玄武门之变，是唐高祖武德九年六月初四（公元626年7月2日），由当时唐高祖李渊次子秦王李世民在唐王朝的首都长安城（今陕西省西安）太极宫的北宫门——玄武门附近发动的一次政变。
在起兵反隋的过程中，李氏兄弟二人配合仍算默契，直到建立唐朝。太子自知战功与威信皆不及世民，心有忌惮，就和弟弟齐王李元吉联合，一起排挤和陷害李世民；听从魏征的引导，收服被李世民重创的刘黑闼尝试拿回兵权，李渊也尝试任用裴寂，最终导致大败，不得不再用李世民领兵。
以李世民为首的功臣集团，为求自保，在玄武门发动兵变，李世民亲手射死了太子李建成，事后李渊立李世民为太子，两个月后禅让皇位，是为唐太宗，年号贞观，开启了23年的“贞观之治”。
参见：晋阳起兵、唐朝统一战争
大业十三年（617年）五月，太原留守、唐国公李渊在晋阳起兵，在长子李建成、次子李世民等人支持下，十一月占领长安后，李渊拥立隋炀帝的孙子代王杨侑为帝，改元义宁，即隋恭帝。李渊自任大丞相，进封唐王。义宁二年（618年）五月，李渊篡隋称帝，定国号为唐，并立长子李建成为太子。李渊曾答应李世民事成之后立他为太子。天下平定后，李世民功名日盛，李渊却犹豫不决。李建成随即联合李元吉，排挤李世民。李渊的优柔寡断，也使朝中政令相互冲突，加速了诸子的兵戎相见。
秦王李世民一方也不甘示弱，随着李世民在外屡立战功，威望日高，李渊先后封他为司徒（三公之一）、尚书令（相当于宰相）、中书令（亦相当于宰相），乃至无可再封时，便创造了史无前例的天策上将之职授予他，位在诸王之上，在朝中的地位仅次于李渊和太子建成，且拥有众多支持者；秦王府内人才济济，与李世民的支持者们一起形成了秦王党，与太子党相抗衡。
根据《大唐创业起居注》中说，晋阳起兵是李渊本人的主意。而《大唐创业起居注》是温大雅奉李渊的敕令写的，成书于武德期间。难免有吹捧李渊的曲笔。洪迈在《容斋随笔》中说，“《大唐创业起居注》首题乃云大雅奉敕撰”，可见是李渊让温大雅著作的个人传记，因此这本书难免有吹捧李渊的曲笔。
随着唐俭墓志的出土，《大唐创业起居注》中所塑造的李渊雄才大略没有犹豫就拍板的形象不攻自破。霍邑一事《大唐创业起居注》记载李渊征求李建成和李世民意见后直接决定的，功劳主要归入李渊，李建成和李世民也各有一份。而唐俭的墓志却表明了阻止霍邑退兵是他最先提议的，唐俭是李世民的部下，唐俭将计策告于李世民，也才有了李世民后来劝阻一事。
《大唐创业起居注》为后世五代宋朝修订新旧《唐书》《资治通鉴》资料之一，五代与北宋两朝的史官同样也没有采纳《大唐创业起居注》的观点。明人胡震亨怀疑，温大雅撰写《大唐创业起居注》时，李建成是太子，所以才加上了李建成的名字，还让他“压番”李世民。
据《资治通鉴》记载：太子李建成性情松缓惰慢，喜欢饮酒，贪恋女色，爱打猎；高祖第四子、齐王李元吉，常有过错；二人均不受高祖宠爱。世民功勋名望日增，高祖常常有意让他取代建成为太子，建成心中不安，于是与元吉共同谋划，并答应元吉在自己即位以后，立他为皇太弟，所以元吉倒向大哥建成，为建成尽死效力，他们各自交结建立自己的党羽，组成太子党，一起排挤李世民。
司马光在编写《资治通鉴》时认为：建成、元吉虽然是顽愚之人，既然被世民所杀，关于他们的记载，也很可能被史官渲染。但这更多的却是司马光受宋朝儒家思想的影响，对风化看的很重，觉得一个继承人就不应该有兴趣爱好，才会将这段记载认为是抹黑，事实上，当时的世家子弟都有这些爱好。历史上司马光曾因为风化，主动向西夏国割让原本属于宋朝的两千里土地，而在其所著作《通鉴考异》中也记载“二说未知谁得其实。然刘说近厚，有益风化，故从之。”，可见司马光主观性认为“玄武门之变”有伤风化，也不难理解司马光为何会对李渊李建成等人有所好感为他们说话了，也因为这一主观因素在《资治通鉴》中引用中唐期小说《隋唐嘉话》记载：李世民对于朝中形势犹豫未决，询问李靖李世绩的意见，二人都推辞了。《旧唐书》多取于唐官方原始史料，对其却有截然不同的记载：李靖李世绩说：“大王以功高被疑，靖等请申犬马之力。”
除此以外，据《资治通鉴》所记载：秦王世民引军自晋州还攻夏县，壬午，屠之。而根据《通鉴考异》记载，高祖实录：帝曰：“平薛举之初，不杀奴贼，致生叛乱，若不尽诛，必为后患。”诏胜兵者悉斩之。疑作实录者归太宗之过于高祖，今不取。然而在此事之前，李世民并没有接管过夏县，也没有在夏县受挫，而李渊却亲自负责夏县攻略很长一段时间，期间被夏县反叛，《资治通鉴》记载：武德三年二月庚子，李渊到达华阴，此后，直到四月壬寅才返回长安。这期间，对夏县的攻略，均由李渊亲自安排，二月甲寅，“遣将军桑显和等攻吕崇茂于夏县”，李渊还亲自安排对吕崇茂的策反工作，“尉迟敬德将兵助吕崇茂守夏县，上潜遣使赦崇茂罪，拜夏州刺史，使图敬德，事泄，敬德杀之”。而根据现有常何墓志记载中，屠夏县的时候，李世民已经离开夏县返回长安，可见李世民不是屠城一事的下令者，也不是执行者，更没有行事动机，只能是李渊所为。由此也可发现司马光因主观思想中潜移默化受“风化”影响，思维中难免对李渊进行美化，却失去了客观上李渊也是政治家，冤杀开国功臣刘文静时就可见李渊行事果决狠辣，不念旧情，绝非善类，夏县屠城一事因不符合司马光对李渊的原有印象，“有伤风化”故此将屠城一事栽赃给了李世民。
