黄巢家中世代以贩卖私盐为业，家境十分富足。他善于剑术，马术和箭法也不错，粗通笔墨，小时候就有诗才。五岁时侍奉祖父，便可对诗。
黄巢成年后曾几次应试进士科，但皆名落孙山，于是他满怀愤恨地写了一首《不第后赋菊》后便离开了长安，后继承祖业成为盐帮首领。
乾符元年（874年），全国各地连年发生水旱灾，河南最为严重，麦才半收，秋季的庄稼几乎没有，冬季蔬菜太少。但自唐懿宗以来“用兵不息，赋敛愈急”，各州县又不上言灾情，致使“百姓流殍，无处控诉”。
于是濮阳的私盐贩子王仙芝与尚君长等聚众数千人，于长垣县揭竿而起，攻州占县，攻陷了曹州、濮州和郓州。声势大涨。王仙芝遂自称“天补平均大将军”，兼“海内诸豪都统”，号称草军。并传檄诸道，斥责唐朝吏治腐败、赋役繁重、赏罚不平等罪恶。有票帅尚君长、柴存、毕师铎、曹师雄、柳彦璋、刘汉宏、李重霸、蔡温球、楚彦威、王重隐等十余人，大肆劫掠。之前有谣言说：“金色蛤蟆争努眼，翻却曹州天下反。”等到王仙芝造反，当时天下都很害怕。
乾符二年（875年）六月，王仙芝等攻陷濮州（今范县）、曹州，并击败了镇压的官军。黄巢生性喜欢动乱，就与子侄黄存、黄揆、黄邺及外甥林言等八人聚众数千人，响应王仙芝，草军声势日益浩大。四方苦于苛征暴敛的百姓，及散居民间的庞勋旧部，争先投奔义军，“数月之间，众至数万”。攻郓州，袭沂州。
到十一月，农民起义军攻掠十余个州，至于淮南，多的有一千多人，少的几百人，左金吾卫上将军齐克让为泰宁军节度使，率军讨伐王仙芝。王仙芝害怕了，率军转战陈、许、襄、邓，不分老幼，全部裹挟而走，号称有三十万兵马。唐廷见王仙芝起义声势浩大，立即诏令淮南、忠武、宣武、义成、天平军五节度使进击草军，任命平卢节度使宋威为诸道行营招讨草贼使，特赐禁军3000，甲骑500，并命河南诸藩镇所遣各军均由宋威指挥。王仙芝与黄巢采取了避实就虚的流动战术，率军进围沂州。
乾符三年（876年）七月，宋威同王仙芝义军战于沂州城下。大败之。宋威上奏王仙芝已死，就遣散了诸道兵马。王仙芝、黄巢利用有利时机，经短暂休整，于八月进河南，迅速攻占阳翟（今禹县）、郏城（今郏县）等八县之地。朝廷用王铎代替宋威担任诸道行营招讨草贼使。以左散骑常侍曾元裕为招讨副使，镇守洛阳。令山南东道节度使李福选步骑2000北上汝州（今汝州市）、邓州（今邓州市），扼守要道，凤翔节度使令狐绚和邠宁节度使李侃选步兵1000、骑兵500进驻陕州（今陕县）、潼关（今陕西潼关），企图阻止王仙芝西进，并进而聚歼义军。
王仙芝遂率领义军猛攻汝州城，全歼官军，占领汝州，杀死唐将董汉勋、刑部侍郎刘承雍、生擒刺史王镣。东都大震，百官出奔。唐僖宗下诏赦免王仙芝罪，收买王仙芝。王仙芝乘胜北上攻占阳武（今原阳），在围攻郑州时，与昭义军节度监军雷殷符战于中牟（今鹤壁西），战败后义军蚁聚在邓、汝之间。
关东各州县，大多畏惧草贼，都坚守城池，因此草贼纵兵四略，王仙芝率一部义军南下，十月攻打唐州（今唐河）、邓州；十一月继续南进，一举攻占郢州（今湖北京山）、复州（今湖北沔阳）；十二月攻随州（今湖北随县）。所过之处大肆烧杀抢掠，路上几乎没有活人。另一支义军东进淮南，进入申州（今河南信阳）、光州（今潢川），攻打随州，抓获了刺史，以安州为据点，分奇兵包围舒州，攻打庐、寿、光等州。转向东南挺进安州（今湖北安陆）、黄州（今湖北黄冈）。逼近扬州，声震淮南。半年时间里，义军在江淮河汉之间广大地区流动作战，打得官军顾此失彼，迅速发展到30万人。
