2001年1月14日，希腊籍三万五千吨货轮阿玛斯号(Amorgos)满载矿砂，由印度驶往中国大陆，行经台湾南部海域时，阿玛斯号失去动力。漂流12小时后，当晚20时左右，在垦丁海域搁浅。台湾交通部和国军搜救中心接报后，立即展开救援行动，于23时将船上25名船员全数救出。
1月15日，花莲港务局成立“灾害处理中心”，准备防止漏油的相关措施，并要求船东及保险公司尽快出面处理。
18日，阿玛斯号船身出现破裂情形，并开始漏油;环保署立即依2000年10月通过的《海洋污染防治法》规定，函请花莲港务局限制所有阿玛斯号船员出境。
由于受污染的龙坑生态保护区交通不便，且是珊瑚礁地形，油污遍布礁石及岩缝，加上时值东北季风期，海上风力强劲，导致海象恶劣，海上作业无法进行。到场协助处理的中油公司也因船只无法接近阿玛斯号货轮，而表示无力协助处理。中油无法协助，环保署便函请交通部动员军方人力和设备协助。但是，军方船只仍受限于海象而无法出海，仅能以人力在岸上协助抢救。另一方面，由船东所雇请的救难船，至2月3日总共抽取217.6公吨海上燃油。
2月6日，环保署正式组成跨部会应变小组，协调内政部、交通部、台湾防务部门、海巡署、农委会、屏东县政府、中油公司等单位，分别进行抢救工作的进度规划和后续相关事宜。
海岸油污捞除工作进行至2月16日，总计投入近一万人次，捞除油污达四百六十二公吨。2月17日至3月24日进行油污清除工作，总计动员超过两万一千人次，清除油污513公吨。礁岩的除污及清洗工作，在3月25日至5月18日，以高压水枪方式进行，投入人力接近三万五千人次，清除油污达549公吨，清理的废弃物超过三千五百公吨。
由船东负责的船上残油抽取工作，分别在三月和五、六月进行，总计清除148.8公吨油污，至6月12日完成。清除工作未完成之前，屏东县政府每日对船公司开出新台币一百五十万元的罚单，共计九十八日。
油污清除及残油抽取工作完成后，交通部于7月2日，在事故现场组成货船移除小组，进行移除工作，清除船上矿砂，移至水深1000米处沉放，沉放工作于10月16日完成。然而，船体残骸移除工作受限于台风的连续侵袭而无法进行。
在事件发生的龙坑生态保护区，区内软珊瑚密集生长在礁石表面，沿岸海域海藻生长茂盛，更是各种鱼、虾、蟹、贝觅食生长的主要栖所。因此漏油事件发生，被油污覆盖的海底生物便很快地死去。原本栖息该地附近的海鸟，羽毛因此沾粘上油污，使其所具有的飞行及保暖功能受到影响，所赖以维生的鱼类等生物也都被油污污染，加上海鸟为了打理自己而顺毛、啄毛，也间接吃下沾粘于自己身上的原油。同时龙坑也是濒临绝种的椰子蟹在台湾最重要的栖息地，因此此次事件也对椰子蟹生态造成重大打击。总计龙坑地区共有由白沙鼻至坑仔内约3.5公里的海岸遭到污染，其中较为严重的约750至900米，某些地方的油污更厚达十厘米，海岸及海域受污染面积达到20公顷。此外，在抢救期间，由于抢救人员随意地踩踏，对于需要长久时间才能形成的珊瑚礁也产生了严重的破坏。
官员请辞
在阿玛斯号漏油事件发生后，各界舆论纷纷批评政府未能及时处理，导致油污的进一步扩大，环保署长林俊义所提出的“人工除污”计划亦备受抨击，2月8日便向台湾行政部门院长张俊雄提出口头请辞，但获得慰留。2月底，交通部长叶菊兰提出书面辞呈，林俊义亦随即提出书面辞呈，副署长李界木亦随同请辞。3月初，台湾行政部门提出惩处名单，叶菊兰获得慰留，林俊义及李界木则准予请辞，林俊义所留下的署长空缺，由郝龙斌接任。
船员留置
在漏油事件发生后的第一时间，阿玛斯号所有船员均依法遭到限制出境。随着清除工作及法律程序的进行，大部分船员陆续获得解除出境限制返回希腊，但希腊籍船长及轮机长两人的禁令，因未能与船公司就赔偿达成共识而迟迟未获解除。同年7月下旬，船长及轮机长家属向希腊国会议员及媒体陈情，甚至传出希腊外交部有意以关闭台湾驻希腊代表处以为报复。8月14日，阿玛斯号船长及轮机长出境禁令解除;10月，船长获得不起诉处分。
