同治元年（1862），慈禧太后下诏求言。黎庶昌以廪贡生上《万言书》，痛陈时弊，尽言改良主张。朝廷降旨以知县补用，交曾国藩的江南大营差遣。入曾国藩幕，深得信任，黎庶昌随营6年，与张裕钊、吴汝纶、薛福成以文字相交，并称“曾门四弟子”。曾国藩调任，黎庶昌留江苏候补，曾任代理吴江知县、青浦知县、扬州荷花池榷务等职。
光绪二年（1876）起，中国向各国派遣公使。黎庶昌被荐，先后随郭嵩焘、曾纪泽、陈兰彬等出使欧洲，历任驻英吉利、德意志、法兰西、西班牙使馆参赞。开始其一生的外交活动。
在欧洲5年，游历了比利时、瑞士、葡萄牙、奥地利等10国，注意考察各国政治、经济、军事、文化、地理和民俗风情等，写成《西洋杂志》一书，成为清代黔北走出封闭“睁眼看世界”的第一人。
光绪七年（1881），摧升道员，赐二品顶戴，派任驻日本国大臣。黎庶昌时年44岁。三年后， 回国丁母忧。十三年服阕，再度派驻日本。光绪十六年，任满归国后。
1881至1884年和1887至1889年，黎庶昌先后两度以道员身份出任中国驻日本国大臣共6年，凡外事活动，坚持维护国家尊严，机敏果断的处理日本出兵朝鲜事件，维护了中国与朝鲜的宗藩关系。使日期间，保护旅日华侨正当权益，也注重睦邻友好关系，所受外交礼遇厚重。 为促进中日友好往来做出了卓越贡献。离任时，日本送行的人塞巷盈途，饯行至数百里外。西方各国使臣啧啧称赞，说这是使臣返国从来没有过的现象。
闲暇之时，黎庶昌广交日本朝野文士，于春秋佳节，设文酒会，领首诗词酬唱。诗作辑为 《黎星使宴集合编》共六集，存日本友好人士90 余人、中国使馆人员及国内人士20余人酬 唱诗作数百首、文数十篇。黎庶昌的德行文章，深得日本人士敬慕。黎庶昌曾为日本汉学家藤野正启作墓志铭。后黎之赵氏夫人去世，藤野之女藤野真子于日本明治二十四年为作墓志铭，情真意切，情同母女。碑刻现存遵义县。
光绪十七年，黎庶昌任满回国，任川东道员兼重庆海关监督。曾出资创建云贵会馆，举办洋务学堂，培养出国留学人才。三年后，中日甲午战争爆发，黎庶昌奏请东渡排难，未能如愿。每闻战事失利，或痛哭流涕，或终日不食，以致一病不起。慨捐廉俸万金，以酬报国之愿。
光绪二十一年，家乡大旱，黎庶昌会集在渝同乡捐款白银二万两，购米运遵义赈灾。次年，遵义复旱，时黎庶昌已病回故里，闯讯，电请云贵总督救灾，得拨银2万两救济。
光绪二十三年冬，病逝于禹门沙滩家中，时年61岁。
黎庶昌的文章多经世之言，其出使外国纪游之作，尤寄深意。黎庶昌使日期间，曾搜罗典籍，刻《古逸丛书》26种共200卷；为家乡购南藏本佛经全帙6771卷；又与日本友人以诗文唱和，刻《日东文讌集》3编，于保存典籍和中日文化交流颇有贡献。黎庶昌在文化方面的贡献，主要是编印了《古逸丛书》。这部书共二十六种计二百卷，系黎庶昌在日本利用外交事务之余，将我国早已散佚而流存日本的唐、宋、元、明珍贵古籍，以高级纸张影印编辑而成。其中包含了唐本《玉篇》零本三卷半、《文馆词林》十三卷半、宋本《史略》六卷、《太平寰宇记补阙》五卷半等。这对我国古汉语、历史地理等方面的研究，都是极为有用的。
一生著述达20多种。已刊行者有《拙尊园丛稿》（6卷）、《西洋杂志》（8卷）、《丁亥入都纪程》（2卷）、《海行录》（1卷）、《遵义沙滩黎氏家谱》（1卷）、《黎氏家集》（40卷）、《黎星使宴集合编》（6册）、《曾文正公年谱》（12卷）、《全黔国故颂》 （24卷）、《续古文辞类篡》（28卷）、《古逸丛书》（200卷）、《古逸丛书叙目》（1卷）、《宋本〈广韵〉校札》、《春秋左传杜注校刊记》（1卷）、《青浦县志》（33卷）（此志由青浦人熊其英编纂，而创议修志并筹集经费者是黎庶昌）。另有未刊书稿多种，多已散佚。