《贞观政要》记载，太宗看过由房玄龄所修改的精简的《高祖实录》《太宗实录》后，对于玄武门一事有异议，要求“削去浮词，直书其事。”之后魏征赞美太宗：“陛下今遣史官正其辞，雅合至公之道”。史书记载春秋笔法，为尊者讳，然直至今日所见史书中依旧皆知李世民是如何射杀了李建成，而不是言语含糊，李建成造反李世民平叛诸如此类，这一点都应归功于李世民对于史实记载真实的重视。
明朝的开国太祖朱元璋对于此事同样认为李世民是为了将玄武门之事告诉天下人，而绝非是掩饰。明太祖：“国史贵乎直笔，是非善恶皆当书之。昔唐太宗观史，虽失大体，然命直书建成之事，是欲以公天下也。予平日言行可纪之事，是非善恶，汝等当明白直书，勿宜隐讳，使后世观之，不失其实也”。
明朝王夫之则认为如果李世民真的杀了自己的兄长应该和宋太宗一样隐晦这一段的记载，认为李世民要求直书其事在史书中写明亲手射死李建成一事是不知羞耻，所记载史实的确如记载所说的“削去浮词，直书其事”。
同时《唐会要》记载，贞观十七年，李世民把《高祖实录》、《太宗实录》“并赐皇太子及诸王各一部，京官三品以上，欲写者亦听”。这两本书李世民在贞观十七年就敢公布，可想而知这两本书中的内容与事实相差不远，否则李世民也不会敢在贞观十七年就发行。
参见：李世民、李建成
李渊晚年宠幸的嫔妃很多，生了滕王李元婴等近二十位小皇子，他们的母亲争相交结各位年长的皇子来巩固自己的地位。李建成和李元吉都曲意侍奉各位妃嫔，奉承献媚、贿赂、馈赠，无所不用，以求得皇帝的宠爱。也有人说他们与张婕妤、尹德妃私通乱伦，宫禁幽深神秘，此事无从证实。当时，太子东宫、各王公、妃主之家以及后宫妃嫔的亲属，在长安横行霸道，为非作歹，而主管部门却不敢追究。世民住在承乾殿，元吉住在武德殿后院，他们的住处与皇帝寝宫、太子东宫之间日夜通行，不再有所限制。太子与秦、齐二王出入皇帝寝宫，均乘马、携带刀弓杂物，彼此相遇只按家人行礼。太子所下达的令，秦、齐二王所下达的教和皇帝的诏敕并行，有关部门不知该听哪个的命令，只有按照收到的先后为准。李世民不去讨好诸位妃嫔，所以嫔妃们很生气，争相称赞李建成、李元吉而诋毁李世民。
李世民平定盘踞在洛阳的王世充以后，高祖让贵妃等几人到洛阳挑选隋朝宫女和收取仓库里的珍宝。贵妃等人私下向李世民索要宝物并为自己的亲戚求官，李世民回答道：“宝物都已经登记在册上报朝廷了，官位应当授予贤德有才能和有功劳的人。”没有答应她们的任何要求，因此妃嫔们更加恨他。李世民因为淮安王李神通有功，拨给他几十顷田地。张婕妤的父亲通过张婕妤向高祖请求要这些田，高祖手写敕令将这些田赐给他，李神通因为秦王的教令在先，不让田。张婕妤向高祖告状道：“陛下敕赐给我父亲的田地，被秦王夺去了给了李神通。”高祖因此发怒，责备李世民说：“难道我的手敕不如你的教令吗？”
过了些天，高祖对左仆射裴寂说：“这孩子长期在外掌握军队，受书生们教唆，已经不再是原来的那个儿子了。”尹德妃的父亲尹阿鼠骄横跋扈，秦王府的官员杜如晦经过他的门前，尹阿鼠的几名家僮把杜如晦拽下马，揍了他一顿并打断了他一根手指，说道：“你是什么人，胆敢过我的门前不下马！”尹阿鼠怕世民告诉皇帝，先让尹德妃对皇帝说：“秦王的亲信欺侮我家人。”高祖又生气地责备李世民说：“我的妃嫔家都受你身边的人欺凌，何况是小老百姓！”世民反复为自己辩解，但高祖始终不相信他。
李世民每次在宫中侍奉高祖宴饮，面对诸位妃嫔，想起母亲太穆皇后死得早，没能看到高祖拥有天下，有时不免叹气流泪。高祖看到后很不高兴。各位妃嫔趁机暗中一同诋毁李世民道：“天下幸好平安无事，陛下年寿已高，只适合娱乐娱乐，而秦王总是一个人流泪，这实际上是憎恨我们，陛下作古后，我们母子必定不为秦王所容，会被杀得一个不留！”因此相互对着流泪，并且说：“皇太子仁爱孝顺，陛下将我们托付给太子，必然能获得保全。”高祖也为此很伤心。从此高祖打消了改立太子的念头，对世民逐渐疏远，而对李建成、李元吉却日益亲密了。
太子中允王圭、太子洗马魏徵劝说太子道：“秦王功盖天下，内外归心；而殿下不过是因为年长才被立为太子，没有大功可以镇服天下。现在刘黑闼的兵力分散逃亡之后，剩下不足一万人，又缺乏粮食物资，如果用大军进逼，势如摧枯拉朽，殿下应当亲自去攻打以获得功劳名望，趁机结交山东的豪杰，也许就可以保住自己的地位了。”太子于是向高祖请求带兵出征，高祖答应了。武德五年十一月初七甲申日（622年12月14日），高祖下诏命太子李建成带兵讨伐刘黑闼，陕东道大行台及山东道行军元帅、黄河以南、以北各州均受建成处置，他有权随机行事。
齐王李元吉劝说太子李建成趁早除去秦王世民，他说：“我自当替哥哥亲手将他杀掉！”李世民随从高祖前往元吉的府第，元吉命令护军宇文宝埋伏在寝室里，准备刺杀世民。李建成生性颇为仁爱宽厚，连忙制止了他。李元吉恼怒地说：“我这是为哥哥着想，对我自己有什么好处！”
