2007年2月，首届东京马拉松赛开跑，包括国内外特邀选手在内的35000名运动员参于其中。比赛途经东京都皇宫、银座、浅草等风景名胜。参赛者和志愿人员、还有沿途的观众息息相融，整个东京融为一体，这是载入马拉松史册上的一天。
2013年东京马拉松被纳入世界马拉松六大满贯赛事，成为世界大满贯赛事中最年轻的赛事。（其他5个分别为伦敦马拉松赛、柏林马拉松赛、芝加哥马拉松赛、纽约马拉松赛和波士顿马拉松）。
2017年东京马拉松赛，肯尼亚选手包揽男、女冠军。本届比赛有3.5万人参加了包括男子、女子、男子轮椅和女子轮椅项目，500人参加10公里比赛。全程马拉松从东京都厅出发，沿途经过日本桥、浅草、银座、日比谷等东京知名地标。最终，肯尼亚选手基普桑以2小时3分58秒的成绩夺得男子组冠军。他的同胞切普奇奇尔以2小时19分47秒夺得女子组冠军。男、女冠军的成绩都刷新了赛会纪录。
2020年，东京马拉松入选第一批世界田径白金标赛事。
2020年2月11日，东京马拉松组委会宣布，针对新型冠状病毒肺炎，将给所有需要的选手发放“手术口罩”，并建议有发烧和咳嗽症状的选手不要参加比赛。3月1日埃塞俄比亚选手莱盖塞跑出2小时4分16秒，夺得冠军！日本选手大迫杰跑出2小时5分29秒，获得第四名，并打破亚洲纪录！女子组比赛中，以色列选手跑出2小时17分45秒，夺得冠军，并打破赛会纪录！
2020年10月，东京马拉松组委会决定将2021年的赛事推迟至秋季举行，确切比赛日期为2021年10月17日。
第三届东京马拉松赛于2009年3月举行。比赛深受人们欢迎，报名参与抽签的选手高达26万人，远远超出了前一年的报名人数。这个数字是规定参赛人数的7.5倍，最终有35000个幸运儿通过了激烈的选拔、参加了此次比赛。这个大会以成为世界级的城市马拉松赛为目标，今后也将继续发展壮大。
2020东京马拉松开设了马拉松赛（男子，女子，轮椅男子，轮椅女子）和10公里竞赛（男女青少年，视障者，智力障碍者，器官移植接受者和轮椅类）项目。
2020年的比赛线路如：
全程马拉松：东京都政府大楼-饭田桥-神田-日本桥-浅草雷门-两国-门前仲町-银座-高轮-日比谷-东京站/京瓷通大道
10公里：东京都政府大楼-饭田桥-神田-日本桥
马拉松比赛（比赛当天年龄必须满19岁）
在2019财政年度在JPA注册的运动员，并在2020财政年度在IPC注册的运动员。
属于世界残奥会运动类别T53-54的体育课且类别状态为R或C的运动员。
在世界残疾人田径锦标赛认证比赛中具有以下记录的运动员： 1小时50分钟或以下（男子）。 2小时或以下（女性）。
受邀运动员：由JPA提名的国内外运动员。
能够使用赛车轮椅在2小时10分钟内完成比赛的参赛者。
符合JAAF规定的特殊要求的，在2019财年向JAAF注册的运动员。
受邀运动员：JAAF提名的国内和国际运动员。
符合“ RUN ONE-东京马拉松2020”规定的要求的运动员。
能够在6小时40分钟内完成比赛的跑步者。
分组：一般，半精英运动员，优秀运动员，普通轮椅，精英轮椅
10公里比赛（比赛当天年龄必须满16岁）
包括东京都政府根据与东日本大地震灾后恢复支援相关的项目单独选出的运动员。
青少年-比赛日为16至18岁之间，可在1.5小时内完成比赛的跑者。
视障人士-比赛当天16岁及以上的跑步者可以在1.5小时内完成比赛。
智力挑战者-比赛当天16岁及以上的跑步者可以在1.5小时内完成比赛。
器官移植接受者-比赛当天16岁及以上的跑步者可以在1.5小时内完成比赛。
轮椅-比赛当天16岁及以上的参赛者可以在35分钟内用赛车轮椅完成比赛。
赛车轮椅的要求在适用于世界残疾人田径比赛日的最新“规则和规定”中指定。
此领物指南适用于2020东京马拉松。
（1）日期和时间 2020年2月27日（星期四）-28（星期五）10：30-20：00 2020年 2月29日（星期六）10：30-19：00 ※最后一天提早开放 ※参赛选手必须亲自领取参赛包。