宋威老迈昏庸，不能打仗，就私下与曾元裕商量道：“当初庞勋被灭，康承训就获罪。我们如果成功剿灭草贼，能免祸吗？不如留下草贼，让天子担忧，这样我们也会成为功臣。”因此，等贼兵一走，宋威就立即撤军。皇帝也知道了这件事，就以忠武军节度使崔安潜为行营都统，以前任鸿胪卿李琢代替宋威，以右威卫上将军张自勉代替曾元裕。
草贼出入蕲州、黄州，蕲州刺史裴渥不能抵抗，答应为王仙芝上表求官。双方相约罢兵。王仙芝与黄巢等就与渥一同赴宴。不久，唐僖宗封王仙芝为“左神策军押牙”，王仙芝思想有了动摇，欲放弃斗争，接受唐的官职。
黄巢恨朝廷没有赏赐自己，就斥责王仙芝说：“曾共同立下誓言，横扫天下，现在只有从官员到左军，让这五千多人回到哪里去呢！”这时群情激愤，责骂不已，怒不可遏的黄巢出拳击打王仙芝。因遭到黄巢的责骂，义军强烈反对，王仙芝才勉强拒绝降唐。并劫掠州中兵丁，裴渥、使者都逃跑了。冲突之后，王仙芝与黄巢分兵作战：尚君长入陈、蔡；黄巢向北进发，北掠齐、鲁，与王仙芝分道扬镳。这严重削弱了义军实力。
乾符四年（877年）二月，黄巢率军攻陷郓州（治今山东郓城），杀天平军节度使薛崇。三月，又攻陷沂州，人数达到数万人，黄巢虽连下二州，但仍是孤军作战，势单力薄。这时王仙芝部将尚让屯兵嵖岈山（今遂平西），黄巢便与尚让会合，共保嵖岈山。
当时票帅柳彦璋又攻打江州，抓住了刺史陶祥。黄巢与王仙芝再次合兵，不久，即进攻宋州。正好招讨副使张自勉领兵赶到，斩杀了二千名草贼。
王仙芝于是率原班人马南下，度过汉水，攻打荆南。荆南节度使杨知温入城坚守，贼兵纵火焚烧城墙，杨知温坚守不出，朝廷下诏让高骈代替他。骈用一万五千名蜀兵自己带粮，希望三十日可以赶到，但城池已经失守了，杨知温逃走了，草贼不能守城。下诏让左武卫将军刘秉仁做江州刺史，勒兵乘船进入贼兵的营栅，贼兵十分惊骇，争相投降，柳彦璋被斩杀。
黄巢率本部人马在蕲黄一带迂回作战，攻打和州，却没有攻克。由于作战失利，不得不北返中原，连下匡城（封丘东北）、濮州。仙芝包围了洪州，并攻了下来，就让徐唐莒来驻守。又攻占了朗州、岳州，并包围了潭州，但被湖南观察使崔瑾击退了。就转战浙西，骚扰宣州、润州，没有能成功，就率本部人马留在江西，让别部回河南。
帝诏让崔安潜回忠武去，重新起用宋威、曾元裕，做招讨使，让杨复光监军。复光派人招降草贼。王仙芝派遣蔡温球、楚彦威、尚君长来谈判，向宋威要求做节度使。宋威假装答应他。上书说“与君长战，禽之”。最后斩君长等于狗脊岭。仙芝大怒，攻打洪州。宋威亲自率兵去救，在黄梅打败了王仙芝，斩首五万多人，还擒杀了王仙芝，传首京师。
王仙芝死后，余众一部分南下，活动于江浙一带；另一部分则由尚让率领北上，与黄巢会师于亳州。众将推黄巢为黄王，号称“冲天大将军”，改元王霸，并设官分职，驱河南、山南之民十馀万劫掠淮南。
曾元裕在申州击败草贼，死者数万人。皇帝因为宋威讨贼无功，让曾元裕代替他做招讨使，张自勉为副使。黄巢率军袭破了沂、濮二州曾元裕在荆、襄，援兵被阻隔，朝廷任命张自勉伟东北面行营招讨使，督兵进剿农民军。黄巢欲进兵襄邑、雍丘，为滑州节度使李峄所阻。