李建成擅自召募长安及各地的骁勇之士两千多人，充当东宫卫士，让他们分别在东宫左右长林门驻扎下来，号称长林兵。建成还暗中让右虞候率可达志，从燕王李艺那里调集来幽州骁勇精锐的骑兵三百人，将他们安置在东宫东面的各个坊市中，准备用他们来补充在东宫担任警卫的低级军官，结果被人告发。高祖召见建成，把他责备了一番，将可达志流放到巂州。
庆州都督杨文干曾经在东宫担任警卫，建成亲近并厚待他，私下里让他募集勇士，送往长安。高祖准备前往仁智宫，命令建成留守京城，李世民与李元吉一起随行。建成让李元吉乘机图谋李世民，他说：“关系到我们安危的大计，就决定在今年了！”李建成又指使郎将尔朱焕和校尉桥公山将盔甲赠给杨文干。两人来到豳州的时候，上报发生变故，告发太子指使杨文干起兵，让他与自己内外呼应。还有一位宁州人杜凤举也前往仁智宫讲了这一情形。高祖大怒，借口有别的事情，以亲笔诏书传召建成，让他前往仁智宫。李建成心中害怕，不敢前去。太子舍人徐师谟劝他占据京城，发兵起事；詹事主簿赵弘智劝他免去太子的车驾章服，屏除随从人员，到高祖那里去承认罪责。
武德七年（624年）7月14日，李建成决定前往仁智宫。还没有走完六十里的路程，李建成便将所属官员，全部留在北魏毛鸿宾遗留下来的堡栅中，带领十多个人骑马前去进见高祖，向父皇伏地叩头，承认罪责，身体猛然用力，自己摔了出去，几乎晕死过去。高祖的怒气仍然没有消除。当天夜里，高祖将他囚禁在帐篷里，给他麦饭充饥，让殿中监陈福看守着他，派遣司农卿宇文颖速去传召杨文干。宇文颖来到庆州，将情况告诉了杨文干。于是，杨文干起兵造反。高祖派遣左武卫将军钱九陇和灵州都督杨师道攻击杨文干。
武德七年（624年）7月16日，高祖传召秦王李世民商量此事。李世民说：“杨文干这小子竟敢做这种狂妄叛逆的勾当，想来他幕府的僚属应当已经将他擒获并杀掉了。如果不是这样，就应当派遣一员将领去讨伐他。”高祖说：“不能这样。杨文干的事情关连着建成，恐怕响应他的人为数众多。你最好亲自前往，回来以后，我便将你立为太子。我不愿意效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把李建成降为蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够事奉你，你应该保全他的性命；如果他不肯事奉你，你要捉拿他也容易啊。”
高祖因为仁智宫建造在山中，担心盗兵突然发难，便连夜率领担任警卫的军队从南面开出山来。走了数十里地的时候，太子东宫所属的官员相继到来，高祖让大家一概以三十人为一队，分派军队包围、看守着他们。第二天，高祖才又返回仁智宫。
李世民出发以后，李元吉与嫔妃轮番替李建成求情，封德彝又在外朝设法解救建成。于是，高祖改变了初衷，又让李建成回京城留守。高祖只以他致使兄弟关系不和睦的过错而责备他，将罪责推给了太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。当初，洛阳平定以后，杜淹长时间没有得到升迁，打算谋求事奉建成。房玄龄认为杜淹狡诈的招数很多，担心他会教唆引导建成，越发对世民不利，便向李世民进言，将杜淹推荐到天策上将府任职。
武德七年（624年）7月21日，杨文干攻陷宁州，驱赶劫掠官吏与百姓出城，占据了百家堡。秦王世民的军队来到宁州以后，杨文干的党羽便全部溃散。七月初五癸酉日（7月25日），杨文干被自己的部下杀死，他的头颅被传送到京城。李世民捉获了宇文颖，将他杀掉。
有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”高祖认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。秦王世民挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢？那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”高祖说：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”于是，高祖不再迁都。李建成与嫔妃因而共同诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”
