1550年（明世宗嘉靖二十九年），顾宪成出生于江苏无锡泾里（今无锡市张泾）一个书香门第。
顾宪成聪明过人，幼年就有研读孔子之学。1576年（万历四年），顾宪成赴应天（今江苏南京）参加科举考试，中了乡试第一名。后来会试考取第二十名。
1580年（万历八年），顾宪成赴京参加会试，又被录取在二甲第二名，被赐进士出身。顾宪成中进士后，官居户部主事。时值大学士张居正生病，朝臣群起为他祈祷。顾宪成不参与祈祷，有同僚代他签名，他拿笔去掉。
1582年，张居正死后，顾宪成改任吏部主事。后来顾宪成请假回乡三年，返回朝廷后，补为验封主事。
1586年（万历十四年），顾宪成的弟弟顾允成也考中了进士。
1587年（万历十五年），明朝考核京城朝官，都御史辛自修掌管考核事宜。工部尚书何起鸣在纠正考核的过失中，辛自修因不对执政大臣之意获罪。给事中陈与郊秉承旨意弹劾何起鸣、辛自修，实际上是攻击辛自修而庇护何起鸣。于是二人都被罢官，并责备了检举何起鸣的四位御史。
顾宪成为他们抱不平，上疏申辩，词语中有触怒当权者的地方，被明神宗下圣旨责备，贬官外放为桂阳州判官。后来提为处州推官。
顾宪成在母亲死后辞官，服完丧后，补为泉州推官。
1593年（万历二十一年）考核官员吏治时，顾宪成因为公正、廉洁被推为第一，提升为吏部考功主事，累官至吏部员外郎。
1593年（万历二十一年）正月，明神宗下诏将长子朱常洛和另外两个儿子朱常洵、朱常浩同时封王，而不明确皇位继承人，以便朱常洵仍有被立为太子的机会。包括顾宪成、顾允成兄弟在内的许多廷臣，上奏阻止这一诏令的颁发。神宗迫于公议，于同年农历二月间收回了三王并封之命。
1593年（万历二十一年）的京官考察，吏部尚书孙籥、考功郎中赵南星将与执政有私交的人全部罢黜，实际上是顾宪成左右的。等到赵南星被斥退，顾宪成上奏请求一同罢官，没有得到回复。不久升为吏部文选司郎中，掌管官吏班秩迁升、改调等事务。
顾宪成直言敢谏，他和一些正直的官员经常对朝廷的错误决策有所非议，在士大夫中声望很高。
因为争立皇长子朱常洛为太子，顾宪成引起神宗反感。1594年（万历二十二年），首辅王锡爵年老引退，明神宗便命吏部根据品望推选六七位能够胜任首辅之职的官员听候点用。顾宪成与吏部尚书陈有年合拟了七人名单上报，请神宗亲裁。不料，顾宪成他们提名的人，都是神宗所厌恶的，尤其顾宪成提名的前大学士王家屏，更是违背了神宗的旨意，从而更触怒了神宗。顾宪成被削去官籍，革职遣送回家。
顾宪成被除去官职以后，朝廷内外推荐他的上书超过上百份，神宗都不批复。
顾宪成回到了家乡，决定从事讲学活动，同时宣扬他的政治主张。恰好在无锡有一所宋朝学者杨时曾经讲过学的东林书院，他就同弟弟顾允成倡议维修。维修书院的事，得到许多地方人士以至常州知府、无锡知县的资助和支持，在1604年（万历三十二年）修复了这所书院。同年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人，发起东林大会，制定了《东林会约》，规定每年举行大会一、二次，每月小会一次。
东林书院既讲学又议政，吸引着许多有志之士，包括一些因批评朝政而被贬斥的官吏。他们不顾道路远近，纷来沓至，人数之多，竟使东林书院的学舍都容不下。
顾宪成曾经说：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在边地做官，志向不在民生，居于水边林下，志向不在世道，君子是不这样做的。”他在讲学之余，往往议论朝政，品评人物。朝廷之士仰慕他的风范，多和他遥相呼应。由此东林名声大噪，而忌恨的人也多。从而被他们的反对者称为“东林党”。
1608年（万历三十六年），由于许多东官员纷纷上疏推荐重新起用顾宪成。顾宪成被正式任命为南京光禄寺少卿，但是顾宪成不接受任命，继续留在家乡从事讲学议政。
1611年（万历三十九），东林党人淮南巡抚李三才被弹劾，顾宪成送信给叶向高、孙丕扬，为李三才恢复名誉。御史吴亮将它刻在朝报中，攻击李三才的人看到后纷纷议论。
于是徐兆魁在奏疏上攻击顾宪成，肆意诋毁。声称：浒墅有条小河，东林党占用其税收作为书院的费用。税使来检查，东林就以文书招请，假使税使没有应邀前往，也必定给予丰厚的报酬；讲学所至，仆人随从如云，县令命令馆舍予以供应，没有二百金办不到；聚会时必定谈论时事，郡邑做事偶然与他们意见不同，必令郡邑改正；收受贿赂。
徐兆魁的话没有一句得到证实。光禄丞吴炯上奏为顾宪成辩白说：“顾宪成送信救李三才，是有些出格，我曾责怪他，顾宪成也后悔。现在顾宪成被诬告，天下将因此作为讲学的惩戒，闭口不谈孔、孟之道，国家正气从此而耗减，不是小事情啊！”奏疏上后，明神宗不予回答。此后攻击顾宪成的人没有断绝。
顾宪成于1612年（万历四十年）死于家乡。留有著作《小心斋札记》、《泾皋藏稿》、《顾端文公遗书》等。
天启初年，明熹宗赠顾宪成太常卿。由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，1625年（天启五年），明熹宗下诏，烧毁全国书院，削去顾宪成封号。
1629年（崇祯二年），崇祯皇帝下令为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。顾宪成获得平反，赠吏部右侍郎，谥号端文。
顾宪成创立了东林书院，并以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王守仁“心学”及王学末流在道德修养和认识论方面宣扬的种种虚、空、玄的主张和说教进行猛烈的抨击和批判，从而推动了实学思潮的高涨。
《明史》：宪成姿性绝人，幼即有志圣学。暨削籍里居，益覃精研究，力辟王守仁“无善无恶心之体”之说。
樊树志：顾宪成在一片诽谤声中与世长辞。
《剑桥中国明代史》：东林运动的主要创始人顾宪成（1550—1612年），作为吏部的高级官员，成功地阻挠了任命一个翰林学士来领导他自己的部，理由是，所有大学士已是翰林成员，由这样一个排他的内廷集团控制外廷的一些主要职位将有损于健全的政府的利益。
