人类复杂性状遗传机理的研究，生物信息学研究，中国人群遗传背景研究，复杂疾病模式动物研究。
师咏勇课题组在遗传学、复杂疾病机理研究、生物信息学和交叉学科研究中取得了一些成绩，开发了新的分子遗传学实验方法和数据分析工具、开展了多种复杂性状遗传机制研究等，为相关领域作出了一定的科学贡献。师咏勇以通讯作者和第一作者（包括并列）身份在《Nature Genetics》、《Nature Nanotechnology》等SCI 杂志上发表论文100篇，包括近年最高影响因子高于30的8篇；在Archives of General Psychiatry、Cell Research、Genome Research、Molecular Psychiatry等近年最高影响因子高于10的杂志上发表论文8篇。他以负责人身份申得自然科学基金重点项目、863重大项目课题，入选中组部青年拔尖人才、教育部新世纪优秀人才等人才支持计划，并获全国优秀博士学位论文、上海市曙光学者、上海市青年科技英才、上海市青年科技启明星等殊荣。
2020年1月，获2019年度国家自然科学二等奖（第一完成人，科研项目：“基于连锁不平衡及长单倍型分析的精神疾病关键基因精细定位研究”）。
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3. Chen P#, Pan D#, Fan C, Chen J, Huang K, Wang D, Zhang H, Li Y, Feng G, Liang P, He L, Shi Y *. Gold nanoparticles for high-throughput genotyping of long-range haplotypes. Nat Nanotechnol. 2011;6(10):639-44.
4. Chen ZJ*, Zhao H, He L, Shi Y*, et al. Genome-wide association study identifies susceptibility loci for polycystic ovary syndrome on chromosome 2p16.3, 2p21 and 9q33.3. Nat Genet. 2011;43(1):55-9.
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7. Li Z, Qu J, Xu X, Zhou X, Zou H, Wang N, Li T, Hu X, Zhao Q, Chen P, Li W, Huang K, Yang J, He Z, Ji J, Wang T, Li J, Li Y, Liu J, Zeng Z, Feng G, He L, Shi Y *. A Genome-wide association study reveals association between common variants in an intergenic region of 4q25 and high-grade myopia in the Chinese Han population. Hum Mol Genet. 2011;20(14):2861-8