高祖在京城南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同前往，高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子，李建成将这匹胡马交给李世民说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”李世民骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。李世民回过头来对宇文士及说：“他打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定，就凭他们能够伤害到我吗？”建成听到此言，乘机教唆与他偷情的嫔妃在高祖耳边诬陷李世民：“秦王自称：上天授命于我，正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！”高祖大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，责备他道：“谁是天子，上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的。你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”李世民摘去王冠，伏地叩头，请求将自己交付执法部门查讯证实自己没有说过这种悖逆之话，高祖仍然怒气不息。适逢有人奏称突厥前来侵扰，高祖这才改变了生气的面容，转而劝勉李世民，让他戴上王冠，系好腰带，与他商议对付突厥的办法。
武德七年闰七月廿一己未日（624年9月9日），高祖颁布诏书命令李世民与李元吉率领兵马由豳州出发抵御突厥，在兰池为他们饯行。每当发生敌情，高祖总是命令李世民前去讨伐敌人，但在战事平息以后，高祖对世民的猜疑却越发加重了。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下嫌隙以后，认为洛阳地势优越便利，担心总有一天会发生变故，打算离开京城保守此地，所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化，拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发，朝廷便释放了他，让他返回洛阳。
李建成在夜间召来李世民，与他饮酒，暗中在酒中下毒害他。李世民突然心痛，吐血数升（数升为形容词），淮安王李神通搀扶着他返回西宫。高祖来到西宫，询问世民的病情，敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”高祖因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本打算立你为太子，你却坚决推辞。而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争，我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王故事。”李世民哭泣着，以不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。高祖说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”他们还指使高祖宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说高祖，高祖便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。
李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向高祖诬陷世民，高祖信以为真，便准备惩治李世民。陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”于是，高祖才没有处罚李世民。元吉暗中请求杀掉秦王李世民，高祖说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口呢？”李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”高祖不答应。
秦王府的幕僚属官人人忧虑，个个恐惧，不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。李世民把房玄龄召来商议此事，房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”尉迟恭推辞说：“我是编蓬为户、破瓮作窗人家的小民，遇到隋朝末年战乱不息、百姓流亡的时局，长期沦落在抗拒朝廷的境地里，罪大恶极，死有余辜。秦王赐给我再生的恩典，如今我又在秦王府注册为官，只应当以死报答秦王。我没有为殿下立过功，不敢凭空接受殿下如此丰厚的赏赐。倘若我私自与殿下交往，就是对秦王怀有二心，就是见利忘义的小人，殿下要这种人又有什么用呢！”李建成大怒，便与他断绝了往来。尉迟恭将此事告诉了李世民，李世民说：“明公对我的忠心就像山岳那样坚实牢靠，即使他赠送给您的金子堆积到了北斗星，我知道明公的忠心还是不会动摇的。他赠给您什么，您就接受什么，这又有什么值得猜疑的呢！况且，这样做能够了解他的阴谋，难道不是一个上好的计策吗！否则，祸事就将降临到您头上了。”