乾符五年（878年）三月，巢攻打叶城、阳翟，欲进攻东都，左神武大将军刘景仁率兵五千援东都，朝廷诏命河阳兵千人开赴东都，与宣武、昭义兵守卫宫阙。河阳节度使郑延休率兵三千驻守河阴。黄巢军进攻汴（今开封）、宋二州，为东南面行营招讨使张自勉所阻，转攻卫南（今河南滑县东北）、叶（叶县）、阳翟（禹县）等地，朝廷征调义成军节度使的三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，河南一时势壮。
黄巢在江西的兵马，被镇海军节度使高骈剿灭；进攻新郑、郏城、襄城、阳翟的兵马，被崔安潜打退；在浙西的，被浙西节度使裴璩攻击，死者甚众。黄巢十分沮丧，乃拜见天平军乞降，诏命黄巢为右卫将军。
黄巢估量藩镇不一，不足制己，又反叛。八月，黄巢军进攻宣州，高骈派遣大将张潾、梁缵在南陵攻打草贼，打败了他们，草军秦彦、毕师铎等纷纷投降。于是草军又进入浙东，抓获越州观察使崔璆。黄巢带兵越过江西，与旧部王重隐相呼应，攻破虔、吉、饶、信等州。
乾符五年（878年）十二月，农民军经婺州至衢州，又劈山开路，打通了到建州（今福建建瓯）的七百里山路。进入福州（今属福建）。观察使韦岫战不胜，弃城逃跑，农民军进入了福建。农民军进入福建后烧官府、杀官吏。焚烧室庐，杀人如麻。时六年三月也。
当初，军中盛传：“遇到儒者就杀，军队必定覆灭。”黄巢进入福建后，但凡俘虏自称为儒者的皆释而不问。当草军经过崇文馆校书郎黄璞门前时即下令说：“这是读书人家，灭掉火把，不要焚烧”寻找隐士周朴，找到后，问他：“能从我乎？”周朴回答道：“我尚不仕天子，安能从贼？”黄巢一怒之下斩杀了周朴。当时福建诸州都失陷可，朝廷下诏高骈为诸道行营都统来抵御草贼。
乾符六年（879年）九月，黄巢翻越五岭，攻陷桂管，兵围广州，却并没有立即攻城。反而托被俘虏了的越州观察使崔璆写信给困守在广州城内的岭南东道节度使李迢。让李迢向朝廷上书，求表为天平军节度使。宰相郑畋与枢密使杨复恭奏，欲请授同正员将军。宰相卢携、宦官田令孜执意不可。黄巢又请求任安南都护、广州节度使。亦不允。右仆射于琮议：“南海市舶利不罚，贼得到更富，而国家财用屈。”乃拜巢率府率。请授率府率，如果黄巢不接受，就让高骈去讨伐他。黄巢见到诏书后，大骂执政。急攻广州，仅一天，即破城，生擒李迢，自称“义军百万都统”，并发布檄文，斥责朝廷宦官柄朝，污垢败坏纲纪，指他们和宫中人贿赂勾结情况，选贡不当，禁止刺史殖财产，县令贪赃的家族，他们当时很疲惫。
宰相王铎毛遂自荐请求讨伐黄巢，天子于是任命王铎为荆南节度使、南面行营招讨都统，率诸道兵进讨。王铎屯兵在江陵，请求任命泰宁军节度使李系为招讨副使、湖南观察使，作为先锋屯兵潭州。
黄巢军已转战各地多年，这次占领广州，“欲据南海之地，永为巢穴”，作为反抗唐朝统治的根据地。但在这一年，从春至夏，疫病大为流行，不少义军将士染上了疫病，死者十三四，部下“劝请北归，以图大利”。黄巢见在广州难以持久，于是决定杀回中原地区。同年十月，黄巢率军离开广州，向西北进发，攻取了桂州（广西桂林），控制了岭南全境。