黎庶昌除了在散文创作、古籍整理及外交工作中取得了令人瞩目的成就之外，颇为值得称道的是，他具有与时代同步前进的国际眼光，能够将自己的见闻对照中国封建体制，提出改革中国封建教育的科学建议，并创办“新学”付诸实施，可谓是一位教育改革家。就其在不同时期对待教育的态度而言，大致可分为“尊崇传统教育方式、形成教育改革思想、实践教育改革”三个阶段。
黎庶昌作为来自边远地区-贵州的一名文人学士，要想从根本上改变自己的命运，自然也不可能超脱科举考试的藩篱。因此，他12岁便师从杨开秀（字实田）先生学习传统儒学经典文化和科举应试知识。继杨开秀先生之后，又师从伯父黎询（字雪楼，晚号拙史）。雪楼先生曾在外为官，晚年辞官返家时用薪傣购买了大量古籍带回沙滩，存于锄经堂内并开架让子侄们阅读，黎庶昌当是受益者之一。加之表兄郑珍、内兄莫友芝，家兄庶焘、庶蕃，从兄兆勋等的教导、影响，使得他不仅开拓了阅读视野，更形成了奋发进取、刻苦钻研的良好品质，为之后参加科举考试及向朝廷上《万言书》（即《上穆宗毅皇帝书》和《上穆宗毅皇帝第二书》），奠定了坚实的基础。
从当时大背景而言，黎庶昌发奋求学的根本动力还是为了科举入仕，当时的他还是认同科举取士这一制度的，所以对于以讲授四书五经、以儒学为 主要内容的传统教育体制，他还是尊崇的。否则他也不可能以糜贡生的身份千里迢迢远赴顺天参加乡试。再说，在他家境贫寒时曾远离家小只身赴威宁担任时任威宁州知州顾昆扬（字赋亭）家的塾师，他的教授内容及方式方法当也是围绕科举考试内容，因为在当时的时代背景下不可能有人聘请违背科举制度的塾师教育自己的孩子。
因此，可以说黎庶昌26岁之前，亦即《上穆宗毅皇帝书》（1862年）之前，对于科举取士的制度、对于封建私塾围绕科举考试而开设的教学内容还是尊崇的。
随着阅历的不断开拓，加之自身及才华横溢的内兄莫友芝屡次参加科举考试的失败，黎庶昌逐步认识到科举制度埋没卓越人才之弊端，并因此而引发了他深刻的思考。1862年朝廷颁发求言诏书时，处于落寞潦倒的黎庶昌依据广大十子之情况及中国时局，以“干犯天威”的胆量，剥茧抽丝般地将当时社会存在的种种弊端陈述出来上呈朝廷，这便是《上穆宗毅皇帝书》。在上书中，黎庶昌明确指出人才对于国家兴旺的重要性，同时客观地指出了科举考试存在的弊端。
这些大胆的进言，实质上是指出朝廷选拔人才不得其道，是对当时教育制度的理性思考。他还进一步分析了正是因为科举考试存在这样的弊端，才形成了“士不讲修齐平治诗书礼乐，而专讲小楷时文”的不良风气，从而向朝廷提出招揽贤才的建议:“讲取士之法，宽用贤之格，宏听言之路延揽天下贤”。
虽然他的这些言论与当时的整个风气不合，但还是得到了朝廷的认可，被授予官职，但是由于其上司的进谏，他被发到曾国藩处接受检查。
后来随着对封建的教育制度很多切身的体会和出访外国所见所闻，黎庶昌逐渐形成变革体制、兴邦强国的思想，于是他再次上书朝廷，独抒己见，提出若干改革国策的意见和建议，并创办学堂将其教育改革之构想付诸实施，在传统教育基础上，开设外语、讲授自然科学知识，这对于当时处于风雨飘摇中的中国清朝政府及教育情况的实际而言，不能不说是一个创举。
黎庶昌早在《上穆宗毅皇帝第二书》时便已提及在中国开设“绝学”，其时朝廷“洋务派”已经开始掀起“师夷长技以自强”的洋务运动，官方还兴办了“京师同文馆”等一批洋务学堂，这些洋务学堂遵循“中学为体、西学为用”的指导思想，冲破封建传统教育中只学四书五经的藩篱，将外国语言文字、自然科学知识、技能等内容纳人学堂教育，这在很大程度上冲击了传统科举教育制度。