不久，李元吉指使勇士在夜间刺杀尉迟恭，尉迟恭得知这一消息以后，将层层门户敞开，自己安然躺着不动，刺客屡次来到他的院子，终究没敢进屋。于是，李元吉向高祖诬陷尉迟恭，把他关进奉诏命特设的监狱里审问处治，准备将他杀掉，由于李世民再三请求保全他的生命，这才得以幸免。李元吉又诬陷左一马军总管程知节，高祖将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的辅佐之臣快走光了，大王自身又怎么能够长久呢！我誓死不离开京城，希望大王及早将定下计策。”李元吉又用金银丝帛引诱右二护军段志玄，段志玄不肯从命。李建成对李元吉说：“在秦王府有智谋才略的人物中，值得畏惧的只有房玄龄和杜如晦。”李建成与李元吉又向高祖诬陷他们二人，使他们遭到斥逐。
李世民的心腹只剩下长孙无忌还留在秦王府中，他与他的舅舅雍州治中高士廉、右候车骑将军三水人侯君集以及尉迟恭等人，日以继夜地劝说世民诛杀李建成和李元吉，李世民犹豫不决。此外李世民可能还曾向灵州大都督李靖、行军总管李勣问计。
武德九年六月初一丁巳日（626年6月29日），太白金星在白天出现于天空正南方的午位，按照古人的看法，这是“变天”的象征，是暴发革命或当权者更迭的前兆，代表要发生大事了。
适逢突厥郁射设带领数万骑兵驻扎在黄河以南，突入长城边塞，包围乌城，太子李建成便推荐齐王李元吉代替秦王李世民都督各路军马北征以抵抗突厥入侵。高祖听从了他的建议，命令元吉督率右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉乘机请求让尉迟恭、程知节、段志玄以及秦王府右三统军秦琼等人与自己一同前往，检阅并挑选秦王帐下精锐的兵士以增强自己军队的实力。在太子的东宫中担任率更丞（主管计时的官员）职位的王晊，已被秦王李世民收买，成为李世民在东宫的眼线，他悄悄告诉李世民：“太子对齐王说：‘现在，你已经得到秦王骁勇的将领和精锐的士兵，拥有兵马数万之多了。我与秦王在昆明池为你饯行，让勇士在帐幕里将秦王杀死，上奏父皇时就说他暴病身亡，父皇应该不会不相信。我自当让人进言，逼父皇将国家大事交给我处理。尉迟恭等人已经落到了你的手中，应该将他们悉数坑杀，谁敢不服！’”李世民将王姓官员的话告诉了长孙无忌等人，长孙无忌等人劝李世民先发制人。李世民叹息道：“骨肉相残，是古往今来的大罪恶。我当然知道祸事即将来临，但我打算在祸事发生以后，再举义讨伐他们，这不也是可以的吗！”尉迟恭说：“作为人之常情，有谁能够舍得去死！现在大家誓死侍奉大王，这是上天所授。祸事马上就要发生，大王却仍旧神态自若，毫不担忧。即使大王把自己看轻，又怎么对得起宗庙社稷呢！如果大王不肯采用我的主张，我就准备逃身荒野草泽，不能留在大王身边，拱手任人宰割！”长孙无忌说：“如果大王不肯听从尉迟恭的主张，事情肯定要失败了。尉迟恭等人肯定不会再追随大王，我也应当跟着他们离开大王，不能够再事奉大王了！”李世民说：“我讲的意见也不能完全放弃，明公再计议一下吧。”尉迟恭说：“如今大王处理事情犹豫不定，这是不明智的；面临危难，不能决断，这是不果敢的。况且，大王平时畜养的八百多名勇士，凡是在外面的，现在都已经进入宫中，他们穿好盔甲，手握兵器，起事的形势已经形成，大王怎么能够制止得住呢！”
李世民征求秦王府幕僚们的意见，大家都说：“齐王凶恶乖张，是终究不愿意事奉自己的兄长的。近来听说护军薛实曾经对齐王说：‘大王的名字，合起来可以成为一个唐字，大王终究是要主宰大唐社稷。’齐王欢喜地说：‘只要能够除去秦王，夺取东宫太子之位就易如反掌了。’他与太子谋划作乱还没有成功，就已经有了夺取太子之位的心思。作乱的心思没有满足，又有什么事情做不出来呢！假使这两个人如愿以偿了，恐怕天下就不再归大唐所有。以大王的贤能，捉拿这两个人就如拾取地上的草芥一般容易，怎么能够为了信守匹夫的节操，而忘了国家社稷的大事呢！”李世民仍然没有决断，大家又问道：“大王认为舜是什么样的人呢？”李世民答道：“是圣人。”大家说：“假如舜帝在疏通水井的时候没有躲过父亲与弟弟在上面填土的毒手，便化为井中的泥土了；假如他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和弟弟在下面放火的毒手，便化为粮仓上的灰烬了，怎么还能够让自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，舜帝在遭到父亲用小棒笞打的时候便忍受了，而在遭到大棍笞打的时候便逃走了，这大概是因为舜帝心里所想的是大事啊。”李世民命人算卦以卜吉凶，恰好秦王府的幕僚张公谨从外面进来，便将占卜的龟壳夺过来扔在地上，说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果占卜的结果是不吉利的，难道就能够停止行动了吗？”于是便定下了行动计划。
