其前身是高级军官学校，于1810年创建于柏林、是世界上第一所培养高级参谋人员的学校。该院隶属于国防部，院长为少将，在联邦国防军副总监察长领导下进行工作。院下设有院务部，训练、理论与研究部，学员部等。此外还有院长办公室和一个咨询机构。学院共有教职员工570人，每年平均培训学员约2000人。 学院原址在巴特埃姆斯(莱茵-拉恩县首府)，1958年迁至汉堡。1972年，联邦德国对军队训练进行改革，根据同类院校合并的原则，将参谋学院和国防学院并入联邦国防指挥学院，从而成了联邦德国一所综合性的高等军事学府。
19世纪初期，拿破仑的法国军队采用了新的军事体制，使武装起来的法国农民成为欧洲武装力量的核心，这对当时腐朽的普鲁士军制和军事教育影响很大。1810年，终于在柏林成立了普军第一所培养高级参谋人员的军官学校，这也开创了世界先例。它的名称为：德国军事学院，第一任校长是格哈德·冯·沙恩霍斯特将军。著名军事家克劳塞维茨曾在该校任校长达12年（1818-1830年），并写出举世闻名的《战争论》。1859年，该校更名为军事学院。第一次世界大战后停办，1935年恢复，第二次世界大战结束后又被取消。1957年4月1日，在原军事学院、海军学院、空军学院的基础上，组建成建联邦国防军指挥学院，任务是培养和轮训三军高级参谋人员和中级指挥官。
在其漫长的教学过程中，先后诞生了西方军事理论鼻祖克劳塞维茨，闪击战基础理论奠基者老毛奇，“施利芬计划”的制订者施利芬，总体战理论的创始人鲁登道夫，闪击战理论家古德里安，无限制潜艇战理论创始人邓尼茨。这些人对德国的军事理论发展做出了重大贡献，并引发了当时世界军事理论的革命。
全院分3个系组织教学，即基本系、参谋系、军种司令部专业系。完成前一系的学习才能进入下一个系的学习，这与其它国家军队截然不同。实际上，一名德军参谋人员经过这里学习后，真正完全成为一名联合参谋，而不仅仅是兵种和军种参谋。因此，学员的训练也分三个阶段进行，即基础科目训练阶段、应用科目训练阶段、专职参谋业务训练阶段。
学院的教学具有以下几个特点：首先，师资队伍素质较高。联邦德国军队一贯注重军官素质教育，注重培养军官团精神，虽然二次世界大战后，但这种传统的影响却根深蒂固。因此，德军院校教育的过程中认识，学员的素质得益于教官的影响，教官的素质直接关系到教学活动的质量。从这一点出发，指挥学院十分重视教官的选择。教官由军事教官和地方教师两部分组成。军事教官必须经过精心挑选，业务素质十分突出；地方教师则是经过正规教育的专业人才。这两点保证了教官队伍的基本素质。除此之外，所有的教官在上岗前必须还要经过德军专门的师资培训机构的培训。其次，注重实践教学。在整个教学过程中，实践教学占有相当大的比例。如，学员在完成基础科目训练后，必须在各级司令部机关实习一年，而且才能回到学院继续进行下一阶段的学习，这个特点就决定了德军的参谋人员具备较强的参谋业务素质。另外，军种的参谋人员的基础训练结束后，还要结合训练和演习参加本军种的军事实践活动。最后，学院本身具备强大的培训能力。联邦国防军指挥学院的训练时间采取浮动制，设置的原则就是根据需要灵活确定，因此，学院根据不同训练类型确定相应的训练时间。这样的学制操作，可以无形中增强培训的能力，提高培训的“真质量”，因此，指挥学院每年大约有2000名学员毕业，而众所周知，联邦德军参谋队伍是世界一流的。
联邦德国指挥学院虽然历经浮沉，但无论怎么看，它都是德军军官的培训中心，虽然它名义上仅仅是一所指挥学院，培养的多是参谋人员，但从它的学生们的发展情况来看，它无愧于德国军队的传统。从铁血宰相俾斯麦时代开始，到第二次世界大战，到今天，这所学院对德国的尚武精神和进取精神影响很大。如果我们翻看一下《战争论》、《施利芬计划》、《总体战》以及《坦克，前进》这些书，我们就可以想象到这所学院对德国民族的深刻影响。
