2003年以前以“基地”组织伊拉克分支的名义开展活动。
2003年伊拉克战争爆发后，在阿富汗生存空间极度萎缩的IS的前身
“一神论与圣战组织”迁往伊拉克并加盟“基地”组织，从此以“基地”组织伊拉克分支的名义开展活动。
2006年6月，扎卡维在美军袭击行动中丧生，马斯里随后宣布他作为扎卡维的继任者，成为基地组织伊拉克分支机构的领导人。
2006年10月，“基地”宣布在伊拉克建立“伊拉克伊斯兰国”，由阿布·奥马尔·巴格达迪带领。
2007年正式推举新领导人，新领导人仍使用“巴格达迪”这一名字。
2007年9月，本·拉登在一段录音中号召伊拉克武装分子效忠“伊拉克伊斯兰国”的领袖阿布·奥马尔·巴格达迪。巴格达迪这个名字从此进入人们的视线。“伊拉克伊斯兰国”和“基地”之间的联系十分密切，是伊拉克多起暴力袭击事件的元凶。巴格达迪本人也一度被视为扎卡维的接班人。多年来，马斯里和巴格达迪一直是伊拉克安全部队和驻伊美军通缉的恐怖分子。
2010年4月，阿布·奥马尔·巴格达迪和马斯里死于美军和伊拉克联合军事行动。
2010年5月14日，“伊拉克伊斯兰国”已宣布任命纳瑟尔·阿布·苏莱曼为新“战争部长”，取代被杀死的前头目马斯里。
2010年5月16日，基地组织在伊拉克的分支宣称，该组织已推举胡塞尼·库赖什为“伊拉克伊斯兰国”的新领导人。由伊拉克基地组织领导的逊尼派武装“圣战者协商委员会”当天在网站上发表声明称，该组织同时提名阿卜杜拉·哈撒尼·库赖什作为新领导人的“首席部长”兼副手。
2011年5月9日，“基地”头目乌萨马·本·拉登在巴基斯坦被击毙后，“基地”组织伊拉克分支“伊拉克伊斯兰国”在一家宗教论坛网站上发表声明，悼念本·拉登之死，声明署名为阿布·贝克尔·巴格达迪，系“伊拉克伊斯兰国”所谓的头目。声明称，“基地”组织伊拉克分支将效忠“最高领导人艾曼·扎瓦希里”。
2011年，美国开始撤军伊拉克，该组织随之开始急速壮大，名义上仍为“基地”组织分支，但已开始走向攻城略地的“建国”道路。
2011年叙利亚内战爆发，该组织又趁机进入叙伊交界地区发展，并与“基地”组织叙利亚直属分支“努斯拉阵线”（Al-Nusra Front）爆发激烈冲突，因统治区域的变化而于2013年更名为“伊拉克与沙姆伊斯兰国”，这招致“基地”组织的不满，2014年2月，“基地”组织最终断绝与该组织的关系。IS在被“基地”组织赶出教门前的一个月正式宣布“建国”，其“首都”为叙利亚城市拉卡。
2013年4月9日，“基地”组织伊拉克分支“伊拉克伊斯兰国”头目阿布·贝克尔·巴格达迪宣布与叙利亚反对派武装组织“胜利阵线”联合，今后将以共同名称IS运作。“胜利阵线”是叙利亚反对派武装与政府军作战强悍的一支力量，在叙北部、南部和东部夺取领地方面起主导作用。自2011年11月以来，“救国阵线”在叙利亚首都大马士革和北部城市阿勒颇制造多起爆炸袭击，凭借恐怖袭击手段，这个组织声名鹊起，随后将活动扩展至叙利亚全国，从叙利亚反对派成员中招募新丁。
2013年前，该组织称为“伊拉克伊斯兰国”；2013年4月9日宣布与叙利亚反对派武装组织“胜利阵线”联合，称为“伊拉克和黎凡特伊斯兰国”（ISIL），即“伊拉克和大叙利亚伊斯兰国”（Islamic State of Iraq and al Shams，缩写为ISIS）。