李世民命令长孙无忌秘密地将房玄龄等人召回，房玄龄等人不答应回秦王府，说道：“陛下敕书的旨意是不允许我们再事奉大王的。如果我们现在私下去谒见大王，肯定要因此获罪而死，因此我们不敢接受大王的教令！”李世民发怒，对尉迟恭说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”他摘下佩刀交给尉迟恭道：“明公前去察看一下情况，如果他们果真没有回来的意思，可砍下他们头回来见我。”尉迟恭前去，与长孙无忌一起明示房玄龄等人说：“大王已经将行动的计划决定下来了，众位明公应该速去秦王府中共议大事。我们四个人不能在街道上同行。”于是命令房玄龄和杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟恭则经由别的道路也来到了秦王府。
六月初三己未日（626年7月1日），太白金星再次在白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”高祖将傅奕的密奏给秦王世民看。于是这样，李世民乘机秘密上奏父皇，告发李建成和李元吉与后宫的嫔妃淫乱，而且说：“儿臣丝毫没有对不起皇兄和皇弟，现在他们却打算杀死儿臣，这简直就像要替王世充和窦建德报仇。如今我快要含冤而死，永远地离开父皇，魂魄归于黄泉，如果见到王世充诸贼，实在感到羞耻！”高祖望着李世民，惊讶不已，回答道：“明天朕就审问此事，你应该及早前来参见朕。”
张婕妤暗中得知了李世民密奏的大意，急忙告诉李建成。李建成将李元吉召来商议此事，李元吉说：“我们应当管好东宫和齐王府中的士兵，托称有病不去上朝，以便观察形势。”李建成道：“宫中的军队防备已很严密了，我与皇弟应当入朝参见，亲自打听消息。”于是二人决定先入大内皇宫逼高祖表态。不料在宫城北门玄武门执行禁卫总领常何名为太子亲信，实际上却从武德二年起就随李世民出征，武德七年的时候奉李世民的命令进入长安，领军玄武门，并收买禁军，因此宫中卫队已经倒向秦王，李建成和李元吉却不知道，还以为宫中都还是自己人。
武德九年六月初四庚申日（626年7月2日），李世民率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝（一说为长孙无忌、尉迟恭、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦琼、段志玄、屈突通、张士贵）等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。李建成、李元吉二人不知底细，也一起入朝，骑马奔向玄武门。此时，高祖已经将裴寂、萧瑀、陈叔达、封德彝、裴矩等人召集前来，准备查验这件事情了。
李建成、李元吉来到临湖殿，察觉到了变化，立即掉转马头，准备向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面呼唤他们，李元吉心虚，先张弓搭箭射向李世民，但由于心急，一连两三次都没有将弓拉满，箭没有射中。李世民却搭弓射向李建成，将他射死了。尉迟恭带领骑兵七十人相继赶到，他身边的将士用箭射中了李元吉，李元吉跌下马来。可就在此时，李世民的坐骑受到了惊吓，带着李世民奔入玄武门旁边的树林，李世民又被林中的树枝挂住，从马上摔下，倒在地上，一时爬不起来。李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备勒死李世民，就在这时尉迟恭跃马奔来大声喝住了他。李元吉知道不是对手，赶紧放开李世民，想快步跑入武德殿寻求父皇庇护，但尉迟恭快马追上他，放箭将他射死了。
太子李建成的部下、翊卫车骑将军冯立得知建成身死，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避祸难吗！”于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。张公谨臂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。云麾将军敬君弘掌管着宿卫军，驻扎在玄武门。他挺身而起，准备出战，与他亲近的人阻止他说：“事情未见分晓，姑且慢慢观察事态的发展变化，等到兵力汇集起来，结成阵列再出战，也为时不晚。”敬君弘不听从，便与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，结果全部战死。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。此时，尉迟恭提着建成和元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。冯立杀死敬君弘后，对部下说：“这也可以略微报答太子殿下了。”于是，他丢掉兵器，落荒而逃。至此，政变以秦王李世民的胜利而告终。