广明元年（880年），恰遇湘江水暴涨，义军便乘数十只大木筏顺流而下，沿着湘江，穿过永州、衡州，攻占了潭州（治今湖南长沙）。李系败走朗州。十万大军尽皆被杀，尸体遮蔽了宽阔的湘江。之后，尚让乘胜进攻江陵，号称五十万。江陵之前被王仙芝攻破过，焚烧屋舍，百姓都逃窜到了山谷之中。不久，李系的败讯传来，荆南节度使王铎见义军声势浩大，诸道兵又未赶到，以为江陵兵少难以固守，便退守襄阳。官军乘乱纵掠，恰逢下雪，百姓死伤甚多。黄巢占据了荆南，胁迫前岭南东道节度使李迢上书天子。李迢说道：“吾腕可断，表不可为。”黄巢大怒，杀了他。
尚让攻克了江陵后即与黄巢合兵进攻襄阳，恰逢江西招讨使曹全晸与山南东道节度使刘巨容坚守荆门，让沙陀人把坐骑赶到黄巢军营前，然后逃跑。但在荆门中了埋伏，被官军击败，损失甚大。
贼军认为他们胆怯。第二天，诸将骑着这些马出来作战，这些马听得懂沙陀语，一喊，就跑了回去，不能阻挡。官兵埋伏在林中，等马一跑进林中。大败之，抓获贼首十二人。黄巢害怕了，渡江东走，追击贼军，俘虏了十分之八。有人劝刘巨容继续追，刘巨容答道：“国家多辜负别人，危险不吝啬奖赏，事情平定就得罪，不如留下贼希望今后的幸福。”因此没有追击黄巢收集余众，稍加休整遂渡过长江进攻鄂州（治今湖北武汉），攻破了外城。之后，又转而进攻饶、信、池、宣、歙、杭等十五州。这时黄巢军又得以发展，“众至二十万”。
黄巢在江浙一带的胜利进军再次震撼了唐廷，唐僖宗一面任命淮南节度使高骈为诸道行营都统，命他迅速进攻义军，同时征调昭义、感化、义武诸道兵南下，与高骈协力作战。
广明元年（880年）三月，高骈遣其将张璘渡江南下，黄巢军连战失利，退守饶州（治今江西鄱阳）。张璘又乘胜进军，五月，黄巢又退守信州（治今江西上饶）。这时北方诸道军已兵临淮南，张璘又率兵追击甚急，而信州又恰遇疫病流行，义军士卒多死，元气大伤。
在义军处境十分危急的时刻，黄巢巧施缓兵之计：一方面用重金贿赂张璘，使其减慢进军；另一方面又致书高骈，表示“投降”。高骈中了黄巢圈套，以为大功告成，遂上奏朝廷，声称义军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。
当黄巢获悉诸道兵已经北渡淮河，散归其镇，而且义军也恢复了作战能力，即抓住时机，一举杀死张璘，大败淮南兵，并乘胜攻占了睦州（治今浙江建德）、婺州（治今浙江金华）又攻占了宣州。
刘汉宏进攻宋州，抢掠申、光，来与黄巢会合，黄巢进逼广陵，渡过采石，进攻扬州。高骈按兵不出，所过镇戍，望风降贼。
朝廷本对高骈寄以厚望，这时见高骈告急，顿时慌了手脚，急忙下诏泰宁军节度使齐克让驻守汝州，任命曹全晸为天平节度使兼东面副都统。贼军当时驻守在滁州、和州，曹全晸的天平兵在淮上被打败。
宰相豆卢瑑建议：“救援军队未到，请给黄巢天平节度使，如果没有找到西，以精锐部队戍守宣武，塞汝、郑路，寇贼首领可以导致了。” 卢携执不可，请“召诸道兵壁泗上，以宣武节度统之，则巢且还寇东南，徘徊山浙，救死而已”。诏可。前此已诏天下兵驻守溵水，禁止贼向北去。
于是徐州的三千兵马驻扎在许州，忠武军节度使薛能让徐州的三千兵马在馆驿中住下，结果徐州军闹事，忠武军部将周岌从溵水还军，杀了薛能，自称留后。徐军听闻变乱，大将时溥亦返回徐州，囚禁了其节度使支详。泰宁军节度使齐克让吓怕了，就引军回兖州了，溵水防线崩溃。
