彼药师琉璃光如来得菩提时。由本愿力观诸有情。遇众病苦瘦疟干消黄热等病。或被厌魅蛊道所中。或复短命或时横死。欲令是等病苦消除。所求愿满。时彼世尊入三摩地。名曰：「灭除一切众生苦恼」。既入定已。于肉髻中出大光明。光中演说大陀罗尼……尔时光中说此咒已。大地震动。放大光明。一切众生病苦皆除。受安隐乐。曼殊室利。若见男子女人有病苦者。应当一心为彼病人清净澡漱或食或药或无虫水。咒一百八遍与彼服食。所有病苦悉皆消灭。若有所求至心念诵。皆得如意无病延年。命终之后生彼(药师琉璃)世界。得不退转。乃至菩提。是故曼殊室利。若有男子女人。于彼药师琉璃光如来。至心殷重恭敬供养者。常持此咒。勿令废忘！——《药师琉璃光七佛本愿功德经》
汉译咒语拼音注音唐三藏法师义净奉诏译
nā mó bó jia fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薜琉璃。
bō lā pó。hē lā shé yě。dá tā jiē duō yē。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多耶。
ā lā hē dì。sān miǎo sān bó tuó yē。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。
dá zhí tā。ān。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì。suō hē。
怛侄他。唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝。莎诃。
一、玄奘、义净大师译本玄奘译《药师琉璃光如来本愿功德经》及义净译《药师琉璃光七佛本愿功德经》中咒语相同，即人们常诵的版本：
南谟薄伽伐帝 鞞杀社 窭噜薜琉璃 跋喇婆 喝啰阇也 怛他揭多也 阿啰喝帝 三藐三勃陀耶 怛侄他 唵 鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社 三没揭帝 莎诃。
二、一行大师译本
出自《药师琉璃光如来消灾除难念诵仪轨》，内容与前本形同，但一行师使用长音、二合等形式，所译咒音比较准确，其咒如下：
曩谟(引)婆(去)[言*我][口*缚]帝(一)佩杀紫野(二合)虞噜(二)吠[口*女]哩也(二合)钵罗(二合)婆罗惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿罗喝(二合)帝(五)三藐三没驮(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩杀尔曳(二合)(九)佩杀尔曳(二合)(十)佩杀紫野(二合)(十一)三麼弩櫱(二合)帝(十二)娑[口*缚](二合)贺(引)(十三)。
三、永乐大钟兰札体梵咒版本
此版本咒心稍有不同，多出“摩诃佩杀尔曳(二合)”及“罗惹”，其咒如下：
曩谟(引)婆(去)[言*我][口*缚]帝(一)佩杀紫野(二合)虞噜(二)吠[口*女]哩也(二合)钵罗(二合)婆罗惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿罗喝(二合)帝(五)三藐三没驮(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩杀尔曳(二合)(九)佩杀尔曳(二合)(十) 摩诃佩杀尔曳(二合)（十一）佩杀紫野(二合)罗惹(十二)三麼弩櫱(二合)帝(十三)娑[口*缚](二合)贺(引)(十四)。持咒利益
此咒有大威德，若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百零八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
“药师灌顶真言”治理众生，使得消灾免难、去病却苦。修持读颂能拔一切业障、护持身心安康、得无量福慧。
由于药师如来的弘深誓愿，无尽功德，一方面促使众生早成佛道，另一方面也能满足众生现世的安乐和福报。清朝的玉琳国师一读《药师经》，便额手失声，愿人人入如来的愿海。国师的《药师经》题语说：“予见世人顺境沦溺者不一，富贵可畏甚于贫贱。今此如来，使人所求如愿，遂从此永不退道，直至菩提。则欲于王臣长者，一切人中，作同事摄，不乘如来愿航，何从济乎？”
又说：“若于现前富贵功名，未能志清，男女饮食之欲，未知深厌，则于往生法门，未易生信。即信矣，身修净土，而心恋娑婆，果何益乎？则求其不离欲钩，而成佛智，处于顺境，不致沦胥者，固无如修持药师愿海者之殊胜难思也。若能信行，久久不懈，知不独富贵功名，转女成男，难危迪吉，如如意珠，随愿成就。即得于一切成就处，直至菩提，永不退转，何幸如之！人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船。”
◎除病离苦，闻说药师名号即得灭罪往生。
◎修药师法及持药师咒，可除病离苦。
