通声势耳。此辈虽多狙诈，然其对于日军，必不肯俯首驯伏明甚”。尽管章太炎不可能对共产党有真正认识，但他对共产党的坚持抗战、国民党的“不抵抗主义”还是觉察的。尽管章太炎晚年的行为也有使人失望之处，却仍保持了爱国主义晚节。民国二十五年（1936年）6月14日，章太炎病逝。
《章氏丛书》，1915年右文社铅印本，1919年浙江图书馆木刻本，1924年上海古书流通处木刻本。
《章氏丛书续编》，北平1933年。
《章氏丛书三编》，1939年章氏国学讲习会铅印本。
《章太炎全集》1-8集（尚未出完），上海人民出版社，1980-94年点校本。
《国学讲习会略说》，1906年东京秀光社。
《国故论衡》，1910年东京秀光社本，丛书增订本。陈平原点校本，朱维铮点校本（《全集》第9集，对照本）。
《国学概论》，曹聚仁笔记本（又有张冥飞本，劣）。1922年泰东图书馆排印本。
《菿汉三言》，虞云国校点，辽宁教育出版社。
《国学略说》，涂小马校点，上海文艺出版社。
《章炳麟论学集》，北京师范大学出版社，1982年。
《章太炎书信集》，马勇编。
《章太炎的白话文》，1921年泰东图书馆排印本。
《章太炎政论选集》，汤志钧编于1961年，中华书局，1977年点校本。
《章太炎说文解字授课笔记》，朱希祖、钱玄同、周树人笔记，王宁整理抄录，影印誊钞本，中华书局，2008年11月。
《太炎先生自定年谱》，1928年撰（同治七年至民国十一年），手稿本，章氏国学讲习会删改排印本。1986年上海书店影印本。
《章太炎年谱长编》，汤志钧编，中华书局，1979年。
《章太炎年谱摭遗》，谢樱宁编，中国社会科学出版社，1987年。
《章太炎学术年谱》，姚奠中、董国炎编，山西古籍出版社，1993年。
《自述学术次第》，学术自述，1913年。
《菿汉微言》末条，1915年。
诸祖耿《记本师章公自述治学之功夫及志向》，1933年。
《国故论衡疏证》，庞俊注，1940年华西大学铅印本。仅含中、下卷；郭诚永补注上卷，北京中华书局2008年全排印本。
《齐物论释注》，缪篆注，油印本。未见。《齐物论释训注》，荒木见悟注，九州大学文学部哲学研究会《哲学年报》29-31。未见。
《章太炎选集》（注释本），朱维铮、姜义华注，上海人民出版社，1981年。
《訄书详注》，徐复注，上海古籍出版社，2000年。注名物。
《文学总略注》，程千帆《文论十笺》，朱东润《中国历代文论选》。
英国斯宾塞尔（Herbert Spencer）著，曾广铨、章太炎译《斯宾塞尔文集》，上海《昌言报》第1至7本，1898年。
日本岸本能武太著、章太炎译《社会学》，上海广智书局，1902年铅印本。
章太炎的主笔有《时务报》、《昌言报》、《经世报》、《实学报》、《译书公会报》、《亚东时报》、《台湾日日新报》、《民报》、《国粹学报》、《教育今语杂志》、《大共和日报》、《华国》、《制言》等。
章氏的思想受到多方影响，因为变化的历程相当繁复，依其《菿汉微言》中的自述，是以“始则转俗成真，终则回真向俗”十二字予以归结。大抵而言可以光绪二十四年（1908年）著成《齐物论释》为界。在此之前，章氏先习朴学、诸子学以及西方进化论和社会学，在因苏报案入狱之后，则改习法相宗，而后思想便以唯识学为尚，认为先秦诸子之学皆不足比拟，固可谓“转俗成真”。
自《齐物论释》著成之后，章太炎因齐物思想的启示，不再仅以唯识为唯一标准，转而认为凡“外能利物，内以遣忧”之学皆有价值，开始对古今中外的学术思想进行重估。即进入“回真向俗”的境界。形成章太炎思想的背景主要来自四个渊源：一为受乾嘉学派考证学的影响，讲求客观实证；二为跟随晚清诸子学兴起的潮流，对荀子、庄子、老子三家思想加以揄扬，尊子贬孔；三为受到严复的影响，在其早年的文章中尤其多以进化论作为理论架构；四为佛学，尤其是佛学中的唯识论，是章氏后期思想的支柱，使其思想体系中充满个体主义、相对主义的色彩。除了这四大渊源外，顾炎武、王夫之的民族思想，章学诚、戴震、孙诒让等人的思想也对章太炎具有相当的影响力。
戊戌变法之后，章太炎既对清朝统治不满，又同情康、梁；既孕有民族思想，又没有转向革命。他提出了“客帝”和“分镇”的课题，认为满洲贵族，是客帝；中国的“共主”应为“仲尼之世胄”。只要清朝皇帝承认过去民族压迫的错误，拥护孔子后裔，做“虚君”，自己退居为齐桓公、晋文公般的霸主，发愤自强，那么反满情绪可以平息，可以防止“逐加于满人，而地割于白人”。“分镇”也是章太炎在外国侵略、清政腐朽的情况下提出的一种改良设想。认为政治危急之际，“犹赖有数镇稍自奋起，足以扶危而定倾”。因此，不能削弱藩镇，而“甘心于白种之陵籍”。藩镇和立宪政并不矛盾。“板荡之世，非得藩镇以尊攘，则宪政不立”。他举明治维新为例，“若皇德贞观，廓夷归章，示民版法，陶冶天下，而归之一宪，藩镇将奔走趋令，如日本之萨、长二藩，始于建功，而终于纳土，何惠自擅？”此后，进而指出：“瓜分而授之外人，孰与瓜分而授之方镇。”他反对满洲贵族统治的丧权辱国，而对汉族地主阶级还存幻想。他向往的还是明治维新式的“革政”。在旅台期间，他曾将所写论文汇成《訄书》。光绪二十五年5月，由基隆去日本，7月下旬，由日返国。
章太炎认为共和政体不如专制政体。章太炎阐述的，有三层意思：代议制的民主共和政体不能行之于中国；政党与议员勾结，这种共和政体还不如专制政体为宜。结论是建立共和政体只能是不得已之举。认为清朝推翻后，中国还是行专制政体为好。
章太炎早年在日本主编《民报》时，曾主张社会主义，与片山潜等日本社会主义者过从甚密，并由此反思西方的进化论及现代文明，撰写了《俱分进化论》、《五无论》等著作。
章太炎是近代中国国学大师，也是学者型的资产阶级革命家；但学术与政治毕竟不同，政治方面，章太炎确有他的局限，这些局限在辛亥革命及民国初年表现得很明显。章太炎的一些主张与孙中山不同，但他仍是一位有功于辛亥革命的民主革命宣传家。
胡适则在《五十年来中国之文学》（1922年）中说：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救古文学的必死之症，仍旧不能做到那‘取千年朽蠹之馀，反之正则’的盛业。”
梁启超《清代学术概论》（1922年）称章太炎为清学正统派的“殿军”。
鲁迅在1936年临终时回忆其师章太炎：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志终不屈挠者，并世亦无第二人。这才是先哲的精神，后生的楷模。”
汪炳评价他是一位“有革命业绩的学问家”。
薛慧山说他是“权威性的国学大师，推翻满清的革命先进”。
谢俊美认为他应该是一位“有革命业绩的大学问家”。