政变发生时高祖正在宫内的海池上划船，李世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长予，径直来到高祖所在的船上。高祖大惊，问道：“今日作乱的人是谁？爱卿到此做什么？”尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”高祖对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢？”萧瑀和陈叔达说：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”高祖说：“好！这正是我素来的心愿啊。”当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，高祖听从了他的建议。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。高祖又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。于是，高祖召世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。”世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残忍杀害，还在宗室的名册上删除他们的名字。传说李世民恐惧兄弟的鬼魂前来索命，于是派尉迟恭与秦琼担任门前守卫，但后来因两人年老，无法长期担任，只好转绘制两人的画像挂在门口，成为后世门神的由来。
原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，后来成为李世民的后宫组成部分，其中较著名的是原来李元吉的妻子杨氏，李元吉死后被李世民纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为“巢剌王妃”，是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。这也是李世民为部分学者所诟病的原因，认为他霸占弟媳，有悖伦常。不过也有学者认为李唐皇室本就有北方少数民族血统，较中原汉族更为开放，兄纳弟媳很正常，他们的思想中乱伦的概念较为淡薄。
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是诸将领停止了追杀。当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都任凭秦王处置。
武德九年（626年）7月5日，高祖立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”
政变后的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（626年7月3日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。
武德九年（626年）7月10日，高祖任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。高祖还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
当初，太子洗马魏徵经常劝说太子李建成及早除去秦王。建成败亡后，世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。
武德九年（626年）7月31日，以秦王府护军秦琼为左武卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
武德九年（626年）8月3日，以高士廉为侍中（相当于宰相），房玄龄为中书令（亦相当于宰相），萧瑀为左仆射（亦相当于宰相），长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
武德九年（626年）8月4日，以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射（亦相当于宰相）；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为左武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民。武德九年（626年）8月7日，李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
武德九年（626年）8月8日，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子李世民得知此事后甚为高兴。
李世民即位后，于贞观十七年二月廿八戊申日（643年3月23日）下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下，安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上，世称这二十四位功臣为“凌烟阁二十四功臣”，其中大部分功臣都参与了“玄武门之变”的谋划，在政变前就属于世民一党或支持世民一党，也有如魏徵这样原太子建成一党、后来为太宗所用的能臣。