九月，义军渡过淮河。黄巢自称“率土大将军”，队伍从淮河以北整军而去，不抢劫财物，只有驱赶壮丁为兵罢了。义军攻陷申州（治信阳）之后，长驱进入颍、宋、徐、兖等州，所到之处，官吏四处逃散。
义军北渡淮河时，宰相豆卢瑑曾议请授黄巢为天平节度使，待其到镇时再发兵除掉他。另一宰相卢携执意不从，认为只要发兵守住泗州，义军不能入关，必还掠江、淮，便无能为力。不久义军北上，淮北告急，卢携遂惶愧称病不出，京师也充满了恐怖气氛。
十一月，义军进入汝州（治汝州市），黄巢传檄官军说：“你们要守堡垒，不要犯我先锋！我将进入东都，就到京城，自己想问罪，很多人没有参与。”这时朝廷乱作一团，有人主张调发关内诸镇兵扼守潼关，大宦官田令孜还自请率两神策军弓弩手去守关；有人则认为义军拥有六十万之众，潼关又无重兵，难以坚守。但僖宗还是决定让田令孜率兵东守潼关。十一月十七日，黄巢大军进抵洛阳城下，唐将齐克让退守潼关，东都留守刘允章则率分司官出城迎接黄巢入城。义军纪律严明，只是“供顿而去，坊市晏然”。
黄巢军进占洛阳不几日，即向关中挺进，继续攻打陕州、虢州，并警告拒守潼关的官军说：“我道淮南，把高骈像老鼠跑穴，你不要拒绝我”河中节度使李都诈进表于贼。
广明元年（880年）十一月二十一日，僖宗以田令孜为汝、洛、晋、绛、同、华都统，将左、右军东讨。率神策军、博野等军十万守潼关。当时，神策军士皆是长安豪富子弟，只是为了厚得供给和赏赐才贿赂宦官挂名军籍的，平日高车大马，悠然自得，未尝经历战阵。所以一旦听说出征，吓得父子抱头相哭，为了逃避战事，多以金帛雇商贩与贫民代行。田令孜虽名为汝、洛诸州都统，率神策、博野等军十万守潼关，但他只是遥领，只是派左军马军将张承范等率神策军前往拒战。神策兵过华州，只有三日粮，不能吃饱，兵无斗志。
潼关左边有谷，谓之禁谷。等到贼兵来了，官军只守潼关，不防守禁谷。
十二月一日，黄巢大军进至潼关，齐克让率军战于关外，贼稍稍退却。张承范拿出黄金对士兵说：“诸君勉报国，救兵就快到了。”军士感激涕零，纷纷请战。贼兵见没有援军来，就急速攻关，王师矢没有弓箭，扔石头射击。唐守关将士断炊，士气低落。义军奋力攻关，而尚让、林言率前锋由禁谷迂回到关后，前后夹攻，官军溃退，博野乱军直奔长安，大肆劫掠。
黄巢一举破关，又乘胜攻克了华州（治今陕西华县），留部将乔钤驻守，自己亲率大军直捣长安。十二月五日，百官刚刚退朝，传闻博野乱兵入城，即各自逃匿。僖宗在田令孜神策军的护卫下，狼狈逃往咸阳，只有福、穆、潭、寿四王与一两个妃嫔从行，太监西门匡范统右军殿后。文武百官及诸王、妃嫔多不知皇帝去向。
十二月五日下午，黄巢前锋柴存未受到任何抵抗即顺利进入长安，黄巢以尚让为平唐大将军，盖洪、费全古为副将军。将士皆披发、身着锦衣，辎重从洛阳到长安，千里相属。唐金吾大将军张直方率文武官数十人至灞上迎接。黄巢乘坐金色肩舆，其将士皆披发，束以红绫，身穿锦袍，手执兵器，簇拥黄巢而行。义军浩浩荡荡，“甲骑如流，辎重塞涂，千里络绎不绝”。长安市民夹道观看，尚让一再告谕市民说：“黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。”义军将士在街道上每遇到贫民，“往往施与之”。