（2）位置 参赛包提取A：丰洲PIT（东京都江东区丰洲6-1-23） 参赛包提取B：新丰洲Brillia跑步场（6-4-2丰岛区丰洲，东京）
※指定的分组领取地点将在您的围兜确认书中指定。仅在指定的位置允许分组提取。
比赛当天恕不受理参赛包领取事项。
竞速奖励
全程马拉松
总体排名：前三名男女
轮椅：前三名男女
一场比赛-东京马拉松2020年“通行卡奖”：半精英男子和女子前三名
2020年下一代运动员奖：日本大学间田径男女最高联合会
10公里
青年和青少年，轮椅，视障人士，智障人士，器官移植受者：每个类别的前三名男性和女性对于马拉松和轮椅马拉松比赛，将根据单独的规则颁发相应的奖金
完赛奖励
凡是在关门时间（2020年为7小时）内完成比赛的运动员，凭本人号码布现场领取完赛奖牌一枚。东京马拉松组委会为所有完赛选手出具标注有选手成绩的电子完赛证书。
2020年东京马拉松比赛奖牌的金银铜牌设计采用传统的日本江户小纹的样式，里面包括樱花、麻叶和海浪等七种图案。
历届冠军
东京马拉松的赛会纪录，分别是由肯尼亚男子选手迪克森-坤巴(ickson Chumba)在2014年创造的2:05:42;女子方面2016年，肯尼亚选手希拉基普罗普以2:21:27的成绩夺冠，并且创赛会最好成绩。
以下为历届东京马拉松男女冠军:
时间 男子选手 国籍 成绩 女子选手 国籍 成绩
2016年 里勒萨
(Feyisa Lilesa) 埃塞俄比亚 2:06:56 希拉基普罗普
(Helah Kiprop) 肯尼亚 2:21:27
2015年 内戈塞
(Endeshaw Negesse) 埃塞俄比亚 2:06:00 迪巴巴
(Birhane Dibaba) 埃塞俄比亚 2:23:15
2014年 迪克森-坤巴
(ickson Chumba) 肯尼亚 2:05:42 泽盖耶
(Tirfi Tsegaye) 埃塞俄比亚 2:22:23
2013年 丹尼斯-基梅托
(Dennis Kimetto) 肯尼亚 2:06:50 阿贝鲁-柯贝德
(Aberu Kebede) 埃塞俄比亚 2:25:34
2012年 迈克尔-基普耶格
(Michael Kipyego) 肯尼亚 2:07:37 哈卜塔姆
(Atsede Habtamu) 埃塞俄比亚 2:25:28
2011年 海卢-梅科内恩
(Hailu Mekonnen) 埃塞俄比亚 2:07:35 樋口纪子
(Noriko Higuchi) 日本 2:28:49
2010年 藤原正和
(Masakazu Fujiwara) 日本 2:12:19 比克提米诺娃
(Alevtina Biktimirova) 俄罗斯 2:34:39
2009年 萨利姆-基普桑
(Salim Kipsang) 肯尼亚 2:10:27 那须川瑞穂
(Mizuho Nasukawa) 日本 2:25:38
2008年 罗斯-罗林
(Viktor Röthlin) 瑞士 2:07:23 克劳迪娅-德雷尔
(Claudia Dreher) 德国 2:35:35
2007年 丹尼尔-纽加
(Daniel Njenga) 肯尼亚 2:09:45 新谷仁美
(Hitomi Niiya) 日本 2:31:02
东京马拉松赛当天，在路线沿途的各个地方设置了众多的活动会场，举办各种节目庆祝盛大的“东京大马拉松节”，声援参赛选手。比如，以东京的旅游胜地著称的浅草雷门前，会举办当地的传统节目“金龙舞”、“浅草大鼓”等。在马拉松的终点东京BIGSAITO，可以观赏到抬神轿、桑巴舞等表演。这一带成为观看马拉松赛的好景点，来访者众多。
同时在其他活动会场，沿途的居民、高中生以及市民团体表演音乐、歌曲、舞蹈、啦啦队、传统节目使整个东京融为了一体，也使众多的参赛者和声援观赛的人们开开心心度过这个盛大节日。
