马来鳄生活于马来半岛、加里曼丹、苏门达腊、爪哇的淡水沼泽、湖泊和河流中，捕食鱼类和其他脊椎动物。马来鳄十分凶猛狡猾，甚至有爬上渔船袭击渔民的事件。
历史上马来鳄的分布远要广，几百年前还曾出现于中国南方。马来鳄野外繁殖情况不详，人工养殖的会修建堆起的巢。马来鳄属于濒危动物，在泰国的养殖场和美国的布朗克斯动物园、迈阿密动物园能成功繁殖。
口内有80枚大小一致的牙齿。平均体长为3米，但也有的达到4米。其外形看起来与恒河鳄非常相似，但其头部会逐渐往口鼻部缩窄，而且也没有雄性恒河鳄吻端的球状突起。
马来鳄的体色为橄榄绿色，背上有模糊的黑色横条纹；尾部强而有力，有助游泳，眼睛则有黄一棕色虹膜，这点在鳄鱼中相当少见。以往专家多认为其属于鳄亚科，而与真正的恒河鳄关系较远，不过最近也有些学者认为马来鳄可能的确和恒河鳄有一定的关系，应属于食鱼鳄亚科。
马来鳄不是一种专吃鱼类的鳄，它们的食性很广，科研人员就曾在马来鳄的胃内发现有食蟹猴、小鼷鹿、野猪、狗、鸟、巨蜥、蛇、虾等，此外，还有石子和树叶，有两例还被发现有许多寄生线虫。马来鳄的性情十分凶猛狡猾，甚至曾有马来鳄爬上渔船袭击渔民的事件发生。
雌鳄长至2.5~3米时达性成熟，每年旱季6~8月为其造巢期。其特点是所有巢均建在大树基部的泥炭丘上，泥炭丘是由植物尸体等有机物质逐渐沉积于树根而形成的。巢由于于叶子、树枝和碎木块等建成，呈丘状，没有利用杂草，这点和其他鳄不同。巢直径为1.2~1.4米，高约0.6米。卵产于卵窝中，每窝卵有15~60枚，卵较大。繁殖方式：卵生。马来鳄野外繁殖情况不详，人工养殖的会修建堆起的巢。
由于马来鳄的生存环境要求有特定的漂浮植物丛和成荫的水边栖息地，故一段时期以来不断的砍伐森林、修筑水坝、开辟新水道、非法捕猎，已使其栖息地大量丧失。目前，由于对马来鳄的数量并不确定，暂被定为极危种或濒危种。