跨国求偿
在油污清除告一段落之后，环保署委托法律代表汇整各部门支出，总计超过新台币9300万元，在经过与船东的协调后，以6133万达成油污清除部分的赔偿协议，在生态赔偿部分迟迟无法达成协议的情况下，环保署于2003年1月向污染发生地的屏东地方法院提出控告，并同时跨海挪威法院提出控告要求赔偿新台币三亿五千万元。2005年1月挪威法院判决台湾政府胜诉，船东须赔偿新台币953万元的生态监测费，但同时判决台湾政府必须分摊1687万的诉讼费用，并驳回所有有关珊瑚复育、渔业复育、观光及税收损失的求偿，环保署对此大表不满，遂于2月针对珊瑚复育及观光损失部分提出上诉。同年年底，环保署有感于握有的证据过于薄弱，恐难获得胜诉，并考量跨国诉讼旷日费时、所费不赀，因此决定放弃上诉，改采庭外和解。2006年8月10日，环保署与船东就海域生态、公部门损害求偿达成和解，和解金约为新台币3,400万元，半数将用于生态复育，其余则支付律师费用。
渔业赔偿部分于2004年6月达成协议，阿玛斯号船东同意赔偿渔业损失新台币一亿两千万元，并于7月交付。其余包括行政罚900万、林业损失180万、船货移除费用8000万亦获得船东同意赔偿，总计已获得赔偿新台币两亿八千万元。
屏东地方法院作出的判决
台湾屏东地方法院民事案件，九十二年度重诉字第四号，于20047年6月30日，由屏东地方法院民事第一庭法官罗心芳作出判决，判决内容主旨为“挪威法院应为实质审理本案最适当之法院。”“该院并无管辖权，驳回原告之诉及假执行之声请。”
判决内容部份摘录如下：
三、又我国就以外国人(或法人)为当事人之涉外民事诉讼，其裁判管辖权并无法规直接规定，而条约及一般所承认之国际法上的原则亦未确立，于此情形下，基于期待当事人间公平裁判之妥适，应依条理决定，则该院审酌：
被告Gard及Amorgos在我国境内并无登记之营业所，其余被告二人在我国境内并无住居所。
被告Amorgos等三人之请求虽以我国法为本件准据法，然依原告主张依海污法第三十三条被告应就本件事故负赔偿责任。然而我国海污法甫于2000年11月1日公布施行，实务上尚未有关于适用海污法第三十三条之案例;再者海污法乃参酌1969年CLC公约立法例制定，故若本案件于我国法院为审理时，应参酌1969CLC公约及相关外国法院判例、国际惯例为解释，我国并非该公约之签约国，就公约之审理适用较为生疏，需花费较多的劳费审理此案，势必压缩其他案件审理的时间及劳费，不符合“中华民国”人民之公共利益，参以，所有与本件相关之证据及专业评估报告均系以外文做成，则在该院进行审理本案为证据调查时，尚须耗费时日就前揭报告加以译文或讯问相关国外鉴定证人时，不能使被告等人之诉讼上权益受到保护，反观挪威不但自始即为该公约之签约国，且自1969年起之二十一年间，曾经多次适用该公约于其管辖之相类案件而有相当之经验，从而考量诉讼之经济、法庭之便利性、及裁判公平妥适，虽被告Amorgos等三人之请求以行为地法即我国法为准据法，本案仍应以挪威法院进行审理为宜。
原告已先后向挪威法院及该院起诉，造成同一事件分别系属于二个不同国家的法院进行审理，可能造成二国矛盾裁判之结果。
纵使原告就系属该院之诉讼获得终局之胜诉判决，也无法持之以向挪威法院为强制执行，即不能达到原告进行本诉讼(获得实际受偿)之目的。欲使原告所请求之损害赔偿最终能获得清偿，原告应向挪威法院起诉并在挪威法院获得胜诉判决，方有实益。
本件挪威法院应为实质审理本案最适当之法院，我国法院均无管辖权，驳回原告之诉及假执行之声请。
2002年，环保署将1月14日订为“台湾海域受难日”。