武德九年（626年）7月14日，高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。
武德九年（626年）7月27日，撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸，为李世民登基做准备。
武德九年（626年）9月3日，高祖颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。李世民坚决推辞，高祖不许。
高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日（626年9月4日），太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称“贞观之治”。
太宗即位后，于武德九年十月初一丙辰日（626年10月26日）下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫魏徵、王圭两人上表请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，无疑是降低了他们的地位身份：李建成原为皇太子，降为息王（亲王级别），谥号为隐，是中下等谥号（按谥法：“隐拂不成曰隐。不显尸国曰隐。见美坚长曰隐。”指本性难改，言过其实。又：“隐，哀也。”指柔弱短寿）；李元吉原为齐王（亲王级别），降为海陵郡王（郡王级别），谥号为剌，是下等谥号（按谥法：“愎很遂过曰剌。不思忘爱曰剌。”指刚愎自用，忘恩负义。）。
贞观十三年（公元640年1月5日），太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄李建成为嗣。
贞观十六年（公元642年7月8日），太宗再次下诏恢复息隐王李建成皇太子的封号，改封海陵剌王李元吉为巢王（恢复为亲王级别），谥号不变，故后世称两人为“隐太子”、“巢剌王”。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。
太宗去世后，其子李治继位，是为唐高宗。高宗于显庆年间下达诏书，令太宗的小儿子、自己最小的弟弟曹王李明，过继给已故皇叔李元吉为嗣。
从古至今，大部分历史学家对李世民发动玄武门之变持理解、同情甚至赞赏的态度。
《旧唐书‧太宗本纪》史臣曰：“或曰：以太宗之贤，失爱于昆弟，失教于诸子，何也？曰：然，舜不能仁四罪，尧不能训丹朱，斯前志也。当神尧任谗之年，建成忌功之日，苟除畏逼，孰顾分崩，变故之兴，间不容发，方惧“毁巢”之祸，宁虞“尺布”之谣？……”
《旧唐书‧太宗本纪‧赞》曰：“昌、发启国，一门三圣。文定高位，友于不令。管、蔡既诛，成、康道正。贞观之风，到今歌咏。”
《旧唐书‧高祖二十二子传》史臣曰：“建成残忍，岂主鬯之才；元吉凶狂，有覆巢之迹。若非太宗逆取顺守，积德累功，何以致三百年之延洪、二十帝之纂嗣？或坚持小节，必亏大猷，欲比秦二世、隋炀帝，亦不及矣。”
《旧唐书‧高祖二十二子传‧赞》曰：“建成、元吉，实为二凶。中外交构，人神不容。用晦而明，殷忧启圣。运属文皇，功成守正。善恶既分，社稷乃定。”
司马光《资治通鉴‧卷第一百九十一‧唐纪七‧高祖神尧大圣光孝皇帝武德九年》：“立嫡以长，礼之正也。然高祖所以有天下，皆太宗之功；隐太子以庸劣居其右，地嫌势逼，必不相容。使高祖有文王之明，隐太子有太伯之贤，太宗有子臧之节，则乱何自而生矣！既不能然，太宗始欲俟其先发，然后应之，如此，则事非获已，犹为愈也。既而为群下所迫，遂至蹀血禁门，推刃同气，贻讥千古，惜哉！夫创业垂统之君，子孙之所仪刑也，彼中、明、肃、代之传继，得非有所指拟以为口实乎！”
苏辙：唐高祖起太原，其谋发于太宗，诸子不与也。及克长安，诛锄群盗，天下为一，其功亦出于太宗。盖天心之所副予，人心之所归向，其在太宗者审矣。至立太子，高祖以长立建成，建成当之不辞。于是兄弟疑间，卒至大乱。夫建成不足言也，其咎在高祖。
李贽：①建成、元吉自家讨死。太宗杀之。不为过也。但待鞠问明白。以废立之柄归之太祖。更为无议。然势不并立。先著胜人。亦不可悬度也。②盖此天下乃太宗上献之太祖。非太祖下传之太宗者也。岂与世及之常例乎。夫何俗儒不晓。尚有以长之说。
胡戟、胡乐《试析玄武门事变的背景内幕》：“玄武门那场唐太宗一生中最艰危的苦斗，对他本人来说，绝不是可以夸耀后世的愉快记忆……李世民和他父亲这一段不愉快的往事……怎能在李世民受伤的心上摘脱干净！”
柏杨：“然而，中国人应该庆幸李世民先生夺嫡成功，李世民为中国带来名垂千古的‘贞观之治’，成为治世的典范。”
中国中央电视台《百家讲坛》栏目《玄武门之变》。
纪录片《激变玄武门》