广明元年（880年）十二月十二日，黄巢进入太清宫。翌日，于含元殿即皇帝位，国号“大齐”，建元金统，并大赦天下。黄巢封其妻为皇后，以尚让、赵璋、崔璆、杨希古为四相，孟楷、盖洪等为尚书左、右仆射兼军容使。郑汉璋为御史中丞，费传古为枢密使，李俦、黄谔、尚儒为尚书，王璠为京兆尹，许建、朱实、刘塘为军库使，朱温、张言、彭攒、季逵为诸卫大将军、四面游奕使，方特为谏议大夫，张直方为检校左仆射，马祥为右散骑常侍，皮日休、沈云翔、裴渥为翰林学士，令其甥林言为功臣军使。
黄巢下令：唐官三品以上全部停任，四品以下则官复原职。可见，大齐是由农民军文武官与唐官僚混合而成的一个政权机构。农民军憎恨官吏，对唐宗室、公卿士族实行严厉的镇压政策，“杀唐宗室在长安者无遗”。宰相豆卢瑑、崔沆及左仆射于琮、右仆射刘邺、太子少师裴谂等藏匿民间，被义军搜出后“皆杀之”，将作监郑綦、库部郎中郑綦拒不投降，“举家自杀”。投降黄巢的左金吾大将军张直方因匿公卿于夹壁墙中，事发后被杀。
中和元年（881年）正月僖宗，诏令镇东、太原、代州等节度使各发本道兵并赴京师讨伐齐军。三月以凤翔节度使郑畋为同平章事，充京西诸道行营都统，与泾原、秦州、鄜延、夏州等节度使“同盟起兵，传檄天下”。黄巢以朱温为东南面行营都虞候，攻陷了邓州（治邓州市），以阻止荆、襄官军北上。接着又遣尚让、王播率军进攻凤翔（今陕西宝鸡）。尚让以为郑畋乃一介书生，不谙军事，麻痹轻敌，中了埋伏，大败而归，损失二万多人。原已投降义军的夏绥节度使诸葛爽这时也背叛了义军。四月，黄巢任命其将王玫为邠宁节度使，为唐将所攻杀。这时部分官军已分别进至长安附近的渭北、沙苑、渭桥、武功和盩厔（今陕西周至），渐渐逼进长安。黄巢误以为唐大军赶到，急忙率军出城东走。唐军入城大肆劫掠，乱不成军。黄巢夜宿灞上，听说官军已乱，又无援军，回师攻城，官军大败，“死者十之八九”，义军收复了长安。这时，义军同州刺史王溥、华州刺史乔谦、商州刺史宋岩听说黄巢已撤离长安，也慌忙弃城而走。六月，黄巢遣其将王播围攻兴平（今属陕西），击败了唐邠宁节度使朱玫。七月，又以宰相王铎兼滑州刺史，兼充京城四面行营都统，“遣郎官、御史分行天下，征兵赴关内”。僖宗调兵遣将，各路军马陆续向京师进发。黄巢称帝后，曾遣使调发河中（今山西永济西）粮饷，唐河中将王重荣拒战，缴获粮饷四十余船。八月，黄巢将李详击败唐昭义节度使高浔，乘胜收复华州。十一月，孟楷、朱温进军富平（今陕西富平东北），邠宁、夏绥二军败归本道。
中和二年（882）二月，朱温再次攻占了同州。
参见：黄巢陈州之战
中和二年（882年）九月，朱温变节降唐。李详也欲投降，被黄巢所杀。黄巢任命黄邺为华州刺史，但到了十一月，即被李详旧卒逐出。