2014年6月28日，该组织的领袖阿布·贝克尔·巴格达迪自称为哈里发（caliphate），将政权更名为“伊斯兰国”，并宣称自身对于整个穆斯林世界（包括历史上阿拉伯帝国曾统治的地区）拥有权威地位。领土包括叙北部阿勒颇省至伊东部迪亚拉省，号召全世界的穆斯林支持并效忠巴格达迪。数月后，ISIS以文本形式写成该文件，以训练“行政官员骨干”。它概述如何组织包括负责教育、天然资源、工业、外交关系、公关等领域的政府部门，还有军营。
2014年9月，美国组建了一个包括英国、法国等54个国家和欧盟、北约以及阿盟等地区组织在内的国际联盟以打击IS。
2014年10月4日，巴基斯坦塔利班发表声明，宣布“效忠”IS，并称将为IS提供一切可能的支持，助其“建立全球性的哈里发国家”。
2015年1月，法国讽刺杂志《查理周刊》位于法国巴黎的总部遭到恐怖袭击，导致12人死亡。“基地”组织阿拉伯半岛分支宣称对此次袭击负责。
2015年2月4日，极端组织“伊斯兰国”公布一段视频，扬言要对法国发起新的恐怖袭击。“杀死更多的法国人”。鼓动“伊斯兰国”的支持者将袭击目标瞄准法国警察和军人。还要求法国当局释放被关押的伊斯兰教教徒，并让他们返回自己的国家。
2016年2月6日，极端组织“伊斯兰国”控制的叙利亚与土耳其边境线已缩短超过三分之二，自2015年开始，“伊斯兰国”控制的边境地区逐渐缩小，控制的边境线缩短至70公里。“伊斯兰国”与土耳其之间还存在3条运输通道：一条供“伊斯兰国”运送医药和武器补给，一条供其运送战斗人员，包括将受伤的战斗人员运到境外，一条供“伊斯兰国”控制区内的人员往返土耳其，
2016年10月，伊拉克政府军发动收复摩苏尔战役。摩苏尔是伊拉克第二大城市，自2014年6月起被“伊斯兰国”占据。
2017年7月9日，伊拉克政府军全面解放摩苏尔。11月3日，叙利亚军方说，叙政府军当天从极端组织“伊斯兰国”手中完全收复了代尔祖尔省首府代尔祖尔市。11月21日，伊朗总统鲁哈尼宣布，极端组织“伊斯兰国”已经被剿灭。
2017年10月17日，由库尔德武装主导的“叙利亚民主军”完全夺取了极端组织“伊斯兰国”在叙利亚的大本营拉卡。
2018年8月26日，阿富汗国家安全局发表声明说，极端组织“伊斯兰国”阿富汗分支头目阿布·萨阿德·埃尔哈比日前在东部楠格哈尔省境内被打死。
2018年11月19日，叙利亚军方发表声明，宣布已完全消灭叙南部的极端组织“伊斯兰国”武装。
在“ISIS”组织中的高级领导是一个十分神秘的人物，他使用的名字是巴格达迪（Abu Bakral Qurashial Husay-nial Baghdadi），且被媒体称为“拉登接班人。他是这一组织的第四位领导人；之前的三位前任都死在了办公室中。
巴格达迪在巴格达北部城镇萨迈拉出生，年轻时主要在巴格达生活。巴格达迪曾发布自传，透露他1971年出生于萨迈拉市，声称是伊斯兰教先知穆罕默德的后人。他在巴格达大学获得伊斯兰教研究博士，于2003年美军出兵伊拉克时加入武装组织，曾为伊拉克“基地”组织分支的头目。巴格达迪的文凭也使得他成为了“全球圣战运动”中的一个令人敬畏的人物。
2014年7月4日，伊拉克境内极端组织“伊斯兰国”头目巴格达迪公开现身。其自称“伊斯兰国领袖哈里发”，当天在伊北部城市摩苏尔的清真寺呼吁穆斯林听从他的领导。