黎庶昌多年出任清廷驻德、意等国参赞和驻日公使，后又返回国内任职，耳濡目染，中外对照，更为深刻地认识到中国封建教育之弊端，其对教育的态度理所当然受到洋务运动的影响，因此他不但提出了很多科学的教育理念而且力图付诸实践之中。
黎庶昌在出使了西欧诸国并出任驻日公使之后，认真考察、翔实记录了西欧各国及日本的政治、经济、文化、教育等方面情况，编成《西洋杂志》一书，书中对画院，竞技，学校教育，文化教育等精神生活方面的情形，也都有大量清晰的记写。鉴于官方创办的洋务学堂较少且大多集中于京师的实际情况，黎庶昌在光绪十七年（公元1891年）出任四川川东兵备道员兼重庆海关监督后，个人出资在重庆创设川东洋务学堂，“聚颖秀之士凡二十人肄业其中，习中文、英文、算学三科”，英语、数学为主科，聘请饱学且通洋务者为师，甚至自己亲自授课，讲解东西洋各国概况或讲授古文等传统文化。
这已经是他上书朝廷建议开设“绝学”三十年之后的事情了，说明他对改变封建传统教育体制之事是牢记于心、志在必行的，只要有机会，就会具体实施。受洋务运动的影响，加上自身游历诸多国家的经验，他不仅将自然科学引人课堂教学以培养实用人才，而且还在自己开办的川东洋务学堂里选拔优秀学生赴伦敦留学，开西南学子留学之先例，川东洋务学堂将算学等内容直接纳入课堂教学.是在洋务运动开办的洋务学堂的基础上的进一步提升，对后来包括京师大学堂在内的一批国立大学的兴办有重要的启示作用。
随着教育内容和教育制度的改革，外语及自然科学、技术等内容先后纳人教学范畴，在很大程度上开拓了学生的视野，提高了他们实际操作技能。辛亥革命的‘大将军’、《革命军》的作者邹容即肄业于黎庶昌先生在重庆创办的川东洋务学堂。
黎庶昌与他同时代的外交官一样，在时代风云的推动下，不仅走出贵州的崇山峻岭，而且走出国门，迈向世界。成为近代为数不多的睁眼看世界的先进中国人行列中的一员。就清代的外交官当中自郭嵩焘以下，出了不少的洋务派和维新派，如曾纪泽、李凤苞、薛福成、黄遵宪等。黎庶昌似乎没有被划归什么派，他的兴趣也确乎不在政治、经济方面。访书、编书、著书、刻书都是文人学者“当行”的事情。正是这不经意的文事，形成了黎庶昌独特外交风格——文化外交。即以文化为纽带，通过深切体察驻在国情况，了解驻在国的文化。在这个基础上努力做到彼此认同，再以这种认同感为基础，与驻在国人士建立深厚的友谊，以期达到外交目的。
黎庶昌的文化外交风格并不是一蹴而就地形成。也经历了一个逐步形成发展并且成熟的过程。未出国前，黎庶昌受社会舆论和儒家“夷夏之辩”的影响。视西方各国为不文明的“夷狄”之邦。在出使西洋过程中，黎庶昌目睹了各国政教民俗、经济文化等方面的实况。不仅使他大开眼界，而且逐步消除了视之为“夷狄”的成见。对其政治的民主、文明的昌明、科技的发达以及经济的繁荣，进而产生向往倾慕之情。这一时期，黎庶昌以其实际行动来证明了他的文化外交风格。即编撰了《西洋杂志》形成了文化外交的雏形。而在任日本公使之时，黎庶昌与日本的朝野文士建立了深厚的友情。日本研治汉学的朝野文士对黎庶昌的学问、道德和文章都十分景仰。以能与黎庶昌结识为荣。纷纷将诗文集请黎庶昌审正，赐序。黎庶昌对日本文士热情接待，坦诚倾谈。与不少人结成了莫逆之交。并从中获取了一些可贵的外交事务情报。这一时期，黎庶昌的文化外交表现得特别成熟而且有实效。
黎庶昌的文化外交是在当时历史背景下产生的。作为这一外交风格的缔造者，黎庶昌来说!他自始至终都是以一个文人的姿态充当外交使节。本着“经世致用”的目的，去游历西欧各国以及日本。在游历过程中，他以一个文人独有的眼光侧重于驻在国的国政民俗、社会生活、交通途径、风土人情。黎庶昌之所以考察这些，最主要的原因是因为对于一个文人外交家来说，手中最直接的武器便是对于本国以及他国文化的掌控能力。这样，就更应该在对待外交事务中掌握驻在国的文化，以期达到相互认同，圆满地完成外交事务。