中和三年（883年）正月，沙陀族李克用奉诏率兵五万进至沙苑，击败了黄揆。二月，黄巢见义军节节败退，粮食也将吃光，便“阴为遁计，发兵三万搤蓝田道”，为撤离长安做好准备。四月，唐诸镇兵从四面八方会集京师。李克用与河中、忠武镇将率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，义军大败。四月十四日，李克用军攻入长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安。这时义军尚有十五万。黄巢扬言奔徐州，实际上却经蓝田关进入了商山（今陕西商县东）。在撤退中，义军把辎重珍货遗弃于道路，官军在长安大肆抢掠之后，又在路上争先拾取财物，不再追击，故黄巢“得整军而去”。五月，黄巢骁将孟楷率万人奔袭蔡州（治今河南汝南），唐节度使秦宗权迎战败北，遂归顺了义军。接着孟楷又进攻陈州（治阳），陈州刺史赵犨早有防备，乘机袭杀了孟楷。六月，黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，“掘堑五重，百道攻之”。黄巢还在州城北“立宫室百司，为持久之计”。在黄巢围攻陈州时，唐廷不断调动军队，以围剿农民军。七月，朱全忠被任命为宣武节度使，加东面招讨使。九月，命感化军节度使时溥为东面兵马都统。十二月，陈州被围困日久，即向邻道求救。于是忠武镇周岌与时溥、朱全忠等皆率兵前来救援。
中和四年（884年）正月，周岌等诸路救兵被义军打败，不得不共同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率蕃、汉兵五万前来增援。黄巢围攻陈州数百天，却始终未能攻克。这时李克用会同许、汴、徐、兖等州军马向陈州进发，先击败了驻守陈州北的太康尚让军，又击败了陈州西的西华黄邺军，于是黄巢从陈州周围撤军，退至陈州北的故阳里。五月，连日大雨，平地水深三尺，黄巢军营为水所漂，又听说李克用大军将至，遂奔向汴州。当黄巢军从中牟（今中牟）北汴河王满渡口渡河时，李克用乘势袭击，义军大败，死伤万余人，尚让率其部下投降了时溥，别将李谠等人投降了朱全忠。义军损失惨重，黄巢率残兵败将向东北逃去，李克用又追杀到封丘（今封丘）。这时又遇大雨，黄巢只收集散兵近千人，冒雨东奔兖州。六月十五日，武宁将李师悦与尚让追至瑕丘（今山东兖州），黄巢与唐军“殊死战，其众殆尽”，与其外甥林言走至泰山狼虎谷的襄王村（今山东莱芜西南）。这时，林言见大势已去，“惧追至并命”，于是便乘机杀了黄巢及其兄弟妻子。林言持黄巢等人首级欲向时溥献功，在路上却遇到沙陀博野军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献于时溥。黄巢残暴毒虐，观念狭隘，嗜好滥杀无辜，攻克长安之后不思进取，未消灭分镇关中的唐朝禁军，又缺乏经济政策，最后被唐军击败。黄巢从子黄皓率残部流窜，号“浪荡军”。昭宗天复初年，进攻湖南时，为湘阴土豪邓进思所伏杀。至此唐末农民起义结束。
中和四年（884年），秋七月，僖宗在大玄楼举行受俘仪式。武甯节度使时溥献上黄巢首级，另有黄巢姬妾二三十人。僖宗问“你们都是显贵人家的子女，世代蒙受国家的恩惠，为什么从贼？”居首的女子回答：“贼寇逞凶叛逆，国家以百万，不守宗庙，播升任巴郡、蜀郡；如今陛下以抵抗不住贼责备一个女人，设置公卿大臣将帅在什么地方吗？！”唐僖宗不复问，皆戮之于市。临刑前，执法人员可怜这些妇女，让她们喝醉后再行刑，女孩们边哭边喝，不久在醉卧中受死，独居首的女子不哭亦不醉，从容就死。
《全唐诗》录黄巢三首七言诗。
《题菊花》
