迷你麝香龟，作为一种和普通麝香龟（密西西比麝香）龟即没区分出亚种的龟，它的背甲腹甲包括花纹是基本类似的，不会把它和其它种的龟搞混，这就象北种乌龟E和南种乌龟E，尽管没有区分亚种，但是两个一眼就能看出来不同。
迷你麝香的主要特征是在个体上：公龟成体在5－6CM，母龟成体在7－8CM，公龟看看泻殖腔那里，母龟看腹甲之间的分隔，很容易区别出它和普通麝香来，小苗的话迷你麝香的小苗比普通麝香的小一些。
第二个特征就是体型，成体迷你麝香龟不论公母，都感觉前窄后宽，普通麝香这个区别不明显，第三个特征是背甲的颜色，迷你麝香成体色深，基本是黑色，而普通麝香会淡的多。这两个特征不是很明显，还是直接看腹甲明显的多。