正是这样一种文人气质，铸就了黎庶昌的文化外交风格。黎庶昌的文化外交风格之所以能成功也有其必然原因。
首先，黎庶昌所处的时代是中国千年未有之大变局。1840年西方的大炮轰开了中国的大门。中国的有识之士开始认识到为了救亡图存，必须了解天下大事，使自己对迅速变化的世界由无知变为有知。这个大势就包括世界地理、自然地理和人文地理。尤其是后者，在内，掌握这一大势可以试图使用各种方法。黎庶昌在这种时代的召唤之下，走出国门，为其创立文化外交风格提供了客观条件。
第二，就黎庶昌个人来说，他是一位学识渊博，力主“经世致用”的学者。他具备厚重的儒家文化的积累。同时，眼光开阔，极富远见。他以自己的学术成就和文名得到驻在国的钦佩；以其高尚的品格获得了驻在国的友情和敬爱。为其创立文化外交风格提供了主观条件。
第三，黎庶昌的文化外交之所以在欧洲初见端倪，而在日本表现得特别成熟而且有实效。其根源在于西欧文化是与中华文化相互抵制的。对于一种不同于中国文化的西欧文化，黎庶昌只能从最表面，最表象的事物入手。希望掌握其精华，为我所用。所以黎庶昌首先尊重西欧文化，继而了解西欧文化。在其《西洋杂志》一书中详细记载了西欧各国的文化以及风俗，但未与上层建立亲密关系，而在与中国文化同宗同源的日本，黎庶昌的文化外交开花结果。日本自汉唐以来，受中国儒家文化的影响极大，加之，当时的日本学术文化界仰慕华风的余温尚存，这一切都成为黎庶昌的文化外交产生的土壤。
两次出使日本期间，留心自唐、宋、元、明以来，在中国失传而流失到日本的旧籍。凡在国内失传的，不惜以重金求购。不愿售者，则付资影印。对藏之于日本宫廷秘阁的珍本，则以大使身份求之于官方派人去影印。如是收集经年，先后得26种，共200余册。同时对杨守敬在日本大量采购古书，极为赞赏，杨守敬为他起草一篇《日本访书缘起条例》，遂多方勤奋搜求，许多为国内久已绝迹的古代逸书残本。如《文馆词林》、《太平寰宇记》等，又有很少见的宋刻《老子》、《荀子》等。他曾说秘本珍笈是乃公器，愿与天下学者共之。于光绪中由杨守敬协助，汇辑刻印成《古逸丛书》共200卷，收书26种，多为国内所没有的唐、宋、元版古籍。又经杨守敬评校，刻印极精。潘祖荫、李鸿裔见到后，拍案称绝。叶昌炽记其刻书“初印皆用日本皮纸，洁白如玉，墨如点漆，醉心悦目。”可与宋本相媲美。家有“拙尊园”积书2万卷，编有《拙尊园存书目》，按照经、史、子、集、丛书五大类分类。长于古文辞，有描述国外风光的散文。 [
黎庶昌志在用世，自称“雅不欲以文士自期”（《青萍轩遗稿序》）。所以他论学为文，力主“因文见道”（《答赵仲莹书》）。光绪十年，曾向清廷上《敬陈管见折》，主张整饬内政，酌用西法，修铁路，练水师，兴商贾，走强国富民之路。惜未能被采纳。
在新疆问题上，坚持应该维护主权，反对李鸿章放弃新疆，支持左宗棠收复新疆。为了防俄，三次写信给曾纪泽，主动请缨，要求深入西伯利亚，中亚腹地考察，表示为此“不惜驱命”。
罗文彬说：“其言多经世意，主实用”（《拙尊园丛稿》跋）。黎庶昌为文长于叙事，宗法桐城派，尝编《续古文辞类纂》，阐发桐城义法，推演《经史百家杂钞》的宗旨。但他晚年所作纪游之文，自由抒写，明洁动人，并不全受桐城义法束缚。除《西洋杂志》外，《卜来敦记》、《巴黎赛会纪略》、《游日光山记》、《游盐原记》、《访徐福墓记》等，都有一定成就。罗文彬评其文：“特有奇气。虽大旨远祖桐城，近宗湘乡，而不规规一格。”颇为中肯。
