美国短吻鳄主要栖息在淡水、沼泽、池塘、湖泊、河流、溪流和湿地里，甚至运河沟渠。
美国短吻鳄主要分布于美国东南部，阿拉巴马州，阿肯色州，北和南卡罗来纳州，佛罗里达州，佐治亚州，密西西比州，路易斯安那，奥克拉荷马和德克萨斯和西边的墨西哥边界地区。
美国短吻鳄一般长约1.8米至2.7米，而根据沼泽地国家公园的网站所说，出现于佛罗里达州的最大短吻鳄有5.3米长，而最大的美国短吻鳄是发现于华盛顿湖边植物园北边的湿地岛和路易斯安那州，有5.8米长。少许巨型的样品有被度过重量，最大的可超过1吨重。有圆而宽的口鼻部，上颌每侧有齿17-22枚，下颌每侧17-22枚；躯干部背面的角质鳞共有18横列，其中8列较大；趾间有不完全的蹼。
幼鳄为黑色，身上点缀无规律的黄色横向带纹，到了成年时就会消失，因为黄色斑纹会逐渐被黑色素及藻类遮蔽。成体具有均匀的黑色或橄榄褐色。
为双颞窝类，是最高等的爬行类。体长大，尾粗壮，侧扁。头扁平、吻长。鼻孔在吻端背面。指5，趾4（第5趾常缺），有蹼。眼小而微突。头部皮肤紧贴头骨，躯干、四肢覆有角质鳞片或骨板。颅骨坚固连结，不能活动；具顶孔。齿锥形，着生于槽中，为槽生齿。舌短而平扁，不能外伸。外鼻孔和外耳孔各有活瓣司开闭。心脏4室，左右心室由潘尼兹氏孔沟通。有颈肋、腹膜肋。无膀胱。阴茎单枚，肛孔内通泄殖腔，孔侧各有1个麝腺；下颌内侧也各有1个较小的麝腺。
美国短吻鳄通常挖洞穴居。它们用嘴和带爪的脚钻凿泥土，用尾巴把稀泥和泥土扫开。其洞穴可以是在河岸土堤中的一个洞或隧道，也可以是水塘底部的鳄鱼洞。
鳄鱼洞（Gatorholes）是沼泽地的重要部分。被短吻鳄扫开的稀泥和植被成为营养丰富的土壤，使新的植物茁壮成长起来。在干燥季节，鳄鱼洞仍然可以贮存水分。不光成年鳄鱼及其幼仔都住在洞里，鱼类、鸟类和其他动物也会住在洞里或洞边，它们在那里一直待到雨水来临。
美国短吻鳄的幼鳄会以无脊椎动物、青蛙及鱼类为生，而成年之后就改吃龟、水鸟及哺乳动物。它们为了捕捉于水面上的雀鸟进食，它们有时会突然用其尾部支撑著身体站起来。它们通常在清凉的黄昏捕食。
美国短吻鳄雄性的体型比雌性大得多，繁殖季节期间，雄性鳄鱼会弯著身体，头部及尾巴用力推出水面，并以大叫方式来吸引雌性鳄鱼交配。
2013年2月24日，美国麻省大学的解剖专家研究发现，雄性短吻鳄不论是否被挑起情欲，其藏于生殖道内的阴茎都会永久勃起，只在交配时外翻，完毕后会立即缩回体内。研究院凯利研究了数条雄性短吻鳄的交配过程，发现它们的生殖道内藏有长约合7厘米、充满坚韧胶原的白色阴茎，她其后将阴茎注入生理盐水，但生殖器并未改变形状和大小，情况与哺乳类动物、鸟类和乌龟迥异，交配过程也有别于一般脊椎动物。
美国短吻鳄雄性的体型比雌性大得多，繁殖季节4-6月期间，雄性鳄鱼会弯着身体，头部及尾巴用力推出水面，并以大叫方式来吸引雌性鳄鱼交配。当它们大叫时，少量喷出的水会于鳄鱼背部的鳞片上振动。交配会在水里进行，雌鳄会将蛋产于植物碎屑堆之内，并在65天的孵化期间一直守着，每次可以生20至50枚卵。当卵内的温度维持在摄氏31.5度时便会孵出公鳄，低于或高于此温度的就是母鳄。
小鳄乳化后会自己爬出巢穴，然后由雌颚含在口中携带到水里，每次运转8-10条。幼鳄不离母亲前后生活一年左右，但有时长达三年，才会离开独立生活。尽管有母体的保护，幼鳄也经常会被浣熊、大型鱼类、鸟类和其他雄性短吻鳄捕食。