◎具有强大的威力，不仅限於疗愈疾病，也能够净化生者和亡者的业障。如果能够本著菩提心，在临终者或动物耳边，持诵药师佛的圣号和咒语，最好不过了，因为那将使他们不堕恶趣。
◎如果亡者已经听不见了，可以持药师佛咒，然后直接在他们身上吹气或者先在滑石粉、香水上吹气，然后把粉末、香水涂抹在他们身上。
◎修药师法甚至能够净化亡者，把他们从苦难中救脱出来。
◎持药师佛的咒语，然后在所吃的肉上面，或死尸、死者的骨头上面吹气，都很有利益，可以净除亡者的业障，使他们得以往生净土或上界。
◎如果你是肉食者，应当利益你所吃的被宰杀的动物。在吃肉之前，应当持诵这个强力的净障咒，而且猛力地回向，使那些动物即刻脱离恶趣，往生净土或上界，永不再堕恶趣。
◎即使动物或人已经死了几百年甚至上千年之久，心识还在恶趣，如果持诵药师佛咒之后，在他们的骨头上吹气，照样可以把心识迁移到净土或上界。
◎持诵药师佛咒语之后，也可以吹气在水上、沙上或滑石粉上，再洒在死亡的动物或人的骨头或皮肤上。这麼做至少可以缩短亡者在恶趣受苦的时间。
◎修药师法不但对重病的人很有效，还会带来事业、修行或者其他事行的成功。
一：药师法门以读诵《药师琉璃光如来本愿功德经》，念药师咒，念南无药师琉璃光如来名号为根本，法门殊胜。
二：药师法门是现生就能得福慧的法门。药师佛行菩萨道时发十二大愿，令我们发挥财富，所求皆得。
三：药师法门是最适合相貌不好的人修。有人体身下劣诸根不具。丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病 苦。念南无药师琉璃光如来名号，来生就会长得非常美丽。
四：药师法门是最适合贫穷的人修。念南无药师琉璃光如来名号，很快就能得到财富。
五：药师法门是最适合病苦的人修。众人有病，逼切无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。念南无药师琉璃光如来名字，一经其耳，众病悉得除身心安乐，家属资具悉皆丰足。乃至证得无上菩提。
六：药师法门是最适合诸事不顺的人修。众生心中随所乐求，一切皆遂。求长寿得长寿。求富饶得富饶。求官位得官位。求男女得男女 。
七：药师法门是最适合一心求生极乐世界，而没有把握的人修。有人愿生西方极乐世界无量寿佛所。听闻正法，而未定者。修学药师法门，临命终时有八菩萨。乘神通来示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中自然化生。易得弥陀本愿海，唯修药师本愿海。
八：药师法门是最适合持戒不严的人修。有人学习如来正法。而破戒律。有虽不破戒律而破轨则。有于戒律轨则虽得不坏，听到药师琉璃光如来名号。便舍恶行修诸善法。不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法。堕恶趣者。由于如来本愿威力。令其现前暂闻名号。从彼命终还生人趣。得正见精进善调意乐。
九：药师法门是最适合灾难重重的人修。灾难起时，所谓人众疾疫难，外国侵逼难，国家政变难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。如果能供养药师琉璃光如来，众难解脱。
十：修药师法门，不会九横死，不会中邪，因为有药叉菩萨保护。
十一：若是女人讨厌女人身，听到世尊药师如来名号，至心称念，于后不复更受女身。十二： 修药师法门，聪明智慧，勇健威猛，如大力士，速成佛道。
一：南无药师琉璃光如来名号，药师二字包含健康、长寿、无有病苦伤心；师为师承，包含子孙徒弟后代兴隆。琉璃二字包含尊贵、富贵、七宝俱足。光是光明，包含相好光明、居住环境优越光明。药师佛长劫修行，万德庄严圣号。令我们称念南无药师琉璃光如来，就会得以上果报。此是感应力强大的原因。
二：药师咒是药师琉璃光如来的心，诵持之后，我们凡夫的心就会变成药师佛的心。此是感应力强大的原因。
三：《药师琉璃光如来本愿功德经》是药师佛的全身，是一切功德之所住处。修持之后，我们也能受佛加持，俱足一切福德，自然一切事能如愿以尝。此是感应力强大的原因。
四：修学药师法门的人必须好行惠施、赞叹施者、施来求者、况余财物。此是感应力强大的原因。
五：药师法门包含了净土法门、弥勒净土和很多法门净土。有八大菩萨护持修学药师法门之人，就是不能往生极乐世界或净琉璃世界，那人就会得到来生形相端正、眷属具足、聪明智慧、勇健威猛、荣华富贵的福报。此是感应力强大的原因。
六：药师法门殊胜之处在于现生就能得福报，若能为大众演说开示，随自己所喜欢追求之事物，一切都能如愿如意。此是感应力强大的原因。七：药师法门殊胜之处在于战乱时期、盗贼横行时期、女人临产时期、病苦时期、贫穷经济时期，药叉大将卫护是人，皆使解脱一切苦难。诸有愿求，悉令满足。此是感应力强大的原因。
八：药师法门殊胜之处在于如果有病人得了绝症，还可以延长生命。此是感应力强大的原因。
九：药师法门殊胜之处在于，如果有人造了很多恶业，怖堕恶趣，若能专念彼佛名号，恭敬供养者，必定不受三恶趣生，还得清净。此是感应力强大的原因。