飒飒西风满院栽，蕊寒香冷蝶难来。
他年我若为青帝，报与桃花一处开。
《不第后赋菊》
待到秋来九月八，我花开后百花杀。
冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲。
《自题像》
记得当年草上飞，铁衣著尽著僧衣。
天津桥上无人识，独倚栏干看落晖。
黄巢领导的农民运动打击了盛极一时的唐朝，同时建立大齐政权，还首创高层换届制度和四相制，但是最终导致藩镇割据，战火纷飞数十年。
可以通过大量史实看出黄巢一生的思想、政治抱负和实践。黄巢政治思想主要是封建专制主义，其政治抱负始终是想做说了算的首脑，力图以己力量改变不合理的社会现实。但具体奋斗目标因形势变化而有改变。黄巢就是遵循了这样的思想、方略及不同的奋斗目标参加起义、领导起义，同唐对抗。
为了打击唐王朝的实力，黄巢领导的起义最显著的特点是：采用流动作战的战术。前后转战十二省，往返15000余里，沉重打击了封建地方阶级，瓦解了唐朝统治，使唐王朝名存实亡。
唐末义军挂帅人物王仙芝、黄巢，先后分别以“天补平均大将军”、“冲天太保均平大将军”作为称号的关系，“平均”或“均平”自然地便成了这场大起义的特殊标识。关于这两个称号是“反映了农民痛恨贫富不均现象而产生的一种朴素的平均主义思。而黄巢在起义确实提出并实践了“均平”的口号。分析唐末社会政治、经济状况，黄巢起义提出“均平”口号有其历史必然性。黄巢起义在中国封建社会农民战争史上占有承前启后的重要地位。
《新唐书》：“唐亡，诸盗皆生于大中之朝，太宗之遗德馀泽去民也久矣，而贤臣斥死，庸懦在位，厚赋深刑，天下愁苦。方是时也，天将去唐，诸盗并出，历五姓，兵未尝少解，至宋然后天下复安。汉之亡也，天下大乱，至晋然后稍定；晋之亡也，天下大乱，至唐然后复安。治少而乱多者，古今之势，盛王业业以求治，可少忽哉！”
赞曰：广明元年，巢始盗京师，自陈“唐去丑口而著黄，明黄且代唐也。”鸣呼，其言妖欤！后巢死，秦宗权始张，株乱遍天下，朱温卒攘神器有之，大氐皆巢党也。宁天托诸人告亡于下乎！
《旧唐书》：“天地否闭，反逆乱常。禄山犯阙，朱泚称皇。贼巢陵突，群竖披攘。征其所以，存乎慢藏！
史臣曰：我唐之受命也，置器于安，千年惟永，百蛮响化，万国来王。但否泰之无恒，故夷险之不一。三百算祀，二十帝王。虽时有窃邑叛君之臣。乘危徼幸之辈，莫不才兴兵革，即就诛夷。其间沸腾，大盗三发，安禄山、朱泚、黄巢是也。
王夫之《读通鉴论》：“亡汉者黄巾，而黄巾不能有汉；亡隋者群盗，而群盗不能有隋；亡唐者黄巢，而黄巢不能有唐。”
黄仁宇：“……黄巢渡过长江四次，黄河两次。这位历史上空前绝后的流寇发现唐帝国中有无数的罅隙可供他自由来去。各处地方官员只顾本区的安全，从未构成一种有效的战略将他网罗。”
欧安欣：黄巢领导的唐末农民战争轰轰烈烈，壮烈一时；他的军事战略表现了高超的军事指挥艺术，成为我国军事战略史上的宝贵遗产，影响后世。
人民网：黄巢本并无夺取天下之雄才大略，亦曾数次兵临绝境，但因朝廷无信，藩镇割据，成就了黄巢最后直捣长安。但黄巢残暴毒虐，观念狭隘，嗜好滥杀无辜，军队军纪差，攻克长安之后不思进取，未消灭分镇关中的唐朝禁军，又缺乏经济政策，未建立后方根据地，最后被唐军击败。
